genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
560--600	21	2.0	21	100	0	82	24	19	31	24	1.98
5995--6030	3	12.0	3	87	0	54	30	30	0	38	1.58
7356--7700	105	3.3	104	70	12	272	31	11	26	29	1.92
7361--7531	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
7514--7589	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
10067--10092	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
10046--10112	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
10132--10199	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
10154--10178	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
10135--10197	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
10255--10311	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
10316--10356	1	41.0	1	92	0	55	4	2	0	92	0.44
10314--10359	22	2.1	22	100	0	92	13	4	0	82	0.81
10923--11435	55	9.3	55	88	3	732	20	21	30	28	1.98
10923--11435	165	3.1	165	94	1	868	20	21	30	28	1.98
11164--11252	27	3.2	29	62	20	71	19	20	33	26	1.96
12419--12468	1	50.0	1	79	0	55	0	4	6	90	0.57
12401--12468	8	8.4	8	78	12	59	0	10	4	85	0.73
12419--12469	14	3.8	13	84	7	66	0	3	7	88	0.63
24921--25265	105	3.3	104	70	12	272	31	11	26	29	1.92
24926--25096	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
25079--25154	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27631--27656	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
27610--27676	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
27696--27763	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
27718--27742	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
27699--27761	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
27819--27875	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
27880--27920	1	41.0	1	92	0	55	4	2	0	92	0.44
27886--27923	19	2.0	19	100	0	76	10	5	0	84	0.77
29365--29418	20	2.7	20	85	0	72	42	16	11	29	1.83
31253--31397	38	3.8	38	79	0	164	31	31	11	25	1.91
31248--31420	76	2.3	76	83	3	206	33	28	10	26	1.90
45405--45475	27	2.6	27	100	0	142	15	19	42	22	1.89
47682--47709	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
47761--47814	19	2.8	18	77	20	63	33	16	14	35	1.90
54422--54471	26	1.9	26	87	0	73	78	12	2	8	1.05
54418--54494	14	5.6	13	70	18	50	80	10	2	6	0.98
54421--54483	26	2.4	26	81	2	72	79	9	3	7	1.04
55702--56567	28	30.6	28	84	2	1077	29	29	16	24	1.97
55702--56567	57	15.3	57	86	3	1099	29	29	16	24	1.97
55699--56574	85	10.3	85	89	2	1195	29	29	17	24	1.97
56715--56813	49	2.1	47	83	7	121	20	28	19	32	1.97
57203--57259	20	2.8	20	75	0	69	31	12	14	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64635--64769	72	1.9	72	82	3	173	48	15	11	24	1.79
69872--69913	13	3.2	13	93	0	75	38	16	16	28	1.91
74464--74499	3	12.0	3	93	0	63	33	36	0	30	1.58
76071--76119	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88
76071--76140	33	2.1	34	89	7	108	34	20	12	32	1.90
76169--76241	20	3.7	19	88	3	92	35	17	17	28	1.93
78244--78360	51	2.3	52	89	1	182	29	24	11	33	1.91
78343--78445	28	3.7	28	89	5	156	24	31	17	27	1.97
78404--78727	79	4.1	80	85	6	349	24	25	16	32	1.96
80810--81042	97	2.4	96	83	9	296	33	12	23	30	1.92
83502--83575	21	3.6	20	80	7	60	31	17	12	39	1.86
84618--84655	20	1.9	20	89	10	60	76	0	23	0	0.79
84617--84654	14	2.4	16	83	16	53	76	0	23	0	0.79
88437--88518	28	2.9	28	83	7	96	26	17	31	24	1.97
88501--88835	51	6.4	51	71	12	214	31	11	26	30	1.92
88653--88728	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
88927--89155	112	2.0	112	99	0	449	26	20	24	27	1.99
91361--91415	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
91451--91527	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
94748--94774	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
94759--94814	19	2.9	19	91	2	94	30	19	14	35	1.91
101114--101156	21	2.0	22	95	4	79	20	23	0	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102541--102634	32	2.9	32	68	12	93	22	25	6	45	1.76
102947--102987	21	2.0	21	95	0	73	36	2	24	36	1.69
102963--103032	30	2.3	31	85	2	97	32	0	27	40	1.57
114025--114050	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
123034--123058	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
123014--123080	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
123121--123145	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
123154--123334	52	3.5	52	96	0	326	34	18	17	29	1.94
137151--137263	1	113.0	1	74	0	91	86	7	3	1	0.74
137151--137263	11	10.3	11	78	14	117	86	7	3	1	0.74
137151--137263	21	5.7	19	82	9	113	86	7	3	1	0.74
137151--137263	48	2.3	50	89	4	167	86	7	3	1	0.74
137151--137263	30	3.6	30	81	8	109	86	7	3	1	0.74
137151--137261	46	2.4	45	85	11	136	86	8	3	1	0.75
138708--139093	30	12.9	29	76	10	296	29	29	16	24	1.97
138704--139093	57	6.5	59	75	14	266	28	29	16	24	1.97
138704--139087	87	4.3	88	77	9	294	29	29	16	24	1.97
139098--139187	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
147568--147704	52	2.6	51	78	8	150	35	13	21	29	1.92
147720--147835	32	3.6	31	88	4	160	24	20	26	28	1.99
147874--147986	32	3.5	32	88	0	163	21	21	28	29	1.98
147864--147986	64	1.9	63	88	1	183	21	20	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160290--160362	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
160290--160385	41	2.3	42	94	3	167	40	12	17	29	1.86
160424--160449	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
164511--164549	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
166562--166639	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
166626--166664	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
168470--168515	16	2.8	16	93	6	74	28	2	39	30	1.69
169122--169194	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
169122--169217	41	2.3	42	94	3	167	40	12	17	29	1.86
169256--169281	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
174399--174458	19	3.2	19	83	6	68	38	18	10	33	1.84
174425--174476	19	2.7	20	90	3	79	40	17	15	26	1.89
175068--175093	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
176889--177108	79	2.8	78	85	4	289	32	13	25	28	1.94
177044--177158	51	2.3	51	90	3	178	28	10	28	32	1.90
177142--177217	28	2.7	27	86	8	100	25	18	32	23	1.97
177095--177297	107	1.9	107	88	2	309	29	15	28	27	1.96
177170--177423	79	3.2	78	87	2	321	31	16	27	25	1.97
180981--181105	52	2.4	52	94	0	214	28	18	18	35	1.94
180981--181125	52	2.8	52	88	4	186	30	17	17	33	1.94
181111--181138	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
181179--181245	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181201--181225	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
183036--183087	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86
184612--184666	11	4.8	11	76	22	51	74	0	25	0	0.82
184612--184655	12	3.7	12	79	11	54	72	0	27	0	0.85
184611--184666	22	2.4	24	82	11	73	75	0	25	0	0.81
184612--184675	25	2.6	24	82	9	67	71	0	26	1	0.94
185574--185613	14	2.9	14	96	0	71	22	15	0	62	1.32
185930--186303	153	2.4	152	82	4	430	24	20	18	36	1.94
191112--191347	87	2.7	88	79	0	267	22	17	13	46	1.83
191246--191464	108	2.0	108	93	0	375	22	16	14	46	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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