genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162587--2162652	19	3.4	19	75	8	78	25	31	3	39	1.71
2162574--2162661	40	2.2	40	91	2	142	31	25	2	40	1.68
2162599--2162663	19	3.2	21	72	14	73	29	26	1	43	1.64
2164504--2164545	13	3.2	13	93	0	75	42	16	11	28	1.84
2170709--2170764	20	2.8	20	89	2	78	35	17	16	30	1.92
2170730--2170791	32	1.9	33	90	3	99	37	16	19	27	1.93
2171177--2171234	31	1.9	30	85	3	80	65	1	6	25	1.27
2175675--2175700	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2178242--2178266	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2183867--2183892	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2185604--2185629	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2185584--2185647	32	2.0	33	90	3	103	26	14	18	40	1.89
2187047--2187136	16	5.5	16	76	6	83	16	16	25	41	1.89
2187282--2187338	23	2.5	23	74	2	62	21	3	7	68	1.29
2187346--2187371	10	2.6	10	100	0	52	42	0	11	46	1.40
2187822--2187876	18	3.3	16	80	12	58	74	0	23	1	0.91
2187991--2188032	21	1.9	23	85	9	61	26	2	2	69	1.13
2187987--2188036	11	4.4	12	75	9	52	28	2	2	68	1.12
2188400--2188442	21	2.2	21	84	12	56	55	0	0	44	0.99
2188400--2188451	21	2.5	22	81	6	54	61	0	0	38	0.96
2188994--2189051	15	3.7	15	77	6	62	36	0	0	63	0.94
2189007--2189101	15	6.3	15	73	19	65	35	1	1	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189021--2189090	12	5.7	12	69	12	52	32	1	1	64	1.11
2189411--2189478	32	2.1	32	89	5	102	14	14	23	47	1.82
2189988--2190045	24	2.5	22	73	10	53	53	3	1	41	1.28
2190713--2190792	24	3.5	24	75	16	71	33	2	0	63	1.08
2191402--2191468	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2191422--2191446	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2191509--2191533	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2191488--2191555	34	2.0	34	91	5	111	35	17	13	33	1.89
2192225--2192295	34	2.1	34	82	10	83	54	1	0	43	1.08
2192254--2192305	28	2.0	25	85	11	68	48	3	1	46	1.31
2199580--2199616	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2206729--2206773	24	1.9	23	86	4	63	48	6	0	44	1.29
2206925--2206962	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
2207700--2207732	2	17.0	2	87	6	50	45	0	3	51	1.16
2208884--2208923	16	2.5	16	84	8	55	42	0	2	55	1.13
2212091--2212322	96	2.4	97	81	3	279	38	12	21	27	1.90
2214468--2214607	52	2.7	52	82	4	167	42	10	15	32	1.80
2215260--2215334	39	1.9	40	89	5	118	49	1	2	46	1.24
2215170--2215907	10	73.7	10	65	22	141	47	2	1	48	1.24
2215389--2215422	18	1.9	17	88	5	50	47	2	0	50	1.16
2215395--2215467	29	2.5	28	76	6	74	53	4	0	42	1.20
2215501--2215550	26	1.9	26	87	0	73	48	2	0	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215513--2215637	45	2.8	45	77	15	125	50	0	0	48	1.12
2215586--2215674	11	8.1	11	68	24	55	53	2	0	43	1.13
2215400--2215778	156	2.4	158	79	12	393	49	2	0	48	1.18
2215170--2215840	21	33.0	20	64	19	148	48	2	1	47	1.24
2215872--2215918	21	2.2	21	85	7	60	40	2	4	53	1.32
2215902--2215951	18	2.6	19	84	12	59	30	0	2	68	1.01
2215917--2215976	24	2.4	25	83	5	68	30	0	1	68	0.99
2215888--2215962	18	4.0	18	74	11	53	34	0	1	64	1.02
2216025--2216091	12	5.2	12	78	16	64	40	0	2	56	1.14
2216157--2216189	15	2.1	16	94	5	59	48	0	0	51	1.00
2217717--2217754	19	2.1	19	85	14	53	23	2	0	73	0.95
2218139--2218176	20	2.0	20	84	5	51	42	0	5	52	1.24
2218845--2218876	15	2.2	15	94	5	57	3	12	0	84	0.74
2219860--2219933	15	5.1	15	83	3	80	40	4	8	47	1.52
2219852--2219963	43	2.6	44	81	8	131	39	7	7	46	1.59
2221429--2221460	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2221852--2221884	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2222307--2222439	63	2.1	62	89	6	198	43	6	12	37	1.68
2223273--2223308	18	2.0	18	88	0	54	38	0	0	61	0.96
2223285--2223313	15	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
2223423--2223457	6	5.8	6	93	0	61	31	2	0	65	1.07
2223760--2223818	25	2.3	26	75	16	61	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223831--2223902	26	2.8	26	87	6	94	51	5	0	43	1.25
2224333--2224362	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
2226197--2226234	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2227528--2227584	23	2.4	23	72	18	55	57	1	0	40	1.09
2227533--2227564	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
2229376--2229434	31	1.9	31	82	0	73	47	1	3	47	1.29
2229406--2229481	19	4.2	18	77	9	66	36	1	0	61	1.04
2229424--2229472	14	3.2	16	77	16	50	34	0	0	65	0.93
2229424--2229486	27	2.5	24	89	10	90	33	0	0	66	0.92
2229419--2229497	24	3.3	24	82	8	90	36	1	0	62	1.04
2229424--2229488	11	5.7	11	74	13	60	33	0	0	66	0.92
2232637--2232665	14	2.1	14	100	0	58	48	13	20	17	1.81
2233482--2233518	10	3.9	10	86	10	51	16	35	0	48	1.46
2233482--2233518	18	2.1	18	90	10	58	16	35	0	48	1.46
2233791--2233882	10	9.2	10	67	9	53	31	25	9	33	1.88
2233764--2233992	40	5.7	40	90	4	329	32	26	10	31	1.89
2233714--2233844	30	4.4	29	70	7	75	33	25	8	32	1.86
2233768--2233992	80	2.8	80	93	0	378	31	27	9	31	1.89
2237557--2237593	10	3.9	10	86	10	51	16	35	0	48	1.46
2237557--2237593	18	2.1	18	90	10	58	16	35	0	48	1.46
2237854--2237952	10	9.9	10	72	8	67	34	23	10	32	1.88
2237839--2238067	40	5.7	40	90	4	338	32	26	10	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2237789--2237919	30	4.4	29	72	7	84	33	24	8	33	1.85
2237843--2238067	80	2.8	80	94	0	387	31	26	9	32	1.89
2238456--2238504	25	2.0	25	84	8	64	63	6	6	24	1.41
2239408--2239448	16	2.5	16	88	4	55	56	29	7	7	1.54
2239886--2239954	27	2.8	24	77	14	79	63	4	1	30	1.22
2239885--2239959	11	6.3	11	74	18	53	64	5	1	29	1.24
2240057--2240096	18	2.3	18	86	4	55	7	7	0	85	0.76
2240576--2240689	27	4.1	28	71	19	71	40	2	1	55	1.24
2242340--2242394	24	2.3	24	84	6	67	45	9	3	41	1.53
2244297--2244407	50	2.2	51	91	1	179	39	6	23	30	1.79
2248873--2249056	80	2.3	80	80	4	219	29	18	10	41	1.84
2248954--2249292	186	1.8	186	80	3	414	26	22	14	36	1.93
2249122--2249604	158	3.1	157	77	9	516	26	21	14	37	1.92
2249122--2249641	79	6.6	79	77	8	396	27	21	13	37	1.91
2251495--2251613	52	2.3	50	86	4	157	42	11	15	30	1.83
2251674--2251728	20	2.7	20	88	2	74	29	16	10	43	1.82
2252369--2252425	30	1.9	29	85	3	78	73	1	8	15	1.16
2252948--2252990	17	2.5	18	81	11	54	76	0	13	9	1.01
2255826--2255883	21	2.8	20	82	15	64	56	3	18	20	1.56
2257363--2257388	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2257434--2257489	20	2.8	20	100	0	112	41	10	14	33	1.80
2263374--2263425	20	2.6	20	87	6	70	32	17	19	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263394--2263456	33	1.9	33	90	0	99	31	14	17	36	1.90
2263504--2263581	20	3.8	20	83	11	79	33	14	19	33	1.91
2264183--2264261	41	1.9	41	97	0	149	16	17	8	56	1.64
2268418--2268447	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
2268463--2268569	20	5.7	19	71	18	91	28	16	14	40	1.88
2268500--2268530	13	2.4	13	88	0	53	32	16	12	38	1.86
2268480--2268549	33	2.1	33	91	0	113	28	18	14	38	1.90
2268465--2268569	53	2.0	53	84	3	140	29	17	13	40	1.87
2270890--2271034	51	2.8	51	78	4	150	32	24	10	33	1.89
2271021--2271093	28	2.6	28	91	0	110	26	32	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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