genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2086195--2086219	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2086258--2086346	19	5.0	19	75	18	84	39	16	11	32	1.84
2086300--2086324	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2086276--2086344	33	2.1	34	91	5	115	36	17	11	34	1.86
2090386--2090456	27	2.6	27	100	0	142	12	19	45	22	1.84
2092729--2092768	20	2.2	18	86	13	55	37	10	15	37	1.80
2092792--2092846	19	2.8	19	78	8	65	30	16	12	40	1.86
2102210--2102949	27	26.5	27	79	8	615	30	15	34	19	1.93
2102420--2102501	34	2.4	35	81	6	96	39	10	31	18	1.85
2118373--2118427	19	2.8	19	78	8	65	32	16	10	40	1.83
2119118--2119176	20	3.0	19	83	9	82	32	15	10	42	1.80
2119617--2119665	15	3.2	15	85	2	53	87	4	8	0	0.65
2119625--2119665	20	2.2	18	91	8	64	90	0	9	0	0.46
2120349--2120505	59	2.7	58	80	4	152	29	12	17	40	1.86
2128653--2128712	6	9.7	6	75	13	50	21	0	15	63	1.31
2128653--2128723	25	2.9	24	80	12	65	25	0	12	61	1.31
2129191--2129257	20	3.7	20	68	25	67	26	10	14	47	1.77
2129191--2129266	33	2.3	33	97	0	143	27	10	15	46	1.79
2129335--2129390	20	2.8	20	80	0	76	39	12	17	30	1.87
2129730--2129754	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2129709--2129781	32	2.3	32	90	0	110	35	13	15	35	1.87
2129798--2129840	21	2.0	21	100	0	86	44	9	18	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132198--2132332	52	2.6	52	81	5	166	30	26	11	31	1.91
2132343--2132566	51	4.4	51	83	5	227	29	28	11	30	1.91
2132579--2132761	79	2.3	79	80	1	197	25	28	15	31	1.96
2135500--2135526	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2135481--2135545	32	2.0	32	90	3	103	26	16	15	41	1.88
2135510--2135566	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
2141630--2141667	20	1.9	19	89	5	58	26	0	21	52	1.47
2141790--2141816	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2144039--2144090	20	2.7	20	93	3	88	40	19	11	28	1.86
2150357--2150397	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
2150660--2150711	20	2.4	21	87	9	70	21	50	25	3	1.65
2152089--2152132	21	2.0	21	86	4	61	36	2	29	31	1.70
2152793--2152818	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2152773--2152840	33	2.1	33	91	2	111	36	16	13	33	1.87
2154174--2154291	20	5.8	20	72	18	82	34	15	17	32	1.91
2157061--2157167	20	4.8	20	73	20	97	23	16	17	42	1.89
2157149--2157178	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
2159565--2159720	79	2.0	79	88	0	231	29	25	12	32	1.93
2159678--2159747	28	2.5	28	83	0	95	27	28	17	27	1.97
2159599--2159935	107	3.2	106	84	3	442	27	26	15	30	1.96
2159783--2159856	28	2.7	27	82	4	94	25	28	18	27	1.98
2159813--2159964	79	1.9	79	86	0	214	26	28	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2159812--2159980	79	2.1	79	83	0	212	26	27	15	30	1.96
2159918--2160097	51	3.6	49	76	5	162	27	27	11	34	1.90
2159918--2160137	101	2.2	102	83	5	277	27	27	11	33	1.92
2160089--2160257	79	2.1	78	81	8	191	24	28	14	31	1.94
2165945--2166162	70	3.2	70	85	7	315	24	15	17	43	1.87
2166002--2166049	20	2.4	20	89	0	78	22	14	18	43	1.87
2166083--2166112	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
2166033--2166162	63	2.1	63	92	0	215	26	15	16	41	1.88
2168498--2168644	79	1.9	78	85	1	204	27	23	14	34	1.94
2168609--2168681	28	2.6	28	84	2	94	23	31	20	24	1.98
2168718--2168788	28	2.5	28	80	8	90	23	26	18	30	1.97
2168530--2168867	107	3.2	106	85	2	455	26	26	16	30	1.97
2168746--2168997	79	3.2	79	84	0	342	26	27	15	30	1.96
2168929--2169047	51	2.3	51	83	0	157	26	31	15	26	1.95
2168852--2169254	130	3.1	130	84	1	522	28	27	12	31	1.93
2169128--2169299	79	2.2	78	78	8	179	27	27	12	31	1.92
2172912--2173116	77	2.6	78	81	6	229	30	17	27	24	1.97
2172980--2173034	28	1.9	29	88	3	85	32	20	27	20	1.97
2173068--2173143	27	2.8	28	86	6	102	23	21	31	23	1.98
2173162--2173260	51	1.9	51	89	0	153	36	9	22	32	1.85
2175604--2175629	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2175670--2175736	19	3.9	18	76	23	81	38	14	11	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175691--2175715	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2175672--2175734	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2176534--2178355	55	32.0	54	84	8	1856	23	20	29	26	1.99
2176718--2176804	29	3.1	29	66	21	85	21	19	32	26	1.97
2176896--2176985	29	3.2	29	64	20	82	25	17	30	26	1.98
2177840--2177927	26	3.3	26	68	20	81	19	18	35	27	1.95
2178239--2178323	27	3.1	27	64	20	68	25	18	27	28	1.98
2184553--2184607	28	1.9	29	88	3	85	32	20	27	20	1.97
2184485--2184689	77	2.6	78	81	3	225	30	17	27	24	1.97
2190331--2190376	20	2.3	20	81	3	58	28	17	10	43	1.82
2196479--2196515	16	2.3	16	95	0	65	32	0	32	35	1.58
2197143--2197196	19	2.8	19	80	2	54	31	16	11	40	1.84
2197242--2197271	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
2197226--2197294	33	2.1	33	86	0	93	31	11	20	36	1.88
2198192--2198232	21	2.0	21	95	0	73	48	9	0	41	1.36
2199245--2199286	22	2.0	21	90	4	66	45	7	0	47	1.30
2201235--2201274	2	20.0	2	89	0	62	47	2	0	50	1.14
2204313--2204339	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
2204619--2204645	12	2.2	12	100	0	54	92	0	0	7	0.38
2204662--2204726	22	2.8	24	82	15	82	35	0	0	64	0.94
2204644--2204711	31	2.2	30	80	12	75	39	1	1	57	1.17
2204755--2204826	3	23.3	3	76	20	53	27	2	1	68	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204773--2204830	16	3.7	17	78	21	65	29	5	0	65	1.14
2205287--2205313	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2205893--2205937	23	2.0	23	90	0	72	26	0	2	71	0.98
2205980--2206062	11	7.3	11	78	10	78	31	0	1	67	0.98
2206096--2206151	26	2.3	26	84	9	73	32	1	0	66	1.03
2207091--2207115	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
2207108--2207151	19	2.2	20	88	4	63	29	0	0	70	0.88
2207095--2207161	32	2.1	32	82	0	80	26	0	2	70	1.02
2207231--2207279	12	4.0	13	74	12	50	34	0	2	63	1.06
2207231--2207279	18	2.7	17	78	12	53	34	0	2	63	1.06
2208021--2208075	18	3.1	18	74	7	51	41	1	0	56	1.10
2210823--2210854	3	10.7	3	93	0	55	37	0	34	28	1.57
2217230--2217282	24	2.2	24	90	3	81	56	0	26	16	1.41
2218087--2218117	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
2222455--2222506	21	2.4	22	84	9	63	34	7	15	42	1.75
2224340--2224374	15	2.3	15	95	0	61	42	0	31	25	1.55
2232086--2232142	19	2.9	19	84	2	78	33	17	14	35	1.90
2232172--2232236	33	2.0	33	84	6	87	38	15	16	29	1.90
2236747--2237045	156	1.9	153	81	6	352	38	20	16	24	1.93
2237907--2237974	33	2.1	33	85	0	91	35	20	11	32	1.89
2238767--2238798	16	2.0	16	93	0	55	31	15	12	40	1.85
2239908--2240229	161	2.0	161	97	0	608	35	14	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246987--2247044	20	2.9	20	77	10	64	32	13	12	41	1.82
2247231--2247271	22	2.0	21	85	9	57	43	9	9	36	1.71
2249930--2250014	1	85.0	1	78	0	80	0	7	4	88	0.64
2249929--2250016	29	3.0	29	91	3	142	0	10	4	85	0.74
2259900--2260445	167	3.3	160	78	12	524	52	8	12	26	1.68
2260115--2260152	19	2.0	19	85	10	51	52	7	10	28	1.64
2259930--2260389	167	2.8	160	81	9	529	52	8	11	27	1.66
2261496--2261567	35	2.1	35	100	0	144	25	23	8	43	1.81
2264156--2264713	166	3.4	165	86	3	689	52	9	10	27	1.66
2266107--2266778	84	8.0	83	68	6	255	42	14	26	16	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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