genome.fa.s446.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3567220

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2394843--2394890	21	2.3	20	79	10	53	39	0	20	39	1.53
2395056--2395094	20	1.9	21	89	5	62	30	15	15	38	1.88
2396425--2396455	16	1.9	16	93	0	53	35	9	0	54	1.33
2400116--2400160	23	2.0	23	100	0	90	31	17	8	42	1.80
2403388--2403426	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
2404505--2404529	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2404486--2404550	32	2.0	32	84	3	85	36	13	16	32	1.89
2405348--2405390	3	14.3	3	82	0	50	27	32	2	37	1.70
2407078--2407102	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2407688--2407805	61	1.9	61	94	5	211	39	7	11	40	1.70
2407850--2407885	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2412248--2412376	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
2412248--2412396	52	2.9	51	89	4	219	31	17	17	33	1.93
2412385--2412409	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2412450--2412516	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2412472--2412496	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2414757--2414781	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2415566--2415606	20	2.0	20	85	0	55	43	9	14	31	1.78
2418044--2418298	129	2.0	129	81	9	297	31	24	8	35	1.85
2418250--2418453	77	2.6	79	77	11	222	29	25	9	35	1.87
2418157--2418419	78	3.4	76	76	10	239	30	24	8	36	1.86
2418157--2418512	156	2.3	157	79	8	359	30	25	8	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418389--2418632	130	1.9	130	81	5	296	31	24	7	36	1.84
2421797--2421835	12	3.2	12	81	0	51	33	0	30	35	1.58
2429099--2429167	19	4.0	18	75	22	76	37	11	14	36	1.83
2429102--2429164	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
2429121--2429145	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2429187--2429243	21	2.8	21	91	2	89	24	17	12	45	1.83
2431578--2431974	53	7.6	51	71	14	218	29	27	11	31	1.92
2431581--2432085	265	1.9	262	87	3	737	28	27	12	31	1.93
2433201--2433247	20	2.3	20	100	0	94	27	14	19	38	1.91
2435085--2435126	20	2.2	19	91	4	66	80	11	7	0	0.88
2435088--2435158	20	3.3	20	73	19	63	77	9	8	4	1.11
2436360--2436434	28	2.8	26	72	7	69	29	24	20	26	1.99
2436427--2436889	28	16.8	28	70	11	161	33	26	15	24	1.95
2436408--2436728	110	2.9	110	72	15	311	32	25	16	26	1.96
2436483--2436640	82	1.9	82	85	5	221	31	25	18	24	1.98
2436574--2436626	26	2.0	26	85	0	70	33	24	20	20	1.97
2436540--2436672	54	2.4	55	78	7	126	33	24	18	23	1.96
2436493--2436726	82	2.8	82	79	7	215	33	25	16	24	1.96
2436634--2436812	56	3.2	55	78	7	191	34	28	12	25	1.92
2438011--2438035	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
2438287--2438324	4	9.5	4	94	0	67	21	0	2	76	0.91
2438893--2439581	110	6.3	109	78	6	608	33	15	18	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438893--2439581	218	3.2	218	79	6	689	33	15	18	32	1.92
2439503--2439645	73	2.0	73	92	0	241	32	12	19	35	1.89
2440169--2440206	11	3.5	11	86	13	53	76	0	2	21	0.91
2441346--2441403	20	2.8	20	82	5	71	39	15	13	31	1.86
2441390--2441526	53	2.6	53	92	1	229	37	18	17	26	1.93
2441616--2441643	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
2441672--2441710	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
2443627--2443684	24	2.4	24	97	0	107	41	8	15	34	1.78
2444324--2444377	20	2.7	19	88	11	74	37	18	12	31	1.89
2444406--2444463	19	3.0	20	80	7	75	34	15	15	34	1.89
2444447--2444471	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2444426--2444492	33	2.1	31	86	10	91	38	16	13	31	1.87
2445110--2445144	16	2.1	16	94	5	61	57	8	0	34	1.29
2446951--2446995	20	2.2	20	88	4	63	28	15	11	44	1.81
2449067--2449279	104	2.0	105	96	0	392	35	16	11	36	1.85
2455061--2455125	33	2.0	33	84	6	87	41	15	13	29	1.86
2459172--2459202	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2461283--2461331	13	3.8	13	94	0	89	34	14	14	36	1.86
2463886--2463938	20	2.7	20	85	8	72	41	16	13	28	1.86
2470327--2470357	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2470305--2470373	33	2.1	33	89	5	104	33	18	13	34	1.90
2471152--2471177	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471130--2471197	33	2.1	33	86	2	93	33	13	16	36	1.87
2471284--2471333	20	2.5	20	86	0	64	34	16	16	34	1.90
2471623--2471678	19	2.9	19	89	2	76	33	17	16	32	1.92
2471663--2471689	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2471644--2471708	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
2473167--2473206	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
2474315--2474340	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2474297--2474360	33	2.0	32	87	3	92	42	15	14	28	1.86
2480525--2480550	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2480672--2480718	22	2.3	20	78	10	51	34	19	4	42	1.70
2482379--2482471	31	3.0	31	95	0	159	34	5	26	33	1.79
2482473--2482513	20	2.0	22	90	9	68	36	2	26	34	1.70
2483137--2483161	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2485505--2485540	13	2.8	13	91	0	54	33	16	13	36	1.89
2485524--2485580	19	2.9	19	89	2	87	31	17	15	35	1.92
2485610--2485674	33	2.0	33	84	6	87	35	15	16	32	1.91
2486905--2486956	13	4.5	13	71	26	53	36	15	13	34	1.87
2486905--2486973	33	2.1	32	84	10	86	36	15	14	33	1.89
2487002--2487052	19	2.6	20	87	3	68	33	15	19	31	1.93
2488920--2488945	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
2489813--2489870	13	4.9	13	70	23	56	32	15	17	34	1.91
2489813--2489890	33	2.4	33	100	0	156	30	15	17	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489826--2489893	20	3.8	20	74	25	87	27	14	19	38	1.91
2492918--2493516	298	2.0	297	99	0	1180	38	17	24	20	1.93
2498099--2498145	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
2500553--2500578	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2502038--2502074	9	3.9	9	89	10	56	24	0	0	75	0.80
2502038--2502074	5	7.6	5	82	17	51	24	0	0	75	0.80
2502498--2502594	48	2.0	48	95	0	176	49	7	13	29	1.69
2504577--2504649	36	2.0	36	94	0	128	31	23	23	21	1.98
2505806--2505882	29	2.5	32	73	14	81	37	0	3	58	1.17
2506377--2506424	23	2.1	22	84	3	60	58	0	0	41	0.98
2508188--2508244	28	2.0	29	83	10	73	26	0	3	70	1.03
2508200--2508244	13	3.3	13	84	6	54	24	0	4	71	1.05
2509220--2509333	29	3.9	27	74	21	70	51	0	1	45	1.17
2509246--2509334	29	3.0	30	78	16	112	52	0	0	47	1.00
2509234--2509335	29	3.4	29	75	20	102	52	0	1	45	1.12
2511025--2511117	45	2.1	45	100	0	186	45	6	24	23	1.76
2515757--2515830	31	2.4	31	90	0	112	64	2	4	28	1.25
2515776--2515835	18	3.6	17	68	22	56	66	1	1	30	1.11
2516602--2516661	27	2.2	27	100	0	120	60	6	0	33	1.23
2516748--2516796	25	2.0	25	100	0	98	44	8	40	6	1.59
2517755--2517794	5	8.0	5	89	10	64	80	0	0	20	0.72
2519261--2519288	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520050--2520106	29	1.9	30	89	3	89	54	10	3	31	1.51
2525339--2525463	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
2525339--2525483	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
2525472--2525496	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2525561--2525585	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2525539--2525605	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2529562--2529614	28	2.0	25	82	10	61	52	0	5	41	1.25
2532129--2532194	33	2.0	33	88	2	98	33	12	15	39	1.84
2532264--2532290	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
2532247--2532316	33	2.1	33	84	5	88	35	11	17	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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