genome.fa.s246.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168071.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_32, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  761692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141986--142410	180	2.3	181	80	4	466	40	7	9	42	1.65
142786--142811	12	2.2	12	100	0	52	23	0	23	53	1.46
142880--142927	16	3.3	14	78	18	53	60	4	2	33	1.27
143072--143124	20	2.8	20	75	16	58	49	5	1	43	1.37
143838--143871	10	3.4	10	87	0	50	38	0	0	61	0.96
143913--143995	9	8.1	10	78	21	84	53	0	0	46	1.00
143911--143995	32	2.7	32	96	3	154	52	0	0	47	1.00
143918--143999	20	3.9	22	83	12	102	52	0	0	47	1.00
143911--144054	23	6.8	21	73	16	111	47	2	2	46	1.31
143922--144005	11	7.7	11	75	20	63	51	1	0	47	1.08
144192--144497	163	1.9	163	85	2	427	44	9	6	40	1.61
144512--144563	19	2.8	19	79	2	61	44	7	5	42	1.57
144358--144720	199	1.8	200	85	1	514	45	10	4	40	1.58
144787--144838	3	17.0	3	84	11	70	61	0	0	38	0.96
145675--145751	28	2.6	30	73	17	72	44	1	3	50	1.28
145833--145873	19	2.2	19	86	0	55	46	0	0	53	1.00
145847--145916	20	3.5	19	76	19	63	44	4	0	51	1.21
146356--146406	17	2.7	19	81	18	63	58	1	0	39	1.09
146361--146401	21	2.0	21	90	9	66	58	2	0	39	1.11
146368--146435	12	5.7	12	72	15	52	51	1	0	47	1.09
146584--146608	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
146693--146729	17	2.2	17	90	0	56	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147561--147593	16	2.1	16	88	11	50	39	6	0	54	1.25
147584--147636	21	2.5	22	84	12	74	52	3	1	41	1.30
148423--148499	21	3.9	19	73	20	61	51	0	3	44	1.19
148567--148681	48	2.4	47	76	9	119	40	2	5	51	1.38
148816--148885	24	3.1	22	77	22	74	45	0	1	52	1.09
148815--148882	7	9.3	7	75	23	52	47	0	1	51	1.09
148994--149080	12	7.1	12	70	21	56	43	0	3	52	1.18
149018--149076	18	3.2	20	75	18	65	45	0	1	52	1.10
149225--149271	24	2.0	24	83	8	60	46	4	2	46	1.34
149702--149750	13	3.2	15	80	19	57	48	0	0	51	1.00
150011--150348	166	2.0	167	97	0	642	47	3	2	46	1.35
150472--150523	18	2.9	18	77	11	63	53	1	0	44	1.11
150498--150562	24	2.9	22	72	18	55	47	4	0	47	1.22
150498--150602	43	2.3	43	81	12	106	48	2	1	46	1.27
150740--150790	23	2.2	23	79	6	59	49	0	0	50	1.00
150731--150804	19	4.1	19	73	23	63	50	0	0	50	1.00
150747--150805	12	4.9	12	77	10	59	49	0	0	50	1.00
151358--151462	10	10.6	10	68	25	55	46	2	2	47	1.32
151525--151565	21	2.0	21	85	9	57	51	0	0	48	1.00
151718--152611	181	5.0	180	78	7	789	42	9	8	39	1.68
151745--152585	361	2.3	361	81	4	921	42	9	8	40	1.67
151673--152585	180	5.1	181	79	6	902	42	9	8	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153603--154310	181	4.0	177	75	10	561	41	9	8	40	1.67
154098--154535	225	2.0	217	90	3	687	43	7	8	40	1.64
154671--155144	181	2.6	181	79	4	431	43	8	8	40	1.64
154996--155290	144	2.0	146	82	6	359	41	8	8	42	1.66
155433--156052	178	3.5	176	80	6	579	39	9	9	41	1.70
156894--156929	18	2.0	18	89	10	56	55	2	2	38	1.29
156080--157875	180	10.1	179	74	9	1087	40	9	8	41	1.68
157605--157649	22	2.2	20	84	15	56	60	0	2	37	1.09
156524--157875	351	3.8	355	75	10	925	41	9	7	41	1.67
161184--161216	15	2.3	15	89	5	50	57	6	0	36	1.23
161678--161742	19	3.3	20	72	25	59	36	6	0	56	1.24
161687--161724	14	2.7	14	84	8	51	39	2	0	57	1.12
162398--162727	180	1.8	181	83	4	443	40	10	8	41	1.68
163361--163422	30	2.1	30	84	6	81	43	4	0	51	1.23
163423--163471	14	3.3	15	83	8	57	59	2	2	36	1.21
164055--164093	20	2.0	20	85	9	55	51	2	7	38	1.44
164133--164185	19	2.9	18	80	8	54	43	3	0	52	1.19
164172--164213	21	2.0	21	90	0	66	47	0	0	52	1.00
164174--164224	21	2.4	21	83	6	59	52	0	0	47	1.00
164196--164270	41	1.9	36	82	12	87	46	2	2	48	1.30
164297--164386	14	6.3	15	75	13	75	52	1	1	45	1.15
164481--164554	36	2.1	35	82	7	87	51	2	0	45	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165353--165401	8	5.8	9	77	18	52	46	0	0	53	1.00
165494--165542	14	3.4	14	80	5	53	42	0	0	57	0.99
165601--165678	23	3.5	22	70	16	63	51	0	1	47	1.09
165824--165882	8	7.4	8	73	21	52	52	0	1	45	1.10
165832--165888	18	3.2	18	72	27	50	50	0	3	45	1.18
166260--167551	473	2.7	474	86	4	1727	41	17	9	31	1.82
167242--167916	350	1.9	348	83	7	875	42	18	9	29	1.82
169560--169638	13	5.7	13	69	19	61	44	6	2	46	1.42
169847--169881	13	2.6	13	90	4	52	51	0	0	48	1.00
169830--169869	18	2.1	18	86	9	53	50	0	2	47	1.14
169998--170067	23	3.2	22	79	15	74	47	1	0	51	1.09
169994--170050	19	3.0	20	85	12	75	47	1	0	50	1.11
170012--170076	25	2.5	26	85	9	89	47	0	0	52	1.00
169999--170078	12	6.2	13	71	26	55	46	1	0	52	1.08
169998--170079	24	3.5	22	82	14	85	46	1	0	52	1.08
170008--170088	28	2.9	28	75	22	82	46	0	0	53	1.00
170666--170722	30	2.0	28	83	13	71	52	0	1	45	1.11
170677--170719	15	2.8	15	89	10	61	55	0	0	44	0.99
170687--170723	13	2.9	13	84	15	51	51	0	0	48	1.00
170947--171012	23	2.9	22	77	18	64	51	0	1	46	1.10
171043--171105	27	2.3	26	83	5	72	49	3	3	44	1.34
171080--171114	16	2.3	15	90	5	52	54	2	5	37	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171186--171219	8	4.6	7	86	13	50	55	0	0	44	0.99
171169--171219	15	3.5	15	83	5	68	54	0	0	45	0.99
171161--171215	28	2.0	28	82	7	67	56	0	0	43	0.99
171752--171798	18	2.6	19	76	6	53	53	0	2	44	1.12
171773--171813	21	2.0	21	85	9	57	48	0	2	48	1.14
172060--172087	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
172334--172380	16	3.1	15	79	17	53	51	4	0	44	1.21
172670--172725	26	2.2	25	78	9	60	42	3	3	50	1.37
173114--173173	25	2.4	24	83	10	68	41	3	1	53	1.27
173104--173187	42	2.0	42	81	9	100	45	3	1	50	1.27
173536--173601	19	3.6	17	74	25	55	50	3	1	45	1.26
173552--173613	17	3.4	18	77	20	67	46	1	1	50	1.20
174507--174546	16	2.5	16	80	15	55	45	2	2	50	1.28
175307--175359	27	2.0	27	85	7	72	45	3	0	50	1.19
175412--175451	12	3.2	12	86	6	53	52	7	0	40	1.30
175419--175443	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
175556--175611	27	2.2	25	84	12	69	51	0	3	44	1.18
176154--176194	19	2.1	19	86	9	55	48	0	0	51	1.00
176270--176340	14	5.9	13	68	26	50	40	4	0	54	1.20
176267--176339	35	2.1	34	85	12	96	39	4	0	56	1.19
176487--176821	175	1.9	173	82	8	412	42	10	6	40	1.66
178002--178083	14	6.5	12	74	19	53	59	1	1	37	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178047--178081	16	2.2	16	90	10	54	65	0	0	34	0.93
178634--178672	20	2.0	20	85	9	55	51	2	7	38	1.44
178712--178764	19	2.9	18	80	8	54	43	3	0	52	1.19
178751--178792	21	2.0	21	90	0	66	47	0	0	52	1.00
178753--178803	21	2.4	21	83	6	59	52	0	0	47	1.00
178775--178849	41	1.9	36	82	12	87	46	2	2	48	1.30
178875--178941	14	4.7	15	78	12	70	50	1	1	46	1.19
179057--179130	36	2.1	35	82	7	87	51	2	0	45	1.15
179928--179976	8	5.8	9	77	18	52	46	0	0	53	1.00
180068--180116	14	3.4	14	80	5	53	42	0	0	57	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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