genome.fa.s446.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3567220

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1801555--1801778	31	7.3	31	87	6	296	25	28	16	30	1.96
1801760--1801839	37	2.2	37	88	4	117	16	32	10	41	1.81
1801830--1801900	36	2.0	36	88	2	108	18	25	9	46	1.79
1801969--1803217	49	26.8	48	81	8	1315	26	24	17	31	1.97
1802066--1803217	92	12.4	88	83	8	1184	25	24	17	31	1.97
1802179--1802246	21	3.2	21	62	25	52	26	27	17	27	1.98
1803888--1803952	19	3.8	19	69	26	72	32	10	18	38	1.85
1803994--1804018	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1804007--1804152	52	2.8	52	89	2	222	34	16	19	29	1.93
1808541--1808592	20	2.7	20	84	3	70	38	23	11	26	1.89
1811941--1812005	33	2.0	33	87	6	96	27	10	16	44	1.81
1812632--1812722	39	2.3	40	78	3	103	31	20	7	39	1.81
1820753--1820778	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1820733--1820797	33	2.0	33	87	6	96	27	15	15	41	1.87
1825056--1825113	16	3.4	16	78	17	55	82	10	3	3	0.90
1825056--1825113	17	3.4	17	82	15	66	82	10	3	3	0.90
1826097--1827080	63	15.5	62	74	11	660	27	22	16	34	1.95
1826059--1827080	128	8.0	128	76	8	885	26	22	16	34	1.95
1826556--1826658	53	1.9	54	90	2	163	26	28	18	27	1.98
1827558--1827598	20	2.1	19	95	4	73	41	9	17	31	1.82
1827647--1827759	52	2.2	52	83	1	138	30	17	12	38	1.87
1830156--1830303	52	2.8	51	85	6	199	29	19	7	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1830260--1830689	79	5.4	78	78	5	364	28	23	11	36	1.89
1830259--1830601	159	2.2	156	81	8	385	28	22	11	37	1.89
1832483--1832536	20	2.5	22	82	14	69	31	16	14	37	1.89
1832583--1832649	33	2.0	33	85	0	89	34	14	14	35	1.88
1834371--1834402	12	2.7	12	95	0	55	81	0	18	0	0.70
1835056--1835170	58	2.0	59	87	1	169	27	12	18	41	1.86
1835197--1835291	30	3.2	30	71	14	81	24	11	16	47	1.80
1835189--1835341	59	2.6	58	77	10	150	24	11	18	45	1.82
1837723--1837763	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
1838027--1838066	20	2.0	21	85	5	55	20	47	25	7	1.75
1839494--1839536	20	2.0	22	91	8	72	30	9	13	46	1.75
1839571--1839623	20	2.6	21	85	8	74	28	13	16	41	1.86
1839571--1839629	20	3.0	19	85	7	73	25	11	20	42	1.86
1842135--1842169	13	2.7	13	95	0	61	31	14	20	34	1.92
1848322--1848374	20	2.6	21	85	8	74	28	13	16	41	1.86
1848322--1848380	20	3.0	19	85	7	73	25	11	20	42	1.86
1849937--1849990	20	2.7	21	80	8	67	37	18	16	27	1.93
1850064--1850088	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1851244--1851301	27	2.1	27	81	9	64	53	6	3	36	1.45
1851098--1851556	152	3.0	150	81	6	514	51	8	7	31	1.61
1852348--1852405	16	3.6	16	77	13	57	41	24	15	18	1.89
1852635--1852664	15	2.0	15	93	0	51	46	10	6	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1853160--1853262	53	1.9	53	84	0	134	35	27	14	22	1.93
1853246--1853321	16	4.7	16	71	1	62	44	26	13	15	1.83
1853248--1853325	32	2.4	33	78	6	88	47	24	12	15	1.80
1853470--1853644	78	2.2	78	85	4	228	28	13	20	37	1.91
1861690--1861748	20	2.9	21	82	7	77	38	11	15	33	1.84
1862181--1862872	28	23.9	28	82	6	726	22	16	30	31	1.96
1862181--1862848	172	3.8	172	80	9	719	22	16	29	30	1.96
1869927--1870283	49	7.4	50	72	11	212	33	17	23	24	1.96
1870009--1870323	92	3.4	92	89	0	486	33	18	23	24	1.97
1869959--1870323	43	7.8	49	73	11	282	32	18	23	24	1.97
1870345--1870638	28	10.3	29	85	7	338	21	18	29	31	1.96
1870345--1870645	56	5.3	56	84	8	378	21	17	29	31	1.96
1870345--1870639	84	3.5	84	87	3	412	21	17	29	31	1.96
1871004--1871125	37	3.3	37	100	0	244	43	14	15	26	1.85
1880392--1880429	20	1.9	20	100	0	76	26	15	26	31	1.96
1885089--1885151	33	1.9	33	93	0	108	30	9	25	34	1.88
1893599--1893626	10	2.8	10	100	0	56	28	10	42	17	1.83
1897779--1897834	20	2.8	19	83	8	67	41	14	16	28	1.87
1897867--1897901	17	2.1	17	88	0	52	31	14	17	37	1.89
1897884--1897908	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1902428--1903043	314	2.0	314	99	0	1205	34	12	18	34	1.88
1904153--1904178	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1904380--1904418	13	3.0	13	88	0	60	33	20	12	33	1.91
1904547--1904589	22	2.1	21	87	12	63	37	20	0	41	1.53
1904850--1904891	20	2.0	21	86	4	59	21	47	26	4	1.70
1906895--1906970	20	3.8	20	77	10	66	38	15	17	28	1.90
1913425--1913810	166	2.4	162	80	6	412	37	13	23	25	1.92
1913616--1913861	102	2.4	103	82	3	298	35	14	24	25	1.94
1913450--1913868	52	7.9	51	71	9	266	37	13	23	24	1.92
1913930--1914360	31	13.7	31	77	5	271	20	19	31	28	1.97
1913956--1914027	32	2.2	32	85	0	90	20	19	33	26	1.97
1913930--1914370	63	7.0	62	76	12	314	20	19	32	28	1.97
1913929--1914370	126	3.5	125	76	8	386	20	19	32	28	1.97
1913930--1914366	94	4.6	95	77	8	344	20	19	32	28	1.97
1914087--1914364	125	2.2	125	78	7	285	19	20	32	27	1.96
1917119--1917586	238	2.0	238	99	0	918	29	14	19	36	1.91
1917667--1917821	20	7.7	20	68	16	86	34	18	17	30	1.94
1917812--1917852	20	2.0	20	86	9	57	26	14	19	39	1.90
1931599--1931695	20	4.8	20	94	0	158	42	10	15	31	1.81
1933478--1933590	20	5.5	20	72	12	95	30	13	15	40	1.85
1941189--1941233	15	3.0	15	76	0	54	42	42	0	15	1.47
1947193--1947290	9	10.0	9	71	18	63	79	14	3	3	0.97
1947195--1947289	8	11.9	8	75	6	70	80	13	3	3	0.97
1947194--1947291	10	9.8	10	68	17	53	80	13	3	3	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948497--1948829	28	11.7	28	79	6	285	30	28	16	24	1.96
1948796--1948857	32	2.0	32	84	6	83	30	32	16	20	1.95
1949699--1949736	20	1.9	20	94	0	67	34	18	7	39	1.80
1952865--1953013	57	2.6	56	86	3	217	24	16	28	30	1.96
1952865--1953007	28	5.0	28	85	5	198	24	16	27	30	1.97
1954201--1954263	1	63.0	1	74	0	54	0	1	11	87	0.62
1954201--1954263	14	4.3	14	84	11	74	0	1	11	87	0.62
1954203--1954265	12	5.1	12	83	12	65	0	1	12	85	0.66
1954201--1954263	20	3.2	20	78	13	78	0	1	11	87	0.62
1964675--1964728	20	2.7	20	91	5	83	38	12	11	37	1.79
1964757--1964830	19	3.7	19	85	8	78	37	17	14	29	1.90
1968870--1968904	18	1.9	18	88	11	54	0	20	0	80	0.72
1969775--1969815	21	1.9	22	85	5	57	63	9	0	26	1.25
1976875--1976927	20	2.7	20	93	0	88	33	20	11	33	1.88
1977007--1977031	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1976989--1977052	33	2.0	33	90	3	103	37	15	15	31	1.89
1979758--1979834	33	2.3	34	86	2	102	37	16	11	33	1.85
1980261--1980314	20	2.7	20	91	0	81	35	20	12	31	1.90
1980380--1980405	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1982136--1982198	26	2.4	26	94	0	117	36	14	14	34	1.86
1982276--1982423	47	3.1	47	81	3	163	37	14	12	35	1.85
1983926--1983987	20	3.0	20	80	2	70	37	12	14	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1984034--1984059	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1990196--1990233	13	2.9	13	92	0	58	31	15	15	36	1.90
1992780--1992805	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1995080--1995131	20	2.8	17	78	21	59	30	19	13	36	1.90
1995754--1995794	21	2.0	20	90	4	64	34	29	0	36	1.58
1997349--1997389	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1997429--1997499	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
1997545--1997595	21	2.4	22	93	6	95	27	23	11	37	1.90
1998791--1998821	10	3.1	10	95	0	53	58	3	19	19	1.53
2008614--2008655	20	2.1	20	95	0	75	54	14	11	19	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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