genome.fa.s167.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold167
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4199719

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

This is table  13  of  22  ( 2633 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1987729--1988235	271	1.9	270	98	0	978	25	18	17	38	1.92
1988256--1988306	2	25.5	2	91	0	84	50	3	0	45	1.20
1988258--1988304	16	2.9	16	100	0	94	51	4	0	44	1.21
1989628--1989660	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1997585--1997615	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
2002876--2002922	22	2.2	22	81	7	62	53	0	2	44	1.12
2003249--2003293	11	4.1	11	82	0	54	64	4	0	31	1.13
2010457--2010499	18	2.4	18	88	0	59	27	0	0	72	0.85
2010458--2010510	15	3.4	16	72	27	51	30	1	0	67	1.01
2011186--2011246	14	4.0	15	77	14	54	42	0	0	57	0.98
2012586--2012618	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
2012706--2012755	22	2.3	22	92	0	82	38	6	10	46	1.62
2012758--2012900	23	6.1	23	66	16	64	55	0	2	41	1.16
2012793--2012861	14	5.1	13	73	23	54	57	0	0	42	0.98
2013113--2013162	14	3.6	14	72	5	57	50	0	2	48	1.12
2012622--2013369	380	2.0	376	83	8	964	44	8	8	38	1.65
2012622--2013369	375	2.0	381	85	5	1036	44	8	8	38	1.65
2013169--2013240	29	2.4	32	84	13	91	58	1	0	40	1.07
2013201--2013254	27	2.0	27	85	0	72	61	1	0	37	1.07
2014832--2014878	18	2.5	19	80	16	53	46	0	0	53	1.00
2014810--2014875	20	3.5	19	76	10	64	43	0	1	54	1.09
2015247--2015298	16	3.2	17	73	26	58	42	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015242--2015322	32	2.4	32	80	10	83	40	3	2	53	1.32
2015845--2015904	25	2.5	24	79	15	70	60	1	3	35	1.23
2017024--2017087	12	5.9	11	72	22	55	56	0	3	40	1.15
2017024--2017134	21	5.5	21	74	10	97	55	3	3	36	1.35
2023862--2023892	5	6.2	5	100	0	62	41	38	0	19	1.51
2024792--2024851	29	2.1	28	93	3	102	51	30	5	13	1.62
2025108--2025395	50	5.8	50	93	0	459	30	17	21	29	1.97
2029764--2030051	50	5.8	50	91	0	441	29	17	23	29	1.97
2030537--2030578	16	2.6	16	88	3	57	57	14	4	23	1.56
2032104--2032134	16	1.9	16	93	0	53	22	3	0	74	0.96
2033698--2033730	17	1.9	17	93	0	57	66	0	3	30	1.06
2034520--2034552	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2036095--2036121	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2038699--2038731	10	3.3	10	95	0	57	51	6	0	42	1.26
2039241--2039279	2	19.5	2	89	0	60	53	2	0	43	1.14
2039581--2039622	2	21.0	2	90	0	66	50	2	2	45	1.27
2040125--2040177	17	3.1	18	79	15	60	66	0	0	33	0.92
2044921--2044958	19	2.0	19	85	10	51	63	0	0	36	0.95
2044928--2044961	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
2046035--2046066	3	10.3	3	93	6	55	65	0	0	34	0.93
2046923--2046999	17	4.6	17	72	22	56	40	2	2	54	1.28
2046925--2047002	32	2.4	33	89	8	124	38	2	2	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2046948--2047046	33	3.0	33	82	10	98	33	3	3	60	1.27
2048494--2048519	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2048919--2048952	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2050798--2050838	20	2.0	20	100	0	82	14	29	26	29	1.95
2051183--2051215	16	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
2051372--2051417	21	2.1	21	88	4	65	45	0	0	54	0.99
2058011--2058049	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2059524--2059764	121	2.0	121	94	1	421	21	18	22	37	1.94
2067830--2068221	130	3.0	130	84	3	488	25	14	20	39	1.91
2080400--2080481	41	2.0	43	81	13	100	52	0	0	47	1.00
2082023--2082052	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2082052--2082086	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
2082100--2082136	3	12.3	3	88	0	56	32	0	5	62	1.18
2082491--2082537	3	15.7	3	95	0	76	34	4	0	61	1.15
2083406--2083457	17	2.9	17	80	8	50	53	0	1	44	1.11
2085829--2085922	30	3.1	30	79	0	89	54	1	3	41	1.23
2086690--2086729	21	1.9	21	84	0	53	47	0	0	52	1.00
2089987--2090035	18	2.7	18	87	3	62	36	0	2	61	1.08
2093108--2093139	2	15.5	2	93	6	55	50	3	0	46	1.17
2093161--2093228	31	2.2	30	84	7	84	42	2	2	51	1.32
2093171--2093228	31	1.9	31	89	3	91	39	3	1	55	1.27
2093182--2093243	30	2.1	30	82	14	76	38	3	1	56	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2095711--2095753	7	5.7	7	82	15	50	44	0	0	55	0.99
2095707--2095753	15	3.1	16	82	17	64	44	0	0	55	0.99
2097212--2097278	32	2.1	33	85	2	91	50	0	0	49	1.00
2097262--2097290	15	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
2097694--2097766	25	3.3	22	74	16	71	65	1	0	32	1.01
2097708--2097757	25	1.9	27	88	8	77	64	2	0	34	1.05
2097694--2097777	25	3.8	24	77	13	65	63	1	0	35	1.03
2097779--2097827	22	2.3	22	76	13	57	55	0	0	44	0.99
2098468--2098496	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2101420--2101606	61	3.1	61	97	0	347	34	9	13	42	1.76
2101773--2101812	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2102017--2102077	15	4.0	15	72	19	54	39	0	0	60	0.97
2102009--2102061	18	2.7	20	77	11	65	33	0	0	66	0.92
2102367--2102391	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2105412--2105437	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2105774--2105805	16	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
2111515--2111563	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
2111841--2111897	23	2.5	24	83	11	66	49	0	0	50	1.00
2112232--2112279	7	6.0	8	83	13	55	41	0	0	58	0.98
2112488--2112529	21	2.0	20	82	13	50	57	0	0	42	0.99
2112991--2113016	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2114356--2114412	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2114542--2114621	30	2.7	31	84	5	94	43	8	0	47	1.34
2114559--2114626	29	2.3	30	82	7	77	45	8	0	45	1.34
2115373--2115407	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2115535--2115612	7	10.7	7	73	17	61	69	0	0	30	0.89
2115532--2115613	25	3.2	25	74	10	85	68	0	0	31	0.90
2115537--2115610	34	2.2	32	81	15	87	68	0	0	31	0.89
2119484--2119518	18	1.9	18	88	11	54	74	5	0	20	1.02
2124679--2124729	22	2.5	21	84	9	70	45	1	1	50	1.24
2127762--2127850	44	2.0	44	93	0	151	35	10	17	35	1.84
2154683--2154724	2	22.0	2	85	9	61	45	0	2	52	1.13
2159239--2159347	4	28.8	4	84	10	77	50	12	0	36	1.41
2159251--2159369	6	19.8	6	84	0	130	50	10	0	39	1.36
2159247--2159369	10	12.3	10	86	0	147	50	10	0	39	1.37
2159243--2159369	34	3.7	34	94	4	227	50	11	0	38	1.38
2159251--2159369	4	29.8	4	89	0	130	50	10	0	39	1.36
2162448--2162486	19	2.1	19	85	4	53	41	7	43	7	1.62
2167191--2167235	20	2.2	20	100	0	90	22	11	31	35	1.89
2169029--2169057	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
2169311--2169357	3	15.3	3	87	12	69	65	0	0	34	0.93
2169415--2169448	17	2.0	17	88	11	52	73	0	0	26	0.83
2169807--2169844	16	2.5	15	91	4	58	42	0	0	57	0.98
2170136--2170174	18	2.3	17	86	8	53	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171155--2171187	7	4.9	7	85	7	50	84	0	0	15	0.61
2171155--2171197	13	3.2	13	86	3	50	81	2	0	16	0.79
2171550--2171601	27	2.0	26	85	11	70	42	1	5	50	1.37
2172788--2172821	10	3.6	9	88	11	50	50	0	0	50	1.00
2172787--2172830	19	2.4	18	74	7	52	56	0	0	43	0.99
2172952--2172991	17	2.4	17	86	0	53	80	0	5	15	0.88
2173248--2173289	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2174337--2174371	18	1.9	18	88	11	54	51	2	2	42	1.31
2176249--2176303	15	3.4	16	76	16	60	40	0	0	60	0.97
2176251--2176317	33	2.1	30	89	8	98	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22