genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4083--4149	33	2.0	33	82	0	80	31	16	14	37	1.89
4207--4247	20	2.0	20	90	0	64	43	7	12	36	1.70
7955--8147	104	1.9	104	88	2	298	31	17	17	33	1.93
7955--8127	52	3.3	52	95	0	301	30	17	17	34	1.93
8222--8246	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8201--8266	32	2.0	33	91	2	107	37	16	10	34	1.83
15456--15510	27	2.0	27	96	0	101	41	23	21	12	1.88
22216--22256	21	2.0	20	85	9	55	53	0	0	46	1.00
22566--22609	20	2.1	21	87	4	63	43	0	0	56	0.99
22532--22647	48	2.3	49	80	14	123	47	0	0	52	1.00
24728--24763	13	2.8	13	86	0	54	19	41	5	33	1.75
25731--27277	774	2.0	775	95	0	2801	32	16	24	27	1.96
35199--35251	13	4.1	13	76	14	56	41	1	0	56	1.10
35199--35251	19	2.8	18	78	18	54	41	1	0	56	1.10
35199--35251	6	8.1	7	78	17	53	41	1	0	56	1.10
39118--39192	34	2.2	34	90	0	114	52	8	4	36	1.50
45361--45398	2	18.5	2	84	15	51	50	2	2	44	1.30
46331--46371	20	2.0	20	90	0	64	34	4	21	39	1.75
52420--52482	20	3.2	20	83	0	81	41	7	14	36	1.75
56932--56986	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
57058--57083	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
57039--57102	33	1.9	33	84	6	85	42	17	12	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62966--63004	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
63125--63170	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
65463--65517	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
65589--65614	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
65570--65634	33	2.0	33	84	6	87	43	16	12	27	1.84
66783--67212	117	3.7	115	78	4	384	30	16	10	42	1.81
69898--69949	21	2.5	21	69	12	52	32	17	19	30	1.95
69996--70020	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
70082--70106	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
70115--70239	52	2.4	52	94	0	214	36	17	17	28	1.93
79612--79673	23	2.7	22	78	7	70	4	19	40	35	1.73
82157--82231	28	2.6	29	79	12	91	28	25	14	32	1.95
82230--82516	78	3.6	78	77	7	251	29	20	9	39	1.85
82859--82908	24	2.2	24	85	7	68	18	4	14	64	1.44
93072--93162	32	2.8	33	77	9	89	38	28	16	16	1.90
93085--93162	16	4.8	16	78	13	79	39	28	15	16	1.89
94033--94071	15	2.6	15	83	0	51	46	33	10	10	1.72
98599--98661	5	11.6	5	75	14	54	28	0	3	68	1.05
100823--100896	36	2.1	36	92	0	121	52	9	6	31	1.60
102166--102199	16	2.1	16	94	0	59	50	14	17	17	1.79
103687--103760	21	3.6	20	85	3	85	36	12	17	33	1.87
103899--103942	21	2.1	21	100	0	88	36	13	22	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105304--105329	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
107546--107590	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
109393--109423	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
111493--111531	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
114078--114103	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120536--120674	54	2.7	50	81	13	174	26	15	15	42	1.87
120556--120654	29	3.5	29	71	17	91	26	14	17	42	1.87
122976--123260	79	3.6	79	78	5	265	28	23	12	35	1.92
123193--123310	52	2.3	51	85	4	148	28	26	11	33	1.90
123118--123358	131	1.8	131	81	8	303	27	24	12	36	1.90
123245--123436	79	2.4	80	86	4	273	26	27	13	32	1.94
123035--123453	210	2.0	211	82	5	508	27	24	12	35	1.91
128464--128515	19	2.6	21	84	6	72	38	11	15	34	1.83
130973--131081	51	2.1	51	86	3	148	31	22	12	33	1.92
131389--131461	27	2.6	28	91	6	114	24	30	19	26	1.98
131447--131565	50	2.4	51	91	2	195	27	27	15	29	1.96
131417--131861	129	3.4	129	94	1	741	27	26	14	31	1.95
131029--131643	79	7.9	79	73	11	399	27	25	14	32	1.95
131576--131694	50	2.4	51	92	2	204	27	28	15	28	1.96
131627--131771	79	1.8	78	91	1	236	26	27	15	29	1.96
131705--131820	51	2.3	51	89	0	178	27	25	15	31	1.96
144544--144692	52	2.9	51	88	4	226	30	17	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144681--144705	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
144746--144812	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
144768--144792	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
145623--145834	52	4.2	52	75	12	199	34	16	25	24	1.95
145730--145819	43	2.1	43	91	0	144	32	16	24	26	1.96
145830--146278	57	7.5	59	76	9	319	26	16	28	28	1.97
145830--146273	88	4.9	88	75	10	371	26	16	27	29	1.97
146104--146275	29	6.0	27	79	8	110	24	16	29	29	1.97
145830--146273	30	14.8	30	77	9	291	26	16	27	29	1.97
147710--147815	1	106.0	1	73	0	77	1	1	10	85	0.74
147710--147814	17	6.4	16	75	18	92	1	1	10	85	0.75
147710--147815	9	11.6	9	82	11	126	1	1	10	85	0.74
147710--147814	35	2.9	36	88	8	151	1	1	10	85	0.75
154441--154506	33	2.0	33	93	0	114	39	15	30	15	1.88
155073--155112	19	2.1	19	86	9	55	82	0	17	0	0.67
155047--155104	8	7.2	8	81	14	50	86	5	8	0	0.71
156079--156598	61	8.4	61	81	6	521	25	26	18	29	1.98
156079--156597	190	2.8	184	81	6	611	25	26	18	29	1.98
156586--156695	42	2.7	41	80	12	143	25	23	13	37	1.92
156586--156762	82	2.1	81	82	5	212	24	21	14	39	1.91
156586--156832	40	6.2	40	72	14	154	23	21	14	40	1.89
157433--157598	50	3.3	49	85	3	215	28	13	13	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157433--157618	50	3.7	49	79	8	187	29	14	13	43	1.83
160146--160407	78	3.3	79	83	2	330	26	24	14	34	1.94
161614--161675	31	2.0	30	87	3	88	51	0	1	46	1.10
162819--162867	18	2.6	18	81	15	55	40	20	4	34	1.71
166505--166538	17	2.0	17	88	0	50	8	2	2	85	0.80
166498--166539	9	4.8	9	82	5	50	7	2	9	80	0.97
166498--166549	13	4.1	12	76	11	50	7	1	9	80	0.97
167421--167446	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
167485--167560	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
167506--167578	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
167485--167578	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
168199--168264	34	1.9	34	100	0	132	45	24	3	27	1.68
170058--170096	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
170082--170160	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
176318--176393	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
176339--176411	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
176318--176411	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
176881--176907	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
183081--183132	20	2.6	20	96	0	95	28	15	13	42	1.85
183121--183159	12	3.2	12	89	7	60	35	15	17	30	1.91
183993--184055	33	1.9	33	86	0	90	23	30	19	26	1.98
184976--185030	19	2.8	20	91	2	85	30	16	16	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186797--186839	18	2.3	19	88	8	61	62	6	0	30	1.21
186950--187009	30	2.0	29	93	3	102	25	18	11	45	1.83
188802--188925	34	3.7	34	97	1	232	20	0	38	41	1.52
188907--188944	18	2.1	18	90	9	60	23	0	39	36	1.55
188877--188978	52	1.9	53	96	2	188	21	0	40	38	1.54
188843--189074	86	2.6	90	96	2	427	20	0	39	39	1.56
188904--189045	22	6.5	22	71	24	106	20	0	39	39	1.58
188929--189023	34	2.8	34	98	0	181	20	0	41	38	1.52
188963--189074	56	2.0	56	96	0	206	20	0	39	39	1.59
188795--189057	68	3.8	68	74	20	231	20	0	38	40	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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