genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271127--2271181	28	2.0	28	85	7	76	21	27	18	32	1.96
2270972--2271282	109	2.9	107	80	6	308	27	25	14	32	1.94
2271159--2271331	80	2.2	79	82	3	204	28	21	14	35	1.93
2278174--2278240	11	6.7	10	77	17	68	85	8	5	0	0.75
2278171--2278216	17	2.5	19	82	10	69	84	13	2	0	0.71
2278173--2278242	25	2.8	25	85	12	90	84	10	5	0	0.78
2278171--2278239	34	2.1	34	81	13	81	84	10	5	0	0.78
2278182--2278244	13	4.8	13	78	16	58	84	7	7	0	0.79
2279228--2279693	55	8.3	56	85	5	541	28	28	19	23	1.98
2279231--2279693	165	2.8	164	86	4	604	28	28	19	23	1.98
2279714--2279797	28	3.0	28	63	6	71	26	27	21	25	1.99
2279508--2279913	211	1.9	205	85	4	553	27	28	19	25	1.99
2279715--2279972	116	2.2	117	86	4	344	27	26	20	25	1.99
2279715--2280030	61	5.3	60	78	10	296	26	26	20	25	1.99
2279736--2280025	62	4.8	61	78	9	294	26	25	20	27	1.99
2280006--2280174	42	3.9	41	73	18	130	20	25	13	40	1.89
2280006--2280204	46	4.5	44	74	14	151	20	25	14	40	1.90
2280129--2280230	46	2.3	43	81	8	114	18	24	10	46	1.81
2280257--2280351	38	2.4	38	84	8	111	21	26	10	42	1.85
2280937--2281006	20	3.8	20	70	24	64	28	14	11	45	1.79
2280952--2280976	13	1.9	13	100	0	50	28	16	8	48	1.74
2280955--2281018	13	5.4	13	70	21	50	31	17	10	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280945--2281037	33	2.8	33	88	0	123	32	17	8	41	1.79
2283361--2283525	51	3.3	51	78	5	156	30	26	11	32	1.91
2283513--2283583	28	2.6	27	84	8	90	23	30	18	26	1.97
2283621--2283694	28	2.7	28	83	6	98	21	29	21	27	1.99
2283463--2283741	109	2.6	106	81	5	344	28	25	13	32	1.94
2283678--2283839	51	3.2	50	77	6	173	30	23	11	34	1.90
2283803--2283963	79	2.0	80	84	5	211	26	22	13	37	1.91
2283815--2284010	79	2.5	79	77	11	204	25	23	15	35	1.94
2285972--2286025	20	2.7	21	85	8	76	31	14	16	37	1.89
2288602--2288685	13	7.1	13	70	20	76	38	14	13	34	1.85
2288628--2288684	24	2.6	21	75	17	62	38	14	14	33	1.85
2293453--2293505	20	2.6	21	79	8	65	26	13	16	43	1.85
2293453--2293511	20	3.0	19	80	7	64	23	11	20	44	1.85
2295587--2295629	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
2296070--2296108	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2302278--2302303	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2302258--2302322	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
2302375--2302429	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
2303208--2303235	3	9.3	3	100	0	56	32	32	0	35	1.58
2305560--2305605	4	11.5	4	82	17	60	71	0	26	2	0.97
2305595--2305625	9	3.3	9	95	4	53	87	0	12	0	0.55
2305560--2305622	16	3.9	17	80	10	71	76	0	22	1	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312041--2312087	16	3.1	16	79	17	55	70	10	14	4	1.31
2312032--2312109	37	2.1	36	81	11	88	70	10	14	5	1.31
2313399--2313730	28	12.0	28	90	3	496	23	32	15	28	1.95
2313399--2313730	55	6.0	55	88	4	499	23	32	15	28	1.95
2314699--2314780	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2314763--2314933	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2314916--2314991	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2317453--2317478	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2317432--2317498	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2317518--2317585	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2317540--2317564	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2317521--2317583	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2317621--2317698	21	3.8	21	86	8	115	32	12	16	38	1.87
2317621--2317698	41	1.9	41	89	5	122	32	12	16	38	1.87
2317872--2317934	27	2.3	27	97	0	117	20	31	19	28	1.97
2317902--2318381	32	16.2	30	83	7	408	28	31	18	21	1.97
2318383--2318489	32	3.3	32	93	0	178	30	32	17	18	1.95
2318511--2318630	49	2.6	45	78	10	125	20	27	20	31	1.97
2319716--2319761	4	11.5	4	82	17	60	71	0	26	2	0.97
2319716--2319778	16	3.9	17	80	10	71	76	0	22	1	0.88
2321785--2321851	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2322321--2322359	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322354--2322451	47	2.1	48	82	1	117	38	11	22	27	1.88
2322440--2322471	10	3.2	10	90	0	55	40	6	28	25	1.79
2322494--2322630	53	2.6	53	94	1	238	26	17	18	37	1.93
2322600--2322670	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
2326071--2326129	21	2.8	21	86	0	73	61	0	22	16	1.35
2330740--2330791	20	2.6	20	76	11	54	40	11	13	34	1.81
2333747--2333800	12	4.0	13	80	15	65	46	0	0	53	1.00
2333736--2333809	29	2.5	29	84	2	103	54	0	0	45	1.00
2335886--2336343	232	2.0	231	91	1	747	42	11	18	28	1.84
2339336--2339386	21	2.5	21	87	6	70	35	11	17	35	1.87
2339482--2339523	20	2.0	20	86	4	57	35	16	7	40	1.76
2342717--2342769	17	3.0	17	78	13	54	45	0	5	49	1.26
2344524--2344580	20	2.8	20	87	7	80	29	21	10	38	1.87
2344605--2344659	20	2.8	20	91	2	94	40	14	12	32	1.84
2344645--2344671	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2351671--2351697	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2351651--2351716	33	2.0	33	88	5	98	39	13	15	31	1.86
2352052--2352409	179	2.0	179	96	0	662	36	13	14	36	1.85
2353075--2353124	17	2.8	18	93	6	84	42	0	10	48	1.37
2353998--2354022	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2354682--2354723	15	2.9	14	89	7	57	2	9	2	85	0.77
2358345--2358468	62	2.0	62	98	0	239	36	9	10	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2366340--2366385	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
2372164--2372206	20	2.2	20	83	8	52	44	9	0	46	1.35
2375356--2375444	42	2.1	42	100	0	178	41	2	13	42	1.56
2377448--2377810	80	4.5	80	80	6	385	31	11	26	30	1.91
2377448--2377780	161	2.1	161	82	7	399	32	9	26	31	1.89
2380256--2380368	52	2.2	52	85	3	147	42	12	15	29	1.84
2380425--2380478	20	2.7	20	85	2	72	35	14	11	38	1.82
2382164--2382193	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
2384066--2384461	157	2.5	157	82	6	473	25	23	14	36	1.93
2384066--2384461	79	5.1	78	79	6	379	25	23	14	36	1.93
2386246--2386290	22	2.0	22	100	0	90	28	35	8	26	1.87
2389395--2389444	24	2.1	24	82	14	59	84	6	4	6	0.88
2389875--2390087	32	6.8	30	85	6	239	23	30	15	29	1.96
2389875--2390081	61	3.3	62	87	6	285	24	30	16	28	1.96
2390092--2390306	27	7.2	27	71	20	160	20	36	12	30	1.90
2389966--2390332	34	11.6	33	77	12	281	20	35	13	30	1.92
2390088--2390332	61	4.0	61	95	0	427	20	37	12	29	1.90
2390280--2390356	34	2.3	34	81	4	93	22	35	12	29	1.91
2390341--2390506	32	5.1	32	79	6	190	29	34	16	19	1.93
2390346--2390506	65	2.5	66	86	5	211	30	35	16	17	1.92
2390521--2391280	49	16.0	48	84	8	880	24	25	17	32	1.97
2390603--2391261	92	7.0	92	89	3	922	24	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2390521--2391280	141	5.3	143	83	8	913	24	25	17	32	1.97
2392073--2392100	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2395416--2396774	61	22.4	62	76	10	978	26	23	17	33	1.96
2396446--2396775	60	5.5	60	83	2	378	26	23	18	31	1.97
2396776--2396901	43	2.9	43	85	1	153	19	28	13	38	1.90
2397672--2397726	20	2.7	21	85	2	67	25	10	12	50	1.73
2400795--2400923	52	2.5	52	96	0	231	29	17	17	35	1.93
2400795--2400943	52	2.9	51	89	4	219	30	16	18	34	1.93
2400932--2400990	13	4.9	13	73	26	67	35	13	16	33	1.88
2400932--2400996	34	1.9	34	100	0	130	33	12	18	35	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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