genome.fa.s446.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3567220

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89918--89966	15	3.3	15	72	11	55	38	4	12	44	1.61
89991--90028	20	1.9	21	89	10	62	50	0	0	50	1.00
90488--90538	19	2.5	21	81	12	61	54	0	0	45	0.99
90496--90540	21	2.2	20	88	7	65	48	0	0	51	1.00
92218--92275	16	3.8	16	71	19	52	32	1	0	65	1.03
92177--92267	29	3.0	30	76	19	75	38	1	1	59	1.12
92326--92401	21	3.5	21	79	11	73	40	2	0	56	1.13
92337--92390	24	2.2	24	90	0	81	37	1	0	61	1.07
92704--92813	56	2.0	56	82	7	134	41	0	0	57	1.05
92743--92815	30	2.5	30	82	12	91	39	0	0	60	0.97
94438--94509	14	5.0	14	71	19	51	56	0	1	41	1.07
106982--107022	21	2.0	21	85	9	57	46	0	0	53	1.00
107149--107193	23	2.0	22	91	4	72	51	8	11	28	1.68
107598--107638	20	2.0	20	85	0	55	56	0	0	43	0.99
108366--108415	21	2.4	21	80	6	57	72	2	2	24	1.06
108911--108961	2	25.5	2	95	0	93	47	0	1	50	1.12
113958--114095	68	2.0	68	95	0	249	42	15	13	27	1.85
115019--115064	19	2.4	19	85	0	56	41	0	0	58	0.98
118905--118967	18	3.6	18	75	8	67	57	1	0	41	1.08
120363--120414	24	2.2	22	86	10	68	59	0	34	5	1.21
121440--122039	81	7.4	80	75	9	439	35	8	27	29	1.87
121423--122041	162	3.8	162	82	2	715	35	8	26	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123135--123976	61	13.7	61	81	3	785	33	16	22	28	1.95
123133--123923	247	3.2	245	82	4	864	33	16	22	27	1.95
123133--123969	308	2.7	304	80	5	851	33	16	22	28	1.95
124029--124395	123	3.0	123	86	5	519	33	18	23	24	1.97
124004--124395	61	6.3	61	83	6	457	34	17	23	24	1.96
124440--124522	32	2.7	32	81	5	100	33	10	28	26	1.90
125671--125717	15	3.2	15	82	14	62	2	8	8	80	0.97
130498--130648	79	1.9	78	86	5	214	40	15	19	25	1.90
130636--131093	76	6.1	74	78	10	402	37	12	21	28	1.90
130723--130858	69	2.0	69	86	2	193	41	12	18	27	1.87
130663--131085	145	2.9	144	80	11	466	38	12	20	28	1.89
130663--131094	151	2.9	151	81	8	487	37	12	21	28	1.90
132624--132679	21	2.7	21	100	0	112	28	14	17	39	1.89
132665--132718	20	2.6	21	85	2	74	31	16	9	42	1.80
134003--134076	13	5.5	13	75	19	55	43	0	0	56	0.99
134018--134092	27	2.8	28	80	9	77	45	0	0	54	0.99
133988--134073	27	3.3	23	70	27	57	39	0	0	60	0.97
135761--136170	80	5.2	80	74	6	314	33	8	27	29	1.87
136057--136290	120	2.0	120	83	1	299	29	10	30	30	1.90
137296--137336	18	2.2	19	86	4	57	56	2	4	36	1.34
138902--138956	20	2.7	21	83	11	69	36	16	10	36	1.84
139141--139212	36	2.0	36	94	0	126	34	6	1	56	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139362--139694	70	4.7	71	79	5	318	39	14	20	25	1.91
139336--139687	144	2.5	141	79	8	349	39	15	20	25	1.91
139421--139716	72	4.2	70	75	6	193	39	14	19	26	1.90
139594--139846	130	1.9	130	82	4	314	39	11	18	30	1.86
143731--143766	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
144217--144261	19	2.4	18	82	13	56	31	4	0	64	1.13
144610--144646	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
144787--144833	13	3.5	13	77	13	51	42	2	0	55	1.12
145174--145286	53	2.2	51	85	3	145	60	1	2	35	1.21
146518--146558	16	2.6	17	85	11	52	63	0	0	36	0.95
146549--146606	20	3.2	17	73	19	55	51	5	0	43	1.24
146975--147012	18	2.1	19	85	9	53	42	2	5	50	1.39
147214--147257	20	2.2	20	84	8	54	59	2	0	38	1.10
147289--147342	26	1.9	29	85	14	78	51	0	0	48	1.00
147467--147515	22	2.2	22	82	7	55	51	2	0	46	1.12
147459--147526	30	2.2	30	82	7	75	52	1	0	45	1.09
148670--148722	12	4.4	12	82	0	52	35	0	9	54	1.33
148672--148725	8	7.2	8	76	16	53	35	0	11	53	1.36
149320--149397	36	2.2	36	90	0	120	25	20	17	35	1.95
153975--154027	26	2.0	26	92	0	88	47	5	32	15	1.68
154296--154587	103	2.9	102	76	12	307	27	7	14	50	1.70
165546--165625	40	2.0	40	92	0	133	15	8	40	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170399--170508	53	2.1	53	93	3	186	29	12	17	40	1.86
171410--171447	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
185451--185517	29	2.3	29	84	2	91	46	10	17	25	1.80
189438--189471	17	1.9	18	88	5	52	61	11	0	26	1.30
196841--196865	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
204670--204706	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
205183--205217	9	3.9	9	88	0	52	54	0	2	42	1.15
205181--205219	12	3.2	12	85	0	51	56	0	2	41	1.13
205386--205427	20	2.1	20	90	0	66	47	0	0	52	1.00
205467--205547	9	8.7	9	77	20	78	54	1	0	44	1.08
205467--205547	5	16.2	5	77	20	73	54	1	0	44	1.08
205467--205558	30	3.1	32	75	22	101	52	2	0	45	1.13
205525--205584	26	2.3	26	88	5	86	43	6	0	50	1.28
206377--206418	17	2.6	16	82	10	50	30	0	9	59	1.29
206394--206442	16	3.1	16	77	11	55	32	4	10	53	1.54
206900--206943	15	3.0	14	83	6	52	36	2	11	50	1.51
207638--207671	11	3.2	11	95	4	61	38	0	17	44	1.49
208615--208862	76	3.2	76	77	10	222	33	20	13	32	1.92
209079--209200	57	2.1	58	83	1	147	50	11	9	28	1.68
209243--209307	29	2.2	29	97	0	121	41	13	15	29	1.86
210814--210866	20	2.6	20	84	3	61	41	13	15	30	1.85
212435--212699	141	1.9	141	84	3	363	36	21	14	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213247--213273	12	2.2	12	100	0	54	85	0	7	7	0.75
217095--217303	37	5.6	36	72	13	143	35	22	19	22	1.96
219754--219797	21	2.1	21	95	0	79	54	4	15	25	1.60
220013--220042	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
224042--224106	25	2.6	27	73	14	75	53	3	0	43	1.16
224019--224119	16	6.6	16	64	22	56	51	1	0	46	1.12
224181--224241	30	2.0	31	93	3	106	26	21	9	42	1.84
225646--225688	7	5.9	7	91	8	68	13	0	0	86	0.58
225708--225761	25	2.2	24	83	6	63	75	1	3	18	1.03
227482--227522	16	2.5	15	85	14	55	78	2	0	19	0.87
231952--232000	19	2.4	19	80	13	53	30	20	4	44	1.70
235919--235943	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
240187--240754	42	13.5	42	84	2	674	14	31	18	35	1.91
240187--242094	169	11.4	168	83	5	2030	13	30	18	37	1.90
240729--240790	25	2.4	26	76	7	65	11	32	14	41	1.81
240686--240821	68	2.0	68	86	2	193	11	30	18	40	1.85
240660--240863	110	1.9	109	85	3	284	11	31	19	37	1.87
240755--242094	42	31.8	42	86	2	1591	13	29	18	37	1.89
242177--242208	17	2.0	17	88	11	50	3	21	12	62	1.43
243280--243333	19	3.1	17	76	15	56	31	42	7	18	1.78
244146--244176	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
246639--246685	2	23.5	2	91	0	76	51	4	0	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246930--246956	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
248713--248746	3	11.3	3	93	0	59	29	2	0	67	1.05
252380--252419	21	1.9	21	85	10	55	62	0	0	37	0.95
256029--256055	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
258791--258841	19	2.9	18	80	8	52	56	5	0	37	1.23
259189--259224	18	2.0	18	100	0	72	44	16	16	22	1.86
267174--267211	16	2.5	16	87	8	53	52	13	10	23	1.71
277586--277629	23	2.0	22	86	13	63	45	0	2	52	1.13
281168--281203	2	18.0	2	88	0	54	47	2	0	50	1.15
282268--282312	23	2.0	23	100	0	90	31	13	22	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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