genome.fa.s446.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3567220

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2539462--2539588	51	2.5	50	81	1	155	40	14	15	28	1.87
2542510--2542555	20	2.3	20	96	0	83	28	36	21	13	1.91
2543989--2544038	20	2.5	20	77	12	57	40	0	30	30	1.57
2546392--2546429	15	2.5	15	100	0	76	34	13	7	44	1.72
2547601--2547651	21	2.5	20	81	9	59	29	9	21	39	1.85
2554408--2554493	20	4.3	20	75	5	93	32	15	11	40	1.83
2554403--2554480	40	2.0	40	94	0	138	34	14	12	38	1.84
2554677--2554706	14	2.1	14	93	0	51	26	23	0	50	1.50
2555383--2555422	21	2.0	21	95	5	73	25	22	12	40	1.89
2560642--2560731	29	3.2	29	69	12	96	54	13	13	18	1.71
2560626--2560712	27	3.1	27	68	12	86	54	11	12	21	1.70
2560626--2560736	56	2.0	56	100	0	222	53	12	14	19	1.73
2564050--2564078	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
2564030--2564094	33	2.0	33	90	6	105	29	18	13	38	1.89
2564122--2564178	19	2.9	20	78	5	71	33	15	12	38	1.85
2564165--2564202	13	2.9	13	96	0	67	28	15	18	36	1.92
2570614--2571252	141	4.5	139	77	10	544	23	22	15	38	1.92
2570613--2571252	142	4.5	138	78	10	558	23	22	15	38	1.92
2570649--2571252	70	8.5	69	78	10	481	24	22	15	38	1.92
2574412--2574577	87	1.9	87	84	8	223	27	25	11	35	1.90
2574569--2574793	81	2.8	78	80	5	254	29	29	9	31	1.89
2578349--2578375	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2578359--2578415	19	2.9	19	84	2	78	33	15	15	35	1.90
2579660--2579712	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
2579742--2579815	19	3.7	19	87	5	85	36	18	16	28	1.93
2588411--2588465	20	2.7	21	83	16	71	32	12	20	34	1.90
2592291--2592352	32	1.9	33	86	3	90	32	16	11	40	1.83
2592399--2592507	52	2.1	52	82	3	139	36	14	14	33	1.87
2592928--2593055	34	3.9	33	79	10	138	34	11	23	30	1.91
2593518--2593666	28	5.3	28	71	6	113	27	20	10	41	1.85
2593371--2593582	110	1.9	110	80	3	248	33	14	10	41	1.80
2593494--2593750	84	3.1	84	84	3	322	28	19	10	41	1.85
2593791--2593823	15	2.3	15	89	5	50	39	9	0	51	1.34
2594719--2594744	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2594701--2594764	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2596795--2596955	84	1.9	84	83	5	209	52	3	18	26	1.59
2600231--2600289	13	4.0	13	73	26	55	42	15	13	28	1.85
2600245--2600309	20	3.6	20	73	26	81	44	15	12	27	1.82
2600213--2600309	33	3.0	33	95	1	169	43	15	13	27	1.84
2602896--2603224	164	2.0	163	95	0	586	29	11	18	40	1.86
2606511--2606697	77	2.4	77	77	4	182	30	17	14	37	1.90
2607468--2607543	37	2.1	37	89	0	116	28	10	19	40	1.85
2608543--2608581	18	2.2	18	86	13	55	38	0	7	53	1.30
2608543--2608581	17	2.2	17	86	13	53	38	0	7	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2610600--2610659	26	2.3	26	100	0	120	23	23	15	38	1.92
2611544--2611601	29	2.0	30	89	3	91	29	15	20	34	1.94
2613650--2613694	20	2.1	22	88	8	67	4	28	48	17	1.66
2614136--2614160	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2620394--2620449	20	2.8	21	89	5	80	30	12	17	39	1.87
2623757--2624022	133	2.0	133	81	7	310	43	9	9	37	1.70
2624539--2624582	23	1.9	23	85	0	61	25	4	6	63	1.38
2626507--2626979	236	2.0	235	79	8	514	37	10	13	38	1.79
2627113--2627179	33	2.0	33	88	5	100	32	13	19	34	1.91
2629413--2629437	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2629390--2629455	33	2.0	33	93	0	114	28	16	18	36	1.93
2635813--2635877	32	2.0	33	87	3	96	29	13	13	43	1.83
2635842--2635898	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
2635943--2635972	13	2.3	13	94	0	51	43	16	13	26	1.85
2644037--2644136	33	3.0	33	91	1	146	39	4	22	35	1.73
2651916--2651971	19	2.9	19	81	2	67	32	19	12	35	1.89
2652000--2652052	20	2.7	20	91	5	81	30	13	24	32	1.93
2658209--2658248	13	3.1	13	85	0	53	35	15	12	37	1.85
2660173--2660228	19	2.9	19	86	2	76	30	17	14	37	1.90
2660257--2660309	20	2.7	20	91	5	81	33	13	20	32	1.91
2663579--2663654	24	3.3	24	68	20	81	40	14	22	22	1.90
2663550--2663655	44	2.4	44	93	0	176	41	13	20	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2664887--2664913	14	1.9	14	100	0	54	3	14	0	81	0.82
2664888--2664925	20	1.9	20	84	10	51	2	15	2	78	0.97
2667049--2667367	163	2.0	163	98	0	620	27	13	16	42	1.86
2673115--2673168	20	2.5	22	79	14	67	38	18	0	42	1.50
2675780--2675816	13	2.8	13	87	0	56	32	18	13	35	1.90
2679958--2680015	31	1.9	30	86	10	82	77	3	13	5	1.07
2684485--2684520	15	2.4	14	86	13	54	22	2	0	75	0.94
2686767--2686813	20	2.3	21	81	3	60	40	6	14	38	1.72
2686871--2686945	20	3.8	20	72	12	64	34	17	12	36	1.87
2689244--2689418	79	2.2	80	81	4	203	29	29	10	30	1.90
2700915--2701102	31	5.8	32	81	5	193	30	30	17	21	1.96
2700953--2701102	63	2.4	63	84	3	185	31	31	18	18	1.95
2702015--2702040	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2701997--2702060	32	2.0	33	87	3	94	42	14	15	28	1.86
2702094--2702132	20	1.9	21	94	5	71	46	12	10	30	1.75
2702501--2702567	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2704090--2704250	84	1.9	84	80	9	186	53	3	17	25	1.60
2705772--2705796	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2706611--2706678	30	2.2	32	89	5	104	29	4	29	36	1.77
2707794--2707819	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2707776--2707839	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2710155--2710180	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2710137--2710200	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2714247--2714277	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2718906--2718931	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2718888--2718951	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2724342--2724367	12	2.2	12	100	0	52	50	0	11	38	1.39
2724795--2724850	19	2.9	19	86	2	76	33	17	10	37	1.85
2727079--2727145	32	2.1	32	83	5	82	49	26	4	19	1.67
2728032--2728072	6	6.8	6	100	0	82	51	0	17	31	1.46
2730229--2730266	19	2.0	19	89	0	58	7	13	26	52	1.67
2733234--2733324	16	5.6	16	72	12	69	56	7	2	34	1.40
2733238--2733322	33	2.7	32	73	12	84	57	7	2	32	1.38
2733527--2733750	34	6.6	34	84	2	265	25	7	25	41	1.81
2733527--2733744	102	2.1	101	89	1	337	26	7	25	40	1.82
2738153--2738371	34	6.5	34	85	2	280	25	7	26	40	1.83
2738153--2738371	102	2.2	101	89	1	339	25	7	26	40	1.83
2739864--2739901	18	2.0	18	90	10	58	0	10	5	84	0.77
2741396--2741460	32	2.0	33	90	3	105	60	4	1	33	1.27
2742571--2742875	149	2.0	149	98	0	592	34	10	19	35	1.87
2750101--2750132	12	2.7	12	90	0	55	31	43	25	0	1.55
2751663--2751808	70	2.1	70	89	2	222	35	15	23	25	1.94
2753151--2753205	24	2.3	24	93	0	92	43	16	25	14	1.86
2754164--2754215	20	2.7	20	82	8	63	30	19	11	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2755204--2755276	32	2.3	33	80	7	96	42	13	20	23	1.88
2755534--2755604	32	2.2	32	87	5	99	40	9	21	28	1.85
2755723--2755802	32	2.5	32	82	8	99	48	15	13	22	1.79
2755740--2755877	32	4.4	32	68	17	92	45	15	15	23	1.84
2759233--2759361	52	2.5	52	94	0	231	27	18	18	34	1.95
2759370--2759394	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2761801--2761826	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2761865--2761917	20	2.6	21	87	3	72	30	16	13	39	1.87
2762524--2762567	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2764365--2764390	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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