genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
661620--661690	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
667076--667151	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
667075--667160	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
667066--667184	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
674203--674297	33	2.9	32	70	19	79	51	1	35	11	1.45
674212--674318	42	2.5	42	81	0	133	46	0	40	12	1.47
674278--674327	18	2.8	18	81	6	57	46	0	44	10	1.37
674756--674824	35	2.0	35	97	0	129	21	14	26	37	1.92
675310--675353	22	2.0	22	100	0	88	27	13	31	27	1.94
680353--680379	12	2.2	12	100	0	54	33	18	14	33	1.92
682079--682176	51	1.9	51	89	0	151	20	9	24	45	1.80
687297--687336	15	2.6	15	88	4	62	77	2	0	20	0.88
687324--687374	9	5.8	9	77	11	52	76	7	1	13	1.09
687446--687522	40	1.9	40	97	0	145	18	20	12	48	1.81
687772--687941	45	3.8	45	93	0	295	51	13	27	7	1.66
687901--687937	17	2.1	18	90	5	58	56	13	24	5	1.58
688252--688337	40	2.2	40	86	0	118	27	40	19	11	1.86
688370--688456	31	2.8	31	91	0	138	22	42	18	16	1.89
688429--688502	22	3.5	22	74	20	77	25	44	16	13	1.84
688432--688508	40	1.9	41	89	2	120	28	41	18	11	1.85
689486--689514	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
690596--690667	12	6.5	11	80	16	71	40	0	45	13	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690616--690676	9	7.1	9	72	10	56	44	0	42	13	1.43
690586--690704	42	2.8	42	92	0	184	43	0	44	10	1.45
705076--705147	12	6.5	11	80	16	71	40	0	45	13	1.44
705096--705156	9	7.1	9	72	10	56	44	0	42	13	1.43
705066--705184	42	2.8	42	92	0	184	43	0	44	10	1.45
716572--716690	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
716605--716680	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
716596--716681	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
716587--716657	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
719741--720486	42	17.7	42	71	8	268	16	30	19	34	1.94
719727--720488	168	4.5	168	84	2	895	16	30	18	34	1.93
719727--720358	84	7.5	84	88	1	831	17	31	18	33	1.94
720282--720521	129	1.9	129	84	1	329	15	28	18	37	1.91
720994--721068	16	4.6	16	72	20	57	73	5	1	20	1.10
721142--721209	23	3.2	23	66	30	69	19	19	13	48	1.81
721148--721244	40	2.4	39	84	6	115	20	18	13	47	1.82
721436--721560	45	2.8	45	96	0	232	51	16	27	4	1.65
721813--721888	31	2.5	31	86	0	107	27	43	13	15	1.84
721873--721961	40	2.2	40	87	0	124	26	40	20	12	1.88
723837--723884	18	2.7	18	100	0	96	35	29	10	25	1.89
727011--727080	12	6.8	9	73	23	50	14	42	1	41	1.54
726983--727077	42	2.3	43	88	3	140	12	45	2	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727028--727089	30	2.1	30	87	0	88	12	41	1	43	1.53
728704--728775	31	2.3	30	79	6	81	26	41	16	15	1.88
728741--728817	40	1.9	41	83	2	102	27	40	19	12	1.88
729794--729819	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
733191--733257	12	5.9	11	78	18	75	38	0	47	13	1.43
733181--733262	33	2.5	33	93	0	137	43	0	43	12	1.41
733211--733290	42	1.9	42	86	0	115	42	2	45	10	1.51
733247--733296	18	2.8	18	77	17	50	46	4	44	6	1.47
747490--747535	22	2.1	22	92	8	76	4	17	4	73	1.15
747477--747547	32	2.3	31	80	9	74	5	14	2	77	1.06
747472--747547	25	3.3	22	72	22	66	5	13	2	78	1.02
748094--748177	44	1.9	44	90	0	132	30	21	14	33	1.93
750451--750560	42	2.6	42	83	0	148	42	0	41	14	1.52
751060--751220	42	3.8	42	93	0	259	11	42	0	44	1.45
751097--751210	12	10.5	11	75	16	82	14	43	0	42	1.44
751088--751220	9	15.8	9	68	13	86	12	42	0	44	1.42
754750--754795	20	2.3	20	100	0	92	17	8	26	47	1.76
754750--754795	9	4.5	11	79	20	64	17	8	26	47	1.76
756583--756657	24	3.1	24	83	7	98	13	45	0	41	1.43
756583--756657	12	6.2	12	72	10	64	13	45	0	41	1.43
758329--758469	33	4.2	33	81	9	178	20	18	29	31	1.96
758330--758453	32	3.6	34	76	13	112	20	19	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758516--758577	32	2.0	30	84	6	79	24	22	25	27	2.00
758555--758804	60	4.2	59	80	9	240	28	12	33	26	1.92
758561--758813	91	2.8	85	81	9	247	28	11	33	26	1.92
758570--758812	31	8.0	30	79	8	244	28	11	34	25	1.91
758815--758859	22	2.0	22	100	0	90	26	37	17	17	1.93
765048--765273	96	2.3	96	85	3	292	34	12	26	27	1.92
771304--771422	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
771337--771412	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
771328--771413	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
771319--771389	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
773817--773887	32	2.2	32	84	0	88	40	12	9	36	1.77
775438--775613	97	1.8	97	89	0	280	18	15	31	34	1.92
775438--775637	97	2.1	97	86	1	276	18	16	31	34	1.93
790238--790522	78	3.6	80	81	6	310	31	12	28	27	1.93
790238--790522	79	3.6	77	79	11	272	31	12	28	27	1.93
790238--790522	81	3.6	78	81	10	292	31	12	28	27	1.93
792920--793039	51	2.3	52	86	1	170	41	13	15	29	1.85
794604--794979	155	2.4	153	82	8	431	39	20	14	24	1.91
796730--797079	166	2.1	166	80	5	375	48	8	12	30	1.70
798051--798344	60	5.0	60	81	3	312	42	12	22	22	1.87
802561--802610	26	2.0	26	84	4	66	52	18	12	18	1.75
807722--807766	15	3.0	15	76	0	54	42	42	0	15	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813725--813759	18	1.9	18	88	11	54	85	11	2	0	0.69
814884--814934	26	2.0	27	84	7	70	31	11	17	39	1.86
814957--816309	28	48.1	27	82	6	1255	28	29	19	22	1.98
814957--816309	56	24.1	56	82	5	1392	28	29	19	22	1.98
816249--816337	31	2.9	32	77	11	96	26	29	20	23	1.99
816233--816333	31	3.3	30	77	13	91	27	29	18	23	1.98
817362--817435	30	2.5	30	93	0	121	27	14	13	44	1.83
824956--825090	52	2.6	51	80	6	137	33	17	24	25	1.96
824993--825933	52	17.9	51	74	9	525	34	15	23	25	1.94
824996--825884	264	3.4	265	81	6	898	34	15	24	25	1.94
825383--825896	156	3.3	156	81	1	636	36	15	22	26	1.93
826030--826151	33	3.8	33	91	2	185	19	21	27	31	1.97
826030--826151	65	1.9	65	87	3	183	19	21	27	31	1.97
831114--831223	42	2.6	42	82	5	141	12	44	0	41	1.49
831147--831223	24	3.5	22	76	20	72	12	45	0	41	1.43
832861--833017	33	4.7	33	80	8	174	21	21	28	29	1.98
832861--833017	32	4.7	33	80	8	174	21	21	28	29	1.98
833127--833352	91	2.5	89	80	10	219	29	11	31	26	1.91
833120--833358	60	4.0	61	79	10	224	29	12	32	25	1.92
833120--833358	31	7.9	30	75	12	163	29	12	32	25	1.92
840779--840855	28	2.8	27	84	9	93	27	15	32	24	1.95
840843--841063	51	4.3	51	80	7	223	33	12	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841046--841120	27	2.7	27	87	2	96	17	21	38	22	1.93
841109--841226	51	2.3	52	84	8	143	34	12	21	31	1.91
843641--843673	13	2.5	13	95	0	57	39	15	15	30	1.88
843729--843805	21	3.7	19	79	16	73	36	15	12	35	1.86
844545--845813	61	22.3	55	84	10	1333	24	20	28	26	1.99
844545--845813	55	22.3	58	81	10	1142	24	20	28	26	1.99
844791--844872	26	2.9	29	66	23	84	19	20	30	29	1.97
844545--845813	293	4.5	288	87	7	1780	24	20	28	26	1.99
845466--845555	45	2.0	45	86	4	128	23	21	28	26	1.99
845302--845725	216	2.0	208	88	5	627	22	20	29	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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