genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  6  of  18  ( 2134 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845606--845689	27	3.2	26	62	18	64	17	17	32	32	1.94
845511--845815	116	2.7	111	80	10	339	24	19	28	26	1.99
859210--859291	28	2.9	29	84	8	98	26	17	31	24	1.97
859274--859456	52	3.5	51	77	5	181	33	12	24	30	1.91
859274--859494	51	4.3	51	79	8	207	32	13	24	29	1.93
859477--859551	27	2.7	27	85	6	89	18	21	37	22	1.94
859536--859658	51	2.4	51	85	8	160	30	12	24	32	1.92
861997--862053	21	2.8	21	91	2	89	45	12	17	24	1.83
862085--862181	19	5.8	18	72	27	97	38	17	12	31	1.87
862079--862179	32	3.2	32	97	0	184	37	17	11	32	1.87
862103--862161	13	4.1	13	73	23	55	37	16	13	32	1.88
866167--866351	97	1.9	96	83	3	237	36	13	21	28	1.92
866167--866394	96	2.4	97	79	0	251	35	11	24	28	1.91
868703--868770	32	2.1	32	88	0	100	41	11	10	36	1.76
870324--870523	97	2.1	97	88	1	294	19	17	30	33	1.95
879990--880062	37	2.0	37	100	0	146	16	19	13	50	1.77
891152--891200	23	2.2	22	81	3	53	67	16	2	14	1.33
891436--892170	79	9.3	79	83	3	704	33	14	24	27	1.94
891436--892170	314	2.3	312	83	5	865	33	14	24	27	1.94
894497--894542	20	2.3	20	92	0	74	41	10	21	26	1.86
896244--896287	23	2.0	22	81	4	52	63	13	4	18	1.46
896625--896904	78	3.5	79	76	9	241	35	11	25	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899285--899405	51	2.3	52	82	1	154	45	12	11	30	1.77
900923--901346	157	2.7	155	82	6	500	38	20	16	24	1.93
902939--902974	17	2.1	17	89	5	54	5	8	2	83	0.89
903349--904089	168	4.5	165	77	9	602	49	8	11	29	1.69
905280--905618	30	11.3	30	67	11	174	41	14	22	21	1.89
905277--905618	60	5.7	58	81	6	337	41	14	22	21	1.89
905276--905613	120	2.8	119	81	4	392	41	14	22	21	1.89
912064--912463	156	2.6	155	78	5	450	39	21	15	23	1.91
913884--913929	21	2.1	22	84	11	60	58	10	15	15	1.63
913985--914025	17	2.5	16	88	11	57	0	12	2	85	0.70
913985--914029	18	2.6	18	86	10	58	0	13	2	84	0.72
913985--914021	10	3.6	10	89	7	56	0	10	2	86	0.67
914747--915171	167	2.5	165	80	4	462	48	8	11	32	1.69
916189--916693	127	4.0	127	83	4	567	35	17	21	25	1.95
916216--916693	62	7.6	62	81	6	480	35	17	21	25	1.95
926635--927120	240	2.0	240	93	0	819	28	20	20	30	1.97
928652--928701	26	2.0	26	92	4	84	52	6	22	20	1.68
929028--929174	79	1.9	76	81	6	179	31	11	24	31	1.91
929048--929303	81	3.2	76	78	14	189	33	12	23	29	1.92
929119--929311	81	2.4	78	81	12	216	37	12	22	27	1.90
933804--933934	52	2.5	52	94	0	235	29	17	18	34	1.94
934010--934094	19	4.7	19	77	18	92	37	16	11	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
934029--934092	33	2.0	33	96	3	121	34	17	12	35	1.87
934048--934072	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
937133--937353	34	6.6	34	83	8	208	34	27	16	22	1.95
937133--937305	71	2.5	68	83	7	215	35	27	16	21	1.94
937246--937453	31	6.8	30	75	10	136	29	26	22	21	1.99
937209--937453	34	7.9	31	77	9	148	29	26	21	22	1.99
937401--937467	32	2.1	32	88	0	98	29	26	17	25	1.98
941528--941561	12	2.8	12	86	0	50	44	0	44	11	1.40
948773--948799	14	1.9	14	100	0	54	11	0	29	59	1.32
950621--950677	20	2.8	20	83	0	78	29	12	14	43	1.81
959163--959276	27	4.2	27	86	2	174	23	33	13	29	1.93
959170--959386	28	7.8	28	82	9	158	27	31	13	26	1.94
959197--959509	28	10.8	28	81	10	143	30	31	15	22	1.94
959300--959523	28	7.5	31	86	6	227	33	30	16	19	1.94
960402--960456	20	2.8	20	85	0	74	34	12	12	40	1.82
960442--960558	31	3.5	31	67	22	83	25	17	13	43	1.85
960473--960527	20	2.8	20	80	0	65	30	12	14	41	1.83
960391--960577	71	2.6	71	93	0	320	28	16	12	42	1.85
961486--961602	58	2.0	58	98	0	225	17	21	22	38	1.93
961500--961598	29	3.4	30	68	12	98	17	21	21	40	1.91
968405--968465	9	7.1	9	74	10	65	13	44	0	42	1.43
968377--968495	42	2.8	42	92	0	184	10	44	0	43	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968410--968486	12	6.9	12	75	19	62	12	45	0	41	1.43
968401--968486	24	3.8	24	75	17	94	13	43	0	43	1.44
971723--971771	24	2.0	26	84	8	66	26	18	14	40	1.89
972035--972117	25	3.4	25	75	17	68	40	18	8	32	1.80
972316--972418	37	2.8	37	83	2	127	37	24	11	26	1.89
972323--972437	37	3.1	35	82	5	122	35	23	13	27	1.92
972458--972691	31	7.4	31	73	9	195	30	25	20	23	1.98
972482--972676	98	2.0	98	84	4	259	31	25	20	23	1.98
972458--972691	129	1.8	128	81	5	292	30	25	20	23	1.98
972669--972773	29	3.7	28	86	6	133	30	29	14	25	1.95
975282--975374	44	2.1	44	93	0	159	36	21	9	32	1.86
980910--980945	12	3.2	12	84	15	58	44	8	22	25	1.80
981363--981454	44	2.1	44	95	0	166	34	23	9	31	1.88
985304--985701	158	2.5	158	85	3	480	36	11	19	32	1.87
985429--985827	158	2.5	159	80	4	394	37	11	18	33	1.86
986774--987206	160	2.7	158	74	9	400	39	12	17	30	1.86
987915--987992	32	2.4	32	91	0	120	48	15	11	24	1.78
987936--988032	32	3.1	32	82	10	105	55	11	11	21	1.66
987982--988065	28	3.0	28	89	5	116	59	10	9	20	1.58
1000550--1000666	58	2.0	58	89	0	180	28	22	19	29	1.98
1007909--1008027	42	2.8	42	91	2	195	8	45	1	44	1.44
1011810--1011927	58	2.0	58	86	3	166	27	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1013072--1013293	103	2.1	104	91	0	356	33	14	24	26	1.94
1022613--1022665	27	2.0	26	81	3	61	15	20	30	33	1.93
1022662--1022744	28	2.9	28	78	8	94	26	15	26	31	1.96
1022761--1022866	29	3.7	29	88	5	151	27	14	29	29	1.95
1023466--1023521	12	4.5	12	84	6	76	32	16	17	33	1.92
1023877--1023944	28	2.4	28	87	0	100	22	23	27	26	1.99
1028973--1029077	32	3.3	32	100	0	210	37	19	9	34	1.84
1028992--1029077	18	5.2	18	63	21	62	36	18	10	34	1.85
1035323--1035535	103	2.1	103	85	1	293	27	26	13	32	1.93
1042412--1042465	27	2.0	27	100	0	108	18	25	25	29	1.98
1045824--1045963	52	2.7	52	90	0	217	41	15	15	27	1.87
1046029--1046071	20	2.1	21	86	4	61	32	16	6	44	1.74
1051892--1051934	11	4.1	10	78	21	52	74	11	2	11	1.17
1053182--1053871	52	13.0	51	76	11	331	25	24	17	32	1.97
1053182--1053844	104	6.2	104	74	7	440	25	24	17	32	1.96
1053349--1053470	62	2.0	62	90	3	192	25	27	16	31	1.96
1053245--1053569	166	2.0	166	83	2	411	24	25	17	32	1.97
1053416--1053773	52	6.7	53	83	1	344	25	25	18	31	1.98
1062317--1062548	103	2.2	104	86	4	319	28	24	12	34	1.91
1071781--1072135	157	2.2	158	77	5	351	30	17	13	37	1.89
1073847--1074365	152	3.3	154	74	9	353	29	18	13	38	1.89
1077860--1077990	65	2.0	66	93	1	228	38	21	15	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1079306--1079598	154	1.9	157	81	4	360	31	19	12	36	1.89
1080691--1081223	159	3.4	158	78	3	448	30	18	13	37	1.90
1081683--1081766	29	2.9	29	87	7	109	20	10	13	55	1.66
1082099--1082150	26	2.0	26	100	0	104	19	15	3	61	1.48
1083560--1083657	32	3.1	32	98	1	189	40	3	25	30	1.71
1091652--1091728	12	6.9	12	69	26	62	41	1	45	11	1.49
1091660--1091757	42	2.3	42	92	0	160	41	2	44	11	1.51
1091835--1091866	16	2.0	16	100	0	64	31	0	43	25	1.55
1097317--1097370	12	4.8	11	76	19	58	14	46	0	38	1.45
1097277--1097356	24	3.8	20	75	16	67	15	42	0	42	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18