genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057627--2057838	28	7.4	28	76	2	163	24	19	30	26	1.98
2057676--2057843	56	3.0	56	87	0	237	20	19	32	27	1.97
2059471--2059524	20	2.7	20	100	0	108	46	18	11	24	1.81
2059598--2059662	32	2.0	32	84	6	85	44	15	12	27	1.82
2059697--2059735	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
2061812--2061861	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2065770--2065807	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
2068364--2068389	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2068346--2068410	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
2074239--2074335	20	4.8	20	72	14	83	28	20	11	39	1.87
2074241--2074335	40	2.4	40	92	0	154	29	21	10	38	1.86
2080193--2080345	70	2.2	69	78	3	164	30	24	9	35	1.87
2088996--2089021	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
2091127--2091158	13	2.5	13	100	0	64	34	21	12	31	1.91
2092728--2092752	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
2094632--2094690	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2094970--2094995	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2094950--2095012	32	1.9	33	87	3	92	28	14	14	42	1.84
2096995--2097035	20	2.0	20	85	4	55	9	26	41	21	1.84
2097468--2097505	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2099578--2099608	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2102772--2102830	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103110--2103135	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2103090--2103153	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2105663--2106033	190	2.0	190	98	0	715	29	18	19	32	1.96
2108264--2108304	21	2.0	21	85	0	55	36	24	12	26	1.91
2114908--2114936	15	1.9	15	100	0	58	27	13	17	41	1.87
2120281--2120328	22	2.2	22	84	0	60	22	22	20	33	1.97
2120941--2120970	16	1.9	16	93	6	53	36	3	20	40	1.69
2121685--2121727	21	2.1	21	87	8	63	13	0	23	62	1.31
2122026--2122060	18	1.9	18	88	0	52	42	8	8	40	1.66
2124241--2124335	42	2.2	42	80	10	104	48	3	12	35	1.57
2127600--2127747	73	2.0	73	100	0	296	33	18	25	22	1.97
2128967--2129071	20	4.7	20	68	22	75	40	11	16	31	1.84
2130848--2130911	4	16.5	4	84	9	80	3	21	0	75	0.95
2135939--2136073	49	2.8	49	94	0	225	34	20	26	18	1.96
2136150--2137109	28	33.4	28	80	6	1037	25	17	28	28	1.97
2136124--2137109	58	17.1	58	84	5	1162	25	17	28	28	1.98
2136150--2137109	171	5.6	171	87	3	1162	25	17	28	28	1.97
2138314--2138431	10	11.9	10	80	11	77	3	1	10	84	0.80
2138314--2138430	19	5.9	18	79	18	110	3	1	9	85	0.78
2138338--2138430	1	93.0	1	76	0	87	3	1	7	88	0.67
2138316--2138431	25	4.9	22	80	17	110	3	1	9	85	0.79
2138339--2138431	9	10.0	9	80	15	100	3	1	8	87	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138340--2138429	17	5.4	17	79	16	100	3	1	7	87	0.69
2138316--2138430	50	2.3	49	82	12	137	3	1	8	86	0.76
2149279--2149314	18	2.0	18	100	0	72	27	11	38	22	1.88
2149497--2149564	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2149518--2149542	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2149499--2149561	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2149604--2149629	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2149584--2149650	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2151986--2152372	52	7.4	52	69	11	193	30	24	11	33	1.91
2152092--2152166	27	2.7	27	89	6	107	24	33	20	22	1.97
2152197--2152372	52	3.4	52	78	7	194	30	25	11	32	1.91
2152355--2152431	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
2151985--2152482	264	1.9	263	88	1	755	28	26	13	32	1.93
2152385--2152619	80	2.9	77	76	9	229	25	29	15	29	1.96
2164987--2165024	10	3.6	11	82	10	53	86	5	7	0	0.69
2165998--2166730	55	13.3	55	85	7	963	28	30	20	21	1.98
2167323--2167358	18	2.0	18	100	0	72	27	11	38	22	1.88
2167779--2167845	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2167799--2167823	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2167894--2167918	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2167927--2168047	52	2.3	52	95	0	215	34	18	18	28	1.94
2175298--2175331	1	34.0	1	87	0	50	94	0	5	0	0.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175287--2175331	10	4.5	10	88	8	65	88	0	8	2	0.58
2175287--2175331	19	2.4	19	88	0	63	88	0	8	2	0.58
2176514--2176606	27	3.2	27	79	16	105	17	35	15	32	1.91
2176540--2177124	69	8.6	69	85	8	697	18	35	12	33	1.89
2176269--2177124	35	25.1	33	81	12	837	19	34	12	33	1.89
2177121--2177218	32	3.1	31	91	5	160	27	37	18	16	1.92
2176750--2177217	68	6.9	65	81	11	237	21	35	14	28	1.93
2177126--2177218	33	2.9	32	93	6	161	29	36	19	15	1.92
2176341--2177169	136	6.1	135	81	13	725	20	35	12	31	1.90
2177248--2177864	49	12.8	49	85	4	844	24	26	17	31	1.97
2177248--2177930	98	7.0	98	93	3	1066	24	25	17	32	1.97
2177594--2177864	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
2178800--2178866	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2178820--2178844	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2178913--2178937	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2178946--2179066	52	2.3	52	95	0	215	34	18	18	28	1.94
2182210--2182277	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2182231--2182255	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2182212--2182274	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2182317--2182342	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2182297--2182363	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2184698--2184821	51	2.4	51	83	6	160	33	21	10	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2184805--2184879	27	2.7	28	89	2	107	24	34	20	21	1.96
2184863--2185027	52	3.2	52	84	5	167	28	24	12	33	1.92
2184910--2185085	52	3.4	52	81	7	194	30	25	11	32	1.91
2184698--2185195	264	1.9	263	88	1	755	28	26	13	32	1.93
2185098--2185332	80	2.9	77	76	9	229	25	29	15	29	1.96
2188194--2188263	21	3.4	19	77	15	59	44	0	2	52	1.15
2188194--2188247	5	9.0	6	77	18	51	48	0	0	51	1.00
2189672--2189798	16	8.1	16	79	4	107	57	5	1	35	1.31
2189672--2189762	32	2.8	32	86	0	128	57	7	1	34	1.35
2190500--2190617	26	4.4	27	70	21	81	52	0	1	44	1.16
2190515--2190616	22	4.3	22	70	17	71	51	0	1	45	1.19
2190820--2190857	16	2.3	17	86	4	51	0	7	7	84	0.79
2191762--2191814	24	2.2	25	82	3	63	50	0	1	47	1.12
2197048--2197191	73	2.0	73	91	0	234	44	10	10	34	1.73
2198387--2198421	3	11.7	3	93	0	61	28	0	2	68	1.04
2200411--2200462	26	2.0	26	96	0	95	36	15	25	23	1.93
2202914--2202943	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2204303--2204330	6	4.7	6	100	0	56	0	17	46	35	1.49
2209598--2209693	20	4.8	20	88	1	138	34	10	14	40	1.80
2209598--2209693	40	2.4	41	98	1	185	34	10	14	40	1.80
2209598--2209710	20	5.6	19	83	8	118	35	12	13	38	1.82
2210661--2210707	22	2.1	23	84	4	60	25	19	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223632--2223673	8	4.9	8	83	16	57	88	0	2	9	0.61
2223631--2223694	10	6.9	9	78	8	67	84	3	4	7	0.86
2223633--2223672	17	2.4	17	91	0	62	87	0	2	10	0.63
2223631--2223695	19	3.5	17	80	15	67	84	3	4	7	0.85
2224915--2225237	28	11.1	28	83	6	351	28	28	18	24	1.98
2224915--2225238	57	5.5	57	83	7	366	28	28	18	25	1.98
2228475--2228623	52	2.9	51	85	4	199	30	17	18	32	1.94
2228612--2228636	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2228698--2228722	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2230164--2230653	79	6.2	78	85	3	610	33	14	25	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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