genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2230144--2230653	236	2.2	236	90	2	810	34	14	24	26	1.94
2230586--2230768	51	3.6	49	76	8	188	34	12	24	28	1.92
2233549--2233623	20	3.8	20	87	0	105	32	13	13	41	1.83
2240030--2240206	93	1.9	93	87	2	257	23	23	27	25	2.00
2244140--2244986	49	17.8	49	78	9	763	31	17	25	25	1.97
2244532--2244609	39	2.0	39	87	0	111	24	23	24	28	2.00
2244385--2244742	186	1.9	186	90	0	563	31	18	25	24	1.98
2244336--2244986	235	2.8	235	91	2	991	30	18	25	25	1.98
2244770--2244844	39	1.9	39	91	0	123	25	22	22	29	1.99
2244729--2244981	87	2.9	87	89	2	346	30	18	24	27	1.98
2244992--2245098	30	3.6	29	79	14	112	18	18	28	34	1.95
2244992--2245098	28	3.6	29	78	14	112	18	18	28	34	1.95
2245071--2245220	34	4.5	33	77	7	133	36	16	32	15	1.89
2245113--2245220	32	3.3	32	80	3	117	37	16	30	14	1.89
2245212--2245379	28	6.0	28	85	4	230	19	17	29	33	1.95
2246804--2246933	11	11.5	11	77	14	104	0	2	15	81	0.84
2246806--2246934	26	4.8	25	76	13	116	0	2	15	81	0.84
2246806--2246936	10	13.5	10	74	18	100	0	2	16	80	0.85
2246813--2246933	38	3.1	38	77	13	127	0	2	14	81	0.84
2254752--2254828	20	3.8	20	83	6	93	42	12	15	28	1.84
2256041--2256593	28	19.2	29	80	8	562	23	17	28	29	1.97
2256600--2256673	13	5.6	14	71	12	66	37	17	12	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256600--2256673	26	2.8	26	75	13	80	37	17	12	32	1.87
2257857--2257906	9	5.6	9	78	7	57	4	0	14	82	0.82
2271904--2271976	20	3.7	20	83	7	94	39	13	15	31	1.86
2279899--2279931	11	3.0	11	90	0	57	36	6	18	39	1.75
2280183--2280227	20	2.1	22	88	8	67	35	8	6	48	1.61
2280754--2280797	21	2.1	21	86	0	61	25	15	18	40	1.90
2282288--2282325	13	2.9	13	92	0	67	36	13	15	34	1.87
2286790--2286838	3	16.3	3	95	0	89	30	32	0	36	1.58
2288453--2288507	19	2.8	20	75	5	67	36	16	14	32	1.89
2288493--2288517	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2288475--2288538	33	2.0	33	90	3	103	37	15	15	31	1.89
2288569--2288617	19	2.6	19	96	0	89	18	14	20	46	1.83
2289862--2289912	20	2.5	20	87	6	68	29	11	15	43	1.82
2292463--2292501	13	3.0	13	88	0	60	35	10	15	38	1.81
2300776--2300826	20	2.6	20	90	3	77	33	15	9	41	1.80
2311473--2312144	101	6.9	101	89	4	878	31	19	25	23	1.98
2311362--2311954	52	11.6	52	80	6	615	32	17	26	23	1.97
2311926--2312076	39	3.6	39	77	14	167	25	21	27	25	2.00
2311965--2312144	48	3.9	48	77	13	216	30	20	25	24	1.99
2311874--2312134	87	3.0	87	93	3	425	27	20	27	24	1.99
2312014--2312091	39	2.0	39	87	0	111	26	21	23	28	1.99
2312201--2312605	33	12.8	33	78	9	298	34	13	31	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312217--2312457	67	3.7	66	84	7	284	36	12	31	20	1.90
2312300--2312570	87	3.0	93	83	9	254	35	12	32	19	1.90
2312373--2312506	27	4.7	27	81	10	151	29	14	33	22	1.94
2312217--2312485	60	4.3	61	82	11	287	35	12	31	20	1.90
2312480--2312578	34	2.9	34	90	0	144	33	12	34	20	1.89
2312549--2312672	31	4.1	31	79	12	132	30	16	29	23	1.96
2313949--2313984	16	2.3	15	90	4	54	0	0	16	83	0.65
2320886--2320936	19	2.5	21	87	6	70	29	11	13	45	1.79
2327436--2327546	50	2.2	50	88	0	168	46	11	12	28	1.77
2330120--2330149	13	2.2	14	94	5	53	63	6	3	26	1.35
2331756--2331791	14	2.6	14	100	0	72	66	5	13	13	1.41
2332194--2332220	14	1.9	14	100	0	54	37	11	22	29	1.89
2332209--2332264	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
2332252--2332282	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
2332306--2332442	53	2.6	53	92	1	238	27	18	18	36	1.94
2332412--2332482	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
2332522--2332562	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2339524--2339564	21	2.0	21	95	0	73	31	21	17	29	1.96
2339644--2339692	20	2.4	21	80	10	57	28	16	16	38	1.90
2340167--2340334	65	2.6	65	83	3	198	15	22	29	33	1.94
2340290--2340346	28	2.0	28	86	0	78	12	21	28	38	1.89
2340395--2340535	59	2.4	61	82	7	164	23	22	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2340430--2340668	60	4.0	59	73	4	194	24	23	25	25	2.00
2340692--2340804	59	1.9	59	83	1	145	19	16	27	36	1.93
2340658--2340839	33	5.8	32	74	10	151	19	19	28	32	1.96
2340658--2340838	32	5.7	33	73	9	137	19	19	28	33	1.96
2340628--2340899	93	3.0	92	81	6	304	20	20	26	31	1.97
2340781--2340901	59	2.0	59	80	6	136	21	22	25	30	1.99
2341039--2341216	28	6.3	28	83	5	173	26	14	29	29	1.95
2341039--2341216	57	3.1	56	84	6	207	26	14	29	29	1.95
2341039--2341216	85	2.1	85	84	2	223	26	14	29	29	1.95
2341966--2342027	27	2.2	28	86	8	83	22	14	24	38	1.91
2342047--2342111	28	2.3	28	91	0	103	26	27	23	23	2.00
2342310--2342427	58	2.0	58	95	0	209	26	14	16	42	1.87
2346414--2346807	153	2.5	155	78	10	390	38	21	14	25	1.92
2346408--2346885	160	3.1	155	77	8	382	38	20	16	25	1.92
2350926--2351006	15	5.8	14	77	18	80	0	1	16	82	0.73
2350927--2351023	18	5.3	20	74	20	79	1	1	16	81	0.81
2350932--2351007	5	13.0	6	78	20	65	0	1	15	82	0.73
2350926--2351000	13	5.4	13	76	20	71	0	1	16	82	0.73
2364874--2365054	52	3.5	52	94	0	317	28	18	17	35	1.94
2365063--2365087	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2365149--2365173	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2365128--2365193	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369084--2369141	20	2.9	19	82	5	62	39	10	10	39	1.74
2370088--2370134	22	2.1	23	84	4	60	25	19	12	42	1.86
2383005--2383047	10	4.4	9	80	11	50	86	9	2	2	0.76
2383006--2383066	24	2.5	24	84	5	70	85	6	4	3	0.83
2383006--2383065	32	1.9	31	86	10	86	85	6	5	3	0.84
2384072--2384366	28	10.1	28	84	8	340	27	29	19	23	1.98
2384072--2384366	145	2.0	147	84	5	393	27	29	19	23	1.98
2384796--2384832	16	2.2	17	90	4	58	21	2	8	67	1.29
2385213--2385265	20	2.7	20	88	5	72	33	15	15	35	1.88
2389352--2389411	32	1.9	31	82	3	75	16	25	6	51	1.68
2391914--2392094	93	1.9	93	88	0	272	22	23	28	25	2.00
2395173--2395200	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2395155--2395220	33	2.0	33	85	5	89	40	12	15	31	1.83
2395252--2395314	19	3.6	19	72	24	75	36	19	11	33	1.87
2395246--2395316	32	2.2	32	97	0	133	36	18	9	35	1.84
2396076--2396922	49	17.8	49	76	9	696	31	17	25	25	1.97
2396421--2396679	88	2.8	91	84	5	299	31	18	24	24	1.98
2396321--2396678	186	1.9	186	85	0	491	31	18	24	24	1.98
2396272--2396922	235	2.8	235	89	3	921	31	17	25	25	1.97
2396703--2396780	39	2.0	39	89	0	120	23	17	25	33	1.96
2396656--2396912	87	2.9	87	85	2	336	29	17	25	28	1.97
2396927--2397034	30	3.6	30	80	9	123	16	19	30	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2397096--2397164	33	2.1	33	91	0	111	40	13	27	18	1.88
2397149--2397287	28	5.0	28	97	0	251	15	17	31	34	1.92
2398722--2398811	1	90.0	1	70	0	63	1	2	11	85	0.74
2398716--2398811	28	3.5	27	84	12	124	1	2	12	84	0.77
2398722--2398813	33	2.8	34	85	11	120	1	2	11	84	0.76
2406575--2406652	20	3.9	20	85	6	104	41	12	15	30	1.85
2407872--2408538	28	23.1	28	80	7	619	22	17	29	29	1.97
2407926--2408538	144	4.3	142	88	4	799	22	18	29	29	1.97
2408553--2408616	13	4.9	13	73	16	53	34	18	12	34	1.89
2409802--2409855	11	5.4	10	79	16	67	5	0	9	85	0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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