genome.fa.s446.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3567220

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772576--772630	20	2.7	20	83	8	67	29	16	14	40	1.88
776555--776584	15	2.0	15	93	0	51	20	6	23	50	1.71
777332--777407	33	2.3	33	86	0	107	28	23	13	34	1.92
779655--779694	13	3.1	13	92	0	62	37	12	17	32	1.87
785007--785064	28	2.0	28	86	10	80	25	32	12	29	1.92
784947--785524	237	2.4	237	83	2	689	27	25	14	33	1.94
784947--785532	79	7.4	79	81	4	549	27	24	13	33	1.94
790994--791027	3	11.3	3	87	0	50	29	38	0	32	1.58
792682--792737	19	2.9	19	82	17	71	37	16	17	28	1.91
793822--793890	31	2.2	31	86	0	93	43	4	2	49	1.37
793822--793890	16	4.5	15	83	7	84	43	4	2	49	1.37
794386--794428	20	2.2	19	84	12	52	44	2	9	44	1.49
794996--795038	21	2.0	21	86	8	61	41	0	0	58	0.98
795254--795315	23	2.7	22	75	9	61	59	19	11	9	1.58
795583--795648	20	3.7	20	67	26	65	34	15	15	34	1.88
795584--795681	33	3.0	33	95	3	171	36	14	15	33	1.88
797741--797793	21	2.5	21	80	20	65	58	1	22	16	1.48
806061--806129	16	4.4	16	75	3	68	34	18	10	36	1.85
806071--806157	31	2.8	32	78	3	95	33	22	12	31	1.92
806071--806157	16	5.5	16	72	8	54	33	22	12	31	1.92
806430--807674	427	2.9	428	86	2	1701	29	17	10	41	1.84
809703--809750	21	2.3	21	89	7	71	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814641--814676	16	2.2	16	90	5	54	44	0	0	55	0.99
815326--815370	21	2.1	21	84	15	58	51	0	2	46	1.13
815861--815896	16	2.2	16	95	0	63	25	2	11	61	1.43
816586--816710	56	2.2	56	81	13	143	43	4	3	49	1.37
818606--818759	85	1.8	82	85	12	215	50	6	1	42	1.36
819575--819645	20	3.5	19	75	9	61	56	2	0	40	1.14
820127--820165	16	2.4	16	86	4	51	30	0	5	64	1.15
820184--820226	21	2.1	20	82	4	50	34	4	0	60	1.17
832023--832053	16	1.9	16	100	0	62	41	0	6	51	1.27
836163--836229	33	2.0	33	94	0	116	43	19	7	29	1.78
841997--842033	14	2.5	15	87	12	51	78	2	13	5	1.03
842795--842923	60	2.2	59	81	1	150	27	11	14	45	1.80
843186--843236	20	2.4	22	81	18	63	21	3	5	68	1.27
844106--844198	41	2.3	40	94	3	168	33	4	23	38	1.75
846478--846539	22	2.8	22	92	4	99	40	6	6	46	1.55
846485--846547	22	2.8	22	90	2	72	42	4	6	46	1.50
850445--850672	114	2.0	114	95	0	411	34	18	12	34	1.89
850777--851311	188	2.8	187	83	2	671	31	22	14	30	1.94
856107--856148	15	2.9	14	82	10	50	38	4	2	54	1.34
859041--859066	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
859021--859088	33	2.1	32	91	8	111	35	16	16	32	1.91
865246--865280	13	2.7	13	90	0	52	37	17	20	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867093--867117	12	2.1	12	100	0	50	52	8	24	16	1.70
867128--867179	26	2.0	26	96	3	97	23	0	28	48	1.51
867866--867891	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
867846--867913	33	2.1	32	91	8	111	35	16	16	32	1.91
874160--874240	40	2.0	40	90	0	126	41	8	13	35	1.75
875159--875205	23	2.0	23	84	8	60	57	0	0	42	0.98
876930--877001	21	3.0	24	75	20	71	41	2	0	55	1.14
876942--877008	21	3.2	21	85	6	84	40	2	0	56	1.14
877689--877727	18	2.1	19	90	4	62	28	7	5	58	1.47
878331--878366	19	1.9	19	88	5	56	41	22	8	27	1.82
881132--881427	149	2.0	146	85	3	396	37	10	19	32	1.86
883810--883890	1	81.0	1	80	0	81	0	1	9	88	0.56
887339--887380	21	2.0	21	100	0	84	23	19	23	33	1.97
893364--893676	130	2.4	128	80	9	323	34	13	25	27	1.93
893632--893707	28	2.7	28	89	4	118	23	18	32	25	1.97
893691--893806	51	2.3	51	80	0	133	31	12	25	31	1.92
893501--893837	158	2.1	159	80	5	380	31	13	27	28	1.94
893766--893991	75	2.9	75	89	3	326	30	14	26	28	1.95
893766--894039	79	3.5	77	86	5	338	31	14	25	28	1.95
893979--894154	51	3.5	51	82	2	203	35	12	24	27	1.91
896420--896533	60	1.9	60	88	0	174	42	13	15	28	1.85
896420--896533	20	5.7	20	87	6	142	42	13	15	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899058--899118	20	3.0	21	77	18	65	6	19	3	70	1.24
899443--899488	24	1.9	25	82	8	60	63	6	13	17	1.50
900871--900895	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
907315--907343	6	4.8	6	100	0	58	0	0	13	86	0.58
910152--910203	19	2.7	19	96	0	95	38	19	19	23	1.93
910788--910837	20	2.5	21	75	15	52	44	22	4	30	1.71
912152--912177	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
914395--914439	21	2.1	21	84	8	56	53	4	17	24	1.62
916243--916273	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
918352--918390	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
920937--920962	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
928882--928949	32	2.1	32	89	8	102	35	19	13	32	1.90
928978--929033	19	2.9	19	89	2	76	35	17	17	28	1.93
930095--930234	68	2.1	68	86	2	192	25	20	15	39	1.91
939946--939971	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
943596--943620	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
944294--944356	33	1.9	32	96	3	117	30	6	6	57	1.49
944294--944356	16	3.9	16	95	4	117	30	6	6	57	1.49
945484--945509	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
948654--948698	21	2.1	21	100	0	90	28	17	8	44	1.79
955832--956108	117	2.4	117	80	4	319	28	14	13	43	1.83
956476--956503	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
958635--958677	21	2.0	21	90	0	68	60	0	18	20	1.36
959401--959460	13	4.1	13	74	25	57	33	18	13	35	1.89
959381--959459	33	2.4	33	91	2	124	34	18	12	34	1.89
961778--961804	10	2.7	10	100	0	54	18	25	11	44	1.83
966019--966143	41	3.0	41	92	0	205	35	29	11	24	1.90
971127--971382	58	4.4	59	72	12	190	23	14	14	47	1.81
978481--978535	13	4.7	13	72	25	59	34	18	12	34	1.89
978481--978549	33	2.1	33	91	5	113	36	17	13	33	1.88
978578--978631	19	2.8	20	77	11	58	35	16	14	33	1.90
978617--978643	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
979186--979261	22	3.5	22	72	20	63	28	28	2	39	1.70
984876--984903	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
984946--985010	33	2.0	33	87	0	94	40	13	12	33	1.82
984966--984990	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
989605--989652	13	4.2	13	70	29	54	37	18	12	31	1.88
989605--989673	33	2.1	32	86	10	95	37	20	11	30	1.88
989635--989672	20	1.9	20	88	0	58	39	21	10	28	1.86
989723--989749	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
991803--991911	29	3.8	29	75	11	98	18	10	11	59	1.59
993503--993568	27	2.4	27	89	0	96	22	15	36	25	1.93
996287--996980	52	13.9	51	71	10	274	35	15	23	25	1.94
996287--996572	104	2.8	104	83	1	342	37	16	22	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
996594--996990	52	8.0	49	75	8	304	35	15	24	25	1.94
996372--996985	247	2.5	242	80	5	642	34	15	24	25	1.94
996598--996990	97	4.0	99	76	9	345	35	15	24	25	1.94
997279--997338	27	2.2	27	84	0	75	36	11	30	21	1.89
997274--998056	34	24.5	32	71	16	413	37	11	29	21	1.89
997374--997427	27	2.0	27	82	7	65	35	12	27	24	1.92
997401--997551	35	4.4	35	79	5	130	40	11	27	20	1.87
997223--997714	96	5.1	95	77	11	365	36	11	29	22	1.89
997268--997706	196	2.3	192	79	10	484	37	11	28	22	1.89
997666--997867	27	7.0	27	71	13	125	34	12	29	22	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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