genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2401039--2401063	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2401018--2401083	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
2403066--2403586	78	6.7	78	76	5	416	29	24	10	35	1.89
2403066--2403625	156	3.6	155	75	8	503	29	23	10	35	1.89
2407262--2407300	17	2.4	17	91	4	62	46	12	0	41	1.42
2410700--2410835	27	5.0	27	71	17	86	48	6	7	37	1.57
2410738--2410808	26	2.6	28	82	8	92	49	7	7	36	1.57
2410711--2410864	81	1.9	83	83	5	206	46	5	9	38	1.60
2410740--2410864	27	4.6	25	71	15	81	44	5	10	40	1.62
2410988--2411026	20	1.9	21	89	5	62	30	20	12	35	1.90
2411228--2411271	22	2.0	22	91	4	72	27	13	34	25	1.93
2411604--2411794	63	3.0	62	78	8	188	40	13	18	27	1.88
2413906--2413986	20	3.8	20	78	16	74	28	16	13	41	1.86
2413909--2413962	26	2.1	26	96	0	99	27	16	14	40	1.88
2416282--2416450	51	3.3	51	80	3	180	27	25	14	32	1.94
2416437--2416509	28	2.6	27	85	8	94	21	30	21	26	1.99
2416442--2416782	107	3.2	106	86	5	447	25	24	15	33	1.95
2416542--2416603	28	2.3	28	86	13	94	20	29	22	27	1.99
2416543--2416610	28	2.5	27	80	19	88	20	29	22	27	1.98
2416677--2416848	79	2.2	79	83	5	213	27	24	13	33	1.94
2418925--2418957	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
2430274--2430673	100	4.1	100	88	3	564	24	30	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2430348--2430423	39	1.9	40	84	7	102	21	30	14	34	1.93
2430589--2430896	55	5.5	54	83	9	375	27	27	20	24	1.99
2430613--2430896	117	2.5	114	88	4	414	27	27	20	24	1.99
2430765--2431053	150	1.9	150	85	5	398	25	27	21	25	1.99
2430911--2431112	61	3.4	60	82	10	254	24	25	20	29	1.99
2431091--2431221	42	3.1	41	83	9	131	19	25	12	41	1.87
2431091--2431249	87	1.8	87	82	5	205	22	25	13	38	1.91
2431978--2432052	20	3.8	20	80	7	89	29	17	16	37	1.91
2437890--2438051	51	3.2	51	74	3	139	28	22	12	35	1.91
2438042--2438115	28	2.6	28	91	0	112	21	32	21	24	1.98
2437993--2438338	107	3.2	107	87	3	460	25	25	16	32	1.96
2438148--2438224	28	2.8	28	91	0	118	20	33	22	23	1.97
2437991--2438410	107	3.9	107	81	5	454	26	25	15	32	1.96
2439982--2440036	20	2.7	21	80	8	69	32	10	18	38	1.85
2441344--2441368	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2441324--2441390	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2441431--2441455	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2451334--2451374	15	2.6	16	84	7	66	24	7	24	43	1.79
2451693--2451738	16	2.9	16	90	3	67	21	10	26	41	1.86
2451803--2451967	79	2.1	79	86	0	222	38	18	11	31	1.86
2451875--2451944	28	2.5	28	80	0	86	37	21	12	28	1.90
2451931--2451987	23	2.5	23	94	0	96	40	15	8	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451862--2452065	102	2.0	101	86	2	284	40	19	10	29	1.85
2451954--2452182	78	3.0	77	82	3	264	37	20	13	27	1.91
2452160--2452240	30	2.7	30	98	0	153	38	16	20	24	1.92
2452272--2452365	28	3.4	28	83	1	109	39	24	14	21	1.91
2452325--2452600	77	3.6	76	79	6	270	39	20	13	27	1.89
2452553--2452657	28	3.8	27	79	9	113	39	19	16	25	1.91
2452620--2452979	77	4.6	76	79	6	339	38	18	12	30	1.88
2452408--2452809	212	1.9	212	81	2	484	38	18	12	29	1.88
2452620--2452979	78	4.6	78	79	5	363	38	18	12	30	1.88
2452909--2453041	68	1.9	69	83	4	171	37	19	12	30	1.88
2453310--2453406	40	2.5	40	89	1	142	44	14	8	32	1.75
2453374--2453439	33	2.0	33	85	5	89	42	13	10	33	1.79
2455182--2455219	16	2.4	16	95	0	67	42	7	7	42	1.63
2455392--2455434	21	2.0	21	91	8	70	41	0	0	58	0.98
2455413--2455471	29	2.0	30	83	9	77	52	0	0	47	1.00
2456124--2456149	8	3.2	8	100	0	52	0	61	0	38	0.96
2462589--2462816	113	2.0	115	96	1	424	19	34	6	39	1.78
2468660--2468698	20	1.9	21	89	5	62	48	0	2	48	1.15
2476862--2476939	23	3.2	23	75	12	75	62	2	1	33	1.17
2477848--2477878	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
2482997--2483036	21	1.9	21	89	0	62	37	12	15	35	1.85
2484143--2484179	18	2.1	18	89	0	56	35	16	0	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487011--2487062	20	2.5	20	73	14	52	40	9	19	30	1.83
2487480--2487505	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2489709--2489753	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2491557--2491587	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2493666--2493691	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2493812--2493857	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2496049--2496100	20	2.6	20	100	0	104	30	11	19	38	1.87
2496251--2496276	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2497033--2497111	31	2.5	31	93	0	140	31	15	15	37	1.88
2497073--2497182	52	2.1	51	85	5	141	30	13	12	42	1.82
2499504--2499589	27	3.2	27	85	1	111	22	30	19	27	1.98
2504921--2505005	32	2.7	32	81	0	89	21	21	14	43	1.87
2507946--2507981	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
2509249--2511007	32	58.6	28	87	8	428	20	17	34	28	1.95
2509237--2510452	32	38.6	32	92	2	1941	16	18	34	31	1.93
2510447--2511017	27	21.0	27	92	1	926	29	14	33	22	1.94
2512337--2512388	23	2.2	24	82	3	61	5	11	11	71	1.31
2518795--2518830	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
2520221--2520450	46	5.0	46	79	3	228	42	20	12	25	1.86
2520221--2520450	93	2.5	93	81	2	264	42	20	12	25	1.86
2520221--2520468	47	5.3	46	78	7	223	41	19	12	25	1.87
2520868--2521011	50	2.9	50	81	8	157	31	24	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520738--2521494	51	15.0	51	73	9	361	32	22	19	25	1.97
2528045--2528121	38	2.0	38	87	9	113	28	19	23	28	1.98
2528544--2528597	20	2.6	21	88	2	74	40	9	16	33	1.80
2528639--2528699	22	3.0	20	76	11	61	44	11	14	29	1.81
2530577--2530636	31	2.0	30	86	3	84	26	28	13	31	1.94
2530577--2530665	30	2.9	30	81	6	99	25	28	14	31	1.95
2530676--2530951	62	4.5	62	82	4	328	26	23	19	31	1.98
2530676--2530938	121	2.2	122	84	2	341	25	24	19	30	1.98
2530916--2530991	40	1.9	40	94	0	134	26	19	18	35	1.95
2530957--2531246	62	4.7	62	82	3	316	25	22	17	34	1.96
2530855--2531057	102	2.0	102	85	1	273	25	22	18	33	1.96
2530793--2531106	164	1.9	163	84	0	421	26	21	18	33	1.97
2530957--2531244	123	2.3	124	84	1	380	25	22	18	34	1.96
2531145--2531322	95	1.9	95	86	2	259	25	23	16	34	1.95
2531084--2531383	156	1.9	155	86	2	422	25	24	17	33	1.96
2531240--2531432	62	3.1	61	85	5	237	25	25	16	32	1.96
2533675--2534378	78	9.0	78	77	6	559	27	23	11	37	1.89
2533692--2534378	157	4.4	154	76	8	527	27	23	11	36	1.90
2535188--2535264	38	2.0	38	90	5	120	23	15	28	32	1.95
2536055--2536096	20	2.1	20	95	0	75	69	7	9	14	1.37
2539294--2539373	28	2.7	30	81	13	94	55	0	0	45	0.99
2539264--2539391	24	5.2	23	70	19	71	56	2	0	41	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2541946--2541971	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2541926--2541990	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
2544549--2544586	13	2.9	13	88	0	58	31	15	21	31	1.94
2544575--2544651	20	3.6	20	73	19	66	44	15	12	27	1.83
2550773--2550798	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2552694--2553164	163	3.0	153	79	9	344	53	8	9	28	1.62
2552704--2553233	166	3.3	156	80	9	446	53	7	8	29	1.59
2552832--2553233	166	2.4	163	85	6	510	53	7	8	30	1.58
2553618--2553659	21	2.0	22	85	4	59	50	9	0	40	1.35
2554144--2554506	84	4.3	86	76	7	271	38	11	29	20	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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