genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  9  of  18  ( 2134 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1457627--1457879	132	1.9	132	84	1	337	22	18	30	28	1.97
1457879--1457961	30	2.8	29	81	3	112	28	15	27	27	1.96
1463988--1464040	27	2.1	25	86	10	72	26	15	35	22	1.93
1465475--1466272	44	18.3	44	72	9	544	39	16	23	20	1.91
1465423--1466272	88	9.7	87	82	6	654	39	16	23	20	1.91
1465420--1466275	307	2.8	307	85	2	913	39	16	23	20	1.91
1466358--1466441	35	2.3	36	83	6	98	46	10	21	21	1.81
1466668--1466835	88	1.9	88	89	7	261	26	14	27	31	1.95
1467915--1467939	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1468584--1468610	13	2.1	13	100	0	54	51	14	0	33	1.43
1476547--1476574	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
1476528--1476592	33	2.0	33	93	0	112	27	21	13	36	1.92
1476530--1476605	33	2.3	33	88	0	107	31	22	10	35	1.88
1476644--1476716	20	3.7	20	80	8	78	41	19	12	27	1.87
1478080--1478145	8	7.9	8	76	8	60	1	19	1	77	0.93
1478101--1478145	17	2.6	17	100	0	90	0	20	0	80	0.72
1478397--1478457	27	2.3	27	83	13	74	3	14	1	80	0.92
1482029--1482412	155	2.5	154	81	3	412	39	18	16	25	1.92
1482934--1483399	161	2.8	166	80	9	502	39	10	11	38	1.76
1484801--1485710	319	2.8	320	84	7	1193	52	6	11	29	1.63
1485469--1485504	18	1.9	19	88	5	56	47	2	13	36	1.58
1485635--1485669	18	1.9	18	88	11	54	40	2	17	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1484819--1485772	166	5.9	162	79	11	885	51	7	11	29	1.64
1487801--1487865	3	22.0	3	76	17	57	70	3	0	26	1.01
1487801--1487864	14	4.6	13	75	19	58	71	3	0	25	1.00
1487795--1487850	16	3.7	14	81	18	60	69	1	1	26	1.08
1487809--1487864	20	2.8	20	78	10	69	71	3	0	25	1.02
1491940--1491965	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1491921--1491983	32	2.0	32	87	6	92	28	15	14	41	1.87
1492004--1492079	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1492025--1492097	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1492004--1492097	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1493725--1493749	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1497277--1497302	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1497258--1497320	32	2.0	32	87	6	92	28	15	14	41	1.87
1497341--1497416	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1497362--1497434	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1497341--1497434	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1499608--1499634	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1499702--1499726	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
1499683--1499751	33	2.1	33	89	5	104	30	11	18	39	1.87
1501461--1501493	12	2.5	14	85	14	52	81	0	18	0	0.68
1503513--1503659	73	2.0	73	98	0	285	30	15	15	38	1.89
1504220--1504461	42	5.8	41	76	7	150	18	27	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1504215--1505102	84	10.4	83	69	11	345	18	29	18	34	1.94
1504446--1504475	14	2.1	14	100	0	60	26	26	20	26	1.99
1504404--1504517	56	2.0	56	96	0	210	23	28	14	32	1.95
1504415--1504503	27	3.2	27	64	22	67	22	30	13	33	1.92
1504460--1505102	42	15.3	42	74	5	469	18	29	18	34	1.94
1513131--1513185	19	2.8	20	88	2	85	32	18	12	36	1.88
1516177--1516203	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1516187--1516249	19	3.3	19	82	6	74	33	15	15	34	1.90
1524288--1524344	19	2.9	19	84	2	78	35	17	14	33	1.90
1524398--1524455	13	4.8	13	76	20	63	36	12	15	36	1.85
1525425--1525476	19	2.7	20	84	6	70	26	15	15	42	1.87
1527534--1527576	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
1527999--1528037	13	3.0	13	92	0	60	38	15	15	30	1.88
1530097--1530127	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1534183--1534208	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1534163--1534226	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1535100--1535137	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1543347--1543372	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1543327--1543390	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
1543327--1543397	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
1543754--1543785	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1545330--1545456	58	2.2	60	87	5	179	38	16	6	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1545330--1545462	30	4.5	30	79	9	157	39	16	6	38	1.73
1549856--1549881	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1549865--1549921	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
1549867--1550003	20	6.8	20	74	14	88	32	18	18	30	1.95
1549991--1550016	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1549971--1550039	34	2.1	33	89	8	104	34	13	20	31	1.91
1558549--1558613	33	2.0	33	87	3	96	29	18	16	35	1.93
1558685--1558710	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1558664--1558732	33	2.1	34	86	8	97	34	14	17	33	1.90
1566166--1566195	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
1567206--1567284	24	3.2	24	74	15	72	32	1	18	46	1.58
1567574--1567608	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1568515--1568545	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1569185--1569346	16	10.1	16	77	2	74	35	35	20	8	1.83
1569199--1569356	64	2.5	64	79	0	172	36	34	20	8	1.84
1569199--1569351	32	4.8	32	70	3	110	35	35	20	7	1.82
1581311--1581604	156	1.9	156	84	1	401	40	10	14	34	1.80
1582377--1582409	16	2.1	16	100	0	66	27	12	36	24	1.91
1584454--1584774	156	2.1	156	82	4	389	39	17	14	28	1.89
1585010--1585401	163	2.4	163	94	3	671	37	12	10	38	1.79
1586507--1586535	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
1586508--1586542	14	2.6	14	95	4	63	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1586900--1587378	154	3.2	154	80	9	447	49	8	8	34	1.63
1586919--1587394	153	3.2	152	81	7	503	49	8	8	33	1.63
1587155--1587462	154	2.0	154	80	5	347	50	7	9	32	1.63
1588568--1588836	43	6.3	43	81	2	254	37	16	26	18	1.93
1588540--1588908	86	4.2	86	76	4	290	38	16	25	19	1.92
1588568--1588908	129	2.6	129	80	5	328	37	16	26	20	1.93
1589423--1589560	51	2.7	51	96	0	249	28	16	13	42	1.85
1589476--1589560	20	3.7	20	71	28	71	29	17	11	41	1.85
1594791--1595089	96	3.1	95	88	4	447	27	21	12	38	1.89
1594782--1595145	96	3.8	97	84	7	431	28	20	10	39	1.87
1597678--1597864	90	2.1	90	95	1	338	30	24	21	23	1.99
1609312--1609599	158	1.8	157	87	2	425	26	22	14	36	1.92
1609312--1609670	158	2.3	158	81	1	407	26	22	14	37	1.92
1610399--1610450	20	2.5	20	87	9	70	40	9	17	32	1.82
1612056--1612230	96	1.8	96	92	2	298	33	20	8	38	1.81
1612151--1612336	68	2.7	69	84	3	232	30	19	6	42	1.78
1612028--1612244	96	2.3	94	83	5	258	31	23	9	35	1.86
1613986--1614011	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1617506--1617530	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1619542--1619567	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1622640--1622922	79	3.6	78	79	8	245	36	12	24	26	1.91
1622699--1622940	79	3.1	79	83	2	263	35	14	23	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1622882--1622991	51	2.2	51	90	3	168	35	10	24	29	1.89
1625380--1625434	21	2.7	21	81	10	69	49	9	12	29	1.72
1627536--1627586	25	2.0	25	85	7	68	58	0	5	35	1.22
1630967--1631131	20	7.8	20	72	19	120	40	11	16	32	1.84
1630916--1631142	90	2.5	91	89	3	341	41	11	17	29	1.84
1632973--1633197	116	1.9	116	83	3	292	40	11	9	37	1.75
1643869--1643960	20	4.7	20	88	8	118	28	16	14	41	1.87
1643869--1643961	39	2.3	40	84	10	120	27	17	13	40	1.88
1646137--1646204	28	2.4	27	85	4	82	26	27	17	27	1.98
1646259--1646319	28	2.2	28	88	5	88	19	34	21	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18