genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1232868--1233256	52	7.4	51	71	11	241	29	25	13	32	1.93
1233244--1233315	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
1232866--1233366	263	1.9	263	90	3	794	27	26	13	31	1.94
1245849--1245882	12	2.8	12	90	4	50	85	8	5	0	0.75
1246862--1247554	55	12.4	55	87	5	911	28	28	19	22	1.98
1247254--1247398	26	5.3	26	65	19	82	29	31	18	20	1.97
1247335--1247420	28	3.1	29	64	21	74	29	31	19	19	1.97
1249545--1249933	52	7.4	51	72	12	261	29	25	12	31	1.93
1249921--1249980	28	2.1	28	84	0	75	21	30	21	26	1.99
1249543--1250043	263	1.9	263	86	3	722	28	26	13	31	1.94
1251232--1251388	52	3.0	52	88	0	215	44	12	10	32	1.76
1255038--1255063	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1257620--1257698	20	3.7	20	76	15	77	44	15	15	25	1.85
1259714--1259744	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1261520--1261564	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1263785--1263810	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1265641--1265694	16	3.3	17	79	7	67	62	1	3	31	1.23
1265944--1266601	152	4.3	153	84	4	814	50	7	8	33	1.61
1269096--1269120	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1269076--1269145	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
1269185--1269209	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1269198--1269338	52	2.7	52	91	0	228	34	18	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1277053--1277148	51	1.9	51	86	2	140	25	13	10	51	1.73
1277053--1277167	51	2.3	50	83	1	131	28	13	11	46	1.78
1278057--1278096	20	2.0	20	85	0	53	27	15	7	50	1.70
1292290--1292980	28	24.5	28	85	2	792	29	29	16	25	1.97
1293584--1293638	22	2.6	21	83	8	76	41	14	9	34	1.77
1294097--1294143	20	2.3	20	88	0	67	34	12	14	38	1.85
1294585--1294619	12	2.8	12	91	4	52	25	28	5	40	1.78
1303803--1303879	17	4.6	16	76	10	55	46	6	11	35	1.66
1303822--1303899	34	2.3	34	86	4	104	44	7	12	34	1.71
1303839--1303892	17	3.2	17	78	0	72	42	9	12	35	1.75
1305034--1305080	20	2.3	20	89	7	69	44	0	0	55	0.99
1305167--1305223	24	2.4	24	90	0	87	52	1	1	43	1.21
1305043--1305232	74	2.7	71	78	13	187	49	2	1	46	1.22
1304986--1305368	11	33.5	11	65	19	89	49	2	1	46	1.24
1305191--1305291	34	3.0	34	85	2	141	54	0	1	42	1.18
1305152--1305327	92	1.9	92	87	2	255	51	1	2	44	1.24
1305307--1305380	22	3.4	22	77	7	80	50	1	2	45	1.24
1305158--1305400	58	4.2	57	76	16	200	51	1	2	44	1.24
1306655--1306725	17	4.2	17	70	13	65	39	5	28	26	1.79
1306804--1306828	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1306837--1306877	21	2.0	21	95	0	73	41	9	17	31	1.82
1310268--1310310	20	2.2	20	91	0	68	25	11	0	62	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1310721--1310762	21	2.0	21	85	0	57	23	23	4	47	1.70
1312360--1312384	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1312848--1312919	27	2.7	27	75	12	76	40	1	1	56	1.16
1313306--1313362	20	2.8	20	86	0	78	28	15	12	43	1.83
1314646--1314708	20	3.1	21	88	4	85	28	15	15	39	1.89
1314667--1314692	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1314647--1314712	33	2.0	33	87	0	96	28	16	15	39	1.89
1317061--1317174	51	2.2	51	89	6	169	28	25	12	33	1.92
1317162--1317234	28	2.6	28	82	8	87	21	28	20	28	1.98
1317190--1317364	79	2.2	79	84	4	228	26	26	15	30	1.96
1317114--1317315	107	1.9	106	82	6	255	26	25	15	32	1.95
1317300--1317411	51	2.2	51	85	3	145	29	25	13	31	1.94
1317063--1317530	237	2.0	237	88	2	699	27	26	13	32	1.94
1317402--1317474	28	2.6	28	86	4	94	20	30	21	27	1.98
1318698--1318733	5	7.2	5	100	0	72	0	19	0	80	0.71
1319961--1320352	79	5.0	78	86	4	484	28	25	13	33	1.93
1320207--1320482	130	2.1	130	87	1	401	30	25	11	33	1.91
1320286--1320403	51	2.3	51	88	2	166	30	27	11	31	1.91
1320128--1320519	209	1.9	209	84	0	523	28	24	13	34	1.93
1320340--1320492	79	1.9	79	84	2	200	29	23	9	37	1.87
1320374--1320541	79	2.1	80	80	3	178	28	22	11	37	1.89
1331644--1331827	36	4.9	38	68	7	133	39	22	7	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1331584--1331828	75	3.3	75	91	1	393	39	20	8	31	1.82
1331614--1331807	36	5.2	36	67	8	138	39	21	6	31	1.79
1332285--1332325	15	2.7	15	88	0	64	17	9	48	24	1.76
1333334--1333550	75	2.9	75	86	1	301	31	7	21	39	1.82
1333800--1333866	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1334304--1334355	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
1334304--1334361	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
1334375--1334426	20	2.6	20	87	0	68	30	17	13	38	1.88
1335082--1335107	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
1336148--1336172	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1336727--1336773	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
1339332--1339398	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1339856--1339881	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1343341--1343840	61	8.3	61	83	5	543	26	26	18	28	1.98
1343362--1343840	120	4.0	119	84	3	559	26	26	18	28	1.98
1344174--1344235	3	20.7	3	90	6	99	67	1	1	29	1.09
1344660--1344788	50	2.6	50	88	0	177	27	13	14	43	1.84
1347094--1347704	79	7.7	79	84	2	613	28	23	13	34	1.93
1347094--1347704	158	3.9	159	82	5	686	28	23	13	34	1.93
1347094--1347704	237	2.6	235	83	4	708	28	23	13	34	1.93
1351019--1351056	16	2.4	16	86	4	51	68	2	5	23	1.23
1351166--1351203	7	5.3	7	96	3	67	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1351452--1351508	30	1.9	29	86	10	80	43	0	0	56	0.99
1352468--1352627	80	2.0	80	90	3	250	29	20	10	40	1.85
1352622--1352670	15	3.3	15	72	11	55	51	4	18	26	1.64
1352619--1352679	30	2.0	30	93	0	104	50	6	18	24	1.70
1362347--1362391	22	2.0	22	91	0	72	33	13	11	42	1.79
1367501--1367526	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1369935--1369981	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
1370102--1370140	13	3.0	13	92	0	60	33	15	17	33	1.92
1370127--1370224	20	4.7	20	81	12	115	42	14	17	25	1.87
1376321--1376346	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1381441--1381622	20	9.8	19	77	17	145	29	17	12	40	1.87
1381479--1381582	33	3.2	33	92	0	172	29	17	12	40	1.86
1381441--1381602	53	3.0	53	76	7	184	29	17	12	40	1.87
1381499--1381562	13	5.4	13	75	21	77	29	17	14	39	1.88
1383895--1384071	51	3.5	50	77	6	171	27	27	11	33	1.92
1384286--1384358	28	2.6	28	91	0	119	21	32	21	23	1.98
1384008--1384330	76	4.2	76	85	2	353	27	27	13	31	1.94
1384210--1384437	103	2.2	106	87	5	329	25	27	16	30	1.97
1384313--1384516	79	2.6	79	89	3	320	25	28	16	30	1.96
1387877--1387926	17	3.1	16	82	11	66	62	0	20	18	1.34
1389847--1389886	18	2.2	19	86	4	55	70	0	0	30	0.88
1390864--1390897	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1390950--1391004	27	2.0	28	82	10	69	49	0	0	50	1.00
1390968--1391018	14	3.4	14	75	19	57	50	0	0	49	1.00
1390971--1391018	15	2.9	18	76	23	68	52	0	0	47	1.00
1390954--1391018	32	2.0	33	88	8	98	50	0	0	49	1.00
1391013--1391075	11	5.6	11	78	14	58	31	0	0	68	0.90
1391013--1391062	24	2.2	24	85	7	68	34	0	0	66	0.92
1391018--1391084	29	2.3	29	85	7	84	29	0	1	68	0.98
1392448--1392503	28	2.0	28	100	0	112	28	25	10	35	1.89
1394277--1394332	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
1394936--1394977	22	1.9	22	95	0	75	21	35	4	38	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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