genome.fa.s446.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3567220

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

This is table  14  of  22  ( 2549 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206003--2206033	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2207837--2207881	21	2.1	21	84	8	56	20	20	6	53	1.67
2212728--2212757	15	2.0	15	93	0	51	43	13	13	30	1.82
2216531--2216558	11	2.5	11	100	0	56	7	10	17	64	1.47
2226223--2226317	1	95.0	1	74	0	73	86	8	5	0	0.71
2226223--2226317	12	8.3	11	78	12	84	86	8	5	0	0.71
2226207--2226317	7	15.7	7	83	15	115	84	9	4	0	0.80
2227744--2228063	29	10.7	29	78	6	225	28	29	16	25	1.97
2227738--2227898	86	1.9	86	86	2	234	29	30	16	23	1.96
2227744--2227898	57	2.7	57	79	5	159	30	29	16	23	1.96
2227893--2227967	35	2.2	35	80	7	91	22	30	9	37	1.86
2227958--2228109	28	5.3	28	88	5	200	36	29	16	17	1.92
2228129--2228411	149	1.9	148	91	0	467	25	25	18	31	1.97
2228129--2228451	48	6.6	49	83	4	393	24	25	18	30	1.98
2229179--2229206	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
2229160--2229224	32	2.0	32	90	3	103	35	12	13	38	1.83
2229287--2229415	52	2.5	52	98	0	249	35	17	17	28	1.93
2232679--2232704	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2232658--2232724	33	2.0	33	88	0	98	34	13	17	34	1.89
2234617--2234642	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2240952--2240998	22	2.3	20	78	10	51	34	19	4	42	1.70
2243259--2243300	19	2.2	18	91	8	66	23	9	9	57	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243006--2243589	308	1.9	308	99	0	1159	40	19	14	25	1.89
2246218--2246253	13	2.8	13	86	0	54	36	19	13	30	1.91
2249180--2249694	256	2.0	256	100	0	1030	36	25	11	26	1.90
2256352--2256378	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2256364--2256419	19	2.8	20	81	8	69	33	12	17	35	1.88
2256464--2256494	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
2256448--2256514	33	2.0	32	86	11	91	35	11	17	34	1.87
2262493--2262533	19	2.2	19	86	8	57	26	0	21	51	1.48
2264393--2264451	19	3.1	19	87	2	82	33	3	33	28	1.74
2270335--2270398	31	2.1	31	90	0	101	43	14	7	34	1.74
2272540--2272601	24	2.5	24	76	10	63	33	0	3	62	1.11
2280215--2280281	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2280235--2280259	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2280325--2280349	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2280338--2280478	52	2.7	50	86	6	201	33	18	17	30	1.94
2280358--2280478	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
2287729--2287768	19	2.1	19	85	0	53	85	2	10	2	0.80
2288735--2288998	33	7.6	34	79	13	256	21	33	12	32	1.91
2288733--2289197	70	6.4	70	78	14	444	20	33	12	33	1.90
2288867--2289156	158	1.8	157	93	0	508	20	33	13	33	1.91
2289027--2289215	104	1.8	102	88	2	263	20	33	11	33	1.89
2289031--2289248	104	2.1	102	82	6	251	22	34	12	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289266--2289735	49	9.7	49	84	6	595	24	25	17	31	1.97
2289266--2289801	98	5.5	98	90	5	745	24	25	17	32	1.97
2289513--2289691	43	4.0	44	83	9	236	25	25	19	30	1.98
2289465--2289735	92	2.9	92	95	1	470	25	24	18	31	1.97
2289649--2290032	67	6.7	55	73	14	282	25	23	14	36	1.92
2289649--2290034	171	2.2	172	96	1	711	24	23	14	36	1.93
2290838--2290904	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2290858--2290882	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2290948--2290972	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2290961--2291101	52	2.7	50	86	6	201	33	18	17	30	1.94
2290981--2291101	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
2297448--2297484	17	2.2	17	90	0	56	32	16	8	43	1.77
2298479--2298529	20	2.5	20	84	6	59	41	13	13	31	1.84
2299839--2299882	20	2.3	18	85	14	54	65	11	4	18	1.40
2299998--2300041	10	4.2	11	82	11	65	0	18	0	81	0.68
2299998--2300041	17	2.9	14	81	18	61	0	18	0	81	0.68
2299997--2300042	20	2.3	19	92	7	74	0	21	0	78	0.76
2300070--2300140	12	6.0	12	70	18	51	1	23	0	74	0.90
2304057--2304110	20	2.6	21	88	2	74	31	16	11	40	1.84
2304730--2304862	52	2.5	52	83	1	167	36	17	22	24	1.95
2305128--2305223	32	3.0	32	90	3	140	18	15	33	32	1.93
2305956--2306019	33	1.9	33	84	12	87	31	15	14	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306401--2306552	33	4.6	33	85	1	207	22	20	28	28	1.98
2306620--2306681	28	2.1	30	82	5	74	25	16	29	29	1.96
2306696--2306765	14	5.3	14	70	16	51	31	10	17	41	1.82
2308186--2308267	20	4.1	19	73	13	65	32	14	12	40	1.83
2313313--2313344	3	10.7	3	93	0	55	37	0	34	28	1.57
2317891--2317915	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2318363--2318405	20	2.1	21	91	4	70	18	48	27	4	1.68
2319923--2319973	20	2.6	20	87	3	68	39	19	13	27	1.90
2324583--2324649	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2325120--2325144	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2325117--2325231	45	2.5	47	80	13	132	35	11	20	32	1.88
2325320--2325389	20	3.5	20	79	12	83	31	14	15	38	1.88
2327457--2327495	13	3.0	13	84	0	51	33	15	12	38	1.85
2330040--2330064	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2330020--2330086	33	2.1	33	88	2	100	35	17	13	32	1.89
2331035--2331074	21	1.9	21	84	0	53	32	2	35	30	1.71
2331646--2331694	21	2.4	21	82	3	64	40	16	16	26	1.89
2331746--2331771	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2331729--2331793	33	2.0	32	88	8	96	36	15	13	33	1.87
2332806--2332852	18	2.5	19	93	6	78	17	0	6	76	0.98
2332822--2332869	25	2.0	25	95	4	89	10	0	6	83	0.81
2334131--2334161	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2334226--2334278	19	2.7	20	85	2	72	39	16	16	26	1.91
2334912--2334952	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2334996--2335073	13	6.0	13	87	0	120	32	14	17	35	1.90
2335913--2336056	71	2.0	72	97	1	272	32	22	8	36	1.84
2344372--2344396	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2344349--2344416	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
2344470--2344519	20	2.5	20	90	0	73	38	14	16	32	1.88
2353049--2353073	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2353031--2353093	32	1.9	33	90	3	101	33	14	15	36	1.88
2353147--2353196	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
2354219--2354244	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2354305--2354377	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2354283--2354377	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
2354984--2355029	16	2.8	16	93	6	74	30	39	2	28	1.69
2356835--2356873	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2356859--2356937	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
2358950--2358987	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
2363049--2363074	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2363135--2363207	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2363113--2363207	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
2364079--2364123	21	2.1	21	91	0	72	31	20	13	35	1.91
2370314--2370347	13	2.6	13	95	0	59	41	35	0	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372333--2372375	20	2.1	20	82	4	50	11	25	44	18	1.84
2372816--2372854	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2372840--2372918	20	3.7	20	73	18	70	45	15	12	26	1.82
2377036--2377063	13	2.2	13	100	0	56	46	14	7	32	1.71
2379026--2379051	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2379006--2379070	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
2385191--2385232	21	2.0	21	95	0	75	38	21	4	35	1.75
2385644--2385815	87	2.0	86	87	8	251	27	25	3	43	1.71
2389707--2389868	78	2.1	78	95	0	288	17	20	16	44	1.87
2393408--2393439	15	2.1	15	94	0	55	34	28	9	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22