genome.fa.s246.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168071.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_32, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  761692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243753--243811	20	2.8	21	75	10	57	40	0	0	59	0.97
243920--243986	13	5.0	13	80	8	64	47	2	2	46	1.33
243981--244015	17	2.1	17	88	0	52	45	2	0	51	1.16
243999--244056	12	4.9	12	74	15	50	48	3	1	46	1.29
244466--244536	33	2.2	32	80	14	83	43	2	2	50	1.31
244872--244997	20	6.1	20	66	21	57	54	1	0	43	1.09
244953--244990	13	2.8	13	92	8	58	50	0	0	50	1.00
245205--245247	22	2.0	22	81	9	52	39	0	4	55	1.20
245283--245330	13	3.6	13	83	10	62	58	0	0	41	0.98
245611--246070	181	2.6	182	79	5	461	40	6	9	43	1.64
247721--247977	142	1.8	140	81	8	322	41	11	7	40	1.68
247993--248060	27	2.4	28	76	11	77	60	4	0	35	1.17
247995--248061	26	2.6	27	75	13	77	59	4	0	35	1.18
248531--248571	16	2.4	18	84	12	59	36	0	2	60	1.10
249179--249212	18	2.0	17	88	11	52	47	2	5	44	1.42
249659--249703	23	2.0	23	86	0	63	26	0	4	68	1.08
249661--249703	15	2.9	14	83	10	50	25	0	4	69	1.07
249380--250139	181	4.2	177	77	8	590	40	8	8	41	1.67
250156--250202	18	2.7	18	80	12	62	40	10	4	44	1.59
250161--250801	181	3.5	180	80	4	650	37	11	9	41	1.73
250526--250559	18	2.0	17	88	11	52	44	11	2	41	1.56
250532--251077	299	1.8	301	83	2	740	38	11	8	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250828--252095	181	7.1	181	79	5	1216	42	10	8	39	1.69
250165--251460	661	2.0	661	82	3	1604	39	11	8	40	1.71
250828--252092	360	3.5	355	79	6	1205	42	10	8	39	1.69
253248--253303	19	3.1	18	78	12	60	42	3	1	51	1.29
253389--253442	23	2.2	25	81	15	69	51	0	3	44	1.19
253401--253441	12	3.3	12	83	6	55	53	0	2	43	1.13
253714--253760	21	2.2	21	84	0	58	51	0	2	46	1.13
253730--253804	14	5.2	15	72	21	63	50	0	1	48	1.09
254567--254965	181	2.2	179	80	7	421	43	10	7	38	1.68
255253--255322	30	2.4	29	81	9	88	44	0	4	51	1.21
256013--256059	17	2.8	17	81	12	53	48	0	2	48	1.13
256036--256108	26	2.7	28	72	22	66	46	4	2	46	1.36
256192--256234	16	2.7	15	82	10	59	60	0	2	37	1.10
257619--257654	12	3.0	12	88	11	56	41	0	2	55	1.14
257714--257749	15	2.5	15	90	4	56	41	2	5	50	1.40
258832--258861	15	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
259462--259524	15	3.9	16	78	19	69	44	0	0	55	0.99
259889--259967	31	2.4	33	79	10	83	51	2	6	39	1.41
260041--260081	14	3.1	14	83	13	52	48	0	0	51	1.00
260186--261349	180	6.5	181	75	7	714	42	9	7	39	1.67
260124--263634	361	9.9	359	73	9	2365	41	10	8	39	1.68
260407--261388	538	1.8	536	79	8	1150	43	9	8	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261489--263634	181	12.0	180	76	7	1679	41	10	7	40	1.68
261463--263641	542	4.1	535	77	6	1893	41	10	7	40	1.68
263898--263936	19	2.1	19	90	0	60	48	2	0	48	1.15
264222--264275	18	2.8	20	75	18	60	57	0	3	38	1.17
264385--264414	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
264359--264481	23	5.4	22	71	12	70	42	2	2	52	1.27
265518--267744	181	12.4	178	77	7	1825	40	8	10	40	1.69
265518--267720	899	2.5	893	79	6	2225	40	8	10	41	1.69
268029--268361	181	1.8	181	81	3	411	43	8	8	39	1.66
267083--268371	646	2.0	655	81	5	1545	41	8	10	38	1.71
268340--268375	19	1.9	19	94	5	65	44	8	5	41	1.58
268400--271132	181	15.1	181	73	8	1747	41	10	8	40	1.68
268917--270196	356	3.6	352	75	8	831	41	10	7	41	1.67
270059--270757	361	1.9	359	80	5	793	39	10	9	40	1.72
270733--270781	19	2.5	19	86	3	71	32	20	6	40	1.77
271534--271573	16	2.4	17	83	8	55	60	2	0	37	1.11
271863--271912	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
272333--273241	181	5.0	180	76	9	759	39	8	9	42	1.68
272611--273228	182	3.4	182	80	5	564	38	8	9	43	1.68
273254--273297	14	3.1	14	83	0	52	47	0	0	52	1.00
273240--273283	14	3.1	14	83	9	54	56	0	0	43	0.99
273603--273871	139	1.9	140	83	6	350	46	10	6	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273777--274141	173	2.1	174	79	8	380	44	10	6	38	1.65
275708--277491	181	9.7	181	70	14	909	42	9	8	39	1.67
276203--276259	18	3.2	18	75	12	64	36	8	7	47	1.62
275708--276627	360	2.6	360	80	8	991	42	8	7	41	1.64
277662--277707	22	2.0	22	87	8	65	43	0	0	56	0.99
277669--277725	24	2.5	24	81	16	59	47	1	0	50	1.11
277814--277882	18	3.7	18	72	14	59	49	4	0	46	1.21
279761--279790	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
279973--280013	19	2.2	19	86	0	55	43	2	4	48	1.37
280039--280130	34	2.7	35	77	17	104	46	0	3	50	1.17
280521--280617	32	3.1	31	74	14	90	46	2	1	50	1.20
281227--281257	15	2.0	16	93	6	55	48	6	0	45	1.28
281932--281982	24	2.1	25	85	3	68	43	1	0	54	1.11
282103--282128	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
282476--282516	19	2.1	20	86	4	57	46	0	2	51	1.14
282498--282567	25	2.7	25	82	10	70	45	2	2	48	1.32
282591--282629	20	2.0	20	85	10	53	35	0	5	58	1.20
283714--283780	34	2.0	34	82	5	82	40	1	1	56	1.17
283803--283870	34	1.9	36	85	11	97	44	1	1	52	1.19
284141--284180	21	1.9	21	85	10	55	42	2	2	52	1.28
284424--284492	12	5.4	12	71	19	50	50	2	1	44	1.25
284423--284498	28	2.5	29	81	16	84	50	2	1	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284549--284609	29	2.1	28	85	8	79	50	1	0	47	1.10
285510--285641	68	1.9	69	83	7	171	21	11	7	59	1.57
285622--285655	16	2.1	16	89	10	52	23	0	0	76	0.79
287063--287231	43	3.9	43	74	12	164	33	17	13	35	1.88
287252--287515	21	11.9	22	73	12	161	32	14	12	40	1.83
287253--287469	67	3.3	68	78	7	225	33	13	12	40	1.82
287408--287492	25	3.6	24	75	15	88	31	11	11	44	1.77
287255--287518	46	5.9	44	77	9	227	33	13	12	40	1.82
289419--289457	19	2.1	18	90	4	60	56	0	0	43	0.99
289775--289818	11	3.7	11	77	16	52	52	0	0	47	1.00
289789--289836	16	2.9	16	81	12	62	45	0	2	52	1.12
289769--289856	25	3.5	25	78	14	85	53	1	1	44	1.15
289786--289851	18	3.9	18	74	16	61	53	0	1	45	1.09
289927--289974	16	3.3	14	78	18	53	60	2	2	35	1.20
290114--290161	25	1.9	25	83	8	62	47	0	2	50	1.12
292545--292578	18	2.0	17	88	11	52	41	2	11	44	1.56
292301--292885	181	3.2	180	80	6	585	41	8	10	38	1.71
292905--292994	23	3.8	23	71	17	69	48	0	3	47	1.18
293089--293131	10	4.6	9	86	11	50	48	0	0	51	1.00
293088--293131	19	2.3	19	80	7	54	50	0	0	50	1.00
293245--293319	23	2.9	26	72	22	77	44	2	2	50	1.30
293263--293306	19	2.2	20	84	11	56	36	4	2	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293603--293658	18	3.1	18	77	15	53	53	3	3	39	1.36
293854--293905	22	2.2	25	83	10	74	55	0	0	44	0.99
293854--293898	17	2.6	17	82	6	56	55	0	0	44	0.99
293953--294011	21	2.7	21	84	5	73	45	5	3	45	1.42
293994--294039	17	2.8	16	78	15	58	52	0	4	43	1.21
294859--294926	35	1.9	36	85	8	95	55	1	2	39	1.24
295767--295827	17	3.3	19	80	19	67	55	0	4	39	1.21
295835--295939	34	3.1	33	73	12	95	47	0	0	52	1.00
295859--295962	13	8.3	13	70	18	60	50	0	0	50	1.00
295876--295962	26	3.3	26	75	9	77	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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