genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  8  of  18  ( 2134 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1313559--1313623	33	2.0	33	84	6	87	33	15	15	35	1.89
1313651--1313705	20	2.8	19	91	2	83	34	16	14	34	1.89
1313653--1313705	19	2.7	20	91	2	81	35	16	15	32	1.90
1314658--1314721	33	1.9	33	87	0	92	26	15	28	29	1.96
1316036--1316076	21	2.0	21	90	4	66	46	0	19	34	1.50
1316258--1316299	20	2.0	21	95	4	77	28	19	11	40	1.87
1316396--1316435	21	2.0	21	85	5	55	60	20	2	17	1.48
1323714--1323739	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1323799--1323871	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1323778--1323871	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
1323778--1323853	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
1326300--1326337	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1328409--1328439	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1330243--1330287	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1332502--1332527	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1332587--1332659	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1332566--1332659	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
1332566--1332641	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
1334441--1334827	156	2.5	156	83	3	388	40	19	15	25	1.90
1334516--1334825	156	2.0	156	87	1	442	39	20	14	25	1.91
1336039--1336090	24	2.3	22	87	9	77	0	21	0	78	0.74
1336039--1336090	11	4.5	11	78	7	59	0	21	0	78	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1336400--1336424	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
1336573--1337158	166	3.5	166	84	3	705	49	10	8	31	1.67
1336637--1337327	332	2.1	332	80	5	756	49	9	10	30	1.68
1337441--1337507	24	2.8	23	77	11	64	61	2	2	32	1.26
1337444--1337510	29	2.3	29	82	7	73	65	2	2	28	1.22
1338206--1338443	83	2.8	84	79	9	247	44	16	23	15	1.86
1338700--1339318	44	14.1	44	70	11	241	39	14	24	22	1.91
1338828--1339290	88	5.3	86	74	7	335	39	14	24	21	1.91
1338739--1339114	175	2.1	174	78	8	379	38	15	25	21	1.92
1338827--1339150	175	1.8	176	79	7	372	38	15	25	20	1.92
1343742--1344041	149	2.0	149	100	0	600	46	10	10	33	1.72
1353317--1353368	18	2.7	19	85	14	72	40	17	15	26	1.89
1355915--1355957	13	3.4	13	87	3	61	44	9	9	37	1.69
1359793--1359831	14	2.8	14	88	7	53	66	0	2	30	1.05
1360037--1360081	17	2.6	17	85	0	63	17	24	11	46	1.81
1360101--1360224	29	4.4	29	72	17	116	21	21	12	43	1.86
1360104--1360158	14	3.9	14	75	11	58	23	21	12	41	1.88
1360064--1360242	84	2.1	84	93	3	308	20	22	12	44	1.84
1360428--1360496	33	2.1	33	88	0	102	49	2	21	26	1.64
1360881--1360933	24	2.2	24	80	9	56	73	15	9	1	1.17
1361941--1361986	20	2.2	22	88	7	69	52	4	8	34	1.52
1365435--1365469	17	2.1	17	88	0	52	82	0	17	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1366820--1366854	17	2.1	17	88	0	52	82	0	17	0	0.66
1366819--1366867	20	2.6	18	81	12	53	81	0	16	2	0.78
1368209--1368243	17	2.1	17	88	0	52	82	0	17	0	0.66
1369976--1370175	91	2.2	91	87	1	276	31	25	15	28	1.96
1370919--1371016	44	2.2	44	87	0	133	22	27	10	39	1.86
1371078--1372010	84	11.0	84	79	4	795	17	28	19	34	1.95
1371078--1371998	170	5.4	168	80	4	857	17	28	19	34	1.95
1371422--1372010	127	4.6	126	74	9	417	17	28	20	33	1.95
1371766--1371921	85	1.8	84	82	9	201	19	27	19	32	1.97
1371652--1371936	43	6.7	41	70	13	152	18	28	18	34	1.95
1371086--1372017	42	22.1	42	71	8	453	17	28	19	34	1.95
1372540--1372580	13	3.0	14	89	10	59	73	0	0	26	0.84
1372579--1372639	27	2.3	27	85	5	79	60	0	3	36	1.13
1372583--1372639	23	2.5	21	83	13	69	61	0	3	35	1.13
1372795--1372840	17	2.7	17	82	0	56	19	26	10	43	1.84
1372860--1372983	29	4.4	29	71	17	107	21	22	11	44	1.84
1372823--1372983	84	1.9	83	92	1	268	21	23	11	43	1.85
1373203--1373256	16	3.3	16	75	14	65	53	1	22	22	1.55
1373992--1374048	19	2.9	19	84	2	78	29	17	17	35	1.93
1374077--1374130	20	2.7	20	88	5	74	33	12	16	37	1.87
1382655--1382681	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1382665--1382721	19	2.9	19	84	2	78	31	17	15	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1385446--1385471	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1387622--1387659	19	2.0	19	100	0	76	47	10	15	26	1.78
1387708--1387752	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1389556--1389586	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1391600--1391679	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1391665--1391703	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1394245--1394270	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1398676--1398735	20	3.0	20	74	11	59	35	15	18	31	1.91
1399414--1399442	12	2.4	12	100	0	58	82	0	17	0	0.66
1400281--1400468	58	3.2	57	76	14	195	27	11	13	47	1.76
1400281--1400468	29	6.4	30	69	24	93	27	11	13	47	1.76
1400427--1400571	53	2.6	54	82	8	159	26	13	13	46	1.80
1400426--1400610	58	3.3	58	79	6	175	24	12	14	48	1.79
1404882--1404920	21	1.9	20	89	5	60	28	2	2	66	1.18
1404876--1404928	26	2.0	27	88	3	81	28	1	3	66	1.20
1406533--1406957	156	2.7	155	79	9	427	27	14	20	38	1.91
1408127--1408179	20	2.6	20	87	3	70	45	9	15	30	1.77
1408127--1408202	21	3.8	20	77	5	73	43	9	18	28	1.81
1408247--1408301	20	2.7	21	86	11	78	29	14	10	45	1.79
1411958--1412014	19	2.9	19	89	2	87	31	17	15	35	1.92
1412064--1412088	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1412044--1412108	33	2.0	33	84	6	87	36	12	20	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1418251--1418288	13	2.9	13	88	0	58	31	10	15	42	1.81
1418417--1418456	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
1419759--1419822	33	1.9	33	87	0	92	31	28	12	28	1.93
1420149--1420235	31	2.8	30	81	13	97	39	6	19	34	1.79
1420835--1420859	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1420843--1420897	19	2.9	19	78	13	69	30	16	16	36	1.91
1422702--1422726	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
1428818--1428858	5	8.6	5	89	5	59	82	14	0	2	0.76
1428808--1428858	15	3.5	14	84	10	59	82	13	0	3	0.81
1429108--1429165	17	3.4	16	75	17	55	81	8	10	0	0.89
1430117--1430294	32	5.7	31	84	8	218	24	30	17	26	1.97
1430117--1430294	64	2.9	62	88	4	243	24	30	17	26	1.97
1430275--1430491	61	3.5	60	79	12	256	21	35	12	30	1.91
1430296--1430490	34	6.0	34	76	12	194	20	34	11	32	1.89
1430298--1430490	67	3.0	67	75	13	186	20	34	11	33	1.89
1430397--1430449	27	2.0	27	92	0	88	24	37	13	24	1.91
1430500--1430657	32	4.9	32	85	10	223	29	36	18	16	1.93
1430491--1430666	65	2.8	61	84	10	226	28	36	17	17	1.92
1430726--1430836	21	5.2	21	60	23	52	27	26	18	27	1.98
1430657--1431737	92	11.6	92	86	4	1467	24	25	18	31	1.98
1430657--1431737	43	23.1	48	79	12	1014	24	25	18	31	1.98
1430657--1431735	188	5.8	188	91	4	1539	24	25	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1435574--1435627	20	2.8	19	80	5	72	29	12	14	42	1.83
1441023--1441061	21	1.9	21	89	5	62	25	2	5	66	1.25
1441509--1441547	20	1.9	20	84	5	51	23	7	12	56	1.62
1443763--1443815	20	2.7	19	82	11	63	41	13	15	30	1.85
1449962--1449990	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
1452430--1452487	19	2.9	20	80	12	66	34	15	13	36	1.87
1452532--1452562	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1452516--1452582	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
1457511--1457598	44	2.0	44	91	4	142	42	13	28	15	1.86
1457625--1457887	31	8.2	31	76	8	213	22	19	31	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18