genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2667582--2667865	127	2.2	127	84	1	372	21	29	11	37	1.88
2667709--2667895	93	2.0	93	83	4	234	20	28	13	36	1.91
2667382--2667895	220	2.4	216	81	5	561	21	28	10	38	1.88
2667860--2667913	27	2.0	27	88	0	81	27	27	11	33	1.91
2668055--2668172	32	3.7	32	85	3	141	30	30	20	18	1.96
2668198--2668363	43	3.7	43	71	16	136	27	24	14	34	1.94
2668198--2668411	95	2.3	94	85	0	275	27	24	14	34	1.94
2668270--2668598	143	2.3	144	84	0	426	28	24	13	33	1.93
2668459--2668595	49	2.7	51	78	6	145	29	24	13	32	1.94
2668269--2668611	43	7.1	48	73	12	215	28	24	13	33	1.93
2678493--2678549	24	2.4	24	69	0	60	22	10	33	33	1.88
2678647--2678680	13	2.6	13	85	0	50	29	8	29	32	1.87
2679171--2679195	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
2679774--2679805	17	1.9	16	93	6	55	0	9	0	90	0.45
2679778--2679804	11	2.5	11	100	0	54	0	7	0	92	0.38
2680084--2680152	27	2.5	28	85	4	104	46	20	5	27	1.73
2681063--2681863	400	2.0	400	97	0	1521	25	24	13	35	1.92
2682435--2682480	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
2684931--2684961	13	2.4	13	94	0	53	41	6	41	9	1.63
2685046--2685113	28	2.4	27	85	7	91	45	14	2	36	1.60
2685046--2685119	27	2.7	27	85	6	94	47	16	2	33	1.61
2687739--2687837	53	1.9	54	83	8	134	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2690286--2690344	19	3.2	20	81	11	72	35	0	0	64	0.94
2702959--2703055	50	1.9	50	89	0	149	45	4	3	47	1.37
2704086--2704229	20	7.1	19	70	14	101	32	15	17	34	1.92
2707309--2707333	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2707289--2707357	32	2.1	33	94	2	122	34	11	17	36	1.86
2707395--2707419	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2712108--2712165	29	2.0	29	100	0	116	44	10	3	41	1.55
2712307--2712657	153	2.3	152	82	7	392	31	8	9	50	1.65
2712565--2712606	22	2.1	19	86	13	57	38	4	4	52	1.44
2712811--2712849	14	2.9	14	84	3	53	35	7	0	56	1.28
2713285--2713327	21	2.2	19	87	8	59	16	0	20	62	1.32
2713344--2713423	39	2.1	38	95	2	142	36	10	12	41	1.76
2714117--2714436	163	1.9	167	83	7	422	34	13	11	40	1.81
2714611--2714933	156	2.1	154	82	4	389	26	14	17	40	1.89
2715523--2716015	166	3.0	164	79	10	524	30	11	8	49	1.69
2715846--2715891	22	2.1	22	84	8	58	39	6	2	52	1.40
2716750--2717166	154	2.7	154	82	5	504	26	15	19	38	1.92
2724788--2724821	13	2.6	13	85	0	50	29	17	14	38	1.90
2724914--2724957	21	2.2	20	83	4	52	38	18	0	43	1.50
2727480--2727551	20	3.7	20	77	7	76	31	16	15	36	1.90
2727578--2727615	13	2.9	13	92	7	60	31	15	21	31	1.94
2732883--2733196	156	2.0	155	92	0	520	41	11	16	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2735090--2735243	79	2.0	76	87	6	220	45	7	6	40	1.59
2735666--2735696	5	6.2	5	92	0	53	64	0	16	19	1.29
2738868--2738893	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2741905--2741933	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2743738--2743787	22	2.3	21	77	12	57	38	2	2	58	1.21
2744122--2744153	15	2.1	15	100	0	64	46	0	0	53	1.00
2745256--2745304	23	2.2	23	85	7	66	42	6	4	46	1.47
2745298--2745358	11	5.4	11	73	7	59	34	0	0	65	0.93
2745753--2746308	287	2.0	268	82	10	670	39	15	8	36	1.78
2746944--2747001	27	2.1	28	81	9	66	29	3	3	63	1.27
2746990--2747014	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
2747341--2747384	22	2.0	23	86	4	63	47	9	0	43	1.35
2747504--2747543	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
2747504--2747546	16	2.6	17	85	10	63	55	0	0	44	0.99
2747813--2747929	58	2.0	59	84	1	155	48	3	9	38	1.52
2748015--2748062	23	2.0	24	88	4	71	68	10	2	18	1.28
2748670--2748721	20	2.6	19	80	17	52	3	19	1	75	1.06
2748691--2748728	17	2.2	18	85	4	51	0	21	0	78	0.74
2748689--2748728	19	2.2	18	90	4	62	0	20	0	80	0.72
2749281--2749345	35	1.9	35	81	6	80	66	6	0	27	1.15
2749345--2749401	16	3.2	18	74	23	57	3	19	0	77	0.92
2749356--2749382	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2749461--2749494	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
2749825--2749866	10	4.2	10	82	11	50	28	0	0	71	0.86
2749825--2749871	9	5.1	9	82	7	51	29	0	0	70	0.88
2749825--2749867	19	2.3	18	88	8	59	30	0	0	69	0.88
2750170--2750267	22	4.2	22	74	16	74	50	2	1	46	1.19
2750391--2750431	16	2.4	18	76	23	52	46	4	0	48	1.23
2750610--2750664	24	2.4	24	79	11	62	36	1	3	58	1.26
2750626--2750681	24	2.4	23	80	8	60	37	3	1	57	1.27
2751085--2751129	15	3.1	15	80	6	56	40	0	2	57	1.11
2751774--2751806	12	2.8	12	100	0	66	24	15	0	60	1.35
2753802--2753852	15	3.4	15	75	20	52	39	1	0	58	1.09
2754677--2754721	20	2.4	18	79	13	54	28	17	17	35	1.93
2763156--2763183	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2763236--2763287	19	2.7	19	93	0	95	40	17	11	30	1.85
2763960--2764107	53	2.7	55	74	9	151	34	12	25	27	1.92
2764007--2765069	49	21.8	49	80	7	1026	32	18	25	24	1.97
2764007--2765069	199	5.4	196	83	5	1100	32	18	25	24	1.97
2763998--2765069	248	4.4	248	83	6	1218	32	18	25	24	1.97
2764702--2765069	48	8.1	43	76	14	303	30	19	24	24	1.98
2764702--2765069	91	4.0	91	89	4	555	30	19	24	24	1.98
2764709--2765067	179	2.0	182	92	2	609	30	19	24	25	1.98
2765123--2765547	35	12.5	33	79	13	381	36	12	31	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2765123--2765670	34	16.4	33	77	9	445	36	12	30	20	1.90
2765550--2765613	29	2.2	29	86	2	85	35	12	29	21	1.91
2765628--2765700	30	2.4	30	77	13	78	31	17	24	26	1.97
2766998--2767037	13	3.2	13	82	7	55	0	2	15	82	0.77
2766998--2767037	12	3.2	12	83	16	55	0	2	15	82	0.77
2767407--2767432	13	2.0	13	100	0	52	15	15	23	46	1.83
2770689--2770817	52	2.5	52	96	0	240	27	17	18	35	1.94
2770826--2770850	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2770894--2770963	31	2.2	32	92	2	124	35	15	12	35	1.86
2770902--2770984	19	4.8	18	76	16	86	36	14	12	37	1.83
2775394--2775445	22	2.5	20	75	9	50	23	1	7	67	1.27
2775761--2775788	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2777092--2777123	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2777281--2777307	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2779695--2779720	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2781668--2781946	140	2.0	135	82	6	328	34	10	18	36	1.86
2784044--2784078	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2784848--2784880	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
2784820--2784906	20	4.4	20	76	16	69	42	2	0	55	1.12
2784853--2784909	21	2.7	23	84	15	79	42	0	0	57	0.98
2784863--2784906	20	2.1	20	91	8	70	43	0	0	56	0.99
2784863--2784922	20	2.9	20	85	5	57	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2785156--2785277	17	7.5	16	73	9	95	38	0	5	54	1.30
2785252--2785303	22	2.4	21	84	6	68	42	0	3	53	1.19
2786939--2787059	52	2.4	53	76	6	126	47	4	1	46	1.31
2786939--2787074	52	2.7	49	74	9	121	51	3	1	43	1.28
2787682--2787746	27	2.4	27	78	14	71	75	1	21	1	0.97
2787706--2787745	13	2.9	14	82	17	57	80	0	20	0	0.72
2788571--2788596	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2788553--2788616	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2790816--2790865	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2792662--2792692	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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