genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890233--891366	441	2.6	439	89	2	1726	25	19	27	27	1.99
890856--891141	155	1.9	149	87	5	421	24	19	28	27	1.99
890244--892493	380	5.9	373	81	8	1577	26	19	27	27	1.99
891011--891371	115	3.2	114	84	5	468	24	18	27	28	1.98
890241--892519	441	5.2	433	77	12	1469	26	19	27	27	1.99
891181--892464	210	5.9	204	71	18	625	26	19	27	27	1.99
891387--891632	55	4.3	55	84	7	278	21	19	28	30	1.97
891123--892464	266	4.9	263	78	11	1049	26	19	26	27	1.99
891446--891819	209	1.8	205	84	3	516	24	18	28	28	1.98
891641--891995	61	6.1	60	82	7	408	29	18	25	26	1.98
891650--892017	55	6.4	56	81	8	377	27	19	25	27	1.99
891650--892017	115	3.2	113	79	11	347	27	19	25	27	1.99
892036--892493	55	8.0	55	85	6	544	26	19	26	27	1.99
892036--892432	176	2.3	171	90	3	600	26	19	25	27	1.99
892026--892524	116	4.3	114	81	11	545	27	19	26	27	1.99
893495--893565	1	71.0	1	74	0	61	0	4	8	87	0.66
893498--893565	8	7.6	9	79	15	70	0	4	8	86	0.69
893495--893563	29	2.3	29	87	2	93	0	4	8	86	0.68
893495--893565	17	4.3	16	82	10	81	0	4	8	87	0.66
893515--893565	20	2.7	20	87	6	70	0	0	11	88	0.52
893495--893566	12	5.9	12	82	6	83	0	4	9	86	0.70
898542--898566	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898607--898673	33	2.0	33	85	0	89	40	13	11	34	1.81
909509--909981	79	6.2	79	79	12	492	32	15	24	27	1.95
909663--909963	155	1.9	156	87	3	435	34	15	22	27	1.94
909919--910046	51	2.5	51	84	3	161	34	12	23	29	1.92
909952--910083	51	2.6	50	85	3	158	33	12	25	28	1.92
911225--911288	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
911243--911268	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
911225--911288	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
917422--917459	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
922490--922529	18	2.2	18	95	0	71	45	15	10	30	1.78
923616--923652	16	2.2	17	90	4	58	2	10	2	83	0.84
923613--923652	17	2.4	17	87	12	64	5	12	2	80	0.98
924156--924259	35	3.0	35	97	0	199	41	20	11	26	1.86
926719--926763	23	2.0	24	86	8	67	42	22	6	28	1.79
927429--927553	23	5.3	23	67	25	82	44	10	10	34	1.73
927499--927540	20	2.1	20	95	0	75	42	4	9	42	1.58
928357--928396	16	2.5	16	87	0	53	57	12	17	12	1.65
928551--928579	14	2.0	15	93	6	51	27	6	55	10	1.59
934486--934517	15	2.1	15	94	0	55	28	28	0	43	1.55
937601--937941	152	2.2	154	79	5	359	38	19	16	25	1.92
939831--939900	20	3.6	19	80	7	79	31	17	15	35	1.91
939933--940023	33	2.8	33	88	3	121	36	17	16	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939933--939991	20	3.3	20	69	30	69	35	20	15	28	1.93
939975--940004	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
948732--948785	20	2.7	20	91	5	83	31	14	20	33	1.93
950000--950026	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
951145--951543	163	2.4	164	82	6	475	53	6	8	31	1.57
951183--951547	167	2.2	163	87	3	500	53	6	9	30	1.58
953522--953566	23	2.0	23	86	4	65	28	40	4	26	1.75
955353--955555	109	1.9	109	85	2	282	31	24	8	35	1.85
955573--955642	28	2.5	29	83	4	90	25	25	17	31	1.97
955601--955930	79	4.2	79	80	6	314	28	24	12	34	1.91
955462--955802	185	1.8	184	83	3	443	27	22	13	36	1.91
955494--955722	106	2.1	107	83	0	289	27	23	14	34	1.94
955603--955886	157	1.8	156	85	0	397	28	23	12	36	1.91
955864--955982	51	2.3	50	83	8	134	28	31	10	29	1.91
964451--964579	52	2.5	52	96	0	240	34	18	18	28	1.95
967774--968110	175	1.9	175	88	0	512	33	16	27	23	1.95
972102--972154	17	3.1	17	81	10	63	81	3	13	1	0.92
972131--972171	7	5.9	7	100	0	82	85	0	14	0	0.60
973154--973530	61	6.2	60	80	6	356	28	26	17	27	1.97
973156--973534	119	3.1	119	83	6	424	28	26	17	27	1.98
973409--973575	64	2.5	64	79	9	167	28	26	14	31	1.95
976309--976412	28	3.7	28	81	2	120	23	19	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
976366--976583	79	2.8	77	78	8	206	30	21	11	36	1.90
982744--982796	23	2.3	23	96	0	97	43	5	16	33	1.72
986371--986875	28	17.9	29	69	12	151	29	28	17	24	1.97
986373--986513	30	4.9	29	73	8	92	30	29	17	22	1.97
986542--986881	28	11.9	28	74	5	214	29	29	16	24	1.97
986528--986869	58	5.9	58	78	5	291	29	29	16	24	1.96
986901--986972	33	2.2	34	82	5	94	34	27	18	19	1.95
986979--987094	52	2.2	52	84	6	146	24	22	15	37	1.93
986998--987120	52	2.4	52	83	5	142	24	21	17	37	1.94
987882--988020	52	2.7	52	86	3	192	27	15	13	43	1.84
992799--992837	21	1.9	21	89	5	62	23	17	12	46	1.83
995542--995591	19	2.6	19	87	3	64	32	14	16	38	1.88
1001737--1001776	20	2.0	21	95	5	73	40	15	15	30	1.87
1001786--1001828	20	2.2	20	91	0	68	18	16	18	46	1.84
1006286--1006409	51	2.4	52	94	1	214	28	17	17	36	1.93
1006509--1006533	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1010493--1010518	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1010557--1010632	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1010578--1010650	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1010557--1010650	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1011269--1011302	16	2.1	16	100	0	68	41	35	0	23	1.55
1013108--1013146	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1013132--1013210	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
1015232--1015262	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1019324--1019349	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1019388--1019463	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1019409--1019481	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1019388--1019481	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1021000--1021064	33	2.0	33	87	0	94	40	13	12	33	1.82
1021020--1021044	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1024531--1024588	4	14.5	4	88	0	89	74	3	1	20	1.06
1026565--1026951	79	4.9	77	80	6	366	34	12	24	28	1.91
1026565--1026951	158	2.4	158	81	5	437	34	12	24	28	1.91
1029036--1029130	20	4.7	20	83	5	120	48	10	13	27	1.75
1029036--1029130	40	2.3	41	89	5	140	48	10	13	27	1.75
1029036--1029150	41	2.8	40	82	8	117	45	12	13	29	1.79
1031172--1031221	20	2.4	21	87	9	68	30	22	10	38	1.86
1031148--1031221	21	3.6	20	80	7	69	29	21	12	36	1.90
1034343--1034410	23	3.1	23	67	25	56	55	5	1	36	1.33
1035098--1035132	18	1.9	18	100	0	70	28	17	14	40	1.88
1036715--1036791	29	2.6	28	69	15	66	51	18	14	15	1.76
1039855--1039892	16	2.5	15	87	8	51	21	2	0	76	0.91
1040752--1040786	17	2.1	17	94	0	61	5	25	0	68	1.11
1040760--1040792	14	2.4	14	90	10	50	6	27	0	66	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1041148--1041202	20	2.7	21	80	2	67	41	12	16	29	1.85
1047167--1047192	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
1047307--1047398	47	1.9	49	84	8	127	38	17	15	29	1.90
1047386--1047423	13	2.9	13	88	0	58	31	13	18	36	1.89
1049271--1049315	22	2.0	22	83	8	56	37	2	26	33	1.69
1049882--1049936	20	2.7	21	85	2	76	41	14	16	27	1.87
1049969--1050020	20	2.7	20	90	3	79	38	21	11	28	1.88
1050972--1051021	14	3.6	14	83	5	66	62	4	4	30	1.32
1050971--1051026	27	2.1	26	83	3	67	62	3	3	30	1.29
1051085--1051601	166	3.1	166	80	6	419	49	8	10	31	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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