genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2409800--2409855	29	1.9	29	92	7	96	7	0	8	83	0.80
2409800--2409853	19	2.9	18	82	17	67	7	0	9	83	0.82
2416825--2416892	33	2.1	32	91	2	109	32	11	17	38	1.86
2416926--2416977	20	2.6	20	87	0	68	32	15	9	42	1.79
2417545--2417588	22	2.0	23	86	13	65	36	27	0	36	1.57
2418996--2419046	20	2.4	21	80	12	59	7	21	49	21	1.75
2419481--2419518	13	2.9	13	92	0	58	34	13	15	36	1.87
2425664--2425715	20	2.7	20	87	3	79	30	9	19	40	1.83
2425749--2425801	20	2.7	20	90	0	79	30	15	13	41	1.85
2433902--2433958	20	2.8	20	97	0	105	42	10	17	29	1.83
2433922--2434018	50	1.9	50	93	0	167	42	10	19	27	1.84
2438784--2438838	21	2.5	22	94	5	94	29	25	9	36	1.87
2438915--2438940	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2441374--2441398	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2441387--2441442	20	2.8	20	86	2	69	32	10	12	44	1.77
2441481--2441508	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2441514--2441630	52	2.2	52	95	0	207	35	17	16	29	1.92
2446820--2446857	16	2.4	16	86	8	51	86	5	7	0	0.69
2447789--2448139	30	11.3	30	75	12	275	24	29	16	29	1.97
2447788--2448089	63	4.9	63	85	5	357	23	29	17	29	1.97
2447788--2448139	31	11.3	30	75	8	269	24	29	16	29	1.97
2448132--2448265	33	4.2	33	74	18	140	24	31	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2448161--2448218	27	2.1	27	87	0	80	25	27	13	32	1.94
2448188--2448278	33	2.7	34	83	3	114	24	31	13	30	1.93
2448273--2448390	33	3.7	32	90	6	170	27	34	17	19	1.95
2448383--2448988	49	12.7	49	82	6	712	26	25	17	30	1.97
2448431--2448988	92	5.9	92	86	6	742	26	25	17	30	1.97
2448808--2448945	43	3.1	43	88	5	186	26	25	18	29	1.98
2449690--2449815	52	2.4	52	91	0	207	38	17	16	27	1.91
2455073--2455110	19	2.0	20	89	5	60	31	7	7	52	1.59
2455433--2455464	10	3.1	11	82	17	50	56	9	9	25	1.61
2457249--2457286	13	2.9	13	92	0	67	36	13	15	34	1.87
2461733--2461757	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
2463393--2463454	32	1.9	33	90	3	99	37	12	16	33	1.87
2464762--2464814	20	2.7	19	85	5	61	30	16	13	39	1.87
2464866--2464936	20	3.6	19	80	12	81	38	15	18	28	1.91
2467350--2467388	13	3.0	13	88	0	60	35	10	15	38	1.81
2473528--2473552	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
2473638--2473664	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2474756--2474792	18	2.0	19	89	5	58	29	5	18	45	1.72
2475821--2475864	19	2.2	20	88	4	63	31	18	11	38	1.86
2475923--2475977	20	2.8	20	88	0	74	34	10	21	32	1.89
2483685--2483739	20	2.8	20	88	5	76	38	12	16	32	1.86
2489401--2489441	21	2.0	21	90	9	66	39	17	21	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490318--2490428	50	2.2	50	90	0	177	43	12	16	27	1.84
2492596--2492640	19	2.4	19	80	0	54	77	2	2	17	0.97
2495187--2495223	18	2.1	18	100	0	74	43	29	10	16	1.82
2496546--2496599	21	2.6	21	84	0	72	27	12	14	44	1.82
2497297--2497341	20	2.2	20	84	4	54	26	28	2	42	1.67
2499139--2499176	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2501250--2501280	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2505005--2505063	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2505344--2505369	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2505323--2505387	32	2.0	33	90	6	105	27	13	15	43	1.85
2511116--2511164	20	2.4	21	80	10	57	28	16	16	38	1.90
2511639--2511806	65	2.6	64	78	3	169	15	22	27	34	1.94
2511865--2512065	59	3.4	59	83	2	233	21	22	27	27	1.99
2511865--2512186	60	5.4	59	76	4	249	21	22	27	28	1.99
2511895--2512127	119	2.0	119	83	1	297	24	23	26	26	2.00
2512135--2512294	32	5.1	33	71	12	104	21	18	26	32	1.97
2512224--2512310	34	2.6	34	85	3	106	21	21	26	29	1.99
2512100--2512342	93	2.6	91	79	6	283	21	19	27	32	1.97
2512511--2512688	28	6.3	29	82	2	193	26	14	29	29	1.95
2512511--2512684	57	3.1	56	84	5	206	27	14	28	29	1.95
2513071--2513140	25	2.8	25	77	14	72	35	18	10	35	1.84
2513438--2513491	28	2.0	27	85	10	74	22	16	22	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2513441--2513499	27	2.1	28	81	9	68	23	15	22	38	1.92
2513524--2513583	28	2.1	28	96	0	111	23	26	25	25	2.00
2514114--2514185	33	2.2	33	82	5	83	40	11	16	31	1.84
2519085--2519617	155	3.4	152	77	8	418	39	20	15	24	1.91
2527537--2527650	36	3.2	36	87	1	158	27	7	35	30	1.83
2527943--2528017	20	3.7	20	82	10	89	33	17	16	33	1.92
2528074--2528129	20	2.8	20	89	5	78	30	16	16	37	1.90
2529613--2529700	36	2.7	31	75	16	88	34	25	12	28	1.92
2537115--2537165	20	2.5	20	81	6	59	41	11	15	31	1.83
2539663--2540255	79	7.6	78	76	7	447	30	22	10	36	1.87
2539678--2540137	157	3.0	154	76	8	387	30	22	10	36	1.88
2539767--2540261	78	6.4	75	76	9	250	30	22	9	37	1.87
2539738--2540275	232	2.3	233	80	8	619	30	21	10	37	1.88
2542089--2542753	73	9.1	71	74	11	398	39	13	21	25	1.90
2542089--2542635	142	3.8	140	77	11	425	38	13	22	26	1.90
2542092--2542488	141	2.7	141	81	7	381	38	14	21	25	1.91
2542295--2542528	69	3.3	69	75	8	206	37	13	21	27	1.91
2543965--2543998	9	3.7	9	88	4	50	0	2	11	85	0.71
2546228--2546257	3	10.3	3	92	7	53	36	0	30	33	1.58
2548731--2548755	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2548764--2548892	52	2.5	52	93	0	213	34	15	17	31	1.92
2556808--2556861	20	2.7	20	97	0	99	24	14	16	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2556822--2556892	33	2.2	32	87	7	99	23	15	18	42	1.88
2556858--2556913	19	2.9	19	81	2	67	28	19	16	35	1.93
2556958--2556988	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
2571786--2572372	157	3.8	153	82	6	610	37	21	18	22	1.94
2572240--2572506	133	2.0	134	83	2	340	39	21	14	23	1.91
2572380--2572828	158	2.9	156	80	8	446	38	21	16	23	1.93
2572460--2572861	158	2.6	158	82	4	449	38	21	17	23	1.93
2572787--2572940	76	2.0	76	98	0	299	36	18	15	29	1.92
2573094--2573486	196	2.0	199	81	7	469	38	14	13	33	1.86
2574436--2574487	25	2.1	25	88	0	77	15	32	7	44	1.75
2574467--2574582	36	3.4	34	72	9	85	15	28	12	43	1.82
2575016--2575088	25	2.9	25	73	4	76	13	26	16	43	1.85
2579460--2579504	23	2.0	24	82	8	58	40	22	6	31	1.80
2580014--2580038	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2580661--2580750	19	4.6	19	74	10	83	38	24	1	35	1.63
2580661--2580763	40	2.6	39	92	3	170	34	28	0	35	1.64
2586406--2586827	165	2.5	165	84	2	533	30	11	7	50	1.66
2587571--2587597	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2588302--2588340	12	3.2	13	82	10	55	79	0	0	20	0.73
2588303--2588340	16	2.4	16	91	8	60	78	0	0	21	0.74
2600524--2600571	25	1.9	25	91	0	78	37	0	0	62	0.95
2600525--2600595	14	5.1	14	79	20	69	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2600813--2600837	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2601962--2602007	24	1.9	24	86	0	65	10	10	10	67	1.43
2602503--2602551	17	2.9	16	77	17	55	36	0	0	63	0.95
2603014--2603059	13	3.3	15	82	11	53	34	2	6	56	1.37
2603167--2603215	18	2.6	19	78	15	57	57	0	0	42	0.99
2603180--2603274	25	3.7	25	76	17	81	55	1	0	43	1.06
2603225--2603504	113	2.4	112	83	8	334	53	1	2	41	1.26
2603365--2603403	21	1.9	21	89	5	62	53	2	0	43	1.14
2603743--2603772	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
2603700--2604086	127	3.1	125	82	9	357	43	2	1	52	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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