genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1689550--1689794	126	1.9	127	90	2	395	24	27	20	26	1.99
1689722--1690142	101	4.2	98	81	5	319	25	25	18	30	1.98
1689714--1690146	150	2.9	149	88	2	622	24	25	18	31	1.98
1689707--1690194	150	3.3	147	83	5	588	25	26	18	30	1.98
1691124--1691188	32	2.0	32	85	5	87	33	12	13	40	1.82
1691143--1691167	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1691232--1691256	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1691265--1691385	51	2.3	53	94	2	210	33	19	18	28	1.95
1698653--1698677	13	1.9	13	100	0	50	92	8	0	0	0.40
1699621--1699705	30	2.8	31	83	3	109	25	25	16	31	1.96
1699659--1700205	34	16.6	33	78	14	440	20	32	12	34	1.90
1699752--1699803	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
1699654--1700166	61	7.9	63	74	17	271	21	32	12	33	1.91
1699654--1700225	165	3.5	161	83	9	628	21	32	12	33	1.90
1699916--1700006	27	3.1	27	78	19	110	23	34	13	29	1.92
1700042--1700095	27	2.0	27	92	0	90	22	37	14	25	1.93
1700071--1700205	35	3.9	34	83	9	155	19	30	11	38	1.87
1700070--1700225	36	4.4	34	81	8	161	19	32	10	36	1.87
1700070--1700225	71	2.2	70	84	6	201	19	32	10	36	1.87
1700216--1700279	33	1.9	34	96	3	121	28	35	18	17	1.93
1700212--1700286	33	2.4	31	84	10	107	28	36	17	18	1.94
1700325--1700594	43	6.0	43	82	10	333	25	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1700274--1700637	92	3.9	92	95	1	629	25	25	18	30	1.98
1701518--1701584	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1701538--1701562	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1701627--1701651	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1701660--1701780	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1705140--1705167	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1705120--1705185	33	2.0	33	85	5	89	30	15	15	39	1.88
1706094--1706143	20	2.5	20	96	0	91	18	20	10	52	1.73
1710249--1710313	19	3.8	18	75	24	77	33	12	16	36	1.87
1710252--1710321	32	2.2	32	94	0	122	34	12	18	34	1.89
1710271--1710299	13	2.1	14	93	6	51	41	13	17	27	1.87
1710366--1710390	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1710399--1710527	52	2.5	52	92	0	204	34	17	19	28	1.94
1717134--1717175	15	2.8	15	85	0	57	78	19	2	0	0.86
1718380--1718559	31	5.9	30	83	7	211	23	32	16	26	1.96
1718380--1718553	61	2.9	61	89	5	255	24	32	17	25	1.96
1718523--1718700	37	4.9	36	77	10	152	21	33	11	34	1.89
1718732--1719600	102	8.9	98	88	6	862	23	25	18	32	1.97
1718732--1719600	247	3.6	247	82	9	990	23	25	18	32	1.97
1718729--1719605	349	2.6	345	88	5	1250	23	25	18	32	1.97
1723184--1723742	53	11.0	53	83	9	747	21	26	19	33	1.97
1723184--1723756	102	5.7	102	91	4	941	21	26	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1724579--1724635	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1724592--1724654	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
1724578--1724662	32	2.7	32	98	0	161	32	12	17	36	1.88
1727708--1727763	27	2.1	27	83	12	71	58	7	7	26	1.50
1727784--1727819	16	2.4	16	90	9	58	55	5	8	30	1.52
1730466--1730656	99	2.0	95	88	6	285	41	14	10	33	1.80
1731578--1731677	49	2.0	49	100	0	200	42	18	6	34	1.74
1745890--1745931	16	2.7	16	82	13	52	57	0	0	42	0.99
1746033--1746087	24	2.3	23	81	12	65	36	1	0	61	1.06
1746035--1746087	25	2.1	25	86	6	72	33	1	0	64	1.05
1748556--1749133	141	3.9	141	74	14	525	42	10	10	35	1.74
1748829--1748874	24	1.9	24	100	0	92	34	15	2	47	1.57
1748688--1749019	165	2.0	167	85	4	447	41	10	9	38	1.71
1748853--1749117	144	1.8	144	88	1	406	43	11	9	35	1.74
1748563--1749133	309	1.9	306	86	3	833	42	10	10	36	1.74
1750569--1750987	166	2.5	167	83	6	501	49	10	10	30	1.70
1751773--1751799	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1751784--1751839	19	2.9	19	83	2	76	28	17	14	39	1.89
1756221--1756273	22	2.4	22	93	0	88	15	18	43	22	1.87
1756314--1756373	22	2.8	22	79	2	68	20	20	38	21	1.94
1756357--1756395	18	2.1	19	90	4	62	23	17	35	23	1.95
1756985--1757067	43	2.0	41	83	4	103	28	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1757111--1757141	7	4.4	7	95	0	53	16	0	0	83	0.64
1760628--1760694	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1761163--1761202	13	3.1	13	96	0	71	35	15	20	30	1.93
1763827--1763861	17	2.1	17	94	0	61	20	14	25	40	1.90
1764139--1764171	13	2.8	12	86	13	50	75	0	24	0	0.80
1764130--1764188	27	2.2	27	85	8	77	77	0	20	1	0.85
1767244--1767386	61	2.3	61	92	0	250	28	23	16	31	1.96
1770813--1770876	21	2.8	23	79	11	69	71	6	14	7	1.28
1770813--1770882	23	3.1	22	81	8	70	72	5	12	8	1.25
1772223--1772848	82	7.7	82	85	4	800	23	30	15	30	1.96
1772223--1772848	109	5.7	108	83	5	733	23	30	15	30	1.96
1772223--1772848	27	23.0	27	84	4	747	23	30	15	30	1.96
1779440--1779465	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1779504--1779579	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1779525--1779597	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1779504--1779597	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1780183--1780255	36	2.0	36	100	0	146	16	35	5	42	1.71
1782076--1782114	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1782100--1782178	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
1784193--1784223	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1788285--1788310	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1788349--1788424	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1788370--1788442	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1788349--1788442	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1789127--1789370	79	3.1	78	82	6	253	31	14	25	27	1.95
1791749--1791778	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
1791762--1791816	20	2.8	20	88	0	92	43	14	14	27	1.84
1793928--1793955	13	2.2	13	100	0	56	25	28	0	46	1.53
1794425--1794664	84	2.8	85	82	1	277	45	15	20	19	1.86
1794439--1794668	43	5.4	43	71	11	150	45	14	20	19	1.85
1794387--1794714	85	3.9	83	79	4	316	45	13	21	20	1.84
1794822--1795117	46	6.5	46	79	1	218	40	10	28	20	1.86
1795099--1795340	35	6.9	35	82	1	252	47	14	18	20	1.83
1795084--1795358	105	2.6	105	79	2	300	47	12	19	20	1.82
1795084--1795342	70	3.7	70	80	2	295	47	13	18	20	1.81
1795392--1795528	47	2.9	46	77	3	139	40	17	18	23	1.91
1795995--1796162	88	1.9	88	86	7	243	27	15	25	31	1.96
1796989--1797306	111	2.9	111	82	2	386	37	12	16	33	1.87
1797887--1797959	20	3.5	21	77	15	64	8	10	1	79	0.99
1797887--1797959	21	3.5	22	78	15	68	8	10	1	79	0.99
1797906--1797964	10	5.7	10	75	18	50	6	10	1	81	0.94
1801343--1801368	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1801321--1801388	33	2.1	32	86	8	93	32	16	16	35	1.91
1801457--1801481	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1801571--1801629	21	2.9	21	80	17	70	40	16	10	32	1.82
1802160--1802238	22	3.5	22	68	19	63	44	22	0	32	1.53
1809207--1809322	13	7.5	13	66	29	52	35	18	12	33	1.88
1809207--1809341	32	4.2	32	92	0	216	35	19	11	33	1.88
1809247--1809341	19	5.7	18	70	27	84	33	21	12	32	1.91
1813860--1813885	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1813838--1813905	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
1813974--1813998	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1815026--1815070	21	2.1	21	95	0	81	42	11	8	37	1.72
1818659--1818951	79	3.7	79	78	6	256	32	13	25	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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