genome.fa.s446.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3567220

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010931--2011033	21	4.9	21	78	14	88	20	22	0	56	1.48
2012604--2012670	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2012624--2012648	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2012711--2012735	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2012744--2012871	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
2016718--2016823	52	2.0	52	90	0	167	39	10	15	34	1.81
2017457--2017487	13	2.4	13	94	0	53	38	9	19	32	1.84
2022248--2022317	20	3.6	19	86	3	86	40	14	15	30	1.87
2024577--2024615	20	1.9	21	89	5	62	38	0	23	38	1.55
2030697--2030755	23	2.6	23	94	0	100	13	16	16	52	1.75
2030963--2030996	13	2.6	13	85	0	50	35	8	14	41	1.77
2032254--2032296	6	7.2	6	86	7	61	67	0	2	30	1.03
2032254--2032307	19	3.0	17	84	10	63	66	1	1	29	1.12
2032253--2032307	12	4.6	12	82	10	51	65	3	1	29	1.20
2033865--2033941	40	1.9	40	89	0	118	42	12	25	18	1.86
2033948--2034515	40	14.1	41	74	9	170	46	13	20	19	1.83
2033948--2034580	41	15.7	41	76	11	271	46	13	20	18	1.83
2034007--2034083	39	2.0	39	87	5	111	49	18	16	15	1.80
2034025--2034233	79	2.6	81	76	6	194	48	12	19	19	1.81
2034265--2034498	122	1.9	119	79	5	256	45	15	21	17	1.85
2033958--2034637	81	8.4	81	71	10	252	47	13	20	18	1.82
2035189--2035306	63	1.9	62	82	1	146	38	15	18	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2041254--2041295	13	3.3	13	86	6	59	0	11	2	85	0.68
2041263--2041296	16	2.2	15	94	5	59	0	5	2	91	0.51
2042612--2042637	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2042594--2042657	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
2044243--2044271	12	2.4	12	100	0	58	31	0	34	34	1.58
2048824--2048869	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2051235--2051286	19	2.7	20	87	6	79	38	19	13	28	1.89
2057773--2057835	32	1.9	32	87	3	90	25	12	19	42	1.86
2058463--2058541	39	2.0	40	82	7	99	35	22	5	36	1.77
2060393--2060431	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2062512--2062542	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2065734--2067005	666	1.9	666	94	0	2224	31	19	17	31	1.95
2067276--2067301	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2067256--2067319	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2070394--2070505	50	2.2	51	80	4	120	36	22	19	21	1.95
2074317--2074342	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2079175--2079215	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2079256--2079326	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
2079296--2079432	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
2079456--2079486	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
2079563--2079587	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2080058--2080124	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2080160--2080232	36	2.0	36	100	0	146	31	8	27	32	1.86
2083863--2083938	38	2.0	38	97	0	143	32	13	17	36	1.88
2088801--2088879	28	2.9	28	78	1	79	30	26	16	26	1.97
2089059--2089175	31	3.7	32	89	2	175	33	29	19	17	1.95
2089243--2089482	52	4.8	49	80	5	230	25	23	17	33	1.96
2089241--2089482	101	2.4	100	79	3	281	24	23	17	33	1.96
2089895--2089920	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2089877--2089940	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
2096044--2096122	20	3.7	20	72	18	68	29	16	13	40	1.87
2096111--2096135	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2096258--2096304	21	2.2	20	79	17	51	36	17	6	40	1.75
2098140--2098165	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2098122--2098185	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
2115195--2115227	10	3.3	10	95	0	57	81	18	0	0	0.68
2116876--2117083	79	2.6	77	75	2	191	25	24	14	35	1.94
2118284--2118370	26	3.2	27	72	18	74	33	13	18	34	1.90
2118637--2118731	31	3.0	31	83	3	127	32	34	15	16	1.91
2118637--2118731	32	3.0	31	84	4	120	32	34	15	16	1.91
2118828--2119015	48	3.8	49	76	6	182	22	23	19	33	1.97
2118827--2119067	101	2.4	100	79	4	272	23	24	19	32	1.97
2119034--2119137	52	2.0	52	83	3	129	23	25	16	34	1.95
2125365--2125390	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125347--2125410	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2129443--2129474	15	2.1	15	94	0	55	46	15	21	15	1.83
2131544--2131581	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2131693--2131738	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2132824--2132887	32	2.0	33	87	3	94	39	17	14	29	1.88
2135089--2135138	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2136934--2136964	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2139030--2139067	13	2.9	13	96	0	67	34	15	15	34	1.90
2139177--2139222	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2140212--2140267	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
2140308--2140371	32	2.0	33	87	3	94	39	17	14	29	1.88
2141799--2141842	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
2142730--2142755	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2142712--2142775	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2146036--2146183	50	2.9	50	75	11	149	28	27	8	35	1.86
2146068--2146313	129	1.9	128	85	4	343	28	26	10	34	1.90
2146198--2146517	51	6.3	51	86	7	454	30	27	8	34	1.86
2146036--2146371	180	1.9	178	86	4	480	28	26	9	35	1.88
2146198--2146517	153	2.1	153	100	0	640	30	27	8	34	1.86
2146453--2146673	79	2.8	79	78	4	223	30	25	10	33	1.89
2149009--2149323	79	4.0	79	74	5	242	34	13	23	28	1.92
2150009--2150287	42	6.6	45	78	11	218	40	10	27	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2150088--2150289	87	2.3	87	82	9	236	41	11	28	18	1.86
2150009--2150287	44	6.6	43	79	8	209	40	10	27	20	1.86
2150307--2152781	61	40.2	62	84	3	2891	31	20	24	24	1.98
2150307--2152781	123	20.1	124	84	3	2891	31	20	24	24	1.98
2158701--2158749	23	2.2	22	81	3	53	69	12	0	18	1.19
2159009--2159127	51	2.3	51	84	5	143	27	12	30	29	1.93
2159060--2159505	79	5.6	79	77	7	377	34	12	23	28	1.91
2161832--2161966	51	2.7	50	82	3	155	41	11	19	28	1.85
2173615--2174240	60	10.0	61	76	8	473	26	25	16	30	1.97
2173618--2174240	179	3.3	181	76	11	501	27	25	16	30	1.97
2173826--2174245	65	6.5	64	74	9	308	26	25	16	32	1.96
2173647--2173942	119	2.5	118	80	6	292	29	27	16	27	1.97
2177288--2177402	51	2.3	51	84	6	144	25	26	13	34	1.93
2177246--2177479	130	1.8	129	86	4	346	26	24	14	34	1.94
2177356--2177594	79	3.0	79	88	1	329	27	24	12	35	1.92
2177357--2177639	79	3.6	77	81	6	284	27	25	13	34	1.92
2177573--2177693	51	2.4	51	83	6	149	28	24	11	35	1.90
2177495--2177732	129	1.9	128	79	2	271	28	23	10	36	1.89
2178776--2178941	79	2.1	78	83	6	194	37	10	26	24	1.88
2181392--2181440	20	2.5	20	86	0	62	53	14	10	22	1.71
2181500--2181553	20	2.7	20	85	8	65	33	18	7	40	1.78
2184314--2184339	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189052--2189077	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2189034--2189097	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2189535--2189601	37	1.9	35	88	11	102	31	11	26	29	1.92
2194301--2194326	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2194283--2194346	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2194784--2194850	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2197228--2197272	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2201318--2201343	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2203885--2203923	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2203909--2203987	20	3.7	20	75	15	68	45	15	13	25	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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