genome.fa.s246.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168071.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_32, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  761692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55690--55742	17	2.9	17	81	10	61	49	3	0	47	1.19
55817--55921	4	25.2	4	71	22	58	49	0	1	48	1.12
55832--55921	20	4.6	20	71	23	66	48	0	2	48	1.13
56063--56114	28	1.9	26	84	7	68	48	3	3	44	1.39
56120--56163	23	1.9	23	90	0	70	54	2	2	40	1.25
56219--56251	14	2.4	14	100	0	66	39	0	6	54	1.25
57583--58608	174	5.7	179	73	10	512	38	7	10	43	1.67
57568--58705	182	6.4	178	74	8	681	38	7	10	43	1.68
57589--58693	355	3.1	354	78	6	817	38	7	10	43	1.68
61087--61180	40	2.5	37	78	13	102	46	1	2	50	1.20
61593--61632	19	2.0	20	86	13	57	55	0	0	45	0.99
61557--61628	21	3.3	21	73	13	65	55	0	1	43	1.08
62079--62127	18	2.8	18	84	9	57	46	0	2	51	1.12
62377--62422	18	2.6	18	82	6	58	58	2	0	39	1.10
62594--62635	16	2.4	18	80	7	52	52	4	2	40	1.35
63658--63706	19	2.8	18	87	9	66	53	2	0	44	1.12
63671--63718	16	2.9	16	87	6	60	52	0	0	47	1.00
63658--63698	18	2.2	17	87	12	55	53	2	0	43	1.13
63711--63755	23	1.9	24	86	4	65	44	0	4	51	1.21
64002--64412	180	2.3	182	81	2	454	43	9	9	38	1.69
64966--65832	469	1.9	467	79	5	1011	42	10	8	38	1.69
66079--66118	16	2.4	17	83	4	55	50	0	2	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67203--67268	21	3.2	20	74	16	55	48	1	0	50	1.10
67668--67697	13	2.3	13	94	0	51	43	0	0	56	0.99
67661--67716	22	2.6	21	85	5	67	41	1	0	57	1.09
68674--68707	13	2.5	13	90	4	50	47	2	0	50	1.16
69356--69423	25	2.8	25	82	6	70	22	5	4	67	1.30
70454--70496	4	10.8	4	85	9	61	23	0	2	74	0.93
70548--70599	24	2.1	25	82	10	63	15	5	1	76	1.05
70636--71394	59	12.9	61	85	7	989	45	7	12	34	1.69
70637--71394	236	3.2	236	95	1	1346	45	7	12	34	1.69
79748--79819	8	8.9	8	83	8	83	76	0	8	15	1.01
79750--79819	17	4.2	16	83	10	88	78	0	7	14	0.95
80824--81238	41	9.7	42	76	12	371	23	17	23	35	1.95
80985--81090	55	1.9	55	96	3	196	24	15	24	35	1.94
80944--81214	97	3.0	96	81	16	367	24	16	23	35	1.95
81036--81238	83	2.4	83	90	4	320	23	17	22	36	1.95
81444--81506	11	5.4	12	84	9	69	20	0	4	74	0.99
81453--81539	25	3.6	24	76	11	63	22	4	3	68	1.23
82596--82662	6	11.7	6	75	15	52	14	1	4	79	0.97
82604--82670	11	6.6	10	73	14	57	14	0	5	79	0.92
82596--82680	28	3.0	27	80	14	100	15	2	4	77	1.03
82707--83032	59	5.6	57	88	5	463	44	7	12	34	1.71
83848--83878	13	2.3	14	94	5	55	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83986--84010	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
84467--84537	11	7.3	10	69	28	55	50	1	0	47	1.09
84429--84508	16	4.9	17	75	13	71	47	0	2	50	1.14
84481--84530	18	2.7	19	84	12	68	50	2	0	48	1.12
84571--84608	20	2.0	20	85	15	53	36	5	2	55	1.37
84601--84646	21	2.1	22	88	8	67	50	2	4	43	1.34
85039--85078	13	3.3	12	89	6	55	45	0	5	50	1.23
86115--86172	30	1.9	30	85	0	80	56	0	1	41	1.09
86143--86207	33	1.9	34	90	3	105	55	0	3	41	1.15
86110--86221	33	3.5	32	78	11	104	56	0	2	40	1.20
86437--86485	21	2.3	21	82	6	55	53	2	0	44	1.12
86838--86920	35	2.4	35	82	11	91	46	0	2	50	1.14
86989--87020	16	2.1	15	94	5	55	56	0	0	43	0.99
87242--87293	15	3.5	15	73	19	54	48	0	1	50	1.12
87400--88004	181	3.4	177	76	9	544	41	9	9	39	1.70
88126--88168	22	2.0	22	86	9	61	41	2	2	53	1.26
88173--88226	18	3.1	16	80	20	56	51	0	0	48	1.00
88124--88218	30	3.2	31	73	16	85	47	1	2	49	1.20
88198--88241	19	2.4	18	81	7	52	52	2	0	45	1.13
88459--88513	23	2.5	22	83	13	69	49	0	1	49	1.11
88636--88667	15	2.0	17	88	11	50	46	6	3	43	1.44
88773--88816	14	3.1	14	83	6	61	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88954--89042	21	4.2	21	70	23	71	48	0	2	49	1.13
89127--89154	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
89120--89179	12	4.8	12	75	13	50	50	0	0	50	1.00
89174--89223	25	2.0	24	84	3	64	40	2	2	56	1.22
89592--89657	29	2.4	28	85	9	93	39	0	3	57	1.14
89607--89663	29	2.0	28	86	3	78	42	0	3	54	1.17
89993--90027	17	2.1	17	89	10	54	42	2	0	54	1.15
90143--90224	18	4.5	18	78	17	73	45	1	1	52	1.16
90180--90292	45	2.5	46	74	12	108	42	3	2	51	1.33
90367--90425	26	2.3	26	80	11	68	47	0	1	50	1.11
90806--90859	22	2.4	23	76	17	60	44	1	3	50	1.30
91393--91439	21	2.2	22	88	3	69	38	4	2	55	1.31
91416--91470	10	5.7	10	80	6	51	43	1	1	52	1.22
92776--92835	30	2.0	31	83	9	79	46	3	1	48	1.28
93105--93149	22	2.0	22	91	0	72	51	0	2	46	1.13
93831--93925	38	2.4	40	75	16	90	44	0	6	49	1.27
94288--94328	15	2.7	16	85	11	59	58	2	0	39	1.11
94320--94354	11	3.1	11	88	8	52	65	0	0	34	0.93
94518--94559	19	2.2	20	86	4	59	50	2	2	45	1.27
94613--94661	24	2.0	24	84	0	62	44	0	2	53	1.12
94625--94667	12	3.5	12	78	6	50	48	0	0	51	1.00
94758--94848	14	6.8	12	74	18	65	43	5	1	49	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94840--94891	19	2.6	19	81	9	59	42	0	1	55	1.10
94895--94947	23	2.3	23	84	15	65	47	1	1	49	1.23
95415--95483	32	2.0	33	83	10	86	43	4	2	49	1.37
96097--96184	43	2.1	41	85	6	115	40	22	14	21	1.90
96438--96580	43	3.3	42	72	14	110	34	18	12	34	1.88
96607--96731	21	5.9	21	82	3	151	40	14	7	37	1.73
96607--96731	43	2.9	44	88	3	175	40	14	7	37	1.73
97177--97565	63	6.2	63	81	1	422	29	26	9	34	1.88
97195--97568	126	3.0	125	83	3	475	28	26	10	35	1.89
97153--97565	189	2.2	187	85	3	540	29	26	10	34	1.89
98267--98329	9	7.6	8	79	13	58	6	14	0	79	0.92
98282--98327	7	6.3	7	80	9	56	4	13	0	82	0.81
98274--98327	15	3.5	15	73	14	56	5	12	0	81	0.85
98685--98730	24	1.9	24	86	8	67	4	23	2	69	1.17
98704--98744	16	2.5	16	88	4	55	4	21	2	70	1.18
100853--100903	19	2.6	19	82	14	52	39	3	0	56	1.18
100854--100952	17	5.4	17	68	23	58	46	3	1	49	1.24
101225--101265	11	3.6	11	83	6	55	53	0	2	43	1.13
101523--101562	13	2.9	15	82	14	50	45	0	0	55	0.99
101509--101566	19	3.1	18	79	16	55	44	1	0	53	1.10
101847--101893	23	2.0	24	83	4	60	42	6	2	48	1.40
102125--102169	19	2.3	20	84	3	65	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102485--102577	36	2.7	36	79	12	88	46	2	2	49	1.26
102789--102830	15	2.9	14	86	13	50	45	2	2	50	1.27
102981--103053	31	2.4	29	75	20	69	42	1	4	52	1.29
103884--103935	23	2.2	24	76	10	63	42	1	0	55	1.10
104399--104554	53	2.8	52	72	19	129	49	2	1	46	1.26
104507--104606	14	7.8	14	67	24	53	52	0	0	48	1.00
104555--104612	17	3.3	18	83	9	75	53	0	0	46	1.00
104514--104740	12	18.2	13	67	21	64	51	0	0	47	1.13
104844--104996	22	7.2	21	70	25	83	49	0	0	49	1.05
104890--105014	5	28.5	4	71	24	60	52	0	0	46	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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