genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

This is table  10  of  23  ( 2647 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1385943--1386640	62	11.4	62	80	6	683	31	18	25	25	1.98
1395091--1395174	1	84.0	1	80	0	78	88	7	4	0	0.64
1395091--1395174	28	2.9	29	82	12	109	88	7	4	0	0.64
1400626--1400816	79	2.4	79	81	6	183	34	10	23	31	1.89
1400753--1400903	51	3.0	51	82	0	176	34	9	22	33	1.86
1403148--1403282	51	2.7	49	85	4	182	39	12	18	29	1.88
1403873--1403911	21	1.9	20	94	5	69	35	20	12	30	1.90
1403872--1403922	21	2.5	20	78	9	57	33	21	17	27	1.96
1403976--1404045	32	2.2	32	92	0	113	35	12	18	32	1.89
1403948--1404032	19	4.7	19	69	19	65	36	10	17	35	1.85
1405008--1405053	21	2.2	20	82	14	58	28	17	15	39	1.90
1407496--1407530	18	1.9	18	88	0	52	45	0	5	48	1.26
1414649--1414697	21	2.3	21	79	6	55	30	8	22	38	1.83
1415620--1415744	20	5.8	20	73	17	106	30	15	12	42	1.83
1427305--1427386	13	6.2	13	72	12	69	35	7	18	39	1.78
1427389--1427998	28	21.0	28	81	6	533	31	30	16	22	1.95
1427675--1427746	37	1.9	37	85	0	99	30	30	16	22	1.96
1427415--1427973	149	3.8	146	81	7	604	31	30	15	22	1.95
1427389--1427973	177	3.4	175	79	7	584	31	30	15	22	1.95
1428097--1428216	49	2.6	47	81	7	145	25	25	19	30	1.98
1428993--1429070	20	3.9	20	73	6	68	34	10	11	43	1.75
1428952--1429118	91	1.8	90	87	1	244	32	13	8	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1429934--1429974	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
1435538--1435562	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1435631--1435698	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
1444342--1444366	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1445895--1446006	57	2.0	57	96	0	206	25	16	21	37	1.93
1446540--1446573	13	2.6	13	90	9	52	52	0	0	47	1.00
1447012--1447056	22	2.0	22	82	4	54	48	4	0	46	1.22
1447412--1447470	6	10.5	6	80	8	63	47	0	0	52	1.00
1447412--1447468	22	2.5	22	77	2	60	47	0	0	52	1.00
1448147--1448198	23	2.3	23	77	16	54	53	1	1	42	1.23
1448214--1448259	15	3.2	15	87	6	60	58	0	0	41	0.98
1448329--1448389	10	6.2	10	75	17	56	59	1	0	39	1.08
1449441--1449657	115	1.9	114	84	8	289	41	5	3	49	1.42
1450112--1450177	28	2.6	24	76	19	71	46	0	1	51	1.10
1450156--1450197	19	2.3	18	84	15	59	40	0	0	59	0.97
1450119--1450321	73	2.6	80	84	8	204	44	1	1	52	1.21
1450182--1450364	37	5.0	37	73	9	178	42	2	2	53	1.27
1450179--1450364	73	2.6	72	88	2	291	41	2	2	53	1.27
1450167--1450404	73	3.3	72	80	8	243	40	3	1	54	1.29
1450965--1451054	21	4.4	21	78	14	100	40	2	0	57	1.11
1450958--1451039	24	3.4	24	77	9	78	37	2	0	59	1.11
1455973--1456043	20	3.5	20	90	3	108	39	18	9	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1456072--1456144	20	3.7	19	83	7	76	38	16	15	30	1.89
1456072--1456125	19	2.8	20	85	2	74	37	16	14	31	1.89
1458653--1458689	13	2.8	13	95	0	65	37	10	18	32	1.86
1462400--1462424	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1462490--1462514	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1462523--1462643	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1469898--1469936	14	2.7	14	88	4	51	87	0	10	2	0.65
1469898--1469936	15	2.5	15	87	8	51	87	0	10	2	0.65
1469898--1469936	9	4.4	9	80	6	53	87	0	10	2	0.65
1470876--1470942	30	2.2	31	91	2	109	22	29	17	29	1.97
1470901--1471573	103	6.5	103	87	6	840	20	33	12	33	1.90
1470903--1471580	33	19.9	34	84	9	789	20	33	12	33	1.90
1471587--1471652	33	2.0	34	96	3	125	27	37	18	16	1.92
1471652--1472016	49	7.6	49	83	8	475	25	24	18	31	1.97
1471647--1472017	92	3.9	92	92	3	580	25	25	17	31	1.97
1471652--1471977	141	2.3	135	85	6	427	25	25	18	31	1.97
1471652--1472093	92	4.5	99	87	6	470	25	25	16	32	1.96
1471927--1472325	171	2.3	171	93	1	672	24	25	13	36	1.92
1472205--1472331	67	1.9	68	83	1	166	25	25	11	37	1.89
1473146--1473170	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1473236--1473260	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1473249--1473389	52	2.7	52	91	0	228	34	18	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1479202--1479255	20	2.7	20	82	5	65	37	14	12	35	1.85
1480019--1480044	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1482419--1482465	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
1482586--1482624	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1482610--1482688	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
1486538--1486582	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1488801--1488826	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1489983--1490071	39	2.3	39	90	3	135	17	30	13	38	1.89
1490036--1490685	61	10.6	61	86	3	807	24	26	19	29	1.98
1490681--1490862	45	4.1	45	75	11	144	19	25	10	43	1.84
1490654--1491006	84	4.2	86	76	7	309	21	25	13	39	1.90
1491646--1491696	20	2.5	20	83	0	57	33	15	7	43	1.76
1491681--1491710	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
1491699--1491770	29	2.5	29	97	0	135	25	18	18	38	1.92
1495050--1495198	52	2.9	52	87	4	219	32	16	18	32	1.93
1495273--1495297	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1495252--1495317	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
1497745--1498093	79	4.4	78	81	7	357	26	24	14	33	1.94
1503370--1503431	32	1.9	32	83	6	81	38	9	3	48	1.52
1505398--1505462	33	2.0	32	88	11	96	33	15	18	32	1.92
1505418--1505442	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1510833--1510857	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1510842--1510898	19	3.0	20	76	7	64	33	17	17	31	1.93
1510927--1510980	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
1512159--1512227	31	2.3	31	84	2	95	31	14	18	34	1.91
1514859--1514910	16	3.3	15	81	10	59	11	7	28	51	1.65
1516120--1516160	16	2.5	17	88	11	68	24	21	9	43	1.83
1520965--1521026	30	2.1	30	100	0	124	9	16	16	58	1.63
1520981--1521017	18	1.9	18	89	10	56	10	16	16	56	1.66
1520971--1521017	10	4.7	10	75	19	53	10	14	17	57	1.65
1521554--1521610	20	2.8	20	97	0	105	31	19	8	40	1.82
1527477--1527543	31	2.2	31	81	5	73	52	2	19	25	1.60
1527632--1527657	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1529900--1529940	21	2.0	21	85	9	57	53	7	7	31	1.56
1530417--1530466	6	8.3	6	93	6	84	30	0	2	68	1.01
1530417--1530472	18	3.2	17	92	5	85	28	0	3	67	1.07
1536287--1536316	14	2.1	14	93	0	51	33	0	0	66	0.92
1536222--1536578	165	2.2	164	82	8	406	31	8	7	51	1.62
1536321--1536629	165	1.9	164	85	6	437	30	9	10	50	1.67
1537083--1537130	19	2.7	17	81	12	69	83	0	14	2	0.74
1545674--1546003	145	2.3	140	81	7	355	34	10	10	44	1.72
1546257--1546686	155	2.8	154	76	7	438	26	17	16	38	1.92
1548076--1548124	24	2.0	24	100	0	98	26	40	8	24	1.83
1550424--1550468	22	2.1	22	83	4	56	75	8	13	2	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1552259--1552509	89	2.8	89	84	4	301	30	23	14	31	1.95
1552934--1553153	47	4.7	47	81	2	212	24	20	15	39	1.92
1552934--1553153	93	2.4	94	82	1	255	24	20	15	39	1.92
1553093--1553312	47	4.9	47	72	16	169	26	20	13	39	1.90
1553298--1553411	59	1.9	60	87	1	167	23	22	9	43	1.83
1553355--1553614	35	7.5	35	75	4	177	23	18	12	45	1.84
1553416--1553627	104	2.0	105	88	2	311	21	18	14	45	1.85
1553458--1553640	35	5.3	35	81	1	197	22	17	14	45	1.85
1553654--1553751	46	2.1	46	81	7	110	21	30	14	33	1.93
1554917--1555327	165	2.5	164	86	3	574	31	8	9	50	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23