genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2603716--2604089	125	3.0	126	80	11	419	42	2	1	53	1.24
2604636--2605773	91	12.6	91	83	7	1321	41	7	16	34	1.77
2604611--2605765	266	4.3	264	87	5	1500	41	7	16	34	1.77
2605704--2605837	69	1.9	69	80	5	155	43	7	16	32	1.76
2604651--2605775	544	2.1	526	88	5	1459	41	7	16	34	1.77
2605753--2605929	87	2.0	87	100	0	354	45	7	14	32	1.74
2609794--2609844	11	4.6	11	82	0	66	66	0	0	33	0.92
2609785--2609844	22	2.7	22	100	0	120	63	0	0	36	0.95
2609785--2609851	22	3.2	20	88	12	68	62	0	1	35	1.04
2610186--2610408	109	2.0	114	88	7	341	45	0	1	52	1.15
2610343--2610462	66	1.9	64	80	11	140	48	0	0	50	1.06
2610172--2610451	109	2.5	108	80	14	331	46	0	1	52	1.13
2610539--2610585	15	3.0	16	75	12	53	55	0	0	44	0.99
2611844--2611880	14	2.8	13	91	4	56	24	0	0	75	0.80
2612633--2612661	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2615464--2615490	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2616155--2616213	16	3.6	17	76	13	52	28	1	6	62	1.30
2625187--2625324	51	2.7	51	78	9	147	42	10	13	33	1.78
2627131--2627196	34	2.0	33	85	8	89	33	18	12	36	1.88
2627226--2627281	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
2632698--2632744	3	16.0	3	91	4	78	34	0	0	65	0.93
2636438--2636493	20	2.8	20	89	5	87	42	10	12	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637345--2638201	48	18.8	49	71	16	320	28	18	26	26	1.98
2637345--2638201	87	9.4	96	86	5	650	28	18	26	26	1.98
2637639--2637791	39	3.7	39	74	14	153	26	21	27	24	1.99
2637590--2638195	87	7.0	87	91	0	942	27	18	26	26	1.98
2638200--2638398	34	5.9	34	81	5	228	35	12	33	18	1.88
2638200--2638398	67	3.0	66	83	3	229	35	12	33	18	1.88
2638200--2638398	33	5.9	33	81	5	229	35	12	33	18	1.88
2653739--2653793	20	2.8	20	100	0	110	38	10	14	36	1.81
2654710--2654751	18	2.3	18	91	0	66	50	2	4	42	1.36
2659269--2659407	44	3.2	43	73	10	131	43	17	28	11	1.83
2659271--2659455	85	2.2	85	76	3	185	41	18	26	13	1.87
2659434--2660752	43	31.0	43	73	6	634	36	17	27	18	1.94
2659434--2660752	85	15.5	85	72	8	670	36	17	27	18	1.94
2659429--2659802	171	2.2	170	83	3	475	35	20	29	15	1.93
2659613--2660128	127	4.1	126	77	6	387	36	20	26	17	1.94
2674474--2674521	23	2.1	23	85	11	64	0	18	2	79	0.84
2678266--2678291	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2678246--2678309	32	2.0	33	87	9	96	29	14	18	37	1.90
2678246--2678316	19	4.0	18	72	25	62	28	12	21	38	1.90
2679793--2679842	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
2679800--2679842	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
2682776--2682800	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2682882--2682945	33	2.0	32	87	3	92	40	20	12	26	1.88
2691251--2691291	21	1.9	22	90	5	66	41	17	19	21	1.90
2692137--2692265	52	2.5	52	94	0	231	29	18	17	34	1.94
2692341--2692456	19	6.7	19	74	22	121	36	17	12	34	1.87
2692379--2692435	13	3.9	13	72	24	51	33	15	14	36	1.88
2692360--2692455	32	3.0	32	95	1	174	34	17	12	35	1.88
2693269--2694042	52	16.1	49	80	11	879	31	18	26	23	1.97
2693382--2694047	43	14.1	45	79	12	607	30	18	27	24	1.97
2693278--2693953	145	4.7	144	86	6	929	31	18	26	23	1.97
2693269--2694042	197	4.0	192	84	8	895	31	18	26	23	1.97
2693677--2694037	92	3.9	92	93	1	587	30	18	26	24	1.98
2694042--2694115	33	2.2	33	83	4	96	22	17	33	25	1.96
2694130--2694830	33	21.2	33	80	7	545	33	13	33	19	1.91
2694116--2694835	131	5.5	131	81	7	628	33	14	33	19	1.91
2694382--2694842	194	2.3	197	89	3	694	33	14	33	18	1.91
2702407--2702432	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2702389--2702452	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2704656--2704705	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2707342--2707490	74	2.0	74	98	0	289	37	16	24	21	1.93
2708684--2708721	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2710158--2710200	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
2711087--2711112	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2711069--2711132	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2712958--2713073	52	2.2	52	89	3	171	30	17	18	33	1.94
2713062--2713086	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2713129--2713213	19	4.7	19	79	18	101	37	17	11	32	1.86
2713167--2713191	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2713148--2713211	32	2.0	33	96	3	121	34	18	12	34	1.89
2715981--2716042	33	1.9	32	86	3	88	38	16	16	29	1.90
2720517--2720572	19	2.9	19	81	2	58	35	14	17	32	1.90
2723742--2723795	19	2.8	19	91	0	90	37	11	14	37	1.82
2723835--2723860	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2723815--2723878	33	1.9	33	87	0	92	25	15	17	42	1.88
2726072--2726466	54	7.5	54	71	13	196	28	26	12	32	1.92
2726186--2726261	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
2726450--2726526	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2726077--2726576	265	1.9	264	90	2	799	27	26	13	32	1.94
2726481--2726632	78	1.9	80	84	7	204	26	28	15	30	1.96
2768722--2768767	20	2.2	21	81	14	51	32	0	0	67	0.91
2768986--2769027	17	2.5	17	80	11	50	47	0	0	52	1.00
2771081--2771131	19	2.7	20	78	6	61	45	0	0	54	0.99
2771582--2771622	21	2.1	19	86	9	55	48	0	0	51	1.00
2772284--2772338	28	2.0	28	85	0	74	41	0	0	58	0.98
2773128--2773167	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2774305--2774346	3	14.3	3	80	5	50	28	0	2	69	1.01
2776532--2776717	94	2.0	94	94	0	327	27	16	12	42	1.85
2777523--2777578	28	2.0	28	86	10	80	30	14	16	39	1.88
2777526--2777593	28	2.5	28	83	7	77	30	14	19	35	1.92
2778569--2778631	22	2.9	22	87	0	90	38	4	9	47	1.57
2779049--2779098	22	2.3	22	82	0	64	38	8	16	38	1.78
2779173--2779219	22	2.1	23	77	18	55	25	6	34	34	1.81
2779181--2779223	23	2.0	22	86	9	61	27	6	27	37	1.83
2779647--2779683	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2784305--2784432	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
2784441--2784465	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2784506--2784572	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2784528--2784552	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2785371--2785755	171	2.3	168	90	5	611	36	14	24	24	1.93
2785442--2785600	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
2785651--2785783	43	3.1	42	80	9	117	33	17	24	24	1.96
2785680--2785783	43	2.5	42	82	9	122	30	19	24	25	1.98
2785714--2786643	49	19.1	49	89	0	1413	32	17	26	23	1.97
2785714--2786643	98	9.6	98	98	0	1773	32	17	26	23	1.97
2786941--2787094	82	1.9	82	84	0	209	31	14	12	40	1.85
2787068--2787122	28	2.0	28	92	0	92	32	14	12	40	1.84
2787041--2787252	84	2.5	85	79	2	230	30	14	11	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2787146--2787204	28	2.1	28	90	0	91	27	13	10	49	1.74
2788809--2788834	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2788882--2788933	20	2.6	20	84	0	68	34	13	15	36	1.87
2789632--2789662	15	2.1	15	100	0	62	45	22	0	32	1.53
2791579--2791629	23	2.2	23	82	6	59	27	1	9	60	1.39
2792333--2793185	157	5.5	157	83	3	853	37	21	18	23	1.94
2795205--2795652	160	2.8	162	84	5	527	51	7	13	27	1.68
2802819--2802872	20	2.7	20	88	8	74	35	14	12	37	1.85
2806241--2806315	20	3.8	20	81	0	87	45	12	10	32	1.75
2806541--2806615	28	2.7	29	87	6	109	25	16	28	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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