genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3526--3564	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
3655--3791	53	2.6	53	91	1	229	26	18	18	37	1.93
3779--3833	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
3872--3912	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
7030--7093	33	2.0	32	87	3	92	28	15	17	39	1.90
7158--7217	20	3.1	19	83	7	66	28	11	21	38	1.89
8976--9016	20	2.0	22	85	9	59	4	29	48	17	1.67
9461--9498	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
9701--9726	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
15665--15690	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
15645--15708	33	2.0	32	87	3	92	28	14	18	39	1.90
19876--19908	17	1.9	17	100	0	66	36	15	12	36	1.84
20333--20365	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
21176--21225	23	2.2	23	96	0	91	34	12	6	48	1.65
25366--25402	14	2.6	15	83	12	51	81	0	10	8	0.89
27000--27099	38	2.6	38	80	3	112	49	12	6	33	1.64
30724--30791	20	3.4	19	86	10	91	88	10	1	0	0.59
30723--30791	23	3.0	22	89	10	104	88	10	1	0	0.58
30724--30782	26	2.3	25	91	2	91	89	8	1	0	0.54
30723--30782	1	60.0	1	79	0	66	90	8	1	0	0.53
31810--31894	37	2.3	37	97	0	161	25	16	14	43	1.85
32260--32398	28	4.9	28	81	6	147	34	27	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32260--32399	56	2.4	58	86	3	203	34	27	16	22	1.95
32471--32524	27	2.0	28	88	3	83	25	33	12	27	1.93
32530--32777	61	4.0	60	76	10	246	18	32	12	36	1.89
32496--32816	127	2.5	126	78	7	353	18	31	13	37	1.89
32409--32777	94	3.9	93	78	8	331	19	31	12	35	1.90
32691--32750	27	2.2	27	93	0	102	18	36	13	31	1.89
32409--32816	33	12.8	33	75	13	307	19	31	12	36	1.89
32813--33346	52	11.0	48	76	11	364	26	25	15	32	1.96
32875--33041	91	1.9	87	85	5	226	28	25	17	28	1.98
33049--33186	43	3.1	43	74	11	141	24	26	18	31	1.97
33000--33186	92	2.0	92	90	2	295	26	25	17	31	1.97
33978--34003	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
34029--34096	20	3.8	20	72	25	78	35	16	11	36	1.85
34051--34075	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
34031--34096	33	2.0	33	96	0	123	33	16	12	37	1.86
36689--36713	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
43792--44202	203	2.0	204	95	0	734	45	15	9	29	1.76
45596--45892	92	3.2	88	80	5	315	28	27	14	29	1.95
46573--47444	84	10.4	84	77	7	645	17	19	13	48	1.81
46618--47435	41	19.6	41	69	11	238	17	19	14	48	1.81
47038--47425	125	3.1	125	76	7	328	17	19	14	49	1.80
46574--48378	41	42.6	43	67	12	229	18	19	13	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47329--47608	149	1.9	147	81	4	339	19	19	11	49	1.79
47476--48414	83	11.2	83	78	8	739	18	19	12	49	1.79
47476--48414	84	11.2	82	78	7	700	18	19	12	49	1.79
46730--48162	734	2.0	732	80	6	1648	18	19	13	49	1.80
46573--47442	251	3.5	249	76	7	320	17	19	14	48	1.81
49369--49906	164	3.3	161	82	6	557	31	10	9	48	1.70
51121--51160	17	2.5	17	88	8	57	77	0	2	20	0.88
51175--51437	145	1.8	141	84	4	357	33	9	10	46	1.71
55164--55220	19	2.9	19	84	5	69	35	19	15	29	1.93
56291--56355	32	2.0	32	84	3	85	40	16	18	24	1.91
58585--58646	33	1.9	33	83	9	83	38	3	16	41	1.64
58787--58814	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
60298--60722	212	2.0	212	99	0	841	26	22	10	40	1.85
65005--65060	19	2.8	20	83	8	69	37	17	14	30	1.90
65046--65072	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
65027--65091	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
70996--71021	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
70976--71039	33	2.0	32	90	3	101	28	12	20	39	1.89
71082--71136	20	2.7	21	81	18	71	36	16	12	34	1.87
73042--73091	20	2.3	22	80	13	59	8	28	46	18	1.77
75624--75664	15	2.6	16	84	3	57	17	17	17	48	1.81
78106--78136	9	3.4	9	95	0	53	25	35	0	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79744--79769	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
79724--79787	33	2.0	32	90	3	101	28	12	20	39	1.89
80630--80703	21	3.6	21	89	7	98	39	12	17	31	1.86
80739--80849	51	2.2	52	85	1	143	31	14	11	42	1.82
81752--81790	21	1.9	20	84	5	51	17	20	12	48	1.80
82744--82880	51	2.7	51	85	2	159	25	18	14	41	1.88
84917--85224	79	3.9	79	78	7	286	28	23	12	35	1.92
87218--87287	4	17.5	4	90	0	104	20	1	4	74	1.07
89567--89637	20	3.6	20	80	3	99	28	12	18	40	1.87
89587--89655	19	3.6	19	80	3	93	31	14	17	36	1.90
89565--89655	39	2.3	39	100	0	182	30	14	17	37	1.90
90283--90337	20	2.7	21	85	2	76	43	14	14	27	1.84
90388--90413	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
90370--90433	33	2.0	32	87	3	92	37	20	12	29	1.89
94503--94528	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
96906--96952	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
97073--97111	13	3.0	13	92	0	60	38	15	15	30	1.88
97097--97135	20	2.0	20	89	0	60	53	10	12	23	1.69
99190--99220	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
101024--101068	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
103287--103312	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
104383--104449	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104900--104940	20	2.1	20	86	4	57	31	9	19	39	1.84
110087--110138	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
111384--111438	20	2.7	21	85	2	76	41	14	16	27	1.87
111489--111515	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
111471--111534	33	2.0	32	87	3	92	37	18	14	29	1.90
114703--114741	21	1.9	21	89	5	62	43	12	20	23	1.86
119551--119689	51	2.7	52	83	3	174	43	14	15	27	1.85
120462--120574	52	2.2	52	80	6	122	37	15	20	27	1.92
120480--120595	52	2.2	52	89	6	173	36	13	22	27	1.92
120657--121033	28	13.1	28	71	8	211	26	15	28	28	1.96
120772--121033	58	4.5	58	77	8	246	24	16	30	29	1.96
121044--121154	30	3.7	30	84	6	136	20	15	35	28	1.93
121044--121177	28	4.6	30	81	6	132	20	14	33	31	1.92
121044--121177	58	2.3	58	84	2	162	20	14	33	31	1.92
124783--124834	23	2.3	23	96	0	95	30	15	7	46	1.74
130913--131027	50	2.3	51	87	1	169	33	8	28	29	1.87
130867--131105	129	1.9	128	82	2	300	33	9	27	30	1.88
131003--131371	79	4.7	79	79	6	309	36	13	22	28	1.91
131335--131424	28	3.2	28	96	0	162	36	20	21	22	1.95
131259--131596	135	2.5	135	85	4	459	38	17	19	24	1.93
141118--141232	51	2.3	51	84	6	144	32	11	26	29	1.91
141162--141545	78	4.9	77	77	8	305	35	12	24	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141067--141310	129	1.9	130	82	7	309	33	11	27	27	1.92
141166--141572	79	5.2	78	76	7	319	34	13	24	27	1.92
141183--141576	157	2.5	160	79	5	428	35	13	23	27	1.92
141516--141584	28	2.3	30	80	12	88	39	17	20	23	1.92
141532--141602	28	2.5	28	90	0	106	28	19	26	25	1.99
141453--141681	107	2.1	107	89	1	343	31	16	26	25	1.96
141557--141714	79	2.0	79	86	0	217	34	13	25	25	1.93
141363--141822	186	2.5	187	82	5	518	36	12	23	26	1.91
141618--141822	109	1.9	109	85	0	284	37	9	24	28	1.86
145662--146032	165	2.3	164	88	1	528	30	10	7	52	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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