genome.fa.s51.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold51
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3712191

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770154--770198	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
772416--772441	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
772763--772874	56	2.0	56	96	0	206	38	18	6	36	1.76
775693--775857	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
777907--777964	13	4.0	13	76	23	62	29	15	17	37	1.90
777920--778033	19	6.6	19	77	22	144	28	15	19	36	1.92
777887--777983	32	3.0	32	95	1	167	27	14	18	39	1.90
777920--778033	51	2.2	51	100	0	228	28	15	19	36	1.92
777971--778033	32	2.0	32	100	0	126	28	15	19	36	1.92
777990--778015	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
777887--778034	19	8.7	18	74	25	128	28	14	18	37	1.91
781665--781707	21	2.0	21	82	8	52	55	2	2	39	1.25
781855--781889	18	1.9	18	88	11	54	40	0	2	57	1.14
782816--782880	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
782834--782859	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
782816--782880	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
785077--785126	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
786924--786954	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
789148--789193	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
791581--791606	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
791563--791627	34	2.0	33	90	6	105	46	15	10	27	1.79
795345--795421	20	3.8	20	80	0	82	40	14	14	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799146--799274	52	2.5	52	90	0	204	30	16	17	36	1.91
799146--799294	52	2.9	51	81	9	176	31	16	17	34	1.92
799350--799478	19	7.7	19	71	28	123	34	18	12	34	1.88
799345--799477	32	4.1	32	99	0	257	34	18	12	34	1.88
799369--799457	13	5.9	13	72	27	70	33	17	13	34	1.89
800399--801024	43	13.7	43	82	11	730	30	18	25	25	1.98
800518--800585	21	3.2	21	62	25	52	27	19	27	25	1.98
800539--800605	22	3.1	22	61	26	52	31	20	23	23	1.98
800427--801024	92	6.5	92	94	2	956	30	18	25	25	1.98
800280--801024	184	4.0	184	87	6	1010	31	18	25	25	1.97
801029--801187	33	4.8	33	88	5	234	21	18	30	28	1.97
801029--801186	65	2.4	65	91	4	248	21	18	30	29	1.97
801197--801866	32	20.9	31	74	17	326	31	15	31	21	1.94
801188--801382	33	5.9	33	76	10	182	32	13	34	18	1.91
801172--801383	101	2.1	99	94	2	370	31	13	34	20	1.91
801363--801408	23	2.0	23	95	0	83	17	21	32	28	1.96
801385--801596	30	6.9	29	82	10	230	27	18	30	23	1.98
801386--801865	62	7.4	61	78	11	358	32	15	30	21	1.94
801540--801859	34	9.6	35	79	12	243	33	14	31	20	1.93
801541--801791	101	2.5	100	80	11	282	32	14	32	20	1.93
801477--801825	135	2.6	135	80	11	382	32	14	32	20	1.93
803159--803189	10	3.1	10	90	0	53	0	0	12	87	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803152--803193	22	1.9	22	85	9	59	2	2	11	83	0.84
803159--803200	20	2.0	20	86	9	57	2	2	14	80	0.90
803853--803893	21	2.0	21	100	0	82	31	14	29	24	1.95
806626--806650	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
806606--806672	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
806713--806737	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
810365--811276	57	16.0	57	88	2	1217	23	17	29	28	1.97
810362--811276	28	32.1	28	85	4	1132	24	17	29	28	1.97
812304--812484	89	2.0	89	93	0	308	27	26	19	27	1.99
812584--812649	20	3.6	17	73	18	53	7	1	6	84	0.82
812607--812649	1	43.0	1	80	0	50	4	0	4	90	0.54
812659--812887	79	2.9	78	83	4	271	33	15	25	26	1.95
812822--812939	51	2.3	51	83	2	148	31	14	27	27	1.95
815308--815362	20	2.8	20	83	10	76	43	12	12	30	1.80
816008--816261	87	2.9	88	85	5	329	38	12	29	19	1.89
815977--816261	46	6.4	46	75	11	263	37	12	29	20	1.90
816242--816872	60	10.4	61	88	4	891	27	19	27	25	1.99
816242--816872	182	3.5	182	90	2	941	27	19	27	25	1.99
822993--823186	79	2.4	79	82	7	241	30	15	27	26	1.96
823154--823272	50	2.4	51	84	4	152	28	15	29	26	1.96
823117--823350	129	1.8	130	86	2	346	30	14	27	26	1.95
823204--823351	79	1.9	79	85	2	208	29	15	27	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830448--830480	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
832216--832291	32	2.4	32	86	0	107	31	15	13	39	1.86
832281--832351	20	3.6	20	75	11	83	33	18	9	38	1.84
832260--832329	19	3.6	19	75	11	79	30	17	12	40	1.87
832258--832350	39	2.4	39	92	0	150	32	17	10	39	1.84
834783--834821	16	2.4	16	100	0	78	25	12	10	51	1.71
837588--837650	30	2.1	29	82	5	72	23	1	23	50	1.58
839702--839749	23	2.2	21	89	10	71	41	0	29	29	1.56
840387--840455	33	2.1	33	89	10	106	34	11	15	37	1.84
845706--845730	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
847680--847729	25	2.0	25	92	0	82	38	2	22	38	1.65
849143--849197	21	2.5	22	85	5	85	40	9	23	27	1.85
849185--849215	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
849240--849376	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
849346--849416	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
849456--849496	21	2.0	21	85	9	57	39	7	12	41	1.70
849848--849899	20	2.5	20	87	3	68	32	13	15	38	1.86
850387--850437	19	2.6	19	87	3	66	35	13	11	39	1.82
852078--852108	15	2.1	15	100	0	62	41	0	25	32	1.56
855487--855553	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
855991--856042	19	2.7	20	87	6	79	28	13	19	38	1.89
855991--856048	19	3.0	18	82	12	71	25	12	22	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857731--857770	13	3.1	13	81	0	53	35	17	12	35	1.88
860616--861685	573	1.9	571	84	6	1441	28	16	16	38	1.91
862754--862787	17	1.9	17	88	5	50	26	8	0	64	1.22
863484--863593	41	2.8	41	84	11	126	60	2	3	33	1.29
863609--863676	18	3.8	19	71	25	67	57	1	2	38	1.23
863611--863680	8	8.1	8	72	20	52	58	1	2	37	1.22
864296--864336	10	4.2	10	79	17	50	36	0	2	60	1.10
864877--864917	19	2.2	19	100	0	82	9	9	14	65	1.46
865250--865305	23	2.5	22	76	2	58	41	7	16	35	1.75
866535--866599	33	2.0	33	84	6	87	27	15	15	41	1.87
867214--867309	39	2.4	39	76	10	97	31	20	6	41	1.77
869143--869181	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
874205--874269	33	2.0	33	84	6	87	27	15	15	41	1.87
876189--876300	58	1.9	58	83	0	143	43	16	13	25	1.85
876943--877005	26	2.5	25	84	7	74	3	11	6	79	1.03
876971--876996	11	2.4	11	100	0	52	0	15	7	76	0.99
878505--879056	165	3.3	165	84	4	675	45	16	7	30	1.75
880274--880370	49	2.0	49	93	0	167	34	5	19	41	1.74
881198--881238	21	1.9	22	90	5	66	36	24	21	17	1.94
883925--884111	79	2.4	79	78	5	207	27	20	11	40	1.87
884597--884695	51	1.9	51	95	0	180	27	18	10	44	1.81
884662--884748	20	4.2	20	88	8	129	28	19	11	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884662--884748	43	2.1	40	89	6	129	28	19	11	40	1.86
886635--887103	158	3.0	156	82	4	545	35	13	23	27	1.92
886629--887097	79	6.0	77	82	7	493	34	13	24	27	1.92
887054--887193	51	2.7	51	79	5	140	33	9	24	32	1.87
887080--887214	51	2.6	51	81	4	121	33	8	25	32	1.87
889457--889572	20	5.8	19	85	11	153	43	13	15	26	1.84
889458--889572	60	1.9	60	92	3	196	43	13	15	26	1.85
890227--890524	61	5.1	59	78	14	314	25	19	28	26	1.99
890233--891366	55	20.5	55	71	13	530	25	19	27	27	1.99
890417--890700	155	1.9	149	88	5	435	24	19	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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