genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191506--191712	86	2.4	88	77	8	199	21	20	14	42	1.88
192490--193007	47	11.0	47	76	7	390	21	22	16	39	1.92
192445--192751	141	2.2	142	81	5	361	25	20	16	37	1.93
192494--193002	141	3.6	143	77	6	434	21	21	17	39	1.92
193015--193351	88	3.8	88	78	6	358	21	23	15	40	1.90
193031--193355	176	1.8	176	83	2	429	20	24	14	40	1.90
192992--193350	44	8.2	44	68	8	201	21	23	14	40	1.90
193535--193747	42	5.0	43	74	7	186	15	26	20	38	1.92
193535--193765	85	2.7	84	80	4	241	15	26	19	38	1.91
194623--194692	20	3.5	20	81	11	83	32	17	12	37	1.87
194641--194693	19	2.7	20	88	2	81	30	16	15	37	1.90
194724--194775	20	2.6	20	84	0	59	36	11	21	30	1.89
197540--197707	83	2.0	83	98	0	327	42	13	20	23	1.88
203579--203651	20	3.7	19	80	7	67	31	16	12	39	1.85
206069--206126	23	2.5	23	86	8	82	79	0	20	0	0.74
206069--206129	15	3.9	15	76	16	61	80	0	19	0	0.72
206708--207150	166	2.7	166	77	7	427	35	11	11	41	1.77
207395--207930	153	3.5	154	78	6	482	25	15	19	39	1.91
209651--209760	53	2.1	53	98	0	211	30	8	27	33	1.86
210930--210975	20	2.2	21	88	3	67	45	8	10	34	1.70
211040--211164	51	2.4	52	86	4	164	31	13	11	44	1.79
211040--211178	52	2.7	51	86	3	172	31	13	11	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212151--212225	20	3.8	20	81	0	96	34	14	10	40	1.81
213132--213179	22	2.4	22	80	16	59	20	20	10	47	1.79
214385--214584	97	2.1	97	92	0	337	27	30	12	30	1.93
221008--221216	79	2.6	78	80	10	244	33	13	25	27	1.94
221169--221391	51	4.4	50	81	5	250	31	13	27	27	1.93
221407--221521	51	2.3	51	80	3	133	29	13	26	30	1.94
221272--221600	131	2.5	130	89	2	534	29	14	28	27	1.96
221455--221632	79	2.2	80	85	3	234	28	16	29	26	1.97
221586--221657	28	2.5	29	82	15	96	23	22	30	23	1.99
221644--221812	51	3.3	51	86	1	241	30	11	27	31	1.91
224159--224212	19	2.8	20	88	5	83	42	12	16	27	1.85
224806--224907	41	2.5	41	83	10	120	46	9	25	18	1.80
224916--225097	42	4.3	41	76	12	158	40	14	26	19	1.89
225067--225431	61	6.1	61	80	7	365	29	20	25	24	1.99
225072--225454	122	3.2	116	80	10	429	28	20	25	25	1.99
225257--225454	55	3.5	55	84	10	265	28	21	24	26	1.99
236100--236124	10	2.5	10	100	0	50	84	16	0	0	0.63
236306--236353	20	2.4	20	96	0	87	22	16	16	43	1.87
236369--236440	20	3.5	20	70	10	63	29	16	11	43	1.82
236377--236592	108	2.0	108	93	1	371	23	17	12	46	1.83
236521--236562	20	2.1	21	86	8	61	19	23	14	42	1.87
237461--237525	33	2.0	33	84	0	85	23	20	7	49	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237638--238135	47	10.6	47	77	6	416	22	21	17	39	1.92
237573--238130	141	3.9	140	79	5	491	23	20	17	39	1.92
237621--238128	188	2.7	188	79	6	492	22	20	17	39	1.92
238148--238479	88	3.8	88	82	1	369	22	23	14	39	1.90
238116--238478	44	8.2	44	68	8	200	22	23	13	39	1.90
238663--238876	42	5.0	42	72	9	130	16	25	17	40	1.90
239809--239878	20	3.6	19	80	7	79	32	18	12	35	1.89
239827--239879	19	2.7	20	88	2	81	30	16	15	37	1.90
248960--249013	20	2.7	19	86	11	65	31	14	12	40	1.84
256009--256076	30	2.3	31	87	5	95	77	19	1	1	0.92
257368--257744	31	12.1	31	81	9	421	22	27	15	34	1.94
257722--258545	34	26.2	34	78	13	747	20	33	11	34	1.89
257746--258562	61	13.1	61	75	15	560	20	32	12	34	1.90
257745--258545	95	8.6	91	83	8	758	20	32	11	34	1.89
258004--258251	27	8.2	27	75	17	113	19	32	12	35	1.89
258377--258434	27	2.1	27	90	0	89	22	31	12	34	1.91
258446--258560	60	1.9	61	89	1	178	20	33	14	32	1.93
258536--258631	28	3.3	29	79	7	115	35	31	15	17	1.92
258648--259450	49	17.0	49	73	13	501	27	26	16	30	1.96
258804--259140	39	7.9	39	69	18	188	28	26	18	26	1.98
258756--259190	88	5.0	88	90	0	665	28	27	17	27	1.98
259107--259348	101	2.4	100	80	6	265	25	26	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259107--259450	52	6.8	49	78	10	241	26	26	14	32	1.95
261077--261124	21	2.3	20	82	6	60	22	16	16	43	1.87
263341--263385	20	2.3	20	88	3	65	35	20	8	35	1.84
265485--265539	12	4.6	12	78	14	60	76	0	23	0	0.79
265484--265539	23	2.3	25	82	11	73	76	0	23	0	0.78
265484--265545	25	2.4	25	81	8	70	77	0	22	0	0.77
266125--266569	166	2.7	165	82	6	515	37	11	11	40	1.76
266813--267348	153	3.5	153	77	6	487	25	16	18	39	1.91
269077--269179	53	1.9	53	94	0	179	34	7	24	33	1.84
270347--270392	20	2.2	21	88	3	67	45	6	13	34	1.69
270457--270599	52	2.8	50	85	3	178	31	14	13	40	1.85
271565--271639	20	3.8	20	80	0	78	36	13	10	40	1.79
272545--272592	22	2.4	22	80	16	59	20	22	10	45	1.81
273796--274002	97	2.1	97	95	0	369	26	30	13	30	1.93
278234--278328	20	4.8	20	92	0	145	45	15	14	24	1.84
285742--286297	28	19.1	28	84	6	621	28	29	17	25	1.97
285742--286291	117	4.7	117	86	5	686	28	29	17	24	1.97
286359--286467	45	2.3	47	84	6	132	22	28	17	32	1.96
286999--287053	20	2.8	20	82	0	74	32	12	12	41	1.81
289264--289590	97	3.4	97	93	0	546	26	29	12	30	1.93
292352--292612	81	3.2	81	84	4	334	28	27	12	31	1.93
295054--295191	51	2.7	51	84	2	170	41	13	14	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296199--296247	13	4.2	13	70	24	54	38	16	12	32	1.86
296199--296268	33	2.1	34	86	7	99	35	18	12	32	1.89
296297--296351	19	2.9	19	86	5	67	34	20	16	29	1.94
296907--296972	18	3.5	19	71	20	57	25	33	3	37	1.72
296916--296973	21	3.0	20	72	20	59	29	27	3	39	1.73
299250--299720	234	2.0	234	97	0	881	29	16	16	36	1.91
302088--302121	17	2.0	17	100	0	68	29	17	5	47	1.71
305211--305259	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88
305211--305277	34	2.0	33	88	8	100	32	19	13	34	1.91
305309--305349	20	2.0	21	90	4	66	34	17	12	36	1.87
305330--305356	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
306040--306176	44	3.0	44	81	12	184	41	11	27	18	1.86
306065--306175	50	2.2	51	90	1	170	48	9	26	16	1.75
306165--306458	72	4.1	71	82	9	325	38	15	22	23	1.92
306164--306458	143	2.1	143	80	9	336	38	15	22	23	1.92
306425--306630	44	5.0	44	71	17	170	39	13	26	19	1.89
306383--306701	120	2.6	121	81	9	393	41	13	24	20	1.88
306543--306630	43	2.0	44	86	2	124	42	12	27	18	1.86
306581--307013	69	5.9	75	79	12	306	36	13	25	24	1.92
306079--306912	454	1.8	456	85	6	1172	38	13	24	23	1.91
306619--306983	69	5.2	69	82	8	380	36	13	25	24	1.92
306575--307014	139	3.0	139	77	12	408	37	13	25	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306619--306983	70	5.2	69	80	9	344	36	13	25	24	1.92
307837--307893	27	2.2	26	84	9	71	22	26	12	38	1.89
307803--308293	60	7.8	61	79	10	387	23	27	10	38	1.88
307791--308319	33	16.7	33	78	12	413	22	26	11	39	1.88
308098--308269	27	5.9	27	76	12	105	26	28	11	33	1.91
308249--308343	34	2.8	34	87	1	111	21	24	12	42	1.87
308310--308368	28	2.1	28	84	12	77	18	27	16	37	1.93
308323--308396	27	2.7	28	78	4	87	21	29	16	32	1.95
308397--308711	33	9.6	33	80	3	332	30	34	16	18	1.92
308397--308711	65	4.8	65	83	2	398	30	34	16	18	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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