genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2266004--2266446	168	2.6	168	83	4	527	44	14	24	15	1.85
2266051--2266493	168	2.6	168	80	7	456	44	14	25	16	1.85
2266163--2266695	249	2.1	251	80	5	569	42	14	26	16	1.87
2266306--2266766	249	1.9	249	78	6	522	42	13	25	17	1.86
2266005--2266865	417	2.1	419	84	2	1122	44	14	24	16	1.85
2266415--2266902	167	2.9	164	79	4	541	43	13	24	17	1.86
2266928--2267176	84	3.0	83	83	4	295	34	16	28	20	1.94
2267054--2267176	41	3.0	41	70	11	124	34	13	30	21	1.91
2267485--2267939	85	5.4	85	77	7	334	32	19	29	19	1.96
2267306--2267945	42	15.1	42	73	7	339	33	18	29	18	1.95
2267609--2267938	170	1.9	170	81	4	389	33	19	27	20	1.97
2267941--2268190	43	5.9	43	79	6	251	34	17	30	18	1.94
2267910--2268205	129	2.3	127	80	5	301	33	18	29	17	1.95
2268254--2268353	42	2.4	42	76	5	105	36	17	28	19	1.93
2268320--2268420	43	2.4	43	83	1	132	36	16	30	15	1.91
2268498--2268652	44	3.5	44	80	6	197	37	16	23	22	1.93
2268498--2268679	44	4.1	42	73	12	116	37	15	25	21	1.92
2268497--2268683	88	2.1	89	86	3	261	37	14	26	21	1.92
2268750--2268824	36	2.1	36	82	5	89	44	9	28	18	1.81
2272422--2272471	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2274271--2274301	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2276504--2276549	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2278812--2278867	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
2280405--2280457	29	1.9	26	85	11	70	3	18	1	75	1.05
2281736--2281790	19	2.8	20	86	5	85	34	14	20	30	1.92
2286461--2287057	164	3.6	167	80	6	511	52	7	10	29	1.63
2288724--2288767	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2290573--2290611	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
2292690--2292720	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2294524--2294568	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2298650--2298874	35	6.4	35	73	10	147	46	15	10	27	1.79
2298767--2298854	34	2.6	33	81	15	117	54	17	3	25	1.58
2302161--2302217	23	2.6	22	86	5	80	29	0	3	66	1.08
2302277--2302337	24	2.6	22	80	15	61	40	0	1	57	1.08
2302457--2302500	17	2.6	17	74	0	52	63	0	0	36	0.95
2302463--2302524	20	3.0	20	76	19	65	62	0	0	37	0.95
2305797--2305849	21	2.8	18	73	15	52	43	5	7	43	1.56
2305812--2305855	21	2.1	21	95	0	79	45	6	11	36	1.67
2306657--2306703	21	2.3	21	88	3	69	51	4	4	40	1.41
2308125--2308193	28	2.4	28	92	2	111	50	1	15	31	1.53
2309643--2309707	16	4.0	16	75	18	62	43	0	3	53	1.16
2312336--2312387	20	2.7	20	91	8	81	38	15	15	30	1.88
2318551--2318589	13	3.0	13	96	0	69	30	15	17	35	1.91
2320710--2320757	23	2.1	23	88	0	69	25	2	20	52	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2321129--2321154	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2321110--2321174	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2327324--2327360	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
2327483--2327528	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2329452--2329499	23	2.1	23	88	0	69	22	6	20	50	1.71
2329870--2329895	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2329851--2329915	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2330938--2331000	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
2330959--2330983	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2333797--2333830	17	2.1	17	88	5	52	20	0	2	76	0.92
2334411--2334450	20	2.0	21	90	5	64	20	2	15	62	1.43
2334413--2334456	20	2.2	20	84	8	54	22	4	11	61	1.48
2335498--2336001	156	3.2	153	77	6	462	29	13	17	39	1.87
2338740--2338766	14	1.9	14	100	0	54	22	0	55	22	1.44
2341018--2341142	20	5.7	20	74	22	117	42	11	16	30	1.82
2341018--2341155	40	3.0	46	77	19	153	42	10	16	29	1.82
2342037--2342676	28	22.1	28	79	10	564	24	16	29	29	1.97
2342035--2342676	58	11.0	58	81	7	552	24	16	28	29	1.97
2342042--2342673	86	7.2	84	79	8	572	23	17	29	29	1.97
2342036--2342649	57	10.5	60	79	9	455	24	16	28	29	1.97
2343895--2343947	11	5.2	10	78	15	56	3	1	11	83	0.87
2346573--2346614	21	2.0	21	100	0	84	42	23	9	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2360466--2360736	135	2.0	135	93	0	461	29	23	11	35	1.90
2361027--2361058	10	3.2	10	100	0	64	28	9	0	62	1.26
2364376--2364438	30	2.1	30	90	0	99	20	7	14	57	1.62
2366176--2366207	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2366452--2366480	13	2.1	14	93	6	51	37	0	6	55	1.27
2366982--2367069	38	2.3	38	92	0	140	31	18	34	15	1.92
2367596--2367659	13	4.5	13	71	21	56	56	3	1	39	1.25
2369084--2369124	17	2.5	17	85	14	52	75	0	4	19	0.98
2371432--2371481	20	2.5	20	87	6	66	28	16	16	40	1.89
2373948--2374005	28	2.1	28	93	0	98	22	31	20	25	1.98
2373963--2374338	79	4.7	79	84	3	447	28	23	13	33	1.93
2373963--2374338	158	2.4	158	86	3	506	28	23	13	33	1.93
2378981--2379104	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
2378981--2379124	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
2379113--2379137	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2379178--2379244	33	2.0	33	91	0	107	38	13	11	35	1.82
2379200--2379224	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2380061--2380304	49	4.8	49	86	4	283	32	16	25	25	1.96
2380325--2380690	30	12.5	30	75	11	249	25	16	29	28	1.97
2380514--2380686	29	5.9	29	81	6	170	25	18	29	26	1.98
2380297--2380660	57	6.2	57	73	11	279	23	16	31	28	1.96
2382128--2382239	1	112.0	1	75	0	98	0	0	10	87	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382128--2382239	12	9.2	12	79	16	124	0	0	10	87	0.64
2382136--2382231	51	1.9	50	89	6	149	1	1	10	87	0.65
2396088--2396211	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
2396285--2396351	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2396307--2396331	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2405715--2405745	15	2.1	15	100	0	62	45	22	6	25	1.76
2408348--2408975	61	10.3	61	81	4	646	26	25	18	29	1.98
2408350--2408993	183	3.5	182	85	5	831	25	24	18	30	1.98
2409070--2409660	46	13.6	45	76	13	469	20	27	12	39	1.88
2408955--2409407	217	2.1	214	86	5	632	21	27	13	38	1.90
2409071--2409779	129	5.6	128	77	12	569	20	27	12	39	1.89
2408998--2409660	346	1.9	346	84	5	894	20	27	12	39	1.89
2409127--2409779	42	15.5	39	72	17	180	20	27	13	38	1.90
2409712--2409797	39	2.2	37	78	13	93	17	32	11	38	1.86
2410066--2410232	83	2.0	83	89	0	253	27	17	26	28	1.98
2412935--2412999	27	2.4	28	84	2	96	21	21	23	33	1.97
2412977--2413213	79	3.0	79	79	6	273	27	21	15	35	1.93
2413146--2413280	51	2.7	49	75	10	128	32	24	10	32	1.89
2413199--2413502	130	2.3	130	85	3	407	29	24	11	34	1.90
2413389--2413551	79	2.1	79	83	2	202	27	24	14	33	1.94
2417723--2417864	52	2.7	52	91	2	223	28	18	17	35	1.94
2417853--2417877	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417930--2417977	19	2.7	18	90	6	71	35	20	12	31	1.90
2417966--2417990	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2418722--2419311	49	11.8	49	87	3	829	32	17	26	23	1.97
2418722--2419311	150	3.9	148	89	3	842	32	17	26	23	1.97
2418722--2419311	199	2.9	199	92	1	930	32	17	26	23	1.97
2419317--2419832	65	8.0	64	84	3	647	19	18	33	28	1.95
2419317--2419832	97	5.3	97	93	0	861	19	18	33	28	1.95
2419860--2420309	68	7.0	67	78	13	371	34	14	30	21	1.92
2419928--2420085	28	5.2	28	73	21	131	32	13	31	22	1.93
2419816--2420240	192	2.2	194	86	7	602	32	13	31	21	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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