genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1917047--1917078	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
1920524--1920578	26	2.1	26	83	6	67	38	0	1	60	1.08
1920561--1920611	13	3.6	14	79	12	50	60	0	0	39	0.97
1920579--1920624	16	2.9	15	81	12	56	65	0	2	32	1.05
1921471--1921500	15	2.0	15	93	0	51	30	0	50	20	1.49
1929263--1929288	6	4.3	6	100	0	52	69	0	15	15	1.20
1930734--1930839	54	2.0	54	96	0	194	37	16	16	29	1.91
1933838--1933882	20	2.1	21	84	8	56	55	4	20	20	1.60
1935686--1935716	15	2.1	15	93	0	53	48	19	19	12	1.81
1937569--1937600	8	4.0	8	100	0	64	12	0	25	62	1.30
1937803--1937841	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
1941202--1941260	29	2.0	29	93	0	100	27	20	10	42	1.84
1943699--1943735	3	12.3	3	88	0	56	40	0	29	29	1.57
1949576--1949694	52	2.3	51	94	4	204	30	17	18	33	1.94
1949576--1949714	52	2.7	50	85	13	176	31	17	18	32	1.94
1949703--1949727	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1949792--1949816	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1949770--1949836	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1950635--1951019	171	2.3	168	90	5	611	36	14	24	24	1.93
1950706--1950864	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
1950915--1951047	43	3.1	42	81	9	126	33	17	25	24	1.96
1950944--1951139	43	4.5	42	82	11	148	30	18	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1950978--1951451	49	9.9	49	86	5	659	31	17	26	24	1.97
1950978--1951451	98	5.0	98	97	1	828	31	17	26	24	1.97
1951481--1951545	33	1.9	34	96	3	123	16	18	36	27	1.93
1951550--1951963	34	12.8	33	79	12	405	31	12	34	21	1.91
1951645--1951974	66	5.0	67	77	12	303	32	12	34	20	1.90
1951582--1951969	160	2.4	155	84	9	514	31	12	34	21	1.91
1951550--1951967	194	2.1	192	84	10	521	31	12	34	21	1.91
1951944--1952088	31	4.7	30	82	6	157	28	17	28	24	1.98
1951550--1952057	34	15.8	32	79	11	400	31	13	32	21	1.92
1951912--1952085	93	1.9	93	82	2	224	28	17	31	22	1.97
1953039--1953063	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
1960367--1960485	52	2.3	51	94	4	204	30	17	18	33	1.94
1960367--1960505	52	2.7	50	85	13	176	31	17	18	32	1.94
1960494--1960518	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1960583--1960607	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1960561--1960627	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1965302--1965326	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1967252--1967369	51	2.3	51	86	2	157	30	12	27	28	1.93
1967354--1967429	27	2.8	28	85	4	109	23	19	32	23	1.97
1967413--1967637	51	4.3	51	73	16	201	29	12	27	30	1.93
1967246--1967633	157	2.5	158	86	2	494	30	12	27	28	1.93
1967511--1967584	28	2.7	27	87	8	105	27	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1969886--1969988	20	5.5	20	81	17	132	39	15	18	26	1.90
1969901--1969971	33	2.2	33	97	0	133	38	15	19	26	1.92
1969888--1969988	53	1.9	53	93	4	177	39	15	18	25	1.91
1969921--1969951	13	2.4	13	94	0	53	35	16	19	29	1.93
1970004--1970033	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
1970015--1970071	20	2.8	20	91	0	96	47	14	12	26	1.79
1970655--1970754	40	2.4	41	85	6	123	45	11	26	18	1.82
1970655--1970755	41	2.5	40	82	10	116	44	10	26	17	1.82
1970760--1970954	42	4.5	45	76	11	169	39	14	25	20	1.90
1970926--1971170	61	4.0	62	80	8	268	28	20	27	23	1.99
1971211--1971513	117	2.7	109	83	7	356	24	21	26	28	1.99
1971211--1971511	55	5.4	55	82	8	347	23	21	26	28	1.99
1971313--1971708	211	1.8	215	86	4	575	27	19	28	25	1.99
1971519--1971714	62	3.2	62	89	2	306	31	17	27	23	1.97
1971727--1971962	43	5.5	42	79	10	214	37	12	28	21	1.90
1971702--1971941	88	2.7	88	79	10	276	41	9	29	19	1.83
1971938--1972419	55	8.4	55	80	10	488	27	20	24	26	1.99
1971932--1972401	232	2.0	232	85	4	635	28	20	24	26	1.99
1973493--1973552	12	5.0	12	72	8	50	0	8	8	83	0.82
1973523--1973551	15	1.9	15	100	0	58	0	0	17	82	0.66
1985661--1985704	23	2.0	22	81	4	52	68	13	0	18	1.22
1985918--1985953	17	2.1	17	94	0	63	44	0	11	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1985962--1986151	79	2.4	79	82	3	204	35	15	23	25	1.94
1986126--1986242	51	2.3	51	79	5	121	33	14	24	27	1.94
1986225--1986298	28	2.6	28	83	10	98	24	16	33	25	1.95
1986285--1986398	50	2.3	50	89	4	167	30	11	27	30	1.91
1986386--1986454	28	2.4	29	81	13	90	27	17	28	26	1.97
1986216--1986504	157	1.8	157	91	2	474	31	12	28	28	1.92
1986285--1986517	50	4.5	50	69	18	165	32	11	27	29	1.92
1988803--1988876	20	3.7	19	87	7	103	41	13	16	28	1.86
1988892--1988921	13	2.3	13	94	0	51	36	13	20	30	1.90
1991711--1991767	20	2.8	21	89	5	82	38	14	15	31	1.87
1991645--1991849	71	2.9	71	92	2	335	39	13	17	30	1.87
1991780--1991838	20	2.9	21	82	7	77	38	11	15	33	1.84
1992348--1992403	21	2.7	21	86	2	78	35	8	12	42	1.74
1992866--1992904	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
1993531--1993619	36	2.6	33	84	15	112	29	12	25	32	1.92
1996566--1996591	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1996546--1996609	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
1996546--1996609	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
1998707--1998749	20	2.1	21	86	4	61	9	23	44	23	1.82
1999190--1999226	12	2.9	13	88	8	58	32	16	16	35	1.91
2001307--2001337	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2005396--2005447	19	2.7	20	90	6	88	28	11	15	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2006239--2006974	154	4.9	154	81	9	834	48	9	9	31	1.68
2006841--2006900	30	2.1	29	81	9	70	55	8	1	35	1.40
2008141--2008591	43	10.4	43	72	4	262	35	15	28	21	1.93
2008105--2008408	133	2.3	133	95	0	554	32	15	29	21	1.95
2009246--2009315	20	3.5	20	80	0	86	34	14	11	40	1.82
2009274--2009397	62	2.0	62	93	0	212	30	16	11	41	1.83
2011957--2012045	13	5.9	13	72	27	70	34	13	17	33	1.89
2011937--2012066	32	4.0	32	97	1	242	34	12	17	35	1.87
2011935--2012064	19	7.8	18	70	29	110	33	12	17	36	1.87
2012107--2012131	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2015237--2015357	52	2.3	52	94	2	208	28	17	18	36	1.93
2015237--2015377	52	2.7	51	87	8	196	29	17	18	34	1.93
2015366--2015390	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2015460--2015484	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2016413--2016572	43	3.2	52	76	16	149	34	16	23	25	1.96
2016441--2016572	43	2.8	47	80	14	164	31	18	23	26	1.97
2016522--2016975	170	2.7	170	93	2	743	37	13	26	22	1.91
2016935--2017965	49	21.8	49	81	10	1152	31	18	25	25	1.97
2016935--2017965	92	10.9	92	91	3	1416	31	18	25	25	1.97
2016931--2017965	187	5.5	187	93	3	1535	31	18	25	24	1.97
2017965--2018105	34	4.2	34	91	0	232	19	17	35	27	1.94
2017965--2018105	67	2.1	67	92	2	230	19	17	35	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2018113--2018967	34	25.7	33	88	7	1200	30	12	35	21	1.90
2018113--2018997	66	13.3	66	92	4	1258	30	12	35	21	1.91
2018113--2018997	199	4.4	198	91	4	1265	30	12	35	21	1.91
2018879--2018969	27	3.2	27	77	17	103	28	14	35	21	1.93
2018906--2019093	31	6.0	32	79	9	172	30	17	30	22	1.96
2018944--2019095	63	2.5	62	88	4	209	28	17	29	23	1.97
2024060--2024102	21	2.0	21	100	0	86	27	20	23	27	1.99
2027343--2027463	52	2.3	52	95	2	217	28	18	18	35	1.94
2027343--2027483	52	2.7	51	88	8	205	29	17	18	34	1.94
2027472--2027496	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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