genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  10  of  18  ( 2134 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1646086--1646505	107	3.9	105	76	6	349	26	25	15	31	1.96
1646378--1646551	79	2.2	79	85	2	224	28	24	13	33	1.93
1646488--1646605	51	2.3	51	80	0	146	29	24	12	33	1.92
1652984--1654563	61	26.3	61	82	8	1486	25	27	20	27	1.99
1652984--1654563	60	26.4	60	81	8	1512	25	27	20	27	1.99
1652978--1654564	123	13.2	121	81	8	1560	25	27	19	27	1.99
1653939--1654563	55	10.9	54	82	9	631	27	27	20	24	1.99
1653263--1654563	116	11.0	112	78	13	912	25	27	20	26	1.99
1654586--1654772	55	3.3	53	79	9	178	26	27	22	22	2.00
1654374--1655227	210	4.1	208	85	5	1068	24	28	20	26	1.99
1654602--1654782	61	3.1	61	75	15	193	24	28	20	25	1.99
1654689--1654867	93	1.9	95	84	12	240	24	29	20	26	1.99
1654786--1654948	56	3.0	55	84	1	211	26	26	22	25	2.00
1654840--1655120	150	1.8	151	84	8	383	25	28	19	26	1.99
1654991--1655204	61	3.6	60	85	9	273	23	28	20	28	1.99
1654374--1655228	419	2.0	412	83	7	1084	24	28	20	26	1.99
1655168--1655407	42	5.7	41	73	15	181	18	25	15	40	1.90
1655194--1655420	85	2.6	87	84	4	282	16	25	13	44	1.84
1655194--1655403	42	4.9	42	75	10	192	18	26	14	41	1.88
1655194--1655449	85	3.0	82	80	7	253	17	25	14	42	1.87
1656162--1656235	20	3.7	20	81	13	89	28	14	13	43	1.84
1658633--1658704	28	2.6	29	82	8	78	22	26	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1658619--1659001	105	3.6	107	77	8	341	25	24	17	32	1.97
1658750--1658817	28	2.4	28	87	4	93	23	35	17	23	1.95
1658879--1659027	79	1.9	79	87	5	221	28	23	13	34	1.93
1658874--1659041	79	2.1	79	82	6	216	28	23	15	32	1.95
1658907--1659261	122	2.8	123	77	9	348	29	25	12	33	1.92
1664533--1664685	48	3.1	49	80	4	173	35	17	25	21	1.95
1664573--1664800	122	1.9	121	88	0	348	35	17	24	21	1.95
1664712--1664901	101	1.9	101	93	0	326	34	18	23	22	1.96
1664712--1664917	49	4.1	49	82	4	261	34	18	23	22	1.96
1664531--1665124	223	2.7	223	90	0	929	34	18	25	22	1.96
1664934--1665260	49	6.6	49	81	5	379	31	18	25	24	1.97
1664934--1665260	101	3.3	99	88	5	473	31	18	25	24	1.97
1664934--1665254	148	2.2	150	82	2	396	31	18	25	24	1.97
1665308--1665541	34	7.1	34	82	10	283	38	10	32	18	1.85
1665301--1665501	95	2.1	95	86	5	284	36	10	32	20	1.87
1665320--1665748	129	3.4	129	80	11	347	35	12	30	21	1.91
1665308--1665642	163	2.1	161	81	9	380	36	11	31	21	1.89
1665437--1665758	31	10.2	31	82	10	273	35	13	29	21	1.92
1665437--1665758	61	5.1	61	75	14	233	35	13	29	21	1.92
1666934--1666983	8	6.2	8	79	6	57	2	4	10	84	0.84
1666934--1666993	24	2.4	25	83	5	68	1	3	11	83	0.84
1666924--1666993	26	2.5	28	86	6	90	1	2	12	82	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1666953--1667008	26	2.2	25	84	12	69	3	7	12	76	1.11
1681243--1681409	80	2.1	79	81	7	187	28	30	8	32	1.88
1684663--1684688	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1684644--1684708	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
1687030--1687080	9	5.8	9	80	19	63	0	21	0	78	0.75
1687041--1687078	15	2.5	15	80	20	51	0	21	0	78	0.74
1687018--1687080	25	2.6	25	83	14	87	1	20	0	77	0.85
1688965--1689148	86	2.2	84	82	7	221	43	15	26	14	1.85
1689232--1690002	85	9.0	85	79	6	572	35	13	29	21	1.92
1689232--1689996	255	3.0	254	80	5	777	35	13	29	21	1.92
1689232--1690002	170	4.5	170	80	3	636	35	13	29	21	1.92
1689766--1689937	94	1.8	94	83	2	229	33	11	33	22	1.90
1689856--1690037	85	2.1	85	82	4	215	37	14	26	20	1.92
1695885--1695950	33	2.0	33	85	5	89	40	15	13	30	1.85
1695976--1696001	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1701978--1702032	24	2.3	24	93	0	101	20	43	16	20	1.88
1706929--1707229	165	1.8	166	89	2	471	42	9	9	37	1.72
1708167--1708204	19	2.0	20	89	5	60	2	18	0	78	0.86
1708157--1708230	22	3.2	22	76	5	76	4	20	0	75	0.96
1712215--1712247	16	2.0	17	88	5	50	21	3	15	60	1.48
1713204--1713241	17	2.2	18	86	9	53	57	0	2	39	1.12
1713320--1713391	20	3.6	19	77	15	65	44	0	8	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1713374--1713416	18	2.3	18	80	4	50	60	0	0	39	0.97
1713411--1713637	77	2.9	77	94	1	384	33	12	17	37	1.87
1713704--1713746	21	2.1	20	86	4	59	37	0	2	60	1.10
1715576--1715628	22	2.5	21	82	8	63	56	5	3	33	1.41
1715596--1716064	190	2.5	187	81	4	532	43	6	8	40	1.62
1716100--1716155	29	2.0	28	86	6	78	57	0	3	39	1.16
1717052--1717097	16	2.9	17	81	12	53	56	15	4	23	1.57
1717086--1717170	16	5.8	15	75	18	54	56	1	0	42	1.07
1717100--1717159	10	6.4	10	84	7	65	55	1	0	43	1.10
1717087--1717170	26	3.3	25	77	8	80	55	1	0	42	1.07
1717143--1717181	16	2.4	16	91	0	60	51	7	0	41	1.31
1718147--1718172	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1718147--1718196	16	3.3	16	78	18	54	66	0	0	34	0.92
1718165--1718201	13	3.1	12	88	11	58	56	0	0	43	0.99
1718157--1718241	34	2.5	34	80	14	88	57	0	0	42	0.98
1718184--1718247	26	2.5	25	82	7	76	54	0	0	45	0.99
1718249--1718311	31	2.0	31	84	6	83	46	1	0	52	1.10
1718254--1718315	10	6.1	10	74	7	54	50	1	0	48	1.10
1719643--1719672	15	2.1	15	93	6	53	26	6	0	66	1.16
1723113--1723138	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1725354--1725398	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
1727346--1727384	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1727505--1727550	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1729868--1729893	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1731085--1731206	63	2.0	62	96	1	226	36	10	21	31	1.87
1731545--1731877	165	2.0	165	94	0	576	39	16	13	30	1.87
1732864--1733025	56	2.9	56	95	0	288	29	21	22	26	1.99
1733349--1733423	26	2.9	27	76	13	77	30	8	16	45	1.75
1741663--1742097	87	4.9	86	78	9	371	29	23	10	36	1.89
1753279--1753312	11	3.0	11	86	4	50	58	2	0	38	1.13
1754748--1754802	20	2.7	21	80	11	69	30	14	9	45	1.76
1758745--1758811	19	3.7	17	78	7	62	79	4	1	14	0.97
1758762--1758827	18	3.5	19	77	10	73	78	3	0	18	0.87
1758764--1758812	25	2.0	25	88	8	73	79	4	0	16	0.88
1758739--1758823	44	1.9	45	85	7	120	76	3	1	18	1.00
1758745--1758838	36	2.6	36	80	10	102	77	3	1	18	0.96
1759493--1759559	28	2.3	30	80	7	77	46	17	22	13	1.83
1760242--1760450	113	1.8	115	92	3	359	36	14	11	36	1.83
1763880--1765499	539	3.0	539	93	0	2724	36	22	19	22	1.95
1769028--1769104	30	2.5	32	83	8	97	27	22	12	37	1.91
1769143--1769654	31	16.5	31	74	7	357	27	27	25	19	1.99
1769143--1769664	93	5.6	93	76	5	416	27	27	25	18	1.98
1769650--1769709	31	1.9	31	96	0	111	33	33	18	15	1.92
1770155--1770293	44	3.2	44	76	6	140	16	28	15	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1771036--1771100	17	3.6	17	76	15	60	73	3	0	23	0.97
1771060--1771129	17	3.9	18	77	7	72	71	2	0	25	1.00
1771072--1771115	22	2.0	23	90	4	72	72	0	0	27	0.85
1771074--1771130	14	3.9	14	72	20	53	71	0	0	28	0.86
1771071--1771125	20	2.8	20	75	16	60	70	0	0	29	0.87
1771151--1771258	43	2.5	43	90	0	171	25	21	22	31	1.98
1771260--1771285	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1771316--1771362	25	1.9	24	86	4	67	23	27	10	38	1.88
1771729--1771808	28	2.8	31	70	16	82	40	16	30	13	1.87
1772205--1772260	23	2.4	23	87	0	85	60	8	30	0	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18