genome.fa.s167.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold167
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4199719

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2407203--2407238	16	2.2	17	90	5	56	38	0	0	61	0.96
2407204--2407309	27	4.1	26	68	13	83	42	1	0	54	1.17
2407258--2407314	20	2.7	21	75	5	62	45	1	0	52	1.11
2410906--2411126	34	6.5	33	84	6	273	40	26	7	25	1.82
2410906--2411126	102	2.2	101	88	3	345	40	26	7	25	1.82
2415535--2415753	34	6.5	33	84	6	278	41	26	7	25	1.81
2415535--2415753	102	2.2	101	87	3	332	41	26	7	25	1.81
2417025--2417065	21	2.0	22	85	9	59	29	0	0	70	0.87
2421314--2421367	17	3.2	16	79	7	54	24	0	3	72	1.01
2421391--2421417	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2422913--2422952	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
2422907--2422952	12	3.8	12	94	0	65	47	4	2	45	1.34
2423199--2423240	20	2.2	20	91	4	68	40	0	0	59	0.97
2423199--2423246	19	2.6	19	87	9	55	41	0	0	58	0.98
2426620--2426669	22	2.2	22	82	7	55	34	8	2	56	1.40
2427524--2427549	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2427550--2427596	3	15.3	3	95	4	85	34	0	0	65	0.93
2430169--2430219	14	3.5	15	82	12	52	49	0	0	50	1.00
2434160--2434202	18	2.4	17	81	11	50	67	0	0	32	0.91
2441313--2441337	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
2442244--2442281	2	19.0	2	88	0	58	44	2	0	52	1.14
2442822--2442857	16	2.4	14	90	9	54	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443322--2443356	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2444466--2444513	17	2.9	17	84	3	62	47	0	10	41	1.37
2444501--2444557	23	2.4	24	82	8	71	43	0	0	56	0.99
2448137--2448218	29	3.0	27	72	13	69	52	3	0	43	1.18
2456843--2456894	25	2.1	26	82	7	63	53	3	3	38	1.37
2457120--2457189	16	4.3	15	74	13	59	38	0	0	61	0.96
2457878--2457949	34	2.1	34	97	0	135	33	19	6	40	1.78
2459443--2459489	24	2.0	24	100	0	94	57	8	17	17	1.63
2461452--2461557	51	2.1	51	100	0	212	33	23	11	31	1.90
2462518--2462556	17	2.4	16	83	8	51	41	0	0	58	0.98
2462781--2462835	20	3.3	16	76	21	51	36	0	1	61	1.06
2462797--2462879	20	4.2	20	72	14	75	38	1	1	59	1.13
2462910--2462957	21	2.2	20	79	13	51	50	12	2	35	1.52
2462928--2462971	23	2.0	21	86	8	61	50	6	0	43	1.29
2462958--2463011	28	1.9	28	85	7	74	40	3	0	55	1.17
2463158--2463190	16	2.0	17	94	5	59	48	0	0	51	1.00
2463158--2463204	16	2.6	17	80	16	51	48	2	0	48	1.13
2463856--2463923	10	6.2	10	74	17	55	61	0	0	38	0.96
2463859--2463927	22	3.0	23	81	12	79	63	0	0	36	0.94
2463859--2463930	23	3.2	23	78	11	78	63	0	0	36	0.94
2463980--2464024	17	2.5	17	86	13	56	46	2	0	51	1.13
2464078--2464149	31	2.3	32	76	9	78	56	4	0	38	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2467521--2467612	30	3.1	30	90	0	139	34	23	11	29	1.91
2471074--2471176	31	3.3	31	75	5	118	47	13	17	21	1.82
2471066--2471191	62	2.0	62	92	0	207	47	14	16	21	1.82
2471093--2471190	31	3.2	31	75	5	108	46	14	18	20	1.83
2471433--2471522	30	3.0	30	85	0	135	36	24	10	28	1.88
2472141--2472174	14	2.4	14	95	0	59	23	38	8	29	1.85
2473630--2473673	4	12.0	4	90	4	51	27	2	0	70	0.99
2473636--2473679	10	4.2	11	83	16	58	25	0	0	75	0.81
2473630--2473679	13	3.5	15	76	20	54	26	2	0	72	0.96
2475312--2475362	24	2.1	24	82	13	61	70	1	0	27	0.98
2475360--2475436	6	13.2	6	69	20	56	40	0	1	58	1.06
2475949--2476011	23	2.8	22	78	7	72	49	1	0	49	1.10
2480073--2480100	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2480446--2480474	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
2492167--2492202	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
2496258--2496565	156	2.0	155	98	0	589	35	23	13	27	1.93
2498038--2498078	2	20.5	2	84	0	55	51	4	43	0	1.23
2498038--2498084	16	2.9	16	87	0	58	48	8	42	0	1.33
2498287--2498331	17	2.8	16	80	6	54	66	0	2	31	1.04
2498300--2498344	23	2.0	23	82	8	56	62	2	4	31	1.27
2498453--2498522	31	2.4	30	83	7	90	52	0	2	44	1.15
2498509--2498575	18	3.8	18	69	15	50	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2498549--2498587	12	3.2	12	89	7	60	56	0	0	43	0.99
2498548--2498587	13	3.2	13	89	7	64	57	0	0	42	0.98
2499200--2499240	15	2.8	15	79	17	50	34	0	0	65	0.93
2499243--2499285	21	2.0	21	86	8	61	46	0	0	53	1.00
2499282--2499322	20	2.0	21	90	4	66	51	0	0	48	1.00
2499284--2499330	19	2.5	20	82	6	62	57	0	0	42	0.98
2500381--2500457	34	2.3	34	80	10	88	67	2	0	29	1.04
2500381--2500470	39	2.3	38	81	9	103	65	2	0	32	1.05
2500443--2500502	16	3.6	16	73	22	61	55	0	0	45	0.99
2500436--2500508	11	7.1	11	72	17	50	54	0	0	45	0.99
2500438--2500507	31	2.3	32	83	11	85	52	0	0	47	1.00
2501218--2501259	12	3.6	12	81	15	52	57	0	0	42	0.99
2501228--2501322	28	3.5	26	71	12	68	54	2	0	43	1.12
2501577--2501615	15	2.6	15	75	0	51	56	0	0	43	0.99
2503686--2503720	15	2.4	14	90	9	52	34	0	0	65	0.93
2504264--2504299	15	2.4	15	90	0	54	38	0	0	61	0.96
2504274--2504307	15	2.3	15	89	0	50	44	2	2	50	1.32
2504446--2504515	23	2.9	24	73	16	63	37	1	0	61	1.05
2510292--2510333	10	3.8	11	82	17	52	42	2	2	52	1.27
2513463--2513492	6	5.0	6	95	0	51	46	16	16	20	1.84
2521730--2521765	17	2.1	18	89	5	56	38	0	0	61	0.96
2523118--2523197	14	5.2	15	75	22	69	43	5	0	51	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2523126--2523205	37	2.5	32	78	17	78	42	3	0	53	1.18
2528279--2528486	18	11.6	18	71	12	142	19	32	15	32	1.93
2528291--2528433	54	2.6	54	92	0	241	16	34	15	32	1.91
2534016--2534050	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
2535564--2535593	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2537695--2537728	11	2.9	12	82	8	52	61	0	0	38	0.96
2537698--2537745	17	2.8	17	93	0	78	64	0	0	35	0.94
2538329--2538354	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2538711--2538823	28	4.2	26	76	19	92	52	0	0	46	1.13
2538724--2538792	9	7.6	9	73	14	61	55	0	1	43	1.08
2538712--2538787	19	4.1	18	77	14	75	57	0	1	40	1.07
2540350--2540393	22	2.0	22	82	8	54	52	2	2	43	1.26
2540463--2540490	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2542911--2542961	15	3.2	16	75	10	52	66	0	29	3	1.09
2543419--2543448	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
2546940--2546980	21	2.0	21	85	9	57	46	12	34	7	1.69
2547703--2547733	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2551395--2551432	19	2.1	18	85	14	51	47	0	0	52	1.00
2551913--2551951	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
2554529--2554673	67	2.2	67	91	0	227	60	11	12	16	1.60
2556766--2556790	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
2568213--2568246	16	2.1	16	88	5	50	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2570288--2570329	19	2.1	21	86	8	61	59	2	0	38	1.10
2574263--2574331	35	2.0	35	97	0	129	31	20	27	20	1.97
2576411--2576460	25	2.0	26	84	11	68	66	2	0	32	1.03
2576423--2576463	16	2.9	15	83	16	52	70	0	0	29	0.87
2576669--2576702	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2582387--2582424	17	2.2	18	85	4	51	42	0	0	57	0.98
2582380--2582436	18	3.0	18	75	17	53	45	0	0	54	0.99
2582397--2582461	35	1.9	35	84	6	89	47	0	1	50	1.10
2582412--2582461	16	3.1	16	75	21	50	50	0	2	48	1.12
2586393--2586431	14	3.1	13	82	17	55	61	2	0	35	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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