genome.fa.s446.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3567220

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2766458--2766488	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2768292--2768336	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2770540--2770565	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2770604--2770656	20	2.6	21	87	3	72	30	16	13	39	1.87
2774470--2774523	20	2.7	20	91	2	81	33	14	11	40	1.82
2775140--2775968	52	15.4	52	72	11	384	36	14	24	24	1.93
2775173--2775352	61	2.9	61	78	8	177	36	13	25	23	1.92
2775231--2775612	113	3.5	112	78	7	354	36	15	24	23	1.94
2775410--2775927	156	3.3	157	78	2	423	36	15	23	24	1.93
2775291--2775818	209	2.5	214	80	3	593	37	15	23	23	1.93
2775976--2776291	31	10.0	31	76	8	226	22	17	30	30	1.96
2775976--2776291	63	5.0	63	80	5	296	22	17	30	30	1.96
2775967--2776291	129	2.6	125	79	4	346	22	16	30	30	1.96
2776322--2776762	33	14.0	33	75	14	326	40	11	25	22	1.87
2776352--2776817	60	7.4	64	74	12	319	39	11	25	22	1.88
2776322--2776702	95	4.0	94	83	7	416	40	11	25	22	1.87
2776459--2776762	162	1.9	160	85	5	425	41	10	24	22	1.86
2776673--2776732	27	2.2	28	88	5	88	41	11	23	23	1.87
2776732--2776785	27	2.0	27	85	0	72	37	14	27	20	1.92
2784125--2784190	29	2.3	29	97	0	123	40	19	21	18	1.91
2789989--2790033	20	2.2	20	88	0	63	42	20	6	31	1.77
2800056--2801035	154	6.3	155	79	5	894	39	17	15	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803018--2803332	153	2.1	153	78	8	320	50	8	9	32	1.64
2804477--2804547	31	2.3	31	97	2	133	33	23	11	30	1.90
2805840--2805893	20	2.7	20	85	5	65	31	12	20	35	1.90
2812172--2812245	31	2.3	33	77	11	66	41	20	0	37	1.52
2813498--2813566	33	2.1	33	94	0	120	21	23	20	34	1.96
2814614--2814638	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2819177--2819368	97	2.0	97	83	6	246	36	13	23	26	1.91
2828107--2828132	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2828119--2828160	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
2828185--2828238	21	2.7	20	77	8	65	38	14	12	33	1.85
2828743--2828767	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
2831020--2831077	19	3.0	19	82	2	71	32	17	15	34	1.91
2831272--2831461	52	3.9	50	80	12	232	22	27	20	30	1.98
2831273--2831460	95	2.0	95	92	4	317	22	27	20	29	1.98
2832181--2832257	21	3.7	21	98	0	145	36	10	12	40	1.78
2832315--2832339	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2832295--2832361	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2832402--2832426	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2832435--2832563	52	2.5	52	94	0	222	34	18	17	29	1.94
2836701--2836727	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
2846240--2846297	1	58.0	1	78	0	62	89	10	0	0	0.48
2846238--2846295	21	2.6	23	86	10	84	87	12	0	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2846240--2846297	26	2.2	26	93	6	100	89	10	0	0	0.48
2847424--2847453	12	2.5	12	94	0	51	33	20	13	33	1.91
2847674--2848089	30	13.9	29	76	9	277	28	29	16	25	1.96
2847670--2848104	59	7.3	59	78	9	375	29	29	15	25	1.96
2847883--2847957	35	2.2	34	82	2	96	22	32	9	36	1.86
2847948--2848130	28	6.3	29	85	5	196	34	27	15	21	1.94
2848152--2848341	52	3.9	50	78	12	214	23	27	18	30	1.98
2848153--2848340	95	2.0	95	90	4	299	23	27	19	29	1.98
2849061--2849116	21	2.7	21	100	0	112	35	10	14	39	1.81
2849174--2849198	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2849154--2849220	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2849260--2849409	52	2.9	51	88	4	219	34	18	16	30	1.93
2852468--2852492	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2852547--2852584	20	2.0	20	89	5	60	34	13	15	36	1.87
2853840--2853896	27	2.1	27	93	0	96	54	1	15	28	1.52
2854680--2854727	11	4.1	12	84	10	55	2	27	0	70	0.98
2855094--2855482	165	2.4	166	80	7	393	52	9	9	28	1.65
2855184--2855482	165	1.8	164	84	6	408	55	8	8	27	1.59
2855509--2855577	35	2.0	35	88	5	104	49	10	15	24	1.76
2857240--2857620	44	8.4	44	76	11	331	44	14	20	19	1.86
2857245--2857560	136	2.3	140	83	6	394	44	15	20	19	1.87
2859619--2859688	12	6.6	10	77	16	70	1	14	1	82	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2859636--2859669	13	2.5	13	95	4	59	0	20	0	79	0.73
2859648--2859689	20	2.2	19	91	4	66	0	16	0	83	0.65
2863195--2863348	33	4.5	35	77	15	160	18	31	12	37	1.88
2863208--2863348	72	2.0	70	86	8	196	19	30	11	38	1.87
2863350--2863489	34	4.5	31	88	7	180	29	38	17	14	1.89
2863482--2864598	49	22.7	49	91	3	1703	23	27	17	31	1.97
2864414--2864554	43	3.2	43	85	5	174	26	28	17	27	1.97
2864508--2864646	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
2865455--2865521	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2865475--2865499	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2865561--2865709	52	2.9	52	88	8	225	32	18	17	31	1.94
2867097--2867178	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2867161--2867331	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2867314--2867389	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2869853--2869878	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2869832--2869898	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2869918--2869985	19	3.9	18	75	23	74	36	14	13	35	1.85
2869940--2869964	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2869921--2869983	32	2.0	32	93	0	108	34	15	14	34	1.88
2870699--2871532	55	15.2	55	92	2	1231	20	20	30	28	1.98
2871011--2871100	26	3.3	26	65	14	65	17	17	35	28	1.93
2871177--2871317	27	5.1	27	61	16	74	22	19	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2871400--2871485	26	3.2	26	66	15	75	19	18	32	29	1.96
2872517--2872582	14	4.7	14	86	3	80	0	7	9	83	0.82
2872517--2872581	15	4.1	15	82	9	60	0	7	7	84	0.77
2872500--2872582	14	5.9	14	79	13	73	0	12	7	80	0.89
2880435--2880464	8	3.9	8	95	4	53	93	0	6	0	0.35
2880433--2880464	17	1.9	16	93	6	55	90	0	9	0	0.45
2880435--2880464	15	1.9	15	93	6	51	93	0	6	0	0.35
2884377--2884443	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2884397--2884421	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2884483--2884631	52	2.9	52	88	8	225	32	18	17	31	1.94
2886019--2886100	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2886083--2886253	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2886236--2886311	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2888774--2888799	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2888753--2888819	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2888839--2888906	19	3.9	18	75	23	74	36	14	13	35	1.85
2888861--2888885	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2888842--2888904	32	2.0	32	93	0	108	34	15	14	34	1.88
2888962--2889018	21	2.7	21	94	0	96	40	17	10	31	1.84
2895837--2895886	13	4.3	13	72	27	58	38	18	12	32	1.87
2895934--2895987	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
2896580--2896621	22	1.9	22	95	0	75	21	35	4	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904078--2904131	20	2.7	20	88	5	74	37	14	12	35	1.85
2904200--2904226	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2905142--2905196	21	2.6	21	85	8	67	30	3	18	47	1.66
2905335--2905390	19	2.9	19	86	2	76	30	17	16	35	1.92
2905438--2905462	13	1.9	13	100	0	50	52	8	8	32	1.60
2909693--2909731	20	1.9	20	84	5	51	69	5	10	15	1.34
2909460--2909970	167	3.1	166	82	4	579	52	8	9	29	1.64
2910931--2911009	32	2.5	32	83	6	90	39	11	16	32	1.84
2911572--2911639	16	4.2	16	77	3	66	20	13	13	52	1.73
2913686--2913760	38	2.0	38	89	5	116	40	5	13	41	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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