genome.fa.s167.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold167
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4199719

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798225--798259	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
800286--800346	30	2.0	29	84	12	79	49	0	0	50	1.00
800296--800353	30	2.0	30	83	12	77	48	0	0	51	1.00
800944--800979	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
801220--801269	13	3.7	15	77	20	56	58	2	6	34	1.34
802177--802223	16	3.0	16	73	14	53	46	0	4	48	1.21
804008--804063	16	3.5	15	76	11	58	33	0	7	58	1.25
804043--804085	22	1.9	23	85	4	61	39	0	2	58	1.11
804351--804424	24	3.0	25	81	14	93	44	0	0	55	0.99
804351--804427	32	2.4	29	83	14	91	44	0	0	55	0.99
804811--804850	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
806783--806831	2	24.5	2	95	0	89	46	0	2	51	1.12
807219--807249	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
807726--807781	19	2.9	19	76	7	51	55	0	0	44	0.99
808294--808347	2	27.0	2	83	7	65	42	3	1	51	1.30
808833--808870	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
809013--809039	14	1.9	14	100	0	54	70	0	0	29	0.88
809604--809659	25	2.3	23	77	17	58	62	3	1	32	1.23
810327--810366	2	20.5	2	89	5	64	52	0	0	47	1.00
810529--810576	4	12.0	4	100	0	96	50	25	0	25	1.50
811291--811349	31	1.9	30	83	10	75	55	10	5	28	1.54
814977--815026	21	2.5	18	81	18	55	58	0	2	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816363--816405	2	22.5	2	86	9	63	51	2	0	46	1.13
821726--821766	20	2.0	20	100	0	82	46	14	0	39	1.45
821881--821970	11	8.4	11	70	21	50	33	2	0	64	1.06
822039--822067	14	2.1	14	93	6	51	24	0	0	75	0.80
822875--822911	19	2.0	19	89	5	58	29	8	5	56	1.51
823016--823057	17	2.4	18	84	11	61	54	0	0	45	0.99
823079--823133	26	2.1	27	82	3	67	45	3	1	49	1.30
823164--823192	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
823428--823487	27	2.3	25	81	10	75	41	0	3	55	1.16
827714--827756	12	3.7	11	81	9	50	65	0	0	34	0.93
827784--827829	14	3.4	13	85	8	56	60	0	0	39	0.97
827809--827852	18	2.3	20	80	7	56	56	2	0	40	1.11
827785--827855	15	4.7	15	78	14	74	56	1	0	42	1.08
827826--827884	22	2.8	21	69	19	50	54	3	0	42	1.17
828365--828932	189	3.0	189	97	0	1048	45	6	7	40	1.57
829081--829176	30	3.2	29	83	4	111	53	1	4	41	1.27
829092--829179	30	2.9	31	86	3	117	52	1	4	42	1.29
829122--829207	30	2.9	30	86	6	113	55	0	3	40	1.17
829757--829816	25	2.4	26	81	18	74	21	1	5	71	1.14
832644--832674	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
838416--838456	14	3.0	14	76	16	50	36	0	2	60	1.10
838416--838480	13	5.0	13	73	5	51	44	0	1	53	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838510--838551	17	2.5	17	80	7	50	30	0	0	69	0.89
841546--841595	20	2.5	19	84	12	64	66	0	0	34	0.92
842144--842169	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
843456--843502	24	2.1	22	84	11	60	46	2	0	51	1.13
843444--843507	29	2.2	30	82	2	76	46	1	1	50	1.20
844990--845014	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
847196--847223	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
848628--848657	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
848697--848762	21	3.2	21	72	16	66	40	0	0	59	0.98
848780--848830	21	2.4	21	81	12	68	58	0	0	41	0.98
853409--853440	9	3.6	9	100	0	64	50	0	0	50	1.00
853403--853468	19	3.4	18	75	12	60	48	0	0	51	1.00
854526--854559	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
856192--856247	16	3.3	17	78	12	53	69	0	0	30	0.89
856390--856431	5	8.4	5	100	0	84	19	0	0	80	0.70
859704--859736	17	1.9	17	93	0	57	36	0	0	63	0.95
859758--859791	16	2.1	17	88	5	52	67	0	0	32	0.91
860799--860859	20	3.0	20	81	13	56	62	0	1	36	1.05
860823--860867	18	2.8	16	83	10	56	64	0	0	35	0.94
860820--860883	22	2.8	23	74	6	60	59	0	0	40	0.97
861144--861201	30	1.9	30	82	6	73	55	0	1	43	1.10
861451--861515	19	3.4	20	77	6	64	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861445--861493	10	5.2	10	76	11	50	65	0	0	34	0.93
861402--861497	39	2.4	41	79	12	99	57	2	2	38	1.22
861451--861509	10	6.2	10	75	9	52	57	0	0	42	0.98
861679--861731	20	2.7	20	85	5	63	60	3	0	35	1.15
862689--862732	2	22.0	2	85	0	61	43	2	0	54	1.12
869669--869696	5	5.6	5	100	0	56	17	0	17	64	1.30
869662--869703	15	2.7	15	81	3	57	19	4	14	61	1.49
869929--869966	6	6.7	6	82	11	53	31	0	0	68	0.90
869917--869956	17	2.4	17	86	0	53	27	0	5	67	1.11
869918--869968	11	4.6	11	78	7	50	27	0	3	68	1.07
869929--869966	17	2.2	17	95	0	67	31	0	0	68	0.90
870469--870500	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
871255--871293	16	2.4	16	78	0	51	46	2	5	46	1.38
880885--880925	13	3.0	13	83	13	55	53	0	7	39	1.29
880892--880927	15	2.4	15	95	0	63	63	0	8	27	1.23
881543--881572	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
881639--881693	25	2.2	25	80	9	67	61	1	1	34	1.17
881939--881986	19	2.6	18	75	12	53	31	4	0	64	1.12
882688--882730	17	2.5	18	81	11	54	46	0	0	53	1.00
882794--882841	24	2.0	24	84	15	64	45	0	0	54	0.99
882797--882848	23	2.3	23	78	15	56	46	0	0	53	1.00
883113--883178	32	2.1	32	83	11	82	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883250--883299	11	4.8	11	78	14	52	30	0	4	66	1.10
883381--883442	18	3.6	18	78	12	67	32	0	1	66	1.02
883376--883442	11	6.5	11	72	19	63	32	1	1	64	1.12
883376--883430	29	1.9	28	85	10	76	32	1	0	65	1.03
883376--883442	28	2.3	30	82	12	79	32	1	1	64	1.12
887612--887640	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
889813--889857	22	2.0	22	86	0	63	42	2	2	53	1.25
890172--890250	32	2.5	31	79	8	95	55	0	0	44	0.99
890191--890239	16	3.0	17	75	19	59	55	0	0	44	0.99
890191--890247	16	3.3	18	75	22	52	56	0	0	43	0.99
890171--890248	25	3.1	26	80	14	83	56	0	0	43	0.99
891140--891196	30	1.9	30	96	0	105	47	5	0	47	1.24
891573--891614	20	2.1	20	86	8	59	71	0	0	28	0.86
892033--892074	12	3.6	11	77	22	50	7	11	0	80	0.88
892708--892764	29	2.0	28	83	16	73	38	0	1	59	1.08
892880--892918	20	1.9	20	84	5	51	41	5	0	53	1.23
895208--895263	17	3.4	16	72	18	53	41	0	1	57	1.09
895206--895254	11	4.7	10	80	5	53	42	0	2	55	1.11
895206--895271	32	2.1	32	88	8	100	42	0	1	56	1.08
895677--895713	17	2.2	17	90	0	56	45	0	2	51	1.15
896225--896285	32	1.9	31	87	9	88	59	1	0	39	1.08
896227--896296	15	4.5	15	76	15	63	60	1	0	38	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897249--897274	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
899789--899859	36	1.9	38	85	5	101	57	0	0	42	0.98
899825--899879	13	3.7	15	75	13	51	56	0	0	43	0.99
899844--899899	17	3.5	17	75	22	50	51	0	0	48	1.00
899844--899890	17	2.6	17	83	12	58	53	0	0	46	1.00
901145--901210	25	2.9	23	77	20	68	65	0	0	34	0.93
901172--901204	17	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
902836--902869	7	4.7	7	96	3	59	41	0	0	58	0.98
902835--902877	14	3.1	14	81	18	54	39	0	0	60	0.97
903200--903238	18	2.2	19	86	9	55	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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