genome.fa.s446.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3567220

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1593355--1593379	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1593335--1593399	33	2.0	33	93	0	112	30	20	13	35	1.91
1593315--1593419	53	2.0	53	85	7	142	30	18	13	38	1.89
1595049--1595077	10	2.7	11	94	5	51	17	0	6	75	1.01
1595748--1595969	79	2.8	77	80	8	248	26	27	16	30	1.97
1600207--1600250	24	2.0	21	86	13	61	54	9	18	18	1.69
1602654--1602707	20	2.7	20	91	0	90	22	12	12	51	1.74
1604305--1604854	79	7.0	78	77	9	395	28	22	11	38	1.88
1604308--1604875	158	3.6	158	78	6	537	28	22	10	38	1.88
1608827--1608865	22	1.9	20	85	15	53	38	10	7	43	1.67
1608940--1608978	20	1.9	21	94	5	71	41	25	17	15	1.89
1608968--1609038	20	3.6	19	74	11	63	30	15	16	36	1.90
1608968--1609017	19	2.5	20	81	9	59	30	16	16	38	1.90
1609090--1609141	20	2.6	20	100	0	104	42	5	19	32	1.75
1610704--1610733	13	2.3	13	100	0	60	43	13	10	33	1.77
1610682--1610750	33	2.1	33	86	5	95	39	18	8	33	1.82
1610799--1610834	19	1.9	19	88	5	56	47	11	13	27	1.77
1611493--1611524	16	2.0	16	93	0	55	40	0	9	50	1.35
1611509--1611559	26	2.0	26	92	0	84	29	13	5	50	1.65
1613491--1613516	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1616783--1616835	19	2.7	20	88	2	72	30	15	18	35	1.92
1617123--1617196	19	3.7	19	80	10	69	29	16	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1617225--1617291	33	2.0	33	86	11	93	35	11	17	34	1.87
1623448--1623473	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1625980--1626006	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1625990--1626047	19	2.9	19	84	5	71	32	17	17	32	1.93
1626092--1626122	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1629175--1629217	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
1629175--1629217	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
1631679--1631751	32	2.6	27	73	21	76	32	17	9	39	1.82
1635125--1635166	22	1.9	22	90	0	66	38	7	33	21	1.81
1635756--1635811	19	2.9	19	75	2	58	32	16	19	32	1.94
1636763--1636836	19	3.7	19	89	5	94	37	17	16	28	1.91
1638823--1638863	13	3.2	13	93	6	75	41	17	12	29	1.85
1639145--1639386	126	1.9	125	86	5	346	47	10	12	28	1.75
1645154--1645220	33	2.0	33	86	11	93	31	19	13	35	1.90
1645249--1645322	19	3.7	19	85	5	85	37	18	17	25	1.93
1649360--1649400	17	2.3	18	80	16	50	48	9	2	39	1.49
1656669--1657057	194	2.0	194	92	1	654	38	6	19	35	1.77
1657638--1657678	20	2.0	21	90	9	66	41	24	17	17	1.89
1661698--1661760	19	3.6	19	76	24	84	38	19	12	30	1.89
1661717--1661774	13	4.0	13	74	23	53	34	15	13	36	1.87
1661697--1661796	32	3.1	32	92	1	155	36	18	12	34	1.87
1663596--1663621	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1663574--1663641	33	2.1	32	89	8	102	33	13	17	35	1.89
1663695--1663729	12	2.8	13	86	8	54	34	14	17	34	1.90
1672354--1672379	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1674755--1674801	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
1674922--1674947	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1674933--1675011	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
1677025--1677055	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1678859--1678903	21	2.1	21	84	8	56	22	22	4	51	1.66
1681122--1681147	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1686895--1686966	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
1686955--1687124	52	3.3	52	75	9	168	32	12	25	30	1.92
1687111--1687179	27	2.5	27	88	6	95	23	21	30	24	1.99
1686841--1687233	107	3.7	104	71	13	305	30	14	27	27	1.95
1686888--1687293	212	1.9	212	88	3	611	31	13	26	28	1.94
1689657--1689682	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1689636--1689702	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
1689722--1689789	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1689744--1689768	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1689725--1689787	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1689825--1689926	20	5.1	20	97	2	179	31	9	19	39	1.84
1689825--1689926	41	2.5	40	95	4	179	31	9	19	39	1.84
1690535--1692091	55	28.3	55	90	3	2324	20	20	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1691054--1691139	29	3.1	29	65	27	76	18	18	32	30	1.95
1691245--1691327	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
1693065--1693128	33	1.9	33	87	6	94	0	14	6	79	0.91
1693073--1693131	16	3.7	16	77	8	66	0	10	6	83	0.82
1705689--1705760	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
1705749--1705918	52	3.3	52	75	9	168	32	12	25	30	1.92
1705905--1705973	27	2.5	27	88	6	95	23	21	30	24	1.99
1705635--1706027	107	3.7	104	71	13	305	30	14	27	27	1.95
1705682--1706087	212	1.9	212	88	3	611	31	13	26	28	1.94
1708449--1708474	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1708428--1708494	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1708514--1708581	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1708536--1708560	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1708517--1708579	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1735995--1736053	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
1736407--1736483	20	3.8	20	79	8	75	28	16	14	40	1.88
1738431--1738473	20	2.1	20	86	4	59	9	25	44	20	1.81
1738912--1738975	26	2.5	26	100	0	128	31	18	15	34	1.93
1738912--1738978	13	5.2	13	94	0	116	29	17	16	35	1.92
1741038--1741068	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1744796--1744854	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
1745208--1745284	20	3.8	20	79	8	75	28	16	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1750338--1750363	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1751070--1751113	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1752918--1752956	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
1755036--1755066	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1759094--1759119	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1759074--1759137	32	2.0	33	87	3	94	28	17	14	40	1.88
1775475--1775599	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
1775475--1775619	52	2.8	51	87	4	202	30	17	17	34	1.93
1775608--1775632	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1775672--1775741	33	2.1	33	89	0	104	38	15	11	34	1.84
1775697--1775721	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1782191--1782318	52	2.5	52	90	1	213	28	18	17	34	1.94
1782384--1782499	19	6.7	19	73	22	103	39	16	11	32	1.84
1782376--1782478	32	3.2	32	95	0	179	37	16	12	33	1.86
1782403--1782455	13	3.6	13	73	26	52	33	15	15	35	1.88
1783421--1784041	49	13.1	48	82	8	588	31	17	25	24	1.97
1783530--1784041	135	3.7	135	88	4	711	30	17	26	25	1.98
1784114--1784193	27	3.0	27	96	0	142	27	12	32	27	1.93
1784168--1784599	34	13.6	33	69	14	248	35	13	30	21	1.91
1784264--1784372	27	3.8	27	74	17	103	33	14	29	22	1.94
1784230--1784599	61	5.9	61	81	7	275	36	13	29	20	1.91
1784350--1784591	66	3.7	66	82	8	284	37	13	29	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1784570--1784725	32	5.0	31	80	9	140	32	17	27	23	1.96
1784359--1784616	127	2.0	128	81	11	301	37	12	29	20	1.90
1785257--1785297	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1785377--1785513	53	2.6	53	95	1	238	37	18	17	26	1.93
1785537--1785566	10	3.0	10	95	0	51	26	30	3	40	1.72
1785546--1785625	23	3.5	24	74	19	98	26	27	8	37	1.86
1793306--1793371	19	3.8	19	77	22	90	33	12	18	36	1.88
1793307--1793369	32	2.0	32	100	0	126	33	12	19	34	1.89
1793326--1793350	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1793433--1793507	32	2.3	32	97	0	141	32	21	20	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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