genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2027567--2027591	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2027882--2028055	52	3.3	52	92	1	278	39	16	15	28	1.89
2029231--2029256	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2032262--2032456	97	2.0	97	86	2	275	28	26	12	32	1.92
2033350--2033512	43	3.8	43	81	4	186	39	12	24	23	1.90
2033352--2033512	86	1.9	85	85	1	223	38	13	24	23	1.90
2033537--2033685	43	3.5	42	77	5	138	41	13	22	22	1.88
2033852--2034065	43	5.0	43	78	2	232	38	16	24	21	1.93
2033844--2034164	43	7.4	43	75	4	227	37	15	25	21	1.93
2035151--2035212	32	1.9	33	87	9	92	33	12	17	35	1.88
2035236--2035295	13	5.1	13	69	22	60	31	15	15	38	1.88
2035234--2035316	33	2.5	34	82	7	116	33	13	15	37	1.86
2035280--2035335	21	2.7	21	89	8	80	39	10	14	35	1.81
2042526--2042588	16	4.1	16	76	10	69	85	6	7	0	0.73
2042526--2042596	29	2.4	29	86	9	92	83	8	8	0	0.82
2042538--2042588	12	4.2	12	80	10	59	86	5	7	0	0.71
2042526--2042595	14	4.9	14	75	8	70	84	7	8	0	0.78
2042526--2042595	13	5.4	12	75	14	59	84	7	8	0	0.78
2043533--2044257	32	23.1	30	72	15	260	21	32	13	31	1.93
2043533--2044259	64	11.5	62	73	15	331	21	32	13	31	1.93
2043693--2043745	27	2.0	27	92	0	88	24	33	15	26	1.95
2043791--2044646	34	26.6	34	71	17	493	20	34	13	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2043854--2043970	27	4.0	27	74	15	108	21	35	13	29	1.92
2043834--2044644	65	12.7	63	75	15	388	20	34	13	31	1.91
2043974--2044612	65	10.0	65	76	13	494	20	34	13	31	1.91
2043570--2044600	444	2.3	444	93	3	1738	21	33	13	31	1.92
2044109--2044641	165	3.3	161	86	6	712	20	34	13	31	1.91
2044109--2044641	95	5.6	96	76	14	367	20	34	13	31	1.91
2044652--2044785	32	4.1	33	94	1	227	27	33	17	20	1.96
2044785--2045056	43	5.8	48	80	11	303	26	23	17	31	1.97
2044780--2045065	92	3.1	92	91	2	455	26	24	16	32	1.96
2044966--2045183	67	3.8	54	72	14	163	25	23	14	36	1.92
2045980--2046004	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2045960--2046025	32	2.0	33	91	8	109	34	13	16	34	1.88
2046066--2046090	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2046099--2046227	52	2.5	52	92	0	204	36	16	17	30	1.91
2049972--2050181	60	3.5	59	86	4	280	45	17	16	20	1.85
2049995--2050152	30	5.3	30	69	17	114	44	17	17	20	1.86
2050843--2051133	88	3.3	88	78	3	291	49	14	14	21	1.79
2050953--2051161	88	2.4	88	81	1	222	47	15	15	21	1.82
2051747--2051804	20	2.9	19	74	20	57	3	13	1	81	0.91
2052054--2052086	17	1.9	17	88	11	50	9	18	0	72	1.10
2052123--2052181	18	3.3	18	72	11	50	5	15	1	77	1.01
2052131--2052188	27	2.1	27	81	9	64	6	17	0	75	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2052688--2052796	51	2.1	51	82	1	128	29	15	11	44	1.81
2054339--2054455	57	2.1	57	83	6	148	37	7	23	31	1.83
2070612--2070672	15	4.0	15	76	2	50	81	9	3	4	0.94
2071905--2072693	28	26.2	32	82	8	522	29	30	18	21	1.97
2071898--2072688	62	13.2	61	82	8	586	29	30	18	21	1.97
2072029--2072105	38	2.0	38	89	0	118	25	32	22	19	1.97
2072067--2072635	28	19.2	28	85	5	528	29	30	18	21	1.97
2072003--2072635	57	10.5	63	79	12	321	28	30	19	21	1.97
2072067--2072688	85	7.0	86	83	7	579	29	30	18	21	1.97
2073576--2073646	20	3.5	20	80	0	88	32	8	14	45	1.74
2074557--2074713	52	3.0	51	68	23	128	38	12	18	29	1.88
2074741--2074765	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2079696--2079735	20	2.0	20	90	0	62	42	15	12	30	1.83
2080776--2081185	152	2.7	150	81	6	434	51	7	8	32	1.60
2080777--2081185	153	2.7	150	81	7	461	51	7	8	32	1.60
2081080--2081437	190	1.9	192	92	1	612	50	6	8	34	1.58
2083990--2084015	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2084713--2084756	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
2086394--2086440	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
2086561--2086599	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
2088683--2088713	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2090517--2090561	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2095655--2095703	15	2.9	17	82	14	66	26	2	0	71	0.97
2095655--2095706	16	3.2	16	81	10	61	26	1	0	71	0.97
2095655--2095701	21	2.3	21	85	3	60	25	2	0	72	0.96
2097755--2097819	22	2.8	23	80	15	71	50	1	6	41	1.36
2097691--2097952	139	1.9	141	80	6	309	51	5	10	32	1.59
2099371--2099450	24	3.2	24	65	30	60	28	18	8	43	1.80
2099668--2099724	21	2.7	21	94	0	96	33	10	17	38	1.84
2099780--2099911	19	7.9	19	72	27	129	34	12	15	37	1.84
2099801--2099889	13	5.9	13	72	27	70	34	13	15	35	1.87
2099782--2099908	32	4.0	32	98	0	245	34	12	15	37	1.86
2099951--2099976	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2099931--2099997	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2102336--2102458	51	2.3	52	83	6	151	33	22	10	33	1.89
2102445--2102513	27	2.5	27	85	2	84	26	31	20	21	1.98
2102500--2102667	52	3.3	51	77	9	146	29	23	13	33	1.92
2102331--2102718	211	1.8	211	87	4	586	28	26	13	31	1.94
2102657--2102728	28	2.6	28	84	0	81	23	33	20	22	1.97
2102328--2102775	211	2.1	211	83	4	564	28	26	13	31	1.93
2103924--2103966	21	2.0	21	86	0	59	32	11	11	44	1.77
2104849--2104894	20	2.4	19	86	13	60	23	21	10	43	1.84
2108152--2108205	20	2.6	21	91	2	83	40	12	16	29	1.86
2108105--2108294	89	2.1	89	96	0	344	39	13	13	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108374--2108453	32	2.5	32	95	0	142	30	18	12	38	1.88
2111468--2111499	13	2.6	12	95	5	55	78	0	15	6	0.95
2116680--2116948	28	9.3	28	82	6	261	27	30	21	21	1.98
2116699--2116912	60	3.6	59	82	5	274	27	32	21	19	1.97
2121166--2121210	22	2.1	22	83	4	56	17	4	8	68	1.32
2125302--2125343	21	2.0	21	85	0	57	26	11	28	33	1.92
2132706--2132762	26	2.2	26	80	0	60	38	26	7	28	1.82
2132938--2133011	26	2.8	26	72	22	66	33	13	13	39	1.84
2133021--2133381	28	12.5	28	76	6	269	30	31	16	21	1.95
2133325--2133399	32	2.4	30	82	10	105	32	32	17	18	1.94
2134281--2134354	20	3.7	20	83	7	105	32	17	10	39	1.84
2139795--2139834	20	2.0	20	90	9	64	62	0	0	37	0.95
2139805--2139869	14	4.7	14	71	17	55	64	0	0	35	0.94
2139799--2139911	49	2.3	49	79	13	124	59	0	2	37	1.18
2141358--2141383	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2145448--2145478	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2147557--2147582	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2150137--2150162	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2151691--2151749	25	2.3	26	77	8	68	47	3	1	47	1.29
2153600--2153631	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
2154063--2154092	15	1.9	16	93	6	53	30	6	3	60	1.39
2154137--2154213	15	4.9	16	77	15	88	37	2	0	59	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154116--2154213	46	2.1	48	86	3	137	38	2	0	59	1.09
2154509--2154552	17	2.4	18	81	14	54	31	2	0	65	1.05
2155206--2155256	23	2.2	23	85	0	75	37	0	0	62	0.95
2155226--2155263	19	2.0	19	89	0	58	36	0	0	63	0.95
2155818--2155868	22	2.4	21	75	18	52	58	0	7	33	1.27
2156022--2156123	21	4.8	21	75	17	70	40	13	1	44	1.55
2158033--2158136	54	1.9	54	92	0	172	38	26	19	15	1.91
2159465--2159504	7	5.6	7	96	3	71	82	0	0	17	0.67
2161967--2162026	20	3.0	20	78	7	77	36	16	13	33	1.88
2161967--2162022	19	2.8	20	86	2	78	37	16	14	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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