genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1603757--1603794	10	3.5	11	86	13	53	86	13	0	0	0.56
1603757--1603795	12	3.4	12	86	6	55	87	12	0	0	0.55
1604765--1604963	100	2.0	100	79	5	213	25	26	16	32	1.96
1604937--1604992	26	2.2	26	96	0	103	26	12	19	41	1.87
1604977--1605361	62	6.2	62	85	3	495	24	26	18	30	1.97
1604977--1605361	125	3.1	125	87	2	551	24	26	18	30	1.97
1605332--1605409	37	2.1	37	87	2	111	20	32	11	35	1.88
1605446--1605489	22	2.0	22	95	0	79	25	22	18	34	1.96
1605472--1605582	46	2.4	45	86	4	143	20	27	14	37	1.91
1605468--1605839	45	8.8	42	73	15	243	19	24	14	41	1.89
1605516--1605855	42	8.0	43	74	15	241	18	23	15	42	1.88
1605515--1605820	87	3.6	84	75	13	301	18	24	14	42	1.87
1605518--1605858	165	2.1	165	90	1	531	19	23	14	41	1.89
1606518--1606663	20	6.8	20	78	17	141	26	16	13	43	1.85
1606568--1606662	40	2.4	40	91	3	156	29	14	12	43	1.83
1609012--1609215	79	2.6	79	84	3	275	29	26	12	30	1.93
1609151--1609264	51	2.2	51	93	0	192	28	26	13	31	1.93
1609071--1609427	130	2.7	130	84	5	472	29	25	12	32	1.93
1609280--1609399	51	2.4	51	88	5	188	30	25	12	32	1.92
1609383--1609482	28	3.6	28	94	2	166	23	33	18	26	1.97
1613324--1613398	31	2.4	31	100	0	150	33	18	18	29	1.95
1614283--1615091	52	16.8	50	75	13	614	31	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1614283--1615091	101	8.4	101	80	9	641	31	17	25	25	1.97
1614379--1615091	153	5.0	149	76	14	633	31	17	25	25	1.97
1614736--1614810	39	1.9	39	91	0	123	25	21	25	28	1.99
1614681--1615034	91	4.0	90	88	3	495	28	18	25	26	1.98
1614833--1614978	39	3.5	39	74	15	139	24	19	28	28	1.98
1614863--1615088	48	4.8	48	77	11	227	28	18	27	25	1.98
1614950--1615085	51	2.8	48	88	5	184	30	19	27	22	1.98
1615092--1615560	34	14.8	32	74	15	370	35	13	30	20	1.91
1615145--1615560	33	13.3	31	73	18	244	36	12	29	21	1.91
1615252--1615581	27	11.0	27	68	20	149	35	13	29	21	1.92
1615154--1615464	60	5.1	60	82	7	356	35	13	29	21	1.92
1615119--1615567	154	2.9	149	82	10	487	35	13	30	20	1.91
1615315--1615558	94	2.7	92	84	9	304	36	13	28	21	1.91
1615400--1615581	61	2.9	61	82	8	206	35	13	29	21	1.91
1615154--1615526	121	3.0	120	80	11	370	35	13	29	21	1.92
1615577--1616304	30	23.5	30	79	5	632	32	13	28	24	1.94
1615523--1616170	154	4.2	151	79	9	462	33	14	28	23	1.94
1615359--1616304	248	3.8	247	80	7	649	33	13	28	23	1.93
1615528--1616304	61	12.6	61	83	4	740	32	13	29	24	1.94
1615623--1616304	187	3.7	187	86	3	837	32	14	28	24	1.94
1617577--1617637	29	2.1	30	81	9	72	3	4	14	77	1.07
1625290--1625332	22	2.1	20	83	12	52	48	13	9	27	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1630115--1630247	48	2.8	48	92	0	212	33	17	27	21	1.96
1630339--1631112	32	25.2	31	79	8	401	21	18	29	30	1.97
1630354--1631083	64	11.8	63	84	6	754	20	18	29	31	1.96
1630353--1631099	96	8.1	95	85	5	781	20	18	29	31	1.97
1631040--1631495	28	16.4	28	83	4	469	29	14	30	25	1.95
1631116--1631492	165	2.3	165	87	3	528	29	14	31	24	1.94
1631457--1631537	42	1.9	43	97	2	155	27	12	30	29	1.93
1631497--1631648	28	5.4	28	84	3	191	32	13	27	26	1.93
1631429--1631565	70	1.9	71	89	1	213	27	12	32	27	1.93
1631403--1631590	98	1.9	98	93	2	324	28	13	32	26	1.93
1631497--1631647	55	2.7	55	86	4	187	32	13	27	26	1.93
1651168--1651197	12	2.5	12	94	0	51	86	0	3	10	0.67
1651342--1651388	13	3.1	16	73	20	55	55	0	2	42	1.12
1651818--1651878	21	2.9	21	82	2	77	42	16	1	39	1.58
1651818--1651868	14	3.6	14	74	10	59	43	13	0	43	1.44
1652602--1652672	22	3.2	22	64	7	54	50	0	0	49	1.00
1654530--1654563	13	2.5	14	90	4	52	79	0	8	11	0.94
1654510--1654564	13	3.7	15	74	16	51	76	3	7	12	1.12
1658131--1658303	52	3.3	52	83	4	215	45	11	13	29	1.78
1659255--1659311	26	2.2	25	84	6	69	36	0	0	63	0.95
1660383--1660432	25	2.0	24	81	11	57	36	2	4	58	1.29
1663121--1663171	24	2.2	24	82	10	61	35	5	1	56	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1663430--1663479	21	2.4	22	80	6	59	54	6	0	40	1.25
1667627--1667671	23	1.9	23	86	4	63	40	11	8	40	1.72
1668426--1668492	19	3.8	19	74	22	74	37	11	14	35	1.84
1668427--1668489	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
1668446--1668470	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1670663--1670716	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
1674991--1675206	104	2.1	104	97	0	405	41	14	12	31	1.83
1675862--1675925	33	1.9	33	93	0	110	28	17	10	43	1.82
1677847--1677903	24	2.4	24	96	0	105	10	15	3	70	1.29
1678089--1678119	12	2.6	12	94	0	53	25	35	0	38	1.56
1680618--1680650	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
1681034--1681078	10	4.8	10	86	10	60	0	17	0	82	0.68
1681033--1681065	11	3.1	11	86	8	50	0	12	0	87	0.53
1681036--1681078	16	2.8	16	80	16	54	0	18	0	81	0.69
1682113--1682232	52	2.4	49	81	4	123	35	20	24	20	1.95
1685113--1685205	36	2.8	32	84	11	116	30	25	12	31	1.93
1685642--1685717	20	3.7	20	78	13	91	35	14	14	35	1.87
1685644--1685730	42	2.1	42	93	0	147	36	13	16	33	1.88
1688753--1688812	21	2.9	21	79	20	72	20	25	1	53	1.55
1688776--1688819	21	2.1	21	83	8	54	20	27	0	52	1.47
1690921--1690995	20	3.7	20	79	13	98	36	13	14	36	1.85
1690922--1691008	42	2.1	42	93	0	147	37	12	14	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1699188--1699242	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
1700155--1700229	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
1700152--1700229	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
1702422--1702474	19	2.7	20	85	8	72	39	18	13	28	1.88
1704680--1704731	21	2.4	21	80	3	68	65	3	7	23	1.35
1705907--1705963	20	2.8	20	86	7	80	38	15	17	28	1.91
1712371--1712416	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1712692--1712734	20	2.1	20	82	4	50	20	44	25	9	1.81
1714814--1714839	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1721008--1721046	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1721167--1721213	21	2.3	20	78	10	51	34	19	2	44	1.62
1722877--1722963	39	2.3	39	80	7	97	36	5	26	31	1.80
1723482--1723534	20	2.7	20	82	8	63	35	15	16	32	1.90
1723603--1723628	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1723648--1726163	886	2.8	886	97	0	4683	33	18	17	30	1.94
1726785--1726810	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1730442--1730530	46	1.9	46	88	0	133	47	13	6	32	1.69
1731206--1731334	66	2.0	66	98	0	249	30	14	14	40	1.86
1732503--1732527	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
1732474--1732542	33	2.1	33	86	10	97	37	18	13	30	1.89
1732570--1732643	20	3.8	19	84	8	87	37	17	13	31	1.89
1735180--1735219	13	3.1	13	88	0	62	40	15	15	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1741208--1741705	49	9.9	51	77	8	218	36	15	23	24	1.94
1741262--1741794	49	10.7	49	81	4	503	35	15	24	24	1.94
1741262--1741794	101	5.3	99	81	4	534	35	15	24	24	1.94
1741277--1741707	200	2.2	199	84	0	556	36	15	24	24	1.93
1741297--1741749	150	3.0	147	84	3	566	35	15	24	24	1.94
1741277--1741800	199	2.6	200	83	1	613	35	15	24	24	1.94
1741264--1741794	150	3.5	146	82	4	542	35	15	24	24	1.94
1741802--1741876	32	2.3	32	79	4	80	21	18	33	26	1.96
1741864--1741922	27	2.1	28	87	3	84	35	10	28	25	1.89
1741925--1742307	27	13.2	27	76	14	239	32	13	32	21	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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