genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420120--2420183	29	2.2	29	86	2	85	34	12	32	20	1.90
2419816--2420188	96	3.9	96	92	2	579	33	12	31	21	1.91
2420059--2420319	32	8.0	33	82	12	220	36	13	29	21	1.91
2419827--2420291	192	2.4	192	84	6	518	34	13	30	20	1.92
2419990--2420309	159	2.0	158	80	8	357	35	14	29	21	1.92
2432078--2432135	1	58.0	1	75	0	53	87	5	6	0	0.65
2432051--2432120	25	2.8	25	84	6	79	84	10	2	2	0.83
2432046--2432136	17	5.2	16	74	18	67	82	9	5	2	0.91
2433105--2433688	61	9.4	61	75	7	424	26	26	18	28	1.98
2433308--2433336	14	2.1	14	100	0	58	20	31	13	34	1.92
2433331--2433978	59	11.0	59	81	7	655	26	26	19	27	1.99
2433193--2433563	134	2.8	135	80	8	396	26	28	18	27	1.98
2433338--2433971	169	3.6	171	81	9	637	27	26	19	26	1.99
2435063--2437066	672	3.0	671	98	0	3864	30	24	15	30	1.95
2438604--2438674	28	2.5	28	77	4	72	23	25	18	32	1.97
2438525--2438756	108	2.2	107	82	5	281	25	26	16	31	1.97
2438631--2438939	79	3.9	79	85	1	377	27	24	14	33	1.94
2438636--2438939	158	1.9	159	86	0	430	27	24	12	34	1.92
2439046--2439142	51	1.9	51	82	0	122	29	25	11	32	1.91
2439079--2439250	79	2.2	77	82	2	200	27	27	15	30	1.96
2438818--2439216	130	3.1	130	84	0	483	28	25	13	32	1.94
2440429--2440611	50	3.7	50	91	2	280	25	16	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2442965--2443074	51	2.2	51	81	3	123	29	25	11	33	1.91
2443016--2443454	79	5.6	79	78	6	392	28	25	12	33	1.92
2443146--2443202	28	1.9	30	83	16	75	29	28	10	31	1.90
2443016--2443456	237	1.9	237	82	4	559	28	25	12	33	1.92
2443014--2443476	158	2.9	157	80	3	491	28	25	12	33	1.92
2444981--2445015	17	1.9	19	88	11	56	62	5	0	31	1.18
2445315--2445372	20	2.8	19	78	21	64	62	1	1	34	1.16
2450770--2450797	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2450842--2450925	13	5.5	13	71	28	60	38	15	13	33	1.86
2450850--2450944	19	5.7	17	71	27	71	37	14	12	34	1.84
2450842--2450944	32	3.2	32	94	0	179	37	15	12	33	1.85
2450849--2450966	19	6.8	18	67	27	67	36	14	13	35	1.85
2452022--2452063	13	3.2	13	89	0	66	35	21	14	28	1.92
2452097--2452172	32	2.3	33	93	2	127	39	9	25	26	1.85
2452201--2452225	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2454965--2455285	157	2.0	158	84	6	420	34	12	24	28	1.92
2454957--2455306	79	4.5	79	83	5	392	33	12	25	28	1.93
2455236--2455355	51	2.4	51	83	8	154	31	13	28	26	1.94
2455290--2455511	78	2.8	78	78	6	241	33	14	24	27	1.94
2455081--2455562	208	2.3	209	82	5	548	34	13	24	28	1.93
2455442--2455595	51	3.0	51	77	2	150	36	11	23	29	1.89
2457346--2457380	17	2.1	16	89	5	52	80	8	2	8	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2457751--2457800	19	2.5	21	87	6	68	42	14	12	32	1.82
2459602--2459626	10	2.5	10	100	0	50	16	0	8	76	1.02
2460235--2460520	51	5.6	51	84	4	344	30	26	9	32	1.89
2460503--2460579	28	2.8	28	81	0	91	24	32	18	24	1.97
2460531--2460708	79	2.3	79	83	3	216	25	25	15	33	1.95
2462104--2462153	13	3.5	13	80	19	64	34	14	18	34	1.90
2462231--2462360	52	2.5	52	88	1	206	35	17	16	30	1.93
2465762--2466179	41	10.2	40	77	5	266	35	26	21	16	1.95
2465768--2466444	82	8.6	82	71	11	324	35	28	20	15	1.93
2465762--2466132	123	3.0	122	84	2	433	34	27	21	16	1.94
2466278--2466453	40	4.4	40	77	3	165	35	32	18	13	1.89
2466278--2466453	80	2.2	81	81	3	203	35	32	18	13	1.89
2466588--2466720	69	1.9	69	86	8	191	31	35	14	18	1.91
2480255--2481084	42	19.8	42	69	14	216	19	27	18	34	1.95
2480250--2481126	84	10.4	83	77	6	590	19	27	18	34	1.95
2480352--2480583	126	1.8	126	85	1	331	19	27	18	34	1.96
2480352--2480621	126	2.1	126	82	1	317	21	26	18	34	1.96
2480427--2480828	126	3.2	126	76	4	310	21	25	16	35	1.95
2480683--2481095	169	2.4	168	86	4	546	19	28	17	35	1.94
2482046--2482082	17	2.1	18	90	5	58	59	13	21	5	1.54
2482136--2482827	41	16.8	41	74	2	382	37	28	19	13	1.90
2482132--2482457	167	2.0	167	82	0	400	38	29	19	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2482142--2482727	249	2.4	249	84	3	748	38	27	20	13	1.90
2482987--2483099	59	1.9	59	88	0	172	29	36	15	18	1.92
2487069--2487229	42	3.8	42	82	2	189	44	10	22	22	1.83
2487065--2487300	41	5.6	41	81	4	186	42	11	22	22	1.86
2487450--2487829	61	6.3	60	86	4	500	29	17	26	27	1.98
2487318--2487829	122	4.2	121	81	6	520	29	17	25	27	1.97
2487318--2487830	181	2.8	179	81	8	518	29	17	25	27	1.97
2488808--2488843	8	4.5	8	85	0	54	0	16	0	83	0.65
2488822--2488877	10	5.6	10	80	6	60	1	3	8	85	0.78
2492266--2492303	13	2.9	14	81	18	55	84	0	0	15	0.63
2492272--2492302	15	2.1	14	94	5	53	90	0	0	9	0.46
2492308--2492365	21	2.8	21	76	5	64	36	17	15	31	1.91
2492400--2492468	19	4.0	18	75	22	76	37	11	14	36	1.83
2492403--2492465	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
2492422--2492446	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2492508--2492533	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2492488--2492554	34	2.0	33	88	2	98	25	14	13	46	1.82
2493479--2493551	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2493590--2493615	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2495825--2495869	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2499720--2499799	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
2499785--2499823	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2502266--2502338	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2502284--2502359	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2502266--2502359	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2502398--2502423	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2505001--2505075	27	2.7	28	89	6	109	24	33	20	22	1.97
2505097--2505281	52	3.6	50	80	11	203	30	25	10	33	1.90
2505264--2505340	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2504890--2505391	264	1.9	263	90	2	803	28	26	13	31	1.93
2507003--2507131	52	2.5	52	96	0	231	29	17	17	35	1.93
2507003--2507151	52	2.9	51	90	4	219	30	16	18	34	1.93
2507140--2507164	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2507207--2507269	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
2507226--2507282	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
2507205--2507302	32	3.0	32	93	1	160	35	15	13	35	1.86
2508083--2508209	67	1.9	68	85	1	175	39	12	24	23	1.89
2508159--2508759	43	12.6	52	77	13	373	32	16	24	25	1.96
2508266--2508777	43	11.1	43	78	12	493	31	16	25	25	1.97
2508310--2508377	21	3.2	20	66	25	50	27	16	27	27	1.97
2508209--2508759	144	3.9	141	85	7	649	32	17	24	25	1.96
2508213--2508777	236	2.4	230	88	4	841	32	16	25	25	1.96
2508213--2508777	92	6.1	90	81	11	588	32	16	25	25	1.96
2508765--2508843	32	2.5	31	93	4	115	13	16	41	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2508773--2508843	32	2.2	32	100	0	142	14	16	42	26	1.87
2508850--2509500	31	19.7	31	74	13	428	33	13	33	19	1.92
2508850--2509500	100	6.5	100	83	5	836	33	13	33	19	1.92
2508850--2509500	200	3.3	199	89	3	938	33	13	33	19	1.92
2509488--2509548	23	2.7	23	97	0	113	19	19	29	31	1.97
2509413--2509613	111	1.8	111	81	6	255	27	17	31	22	1.97
2510592--2510652	25	2.4	25	89	10	90	0	8	8	83	0.81
2510600--2510639	21	2.0	21	90	5	64	0	5	10	85	0.75
2517750--2517878	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
2517900--2517927	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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