genome.fa.s246.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168071.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_32, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  761692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212338--213795	180	8.1	178	76	7	1161	40	8	9	41	1.68
213625--213676	24	2.3	22	72	18	52	40	1	1	55	1.22
213954--214084	14	9.1	14	70	24	62	50	0	0	48	1.06
213954--214066	23	5.2	21	72	18	72	50	0	0	49	1.00
213954--213997	22	2.0	22	91	8	72	43	0	0	56	0.99
213984--214086	27	3.7	27	74	21	86	52	0	0	46	1.07
213937--214049	17	6.4	17	71	21	65	53	0	0	46	1.06
214309--214347	18	2.2	18	86	4	53	53	2	0	43	1.14
215401--215467	14	4.8	14	76	12	57	43	1	0	55	1.09
216186--216222	14	2.7	14	84	15	51	54	0	0	45	1.00
216780--216811	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
216874--216931	12	5.2	12	74	12	52	48	0	1	50	1.11
216908--216992	17	5.3	15	69	22	57	48	1	1	49	1.16
216938--216995	25	2.4	25	82	8	75	53	1	1	43	1.21
216961--217046	26	3.2	27	79	12	97	51	2	0	46	1.13
216948--217046	26	3.7	25	74	15	74	51	2	0	46	1.12
216901--217045	10	16.3	9	66	24	60	49	1	0	48	1.14
217586--217692	34	3.0	34	78	16	103	46	0	0	53	1.00
217619--217682	30	2.0	30	82	14	76	45	0	0	54	0.99
217597--217691	11	8.2	11	71	21	52	48	0	0	51	1.00
217587--217702	38	3.2	34	77	16	108	44	0	0	54	1.06
219113--219158	23	1.9	23	82	8	56	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220201--220297	49	2.1	45	83	11	115	48	2	3	46	1.29
220351--220420	28	2.4	29	81	13	83	40	4	1	54	1.29
220455--220564	47	2.4	45	81	6	132	49	2	0	47	1.22
220537--220588	23	2.3	22	81	12	61	51	0	0	48	1.00
220572--220628	11	5.0	11	77	10	53	49	0	0	50	1.00
220572--220628	12	4.9	12	79	16	59	49	0	0	50	1.00
220571--220628	23	2.5	23	78	13	66	50	0	0	50	1.00
220726--220781	27	2.1	26	87	9	78	51	0	0	48	1.00
220798--220854	21	2.8	20	73	19	55	56	0	0	43	0.99
220726--220899	18	9.9	18	65	23	61	50	1	2	44	1.26
221486--221529	18	2.3	20	77	18	58	47	2	0	50	1.13
221766--221803	7	5.4	7	87	9	51	50	2	0	47	1.15
221766--221803	13	2.7	14	88	8	51	50	2	0	47	1.15
222088--222137	13	4.2	12	78	14	50	48	0	0	52	1.00
222110--222166	10	5.4	10	76	15	53	50	0	0	49	1.00
222252--222297	19	2.4	19	85	3	56	43	4	2	50	1.34
222416--222470	29	1.9	28	81	3	65	47	5	1	45	1.36
223033--223077	16	2.7	16	83	16	56	46	0	2	51	1.13
223047--223122	16	4.7	16	75	10	66	48	1	0	50	1.09
223037--223119	34	2.5	33	80	5	94	49	1	1	48	1.16
223079--223153	27	2.9	27	75	15	77	49	2	0	48	1.15
223203--223306	49	2.1	47	79	11	113	50	0	3	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223313--223380	28	2.6	28	79	9	72	45	0	1	52	1.09
223698--223765	23	3.2	21	82	11	77	44	4	0	51	1.21
224181--224228	17	2.6	19	81	18	66	54	0	4	41	1.20
224346--224407	13	4.4	14	75	13	56	50	1	1	46	1.20
224507--224544	13	3.0	13	85	14	53	52	2	0	44	1.14
226258--226343	17	5.1	17	66	20	54	40	1	1	56	1.14
226380--226444	25	2.6	25	74	11	71	44	0	6	49	1.27
226457--226501	19	2.3	19	80	7	54	53	2	0	44	1.13
226469--226537	36	1.9	36	82	11	88	50	0	0	49	1.00
226493--226547	12	4.8	12	73	10	53	54	0	0	45	0.99
226483--226551	22	3.1	21	75	17	61	53	0	0	46	1.00
227001--227035	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
227953--227992	13	3.0	14	89	7	57	60	0	0	40	0.97
228664--228792	25	4.8	27	67	25	85	51	1	0	46	1.10
228675--228768	11	8.4	11	68	19	52	52	2	0	45	1.12
228665--228792	22	6.0	22	66	26	53	52	1	0	46	1.10
228803--228833	15	2.0	16	93	6	55	58	0	6	35	1.24
228982--229026	21	2.2	20	88	4	63	51	0	0	48	1.00
228984--229036	10	5.5	10	73	22	51	54	0	0	45	0.99
229077--229116	21	1.9	21	89	0	62	52	0	10	37	1.35
229476--229529	20	3.1	17	78	17	56	48	3	0	48	1.19
229526--229568	21	2.0	22	86	4	61	48	2	2	46	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230378--230408	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
230892--230947	23	2.3	26	85	14	84	50	3	0	46	1.19
231060--231128	20	3.6	19	77	14	70	44	0	1	53	1.09
232630--232683	27	2.1	27	78	21	64	42	7	3	46	1.49
232641--232699	27	2.2	27	85	8	77	45	10	1	42	1.48
232814--232858	24	1.9	23	86	13	65	40	0	0	60	0.97
232814--232879	27	2.3	29	79	15	82	37	1	0	60	1.06
232989--233049	22	2.8	22	74	16	63	54	1	0	44	1.10
233031--233085	14	3.9	14	79	15	60	50	1	1	45	1.22
233033--233101	7	9.7	7	73	17	54	52	2	1	43	1.25
233803--233853	20	2.5	20	75	12	52	43	1	0	54	1.11
234380--234414	10	3.7	10	85	14	56	45	0	0	54	0.99
234935--234989	23	2.3	23	81	12	58	50	0	0	49	1.00
234952--235027	17	4.6	17	67	20	54	44	0	1	53	1.08
234981--235058	30	2.6	30	78	15	72	46	1	1	51	1.17
235589--235615	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
235666--235704	21	1.9	20	94	5	69	56	2	0	41	1.13
235663--235718	21	2.6	21	75	13	60	55	1	0	42	1.10
236212--236245	17	2.0	17	88	11	52	47	0	0	52	1.00
236181--236252	12	5.8	13	72	20	57	47	1	1	50	1.18
236414--236466	23	2.4	21	78	12	54	52	0	3	43	1.19
236486--236525	15	2.7	16	81	11	50	47	5	5	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237102--237140	17	2.3	18	82	8	55	61	0	0	38	0.96
237525--237592	25	2.8	24	72	16	59	44	0	1	54	1.09
237556--237665	48	2.4	46	76	10	109	41	2	2	52	1.30
237779--237812	17	1.9	17	88	5	50	50	5	2	41	1.42
238044--238090	23	2.0	22	84	8	58	55	0	0	44	0.99
238096--238154	22	2.6	22	82	12	59	42	1	3	52	1.28
238197--238252	29	1.9	29	82	13	71	50	3	1	44	1.29
238543--238586	16	2.8	16	96	0	79	56	4	2	36	1.32
238695--238760	15	4.3	16	76	17	61	54	1	1	42	1.18
238719--238789	36	1.9	36	86	8	99	50	1	1	46	1.18
239078--239134	25	2.3	24	82	8	62	56	7	0	36	1.27
239234--239279	14	3.5	13	75	19	51	52	0	0	47	1.00
239234--239290	25	2.3	25	85	11	82	50	0	0	49	1.00
240335--240377	21	2.0	21	82	8	52	46	0	0	53	1.00
240456--240521	32	2.2	28	86	10	87	54	3	1	40	1.25
240456--240529	32	2.4	32	80	14	86	55	2	2	39	1.28
240608--240652	22	2.0	22	83	8	56	37	4	2	55	1.32
240686--240765	32	2.5	33	75	8	92	48	1	0	50	1.08
240861--240901	20	2.0	22	85	9	59	43	0	0	56	0.99
241050--241088	18	2.2	18	85	0	51	41	5	2	51	1.38
241205--241248	22	2.0	23	86	13	65	50	0	0	50	1.00
241239--241265	14	1.9	14	100	0	54	55	0	7	37	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241212--241299	10	8.2	10	70	19	54	51	0	2	46	1.13
241792--241847	29	2.0	28	85	3	76	48	1	3	46	1.30
242056--242162	16	6.5	16	74	18	87	49	0	0	48	1.13
242234--242311	21	3.5	20	70	21	57	48	0	3	47	1.20
242219--242316	11	8.7	11	72	14	58	47	1	4	46	1.28
242296--242330	16	2.2	16	89	0	52	42	0	0	57	0.99
242839--243110	145	1.9	145	88	6	417	44	8	6	40	1.63
242840--243142	145	2.1	144	85	6	400	42	9	7	40	1.66
242983--243650	180	3.7	175	78	8	603	40	10	8	40	1.70
243749--243787	14	2.9	14	88	11	64	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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