genome.fa.s119.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold119
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3173904

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2730529--2730591	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2730548--2730572	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2730634--2730659	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2730614--2730680	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2733127--2733199	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
2733344--2733416	28	2.6	28	77	0	83	24	32	13	28	1.94
2737850--2737883	15	2.1	17	89	10	54	50	2	0	47	1.16
2739206--2739243	15	2.5	15	100	0	76	57	0	5	36	1.21
2739673--2739713	17	2.6	17	81	14	52	43	0	0	56	0.99
2739672--2739713	14	2.7	16	82	17	61	42	0	0	57	0.99
2739731--2739761	16	1.9	16	93	0	53	48	6	0	45	1.28
2741028--2741071	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2742954--2742988	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2743571--2743635	23	2.9	23	79	6	62	38	3	4	53	1.37
2744449--2744478	15	1.9	16	93	6	53	23	6	6	63	1.43
2744999--2745063	21	3.2	20	73	18	62	58	3	0	38	1.14
2745111--2745149	19	2.0	20	85	9	55	53	0	0	46	1.00
2745499--2745580	24	3.3	23	79	16	76	40	1	0	58	1.06
2747936--2748010	20	3.8	19	80	7	87	36	13	12	38	1.82
2750353--2750427	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2750353--2750430	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2751338--2751392	22	2.5	22	100	0	110	18	10	9	61	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2751338--2751399	22	2.9	21	90	4	63	20	11	9	58	1.61
2756579--2756842	79	3.3	78	82	5	325	34	14	25	26	1.94
2756794--2756870	28	2.8	28	90	4	120	24	19	32	23	1.97
2756900--2756930	15	2.1	15	100	0	62	35	6	32	25	1.82
2756854--2756981	66	1.9	67	90	3	204	35	8	25	29	1.86
2756998--2757096	51	1.9	51	91	0	162	34	7	27	31	1.84
2756987--2757116	51	2.6	51	79	6	142	34	10	25	29	1.90
2757129--2757246	51	2.3	50	84	5	148	31	11	25	31	1.92
2756922--2757435	260	2.0	259	89	1	778	33	12	25	28	1.92
2757180--2757325	79	1.8	79	85	0	202	30	14	26	28	1.95
2757247--2757375	51	2.6	50	80	10	131	33	13	25	27	1.94
2756922--2757435	130	4.0	129	87	1	690	33	12	25	28	1.92
2759611--2759638	7	4.0	7	100	0	56	42	42	0	14	1.45
2759802--2759884	33	2.5	33	90	0	139	42	12	15	30	1.83
2759802--2759831	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
2759813--2759902	20	4.8	20	77	18	113	44	13	14	27	1.82
2760531--2760632	35	2.9	34	78	11	109	41	14	25	18	1.89
2760611--2760764	45	3.5	43	78	12	154	44	12	26	16	1.83
2760594--2760759	45	3.8	45	79	13	143	40	14	25	19	1.89
2760755--2761175	61	7.1	59	83	8	471	28	20	26	24	1.99
2760755--2761197	123	3.8	120	85	7	479	27	20	26	25	1.99
2762281--2762326	13	3.5	13	85	8	67	0	0	13	86	0.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2762283--2762323	21	2.0	22	90	9	68	0	0	14	85	0.60
2762281--2762325	17	2.8	16	90	6	65	0	0	13	86	0.57
2777156--2777181	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2777138--2777202	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
2778435--2778501	20	3.7	19	74	25	74	41	13	14	29	1.85
2778421--2778501	33	2.5	33	91	0	144	41	13	14	29	1.84
2778421--2778483	13	5.3	13	73	21	66	39	12	15	31	1.85
2781689--2781743	27	2.0	27	100	0	110	29	10	21	38	1.88
2783221--2783534	27	11.5	27	88	3	414	24	32	14	27	1.95
2783206--2783511	55	5.6	54	88	4	436	24	32	14	29	1.94
2783227--2784136	28	31.8	28	83	5	643	27	31	17	23	1.97
2783244--2784136	55	15.6	57	81	6	650	27	31	17	23	1.96
2783227--2784136	82	10.6	84	83	6	720	27	31	17	23	1.97
2783497--2784162	116	5.7	111	77	10	390	29	30	18	21	1.97
2784228--2784502	48	5.7	48	87	0	397	19	27	17	35	1.94
2785226--2785300	20	3.8	20	81	0	96	33	13	12	41	1.81
2790768--2790842	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
2790765--2790842	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
2791750--2791851	51	2.0	51	92	3	170	33	18	14	33	1.91
2791881--2791936	19	2.9	19	89	2	76	37	17	16	28	1.91
2791921--2791947	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2791902--2791966	32	2.0	32	90	3	103	41	15	16	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2795475--2795566	20	5.3	20	67	32	86	39	10	15	34	1.82
2795494--2795553	13	5.1	13	73	22	69	40	13	15	31	1.85
2795475--2795566	33	2.8	33	100	0	184	39	10	15	34	1.82
2795601--2795626	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2795854--2795880	12	2.2	12	100	0	54	22	44	7	25	1.79
2796035--2796086	27	1.9	27	96	0	95	48	25	3	23	1.68
2797848--2797894	22	2.2	23	85	14	66	46	0	21	31	1.51
2798805--2798859	20	2.8	20	88	2	76	38	18	10	32	1.85
2805192--2805220	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
2805208--2805260	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
2805312--2805337	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2811502--2811526	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2811659--2811699	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
2811962--2812013	20	2.4	21	84	9	61	19	48	26	5	1.71
2813917--2813973	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
2813959--2813987	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
2813975--2814027	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
2816731--2816797	33	2.0	33	85	5	91	37	17	10	34	1.85
2816846--2816871	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2819654--2819737	27	3.1	27	65	10	71	26	29	22	21	1.99
2819610--2820307	61	11.8	61	82	6	732	26	29	21	23	1.99
2819587--2820307	122	6.1	118	82	8	816	26	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2819587--2820310	358	2.1	348	89	5	1098	26	29	21	23	1.99
2820291--2820380	42	2.1	41	82	11	103	17	30	14	37	1.90
2821231--2821256	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2828531--2828664	52	2.6	52	81	5	164	31	26	10	31	1.90
2833748--2833800	21	2.6	21	81	3	63	39	15	15	30	1.87
2839819--2839851	16	2.1	16	88	5	50	15	0	21	63	1.30
2840515--2840555	20	2.0	21	85	9	57	12	48	34	4	1.62
2842621--2842653	13	2.4	14	85	15	50	42	15	15	27	1.86
2842628--2842653	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2843490--2843558	33	2.1	33	86	5	95	33	20	13	33	1.91
2843520--2843557	20	1.9	20	94	0	67	34	18	15	31	1.92
2845723--2845776	24	2.3	23	77	22	60	62	0	1	35	1.06
2845922--2845952	15	2.1	15	100	0	62	70	0	0	29	0.87
2847711--2847745	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2848582--2848607	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2848562--2848630	34	2.1	32	86	10	95	34	14	15	34	1.89
2850201--2850231	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
2854755--2854779	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2855214--2855255	20	2.0	21	86	4	59	19	40	28	11	1.87
2857351--2857419	34	2.1	32	86	10	95	34	14	15	34	1.89
2858083--2858108	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2858065--2858129	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2860331--2860386	21	2.6	22	75	13	64	55	7	14	23	1.63
2864298--2864335	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2864456--2864501	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2866889--2866914	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2866871--2866935	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
2869937--2869962	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2870193--2870235	22	2.1	19	87	12	59	58	25	2	13	1.48
2873049--2873078	15	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
2873780--2873874	50	1.9	50	84	0	127	27	13	13	45	1.81
2875011--2875584	166	3.5	164	81	7	599	31	11	9	47	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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