genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806685--2806711	14	1.9	14	100	0	54	37	18	7	37	1.79
2808150--2808475	28	11.6	28	81	2	339	27	16	26	28	1.97
2809750--2809798	11	4.5	11	79	7	55	4	0	16	79	0.88
2815795--2815832	20	1.9	20	100	0	76	31	18	10	39	1.85
2817350--2817412	32	1.9	33	87	9	94	30	15	12	41	1.85
2821020--2821120	12	8.4	12	76	10	100	85	10	2	0	0.76
2821020--2821118	30	3.2	30	85	2	135	84	11	3	1	0.77
2821020--2821098	1	79.0	1	78	0	68	87	8	2	1	0.69
2822361--2823201	28	28.7	29	77	11	698	29	29	17	23	1.97
2822367--2823221	89	9.7	85	78	10	701	29	29	17	23	1.97
2823294--2823456	48	3.5	47	87	4	204	19	25	19	34	1.96
2824081--2824158	20	3.9	20	81	0	102	32	14	12	41	1.83
2837538--2837615	8	9.8	8	77	10	79	83	14	1	1	0.78
2837538--2837615	32	2.4	32	89	4	113	83	14	1	1	0.78
2837536--2837614	23	3.4	23	78	14	83	83	13	1	1	0.77
2838867--2839648	30	26.4	29	77	11	687	30	30	17	22	1.97
2838895--2839648	89	8.5	85	81	10	700	30	30	17	22	1.96
2838895--2839615	178	4.1	176	86	6	869	30	30	17	22	1.96
2839779--2839903	48	2.6	48	85	0	169	19	25	20	35	1.95
2840593--2840742	20	7.8	20	71	18	122	30	16	13	40	1.87
2840585--2840723	73	1.9	73	96	0	260	29	17	13	39	1.88
2848805--2848941	31	4.5	31	69	18	99	42	13	16	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2848834--2849001	20	7.8	20	74	18	135	40	13	16	29	1.86
2848786--2848961	51	3.7	50	75	17	185	40	13	16	30	1.86
2848786--2849014	91	2.5	92	91	3	365	40	13	16	30	1.86
2853153--2853352	77	2.6	77	83	2	222	29	16	30	24	1.96
2853231--2853433	105	1.9	108	81	7	245	30	15	27	26	1.96
2853308--2853379	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
2855860--2855885	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2855839--2855905	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2855925--2855992	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2855947--2855971	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2855928--2855990	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2861962--2862158	48	4.1	48	82	3	202	34	13	16	36	1.87
2865149--2865188	21	1.9	21	85	10	55	17	10	12	60	1.59
2866518--2866591	28	2.6	28	84	0	94	17	17	32	32	1.94
2866708--2866771	28	2.3	28	81	5	67	23	18	28	29	1.98
2866853--2867007	84	1.8	84	80	2	186	22	16	27	34	1.95
2866941--2867041	28	3.6	28	77	5	98	23	14	28	32	1.95
2871552--2871609	29	2.0	29	83	6	73	31	3	8	56	1.46
2871601--2871641	20	2.0	20	90	9	64	51	4	0	43	1.23
2871664--2871708	18	2.4	19	85	7	56	35	2	2	60	1.22
2872221--2872270	4	12.5	4	76	16	50	46	4	2	48	1.32
2874869--2874899	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2874847--2874915	33	2.1	33	89	5	104	39	18	11	30	1.87
2874901--2875001	43	2.3	43	100	0	202	31	18	21	27	1.97
2875988--2876107	59	2.0	59	98	0	231	24	20	27	28	1.99
2879065--2879193	52	2.5	52	96	0	240	28	17	19	34	1.94
2879065--2879213	52	2.9	51	90	4	228	30	16	19	33	1.94
2879202--2879226	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2881171--2881196	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2887370--2887423	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
2887452--2887500	19	2.8	18	87	9	66	40	14	14	30	1.85
2893109--2893171	14	4.6	14	75	23	53	63	1	3	31	1.19
2893441--2894031	167	3.5	164	80	10	583	50	8	11	29	1.67
2895244--2895474	42	5.4	42	70	8	135	38	17	26	17	1.92
2895241--2895474	85	2.7	85	77	3	211	38	17	26	17	1.92
2895453--2895757	85	3.6	84	79	4	292	41	16	24	17	1.89
2895423--2895740	127	2.5	127	80	3	318	39	18	24	17	1.92
2895281--2895740	42	10.8	42	74	6	309	39	18	25	17	1.92
2895837--2896348	44	11.6	44	72	7	308	40	15	23	20	1.91
2895883--2896169	132	2.2	133	90	0	450	41	15	22	20	1.90
2896022--2896343	177	1.8	176	87	0	482	40	15	23	19	1.90
2895843--2896348	221	2.3	219	82	5	558	40	15	23	20	1.90
2896022--2896370	88	4.0	88	83	3	423	40	14	24	19	1.90
2896379--2896655	48	5.8	48	77	4	245	43	18	19	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2897723--2897777	23	2.5	23	81	18	64	47	12	16	23	1.81
2898790--2898837	19	2.6	19	80	3	53	6	12	6	75	1.19
2898823--2898875	26	2.0	26	85	0	70	13	9	1	75	1.12
2900650--2900690	20	2.0	21	90	9	66	46	7	7	39	1.60
2900766--2900829	33	2.0	33	87	3	94	32	14	14	39	1.85
2900889--2900942	20	2.8	20	91	2	83	35	9	18	37	1.83
2901382--2901453	36	2.0	36	89	2	110	33	12	30	23	1.92
2901382--2901479	36	3.0	31	81	14	92	32	14	25	27	1.94
2906171--2906210	22	1.9	21	90	10	64	50	7	5	37	1.53
2906310--2906373	33	2.0	33	93	3	112	32	15	12	39	1.85
2906441--2906487	20	2.3	20	92	0	76	38	12	17	31	1.87
2906927--2907057	36	3.8	36	87	6	182	33	12	25	28	1.92
2911367--2911404	15	2.7	15	84	8	53	73	0	2	23	0.95
2911706--2912254	159	3.4	166	80	9	596	51	7	12	28	1.66
2916547--2916695	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
2916770--2916794	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2917737--2918171	95	4.5	94	82	10	429	32	16	24	26	1.96
2917747--2918171	147	2.9	143	88	4	602	32	16	24	26	1.96
2917689--2918171	49	9.8	49	83	8	504	32	16	24	26	1.96
2918171--2918240	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
2918245--2918717	34	14.8	32	76	17	407	31	12	34	21	1.91
2918225--2918717	61	7.6	68	84	10	377	31	12	34	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2918347--2918746	61	6.5	61	89	5	506	30	13	33	22	1.92
2920189--2920279	1	91.0	1	77	0	92	0	0	10	89	0.50
2920189--2920281	19	5.1	19	83	15	115	0	0	11	88	0.52
2920189--2920279	14	6.4	14	82	11	105	0	0	10	89	0.50
3024092--3024118	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
3024828--3024877	19	2.5	20	83	3	66	32	10	16	42	1.81
3024910--3024936	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
3033599--3033658	19	3.2	19	81	6	68	33	13	15	38	1.86
3036060--3036109	17	2.9	17	77	11	57	42	2	8	48	1.44
3042914--3043035	51	2.4	52	84	4	176	29	29	11	29	1.92
3042988--3043190	79	2.6	78	78	7	228	28	26	13	31	1.94
3043127--3043347	51	4.3	51	82	3	266	27	27	12	32	1.93
3043303--3043507	79	2.6	79	80	2	223	27	25	12	34	1.92
3044496--3044535	19	2.1	19	86	9	55	42	0	7	50	1.30
3048181--3048213	17	1.9	17	93	0	57	42	12	9	36	1.74
3052328--3052386	25	2.4	25	91	0	91	45	8	10	35	1.68
3058545--3058596	17	2.9	18	80	5	61	44	7	3	44	1.51
3058545--3058583	19	2.1	19	85	4	53	46	7	2	43	1.46
3061997--3062043	2	23.5	2	91	0	58	40	0	8	51	1.33
3062001--3062043	18	2.4	18	92	0	68	39	0	9	51	1.34
3061997--3062043	20	2.3	20	88	0	76	40	0	8	51	1.33
3062248--3062351	50	2.1	50	90	0	163	45	3	5	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3063038--3063080	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
3064225--3064264	15	2.6	16	84	4	55	50	0	0	50	1.00
3064707--3064740	15	2.3	15	89	0	50	47	8	0	44	1.34
3066368--3066404	16	2.4	16	90	4	58	64	0	13	21	1.27
3066763--3066791	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
3067230--3067306	36	2.1	38	83	11	97	53	0	1	45	1.08
3068987--3069029	3	14.3	3	95	0	77	37	0	0	62	0.95
3070040--3070088	18	2.7	17	78	12	53	42	0	4	53	1.20
3077887--3077917	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
3080609--3080641	16	2.0	17	88	5	50	27	15	15	42	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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