genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145636--146082	165	2.7	161	82	9	496	30	9	7	52	1.62
146382--146411	14	2.1	15	93	6	53	33	3	0	63	1.11
147056--147091	14	2.6	14	90	0	54	27	16	8	47	1.75
147217--147243	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
147229--147266	20	1.9	20	94	0	67	42	10	15	31	1.81
152527--152556	15	2.0	15	93	0	51	36	10	0	53	1.35
155659--155689	15	2.1	15	93	0	53	29	25	0	45	1.54
158334--158374	22	1.9	22	85	5	57	41	7	9	41	1.66
158505--158561	19	2.9	19	78	2	60	35	14	14	36	1.86
158667--158720	20	2.8	20	82	2	65	31	12	16	38	1.87
158749--158802	20	2.7	20	80	5	65	29	14	20	35	1.93
164061--164087	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
166647--166714	33	2.1	33	86	5	93	30	13	16	39	1.86
167469--167501	11	3.0	11	95	0	57	30	9	15	45	1.77
168565--168952	153	2.5	152	80	6	383	24	17	19	39	1.92
169377--169427	26	2.0	26	88	0	75	49	7	0	43	1.32
176709--176762	21	2.6	21	96	0	99	25	18	0	55	1.43
179115--179239	23	5.3	23	70	19	80	33	10	11	44	1.74
179128--179169	20	2.1	20	90	0	66	40	9	7	42	1.65
179905--179951	23	2.0	23	84	8	60	31	6	19	42	1.76
183111--183161	13	3.8	13	75	10	57	49	13	5	31	1.66
186710--186742	16	2.0	17	94	5	59	84	3	12	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187834--187873	18	2.2	18	90	0	62	30	5	17	47	1.69
192943--193092	32	4.7	31	79	8	167	19	17	32	30	1.95
192913--193450	28	18.0	32	75	12	279	23	16	29	30	1.96
193069--193524	28	15.8	28	75	9	337	24	16	29	29	1.97
193073--193524	56	7.8	56	75	9	385	25	16	28	29	1.97
193483--193574	27	3.4	26	83	4	103	35	13	27	23	1.92
194585--194614	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
194912--194993	24	3.5	24	75	11	80	7	9	10	71	1.30
195459--195521	31	2.0	31	90	0	99	57	6	17	19	1.61
203016--203266	48	5.2	48	77	5	186	21	20	16	41	1.90
203016--203267	96	2.6	96	80	6	244	21	20	16	41	1.90
203275--203441	87	1.9	87	84	8	223	25	25	11	37	1.89
203366--203648	44	6.5	45	70	14	189	22	25	13	38	1.90
203415--203522	43	2.5	43	79	7	128	20	29	15	34	1.94
203331--203612	131	2.1	132	84	6	367	22	27	13	36	1.91
203413--203787	175	2.1	173	79	6	391	22	25	14	37	1.92
203462--203787	88	3.7	87	85	2	395	22	24	14	38	1.92
203402--203787	44	8.8	44	70	10	209	22	24	14	38	1.92
203893--204478	42	13.8	43	77	6	457	20	27	15	37	1.92
208035--208401	153	2.4	153	86	1	524	24	20	19	35	1.96
208039--208551	151	3.4	150	80	5	530	24	18	20	36	1.94
217047--217170	52	2.4	51	91	4	196	29	17	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217047--217190	52	2.8	52	85	5	159	31	17	18	33	1.94
217179--217203	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
217244--217310	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
217266--217290	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
217877--217902	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
217855--217923	33	2.1	33	89	5	104	33	13	17	36	1.88
218004--218028	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
218626--218656	16	1.9	16	93	0	53	41	16	6	35	1.74
218653--218743	38	2.4	37	89	3	137	26	24	3	46	1.68
220046--220090	20	2.1	22	88	8	67	4	28	48	17	1.66
220529--220564	13	2.8	13	91	0	54	30	13	22	33	1.93
220764--220802	8	4.8	8	96	3	69	61	25	0	12	1.31
226119--226144	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
226097--226165	33	2.1	33	89	5	104	33	13	17	36	1.88
226206--226258	20	2.6	20	76	8	54	30	13	15	41	1.85
226997--227621	316	2.0	310	81	7	730	38	12	13	34	1.84
227625--227680	19	2.9	19	83	2	67	35	16	12	35	1.86
227598--227660	32	1.9	33	87	3	92	31	14	11	42	1.80
227712--227763	20	2.6	20	90	6	79	32	11	19	36	1.87
228313--228339	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
228294--228358	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
228323--228379	19	2.9	19	86	5	78	33	15	15	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228410--228461	19	2.7	19	88	8	70	36	11	17	34	1.86
227306--228646	698	1.9	700	88	2	2052	38	16	14	30	1.89
236911--236945	17	2.1	17	89	5	54	34	0	34	31	1.58
237481--237507	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
237462--237526	32	2.0	33	87	3	96	26	15	16	41	1.88
237491--237548	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
240346--240388	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
240346--240388	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
242624--242683	26	2.3	26	94	0	102	30	11	28	30	1.92
247167--247209	22	1.9	22	85	4	59	41	4	32	20	1.73
247807--247833	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
247817--247873	19	2.9	19	84	2	69	33	14	15	36	1.88
247919--247971	13	4.5	13	73	26	64	32	13	16	37	1.88
247902--247971	33	2.1	34	89	7	108	30	12	18	38	1.88
248722--248777	19	2.9	19	89	2	85	32	19	14	33	1.92
248822--248848	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
251411--251436	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
253897--253950	19	2.8	19	82	2	63	38	16	5	38	1.72
253980--254032	20	2.7	20	88	5	72	35	13	18	32	1.90
255240--255293	20	2.7	20	91	2	90	31	18	9	40	1.82
255345--255526	87	2.1	86	91	7	305	32	18	15	33	1.92
258074--258138	32	2.0	32	96	0	121	40	15	13	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262105--262155	21	2.4	21	77	6	59	23	9	5	60	1.50
262962--263022	31	2.0	30	87	3	86	78	0	16	4	0.91
262962--263022	11	5.5	11	75	11	54	78	0	16	4	0.91
263538--264236	358	2.0	356	95	0	1254	37	12	14	35	1.85
265145--265198	20	2.7	20	86	13	76	33	11	18	37	1.86
273196--273279	42	2.0	42	95	0	150	52	3	15	28	1.59
273880--273904	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
273889--273945	20	3.0	20	84	5	82	35	14	17	33	1.90
273996--274034	13	2.9	14	80	7	53	35	12	15	35	1.86
275258--275323	33	2.1	32	83	8	82	42	7	0	50	1.31
277287--277317	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
278450--278494	23	1.9	24	90	4	74	24	28	8	37	1.86
281299--281366	33	2.1	34	91	5	113	35	11	2	50	1.54
287341--287853	277	1.9	278	88	5	781	39	7	3	49	1.48
287849--287894	17	2.6	18	79	6	58	67	2	4	26	1.21
288505--288832	74	4.6	73	80	7	318	32	2	12	52	1.54
288505--288832	147	2.3	140	80	9	369	32	2	12	52	1.54
288969--289014	22	2.1	22	95	0	83	39	4	2	54	1.32
291013--291038	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
290993--291056	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
291108--291160	20	2.7	20	100	0	106	33	20	15	30	1.93
291700--291780	39	2.0	40	83	6	103	33	17	6	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294122--294295	84	2.1	83	81	8	201	24	18	3	53	1.60
296442--296514	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
296442--296536	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
296575--296600	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
300661--300699	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
302715--302792	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
302779--302817	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
304608--304671	31	2.1	31	100	0	128	29	3	25	42	1.70
305291--305363	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
305291--305385	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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