genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  2  of  20  ( 2346 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193749--193884	34	4.0	34	97	0	254	20	0	38	41	1.53
193790--194025	56	4.0	58	66	24	145	20	0	38	40	1.53
193851--193996	22	6.5	22	76	20	151	19	0	40	39	1.52
193790--194025	90	2.6	90	98	0	454	20	0	38	40	1.53
193764--193974	68	3.2	66	82	13	197	19	0	39	40	1.52
193880--193974	34	2.8	34	98	0	181	20	0	41	38	1.52
193742--193974	124	1.9	124	95	0	421	20	0	38	40	1.53
194532--194560	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
194534--194559	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
194532--194560	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
199237--199310	34	2.1	35	82	7	89	54	10	16	18	1.71
199807--199846	21	1.9	21	85	10	55	35	10	7	47	1.65
200489--200541	25	2.1	25	92	0	88	20	30	0	49	1.50
202344--202409	33	2.0	33	91	5	107	45	13	13	27	1.81
203408--203459	27	2.0	27	88	3	79	17	17	42	23	1.89
205579--205698	52	2.3	52	95	0	213	29	16	18	35	1.93
205570--205718	52	2.9	51	86	4	201	31	15	17	35	1.91
205707--205731	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
205771--205840	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
205796--205820	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
206703--206860	49	3.1	49	76	7	147	35	15	24	24	1.94
206639--207024	170	2.3	166	93	4	650	36	14	23	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206939--207745	49	16.7	49	85	6	1049	31	17	25	24	1.97
206940--207745	248	3.3	239	86	6	1027	31	17	25	24	1.97
207745--207846	32	3.1	34	94	5	174	19	17	36	26	1.94
207848--208209	34	10.7	33	80	11	360	34	12	32	20	1.90
207848--208214	33	10.9	34	81	12	386	34	12	32	20	1.90
207848--208216	70	5.4	69	84	9	456	34	12	32	20	1.90
208064--208180	61	1.9	61	84	10	159	24	15	36	23	1.93
208098--208149	27	1.9	27	96	0	95	21	17	38	23	1.93
209180--209209	16	1.9	15	93	6	51	0	6	6	86	0.70
213163--213412	79	3.2	79	78	6	290	33	12	24	29	1.92
213346--213463	51	2.3	51	95	0	209	32	11	27	27	1.92
213269--213542	130	2.1	130	82	6	333	34	11	24	28	1.91
213399--213866	79	6.0	77	77	10	375	35	12	23	28	1.91
213188--213623	209	2.1	209	87	2	617	33	12	24	29	1.92
213400--213857	158	2.9	156	81	6	477	34	12	23	29	1.92
216898--216997	42	2.3	42	83	10	114	39	13	25	23	1.90
216984--218324	59	22.3	59	83	6	1460	27	18	26	26	1.98
216984--218330	61	22.3	58	83	6	1350	27	18	27	26	1.98
216984--218324	242	5.6	239	84	4	1621	27	18	26	26	1.98
219303--219338	14	2.4	16	90	9	58	0	19	2	77	0.88
219333--219389	1	57.0	1	75	0	51	0	0	12	87	0.54
219335--219387	17	2.9	19	89	10	85	0	0	13	86	0.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219317--219389	33	2.2	32	81	9	85	0	5	10	83	0.80
219337--219392	27	2.1	27	86	6	78	0	0	14	85	0.59
219334--219392	30	2.0	30	90	6	93	0	0	13	86	0.57
219336--219392	18	3.1	19	80	7	73	0	0	14	85	0.59
230268--230773	79	6.4	76	80	8	480	33	13	24	29	1.93
230286--230773	157	3.1	155	82	5	615	33	13	24	28	1.93
230709--230807	50	2.0	50	89	0	153	35	10	22	32	1.87
230627--230903	129	2.1	130	89	3	425	33	14	24	27	1.94
230758--230913	79	2.0	79	87	0	222	33	14	25	26	1.94
234482--234522	3	13.7	3	94	0	73	29	34	0	36	1.58
237856--237918	33	1.9	33	87	3	92	36	1	4	57	1.30
238331--238381	20	2.5	22	78	21	65	49	0	1	49	1.12
238367--238442	22	3.9	19	73	19	59	53	0	0	46	1.00
238370--238445	21	3.8	20	73	13	68	55	0	0	44	0.99
238661--238685	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
238770--238805	14	2.3	17	86	13	51	33	5	0	61	1.19
239900--239959	30	2.0	30	83	0	75	50	8	6	35	1.59
240024--240085	22	2.9	22	88	7	83	56	3	3	37	1.32
241068--241194	62	2.2	58	77	14	136	51	0	0	47	1.12
246876--246908	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
247843--247881	2	19.5	2	100	0	78	48	0	51	0	1.00
252379--252416	20	1.9	20	88	0	58	31	13	15	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252489--252520	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
254203--254254	3	17.3	3	95	0	95	34	0	34	30	1.58
259818--259865	22	2.3	22	89	7	73	45	16	4	33	1.67
259816--259865	20	2.2	24	76	20	63	48	16	4	32	1.64
261571--261613	21	2.0	22	86	4	61	55	0	16	27	1.41
267941--267967	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
271142--271179	20	1.9	20	94	0	67	28	13	18	39	1.88
271142--271192	20	2.5	20	87	0	66	33	11	15	39	1.84
271272--271298	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
271328--271380	20	2.7	20	96	0	97	39	11	15	33	1.83
273978--274177	100	2.0	100	91	0	319	35	19	15	30	1.92
275511--275713	49	4.1	50	73	15	170	33	7	7	50	1.61
275958--276035	32	2.4	32	82	4	95	32	16	15	35	1.90
277631--277679	20	2.4	20	86	3	62	42	14	12	30	1.82
279509--279534	10	2.6	10	100	0	52	26	7	7	57	1.54
279889--280074	97	1.9	97	80	2	212	28	20	13	37	1.91
288963--289160	93	2.1	93	85	0	261	42	11	14	31	1.81
289026--289087	20	3.0	21	76	4	72	43	9	12	33	1.76
289219--289289	20	3.5	20	90	5	99	32	16	11	39	1.84
301853--301939	20	4.7	20	72	23	75	34	18	16	31	1.93
301874--301938	33	2.0	33	93	0	112	32	18	18	30	1.95
302854--302916	33	1.9	33	90	6	101	36	19	11	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302967--302993	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
305257--305326	22	3.1	22	68	17	54	34	5	18	41	1.74
311664--311690	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
311774--312215	223	2.0	224	93	1	753	36	11	10	41	1.75
312496--312536	21	2.0	20	85	4	55	41	24	2	31	1.68
314268--314317	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
314275--314317	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
316676--316714	17	2.3	17	95	0	69	33	23	5	38	1.77
319978--320035	19	3.0	20	82	7	75	36	17	13	32	1.89
320019--320043	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
320506--320539	2	17.5	2	87	6	52	55	0	44	0	0.99
324664--325526	293	3.0	292	82	4	1078	31	10	16	40	1.83
328971--329076	52	2.0	52	94	0	185	50	4	4	40	1.44
334286--334327	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
334680--334733	20	2.7	20	91	0	90	27	12	12	46	1.79
334629--334782	70	2.2	70	90	3	249	27	16	13	42	1.85
337063--337208	78	1.9	77	83	7	188	28	26	13	32	1.93
337061--337339	131	2.1	129	83	6	341	27	27	12	31	1.93
337195--337493	79	3.8	78	78	5	260	28	26	14	31	1.94
340320--340394	21	3.7	20	78	1	60	30	12	16	41	1.84
341328--341366	21	1.9	20	89	5	60	17	25	15	41	1.89
367212--367405	43	4.5	42	79	3	174	45	12	23	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
367212--367399	86	2.2	86	81	1	207	45	13	23	18	1.84
367332--367726	41	9.6	41	73	10	182	40	12	26	20	1.88
367411--368628	41	29.9	40	70	9	394	40	14	25	19	1.89
367437--367825	162	2.4	165	81	2	428	40	12	26	20	1.88
367549--368628	82	13.2	82	75	7	617	41	14	25	19	1.89
367837--368664	327	2.5	325	85	2	1061	41	14	24	19	1.89
368286--368756	244	1.9	245	78	5	515	41	15	24	18	1.89
367925--368772	327	2.6	327	84	3	859	41	15	24	19	1.89
367925--368821	326	2.7	327	83	3	835	41	15	24	19	1.89
369143--369331	41	4.6	40	72	7	148	46	13	21	18	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20