genome.fa.s152.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2945013

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1924961--1924997	20	1.9	19	89	10	58	32	13	18	35	1.90
1927795--1927996	85	2.4	85	88	5	302	30	18	9	40	1.83
1929517--1930164	72	8.9	72	72	14	393	52	11	2	33	1.50
1929905--1930164	143	1.8	140	82	4	333	53	10	1	34	1.45
1930614--1930672	29	2.0	29	80	6	66	59	10	1	28	1.40
1930643--1930726	41	2.1	40	82	6	98	57	9	0	33	1.31
1930181--1931256	72	15.0	71	76	8	817	52	12	2	32	1.52
1930218--1931256	144	7.2	142	78	7	899	52	12	2	32	1.52
1931692--1931833	65	2.2	65	96	0	257	28	19	13	38	1.90
1933175--1933209	15	2.3	15	95	0	61	51	2	14	31	1.57
1934968--1935445	88	5.4	88	77	8	293	32	12	25	30	1.92
1935137--1935381	89	2.8	90	83	6	279	31	11	26	30	1.91
1934968--1935393	88	4.8	87	76	10	339	32	12	24	30	1.92
1936480--1936536	29	2.0	29	92	0	96	29	22	19	28	1.98
1939188--1939451	79	3.4	79	82	3	309	33	12	23	29	1.92
1939518--1939708	81	2.4	80	81	1	229	39	9	18	31	1.84
1940513--1940568	19	2.9	19	91	2	85	33	17	17	30	1.94
1943086--1943127	13	3.2	13	89	0	66	45	14	9	30	1.77
1943161--1943214	20	2.7	20	100	0	108	27	18	14	38	1.90
1949327--1949359	15	2.3	15	89	5	50	63	9	3	24	1.38
1949643--1949859	80	2.7	79	81	2	227	34	11	25	28	1.91
1949836--1949992	81	1.9	81	83	3	199	35	12	23	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1951529--1951559	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1951625--1951651	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1957971--1958018	21	2.3	21	83	13	64	25	10	4	60	1.47
1960312--1960338	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1960700--1960752	20	2.7	20	94	2	90	37	18	11	32	1.87
1961278--1961374	36	2.7	36	85	7	135	36	25	3	35	1.72
1961887--1961912	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1961869--1961932	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1965950--1965980	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1973153--1973181	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
1973156--1973233	33	2.4	33	91	0	138	37	11	19	32	1.87
1973171--1973233	20	3.5	19	72	28	66	38	11	19	31	1.86
1973282--1973306	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
1979466--1979529	33	1.9	33	87	6	94	37	18	10	32	1.86
1979499--1979655	63	2.5	63	97	2	298	31	21	19	28	1.97
1979624--1979726	19	5.7	19	77	14	110	39	14	11	33	1.82
1979661--1979738	32	2.4	32	91	0	129	42	12	11	33	1.79
1980060--1980209	81	1.9	81	87	2	221	34	12	25	28	1.91
1981086--1981118	16	2.1	16	88	11	50	39	36	21	3	1.69
1981585--1981614	16	1.9	15	93	6	51	53	3	16	26	1.59
1982011--1982039	15	1.9	15	100	0	58	13	10	0	75	1.04
1982523--1982594	16	4.4	16	71	3	54	37	33	18	11	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1984456--1984495	13	3.1	13	88	0	62	37	15	15	32	1.88
1984495--1984527	11	3.1	11	91	4	50	45	9	24	21	1.80
1984564--1984596	11	3.1	11	86	4	50	45	9	24	21	1.80
1985586--1985661	21	3.7	21	78	3	91	34	15	10	39	1.82
1985586--1985681	41	2.3	41	96	0	174	33	16	10	39	1.83
1985606--1985698	20	4.6	20	78	4	105	33	16	9	40	1.81
1985733--1985806	21	3.5	21	96	0	130	33	14	25	25	1.94
1989641--1989676	18	2.0	18	94	0	63	38	11	2	47	1.54
1989912--1989951	21	1.9	21	94	0	71	37	0	2	60	1.11
1990027--1990072	17	2.8	17	75	15	51	47	10	0	41	1.38
1990392--1990450	29	2.0	29	93	0	100	38	13	5	42	1.66
1991984--1992046	33	1.9	33	93	0	108	39	9	6	44	1.62
1994200--1994224	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1996910--1996943	3	11.3	3	100	0	68	64	0	35	0	0.94
1997119--1997235	40	2.9	41	80	3	130	38	19	15	26	1.91
2002434--2002489	21	2.7	21	80	5	69	26	16	16	41	1.88
2003200--2003710	52	9.7	52	72	9	214	36	14	23	25	1.92
2003469--2003710	104	2.4	102	74	5	238	36	13	23	26	1.92
2003813--2003912	32	3.1	33	88	4	141	20	20	30	30	1.97
2004853--2004923	29	2.6	27	82	10	90	35	0	0	64	0.94
2009006--2009049	22	2.0	21	83	12	54	36	2	20	40	1.65
2009956--2009999	22	2.0	21	83	12	54	36	2	20	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2008424--2010304	950	2.0	950	99	0	3744	38	10	14	37	1.80
2011740--2011818	34	2.2	33	80	10	77	50	2	2	44	1.29
2012500--2012537	15	2.5	16	83	12	53	39	0	0	60	0.97
2016313--2016362	21	2.4	21	100	0	100	50	4	16	30	1.63
2018753--2018838	30	3.0	28	83	11	102	29	17	25	27	1.97
2018768--2018849	30	2.7	30	88	0	110	24	19	26	29	1.98
2019962--2020020	20	2.9	20	84	2	73	1	22	0	76	0.88
2019973--2020024	13	4.2	12	83	9	61	0	21	0	78	0.74
2019961--2020021	21	3.0	20	81	13	70	1	21	0	77	0.86
2020622--2021058	166	2.7	166	84	4	546	51	7	10	30	1.63
2022239--2022447	84	2.5	84	80	4	215	42	13	24	18	1.87
2022544--2022924	44	8.7	44	71	10	212	38	14	25	21	1.92
2022636--2022928	88	3.3	88	81	4	254	38	15	24	21	1.92
2022541--2022835	132	2.2	132	84	3	369	38	14	25	21	1.92
2022678--2022931	88	2.9	87	85	5	271	38	13	25	21	1.91
2023237--2023270	17	1.9	18	88	5	52	20	2	0	76	0.92
2029735--2030459	79	9.2	77	74	7	512	33	14	25	27	1.94
2029676--2030459	158	5.0	158	80	3	730	33	14	25	26	1.94
2029718--2030459	237	3.1	236	78	5	658	33	14	25	27	1.94
2030391--2030491	51	2.0	51	88	0	148	34	10	25	28	1.90
2033472--2033913	61	7.3	60	78	5	397	30	18	23	26	1.98
2033494--2033913	183	2.3	180	83	4	504	31	18	23	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2033491--2033915	122	3.5	122	81	4	475	31	18	23	26	1.98
2034867--2034928	1	62.0	1	77	0	52	0	4	8	87	0.68
2034864--2034927	20	3.1	20	80	12	67	0	6	7	85	0.73
2034864--2034928	22	3.1	21	84	6	78	0	6	7	86	0.72
2034879--2034929	11	4.7	11	82	4	68	0	1	11	86	0.66
2041938--2041986	23	2.2	22	85	3	62	63	14	6	16	1.49
2042209--2042488	79	3.5	78	82	4	267	35	11	23	30	1.90
2044824--2045008	50	3.7	50	83	1	228	41	12	17	28	1.87
2044828--2045008	100	1.8	100	87	4	276	40	13	17	28	1.87
2051121--2052138	79	13.0	78	79	3	875	34	14	24	27	1.94
2051121--2052091	157	6.2	158	81	4	935	33	14	24	27	1.94
2057780--2057829	24	2.2	24	85	7	68	64	14	4	18	1.44
2058039--2058112	36	2.0	37	92	2	123	31	12	20	36	1.89
2058117--2058167	28	1.9	27	84	11	70	39	19	19	21	1.93
2058076--2058292	79	2.7	78	81	6	256	37	11	23	28	1.88
2059552--2059582	9	3.4	9	90	0	53	87	0	12	0	0.55
2059551--2059583	13	2.5	13	90	9	50	84	0	15	0	0.61
2060842--2060894	20	2.6	21	81	3	63	26	13	13	47	1.79
2061750--2061972	42	5.4	41	83	8	249	42	13	24	19	1.87
2061750--2061972	85	2.7	83	82	7	276	42	13	24	19	1.87
2061750--2061966	41	5.2	41	85	4	260	41	13	24	19	1.88
2061947--2062847	62	14.4	62	81	6	953	34	19	21	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061955--2062847	376	2.4	374	84	5	1177	34	19	21	24	1.96
2062868--2062970	31	3.3	30	80	9	109	33	13	25	27	1.93
2064342--2064381	10	4.1	10	96	3	73	40	0	40	20	1.52
2068148--2068432	79	3.6	78	79	3	293	39	10	20	29	1.86
2080006--2080030	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2079986--2080050	33	2.0	33	90	6	105	32	18	13	35	1.90
2080080--2080152	20	3.7	19	85	7	76	39	16	15	28	1.89
2081037--2081103	33	2.0	33	85	5	91	26	14	31	26	1.95
2086066--2086184	52	2.5	47	84	12	163	28	16	19	35	1.94
2086091--2086206	52	2.2	52	90	3	180	29	17	19	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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