genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688555--688622	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
688577--688601	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
688558--688620	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
688678--688734	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
688739--688794	1	56.0	1	94	0	85	3	1	0	94	0.35
688744--688797	27	2.0	27	100	0	108	7	3	0	88	0.61
691556--691611	24	2.3	24	100	0	112	28	17	7	46	1.75
692539--692775	97	2.5	97	82	2	271	36	12	23	27	1.91
695106--695160	20	2.7	20	82	2	65	38	16	12	32	1.86
696141--696219	32	2.4	33	91	2	133	43	13	13	29	1.83
696314--696352	21	1.9	21	89	5	62	33	20	10	35	1.86
698919--699037	53	2.2	52	78	11	125	45	1	0	52	1.10
700035--700868	166	5.1	160	81	9	710	29	10	9	50	1.69
700157--700868	166	4.3	164	84	6	809	29	10	9	50	1.69
700140--700867	329	2.2	330	83	5	902	28	10	9	50	1.69
703599--703742	45	3.2	45	91	0	234	55	20	0	22	1.48
705642--705959	138	2.3	139	87	3	453	33	12	13	40	1.82
713857--713917	5	12.2	5	77	6	61	40	1	3	54	1.27
713924--713989	23	2.9	23	84	15	93	57	0	0	42	0.98
713916--713995	23	3.8	20	74	18	72	55	0	0	45	0.99
716034--716083	3	16.3	3	91	4	82	30	0	2	68	1.01
721441--721625	99	1.9	99	86	6	268	49	9	9	31	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721585--721867	126	2.3	125	84	3	354	51	7	8	33	1.59
722182--722208	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
722821--722897	26	3.0	26	79	9	104	41	15	3	38	1.66
723352--723398	22	2.2	21	85	11	60	44	0	2	53	1.12
727015--727043	14	2.1	14	100	0	58	55	0	13	31	1.39
727159--727196	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
731624--731742	48	2.4	49	84	4	141	31	15	26	26	1.95
732107--732157	21	2.4	21	93	0	84	47	11	13	27	1.78
734204--734257	20	2.7	20	97	0	99	46	14	12	25	1.81
734193--734222	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
737030--737067	20	1.9	20	84	10	51	18	10	7	63	1.50
738380--738443	31	2.1	31	82	5	76	51	1	0	46	1.10
738663--738712	18	2.7	19	84	9	68	42	0	0	58	0.98
738669--738712	19	2.4	19	85	14	65	40	0	0	59	0.98
739317--739352	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
739451--739494	16	2.7	18	73	20	51	72	4	6	15	1.22
739971--739998	3	9.3	3	100	0	56	0	0	67	32	0.91
745247--745288	15	2.9	14	89	6	59	52	16	16	14	1.75
745248--745288	13	3.0	13	86	13	64	53	14	17	14	1.73
754174--754229	22	2.5	23	97	2	105	60	10	10	17	1.57
755142--755216	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
755139--755216	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755744--756576	32	27.2	32	91	4	960	18	17	33	30	1.94
757809--757843	12	3.0	11	88	12	52	0	0	11	88	0.51
757799--757842	13	3.4	12	87	12	61	2	2	9	86	0.75
770903--770958	22	2.5	23	97	2	105	60	10	10	17	1.57
771873--771947	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
771870--771947	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
776827--776860	5	6.6	5	86	6	50	35	0	0	64	0.94
776826--776864	11	3.6	11	89	6	62	35	0	0	64	0.94
776819--776864	21	2.2	21	92	0	74	34	0	0	65	0.93
776819--776856	10	3.7	10	89	6	58	31	0	0	68	0.90
777939--778016	30	2.6	30	78	15	106	46	2	5	46	1.38
781570--781632	34	1.9	33	84	12	85	65	7	0	26	1.20
782303--782392	45	2.0	45	100	0	180	26	26	11	35	1.90
788894--788933	8	5.0	8	88	11	64	25	0	0	75	0.81
788980--789091	56	2.0	56	96	0	206	45	15	8	31	1.75
790696--790954	8	30.4	8	66	19	89	26	2	5	65	1.26
790697--790738	15	2.6	16	88	11	59	26	0	2	71	0.98
790697--790989	17	17.8	16	67	24	80	26	2	4	65	1.26
790760--790954	9	22.5	8	68	18	90	25	2	5	66	1.27
790904--790989	33	2.6	34	80	12	90	23	1	2	73	1.02
794813--794884	36	2.0	37	83	8	94	56	2	2	37	1.28
796009--796067	30	2.0	30	83	6	75	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802322--802375	28	1.9	28	96	0	99	35	0	29	35	1.58
809405--809449	14	3.0	15	80	9	56	40	0	2	57	1.11
810252--810311	20	2.7	23	78	21	83	81	0	18	0	0.69
810258--810291	11	3.2	11	91	4	52	88	0	11	0	0.52
810253--810311	21	2.8	21	80	12	66	81	0	18	0	0.69
810843--810878	17	2.1	17	89	0	54	38	0	0	61	0.96
814204--814297	46	2.0	46	87	0	134	28	4	15	51	1.63
817855--817892	13	3.0	13	84	7	51	34	21	13	31	1.91
820419--820463	20	2.1	22	88	8	67	48	8	8	33	1.65
820672--820708	13	2.8	13	95	0	65	32	16	16	35	1.91
826880--826960	32	2.6	32	82	3	94	48	16	18	17	1.82
827162--827291	55	2.4	55	83	3	147	30	22	12	34	1.91
827183--827343	55	2.9	55	79	8	175	32	21	13	32	1.92
827198--827481	108	2.6	107	75	4	284	34	21	11	32	1.89
827680--827769	38	2.4	38	85	5	112	36	20	8	34	1.84
829443--829480	20	1.9	20	88	0	58	10	10	0	78	0.95
829457--829503	7	6.9	7	79	11	53	12	12	2	72	1.21
830819--830871	20	2.6	21	82	11	65	41	11	16	30	1.84
832463--832562	19	5.9	19	74	25	107	35	12	15	38	1.84
832465--832559	32	3.0	32	98	0	181	34	12	15	36	1.86
832484--832540	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
832602--832627	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832582--832648	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
835163--835332	52	3.3	51	76	11	175	30	24	12	32	1.92
834996--835331	104	3.2	103	72	13	306	30	25	12	32	1.92
835316--835392	28	2.8	28	88	4	102	23	32	19	24	1.97
834994--835388	212	1.9	212	88	5	602	28	26	13	31	1.93
847949--848008	1	60.0	1	77	0	57	88	6	5	0	0.63
847949--848008	14	4.1	14	85	12	77	88	6	5	0	0.63
847948--848007	25	2.4	25	88	5	86	86	8	5	0	0.69
848975--849243	55	4.9	55	93	1	450	28	29	21	20	1.98
849221--849278	30	1.9	30	100	0	116	27	25	20	25	1.99
849166--849328	85	1.9	85	96	0	299	28	29	21	20	1.98
849251--849797	55	9.9	55	86	6	712	28	29	20	22	1.98
849109--849388	140	2.0	140	95	1	508	27	30	20	21	1.98
849001--849498	250	2.0	250	94	0	872	28	30	20	21	1.98
848975--849797	305	2.6	316	85	8	1093	28	29	20	22	1.98
850608--850689	19	5.1	16	79	20	68	35	12	14	37	1.84
850628--850665	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
850727--850752	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
850707--850773	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
853260--853429	52	3.3	51	76	11	175	29	25	12	32	1.93
853093--853428	104	3.2	103	72	13	306	30	25	11	32	1.92
853413--853489	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853091--853496	212	1.9	212	87	3	602	28	26	13	31	1.93
853151--853560	107	3.8	107	73	9	271	27	27	14	30	1.95
854675--854726	20	2.5	20	87	3	68	42	9	17	30	1.81
854775--854826	22	2.5	22	87	6	72	30	19	13	36	1.90
858344--859794	55	26.3	55	90	3	2169	28	30	20	20	1.98
859575--859722	29	5.3	29	61	18	89	28	31	18	22	1.97
860318--860385	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
860320--860382	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
860339--860363	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
860425--860450	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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